NEXUS [File created by TreeBASE: 1/16/09 15:35:58] [Matrix accession#: M3949] BEGIN TAXA; TITLE M3949; DIMENSIONS NTAX=18; TAXLABELS Diplocirrus_glaucus_Sweden Flabelliderma_ockeri Flabelligena_sp. Flabelligera_affinis_California Flabelligera_affinis_Sweden Flabelligera_infundibularis Flabelligera_affinis_Iceland Brada_villosa_California Brada_villosa_Sweden Flota_sp._specimen_1 Flota_sp._specimen_2 Ilyphagus_octobranchus Macrochaeta_clavicornis Macrochaeta_sp. Pherusa_plumosa_California Pherusa_plumosa_Massachusetts Poeobius_meseres Therochaeta_collarifera ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M3949; DIMENSIONS NCHAR=1289; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ; MATRIX Diplocirrus_glaucus_Sweden ATTACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGG-CGAGTGAACGGGG-ATGAGCCCAGCACCGAATCCCCC--GCGCGGAGACGCGTGGCGGGAGCTGTGGTGTTAGGGAAGGCCT-TT----GCGGGCGATCGGTC-CGTCATCGT--CTCGG---CGGTGGCGGG-----CCTCAAGGGGTGCC-CGAGTCTCTCTTGATCGGGGCCGTCT-TCCCATTGCGGGTGTCAGGCCTCTA-CGGTGCCT-C----TGGTCGTTCGCTTCGAGCCTCTTCCCAGGAGTCGGGTTGTTTGAGAATGCAGCCCAAAG-TGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGACGCGAGACCGATAGCGGACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGCTTAGAGGGAAACGGATGGGACCGCAAATCGGT---CGACCCGCGGGGTTCAACTCGTTCGGCCAGGTGGCAGGGTGTGTTCG--------------TG--TTTCTG----TTCCGGGGCCCTCGGGTCTCG--GACGC---CGGCACGCCCTT---TTG----CCGCCGCCGA------------CGGGTGCACTTCCC-G----CGGGGAGAGCACCGCGACCGGTTCG--CC-GGCCGTCATAAG----CCTGGAG---GGGAAGGTAGTCAGACT--GGGTGTCGGTCCTTCGGGGCCTTTGCTCGCCTGATGTTATAGCCCTTCCGACGGTATTGGCCGGC--T-GGTGGACCGAGGAGCAAAGCGATTGAAGGCCCAGTGGTTGGT--GGAAAAGAGGTGTCTCCTCCGCCCGTC----CCGACTGGAGTT-TACTGCGCATACAGTCAGTAAGCTCCGATTGCGGGTGGTCGCACG------------GCA-------CTTCTCCTGTCTCCATAAACCGCC---CTGCCTCGTGCAGGGG---CCCAAGGTCCGCGGCGATGATAC----------------------AGTCGGC-------------------------ACCCCATCCGA-CCCGTCTTGAAACAC-GGACCAAGGAGTCTAACATGTGCGCGAGTCATTGGGTGCA-ACGAAACCTACAGGCGGAATGAAA--------G-TGAAGCGTGCCACTTGCGT-GGTGCGTTAGGCGTGATCCG--------------------GCCCCTTCGCGGT-------GGCGGGCGCAACGCCGGCCCTTCTCAGGCGCCGT Flabelliderma_ockeri ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Flabelligena_sp. --------------------------------------TCAGTAGCGG-CGAGCGAACAGGG-AGAAGCCCAGCATCGAATCCCCC--G-CCCTGGCAGGGCGGAGGGACATGTGATGTTTGGGAGGGCCT-TT----GCGA-CGGCTGTCA-GGCCGCCGTCCCTCGGGG-CGGCGGTT------------AGGGGTGCC-TAAGTCTCTCATGATTGGGGCCATC--GCCCATAGCGGGTGTCAGGCCTTTG-TGGCGCCC-C----CGGCCGTGTGCTCTGCGTCC-CTCCTCGGAGTCGGGTTGTTTGTGAATGCAGCCCAAAG-CGGGTGGTAAACTCCACCTAAGGCTAAATACTGGTGCAAGGCCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGCTTAGAGTCAAGCGGATGGGACCGCAAATCGGT---CGGCCCGTGGGATTCATCCCGCCGGT----------GA-TGT----------------------CCATTCTATAT----AGGG-TTCGGACTA-CAT-------------------------------ATCACTCGG-------------CGGGTGCACTTTCC-G----CGGGCCGAGCGCCGCAACCGGTTCG--CT-GGCAGTCAGAAG----CCTG-CGG--GGGAAGGTGGCCTGCCGTTGCCTCG---------------TGCGGCGGTGGGTG-TTATAGCCCCTGCATGT--GCCGGCCTGCC--ACGCGGACCGAGGAGAGGGCCCGTTGAAGGGTTCGGCCCACGCCGGG--------CTCCGGCTCCGGCCGCTCGTTACAACTGGGGG-GGACTGC---TTCGGCAGTGCCTTTCCGACTGCGGGCGGTCG-AGG--------GACCG-GGGTCACGCACCGGCGGGGTCCG--CCCCTCC---CGT--TCGCGGGGGGGGAAGCCCGGGTTAGCGGCGATGTGTC----------------------AGTCGGC-------------------------ACCCCATCCGA-CCCGTCTTGAAACAC-GGACCAAGGAGTCTAACGTGCGCGCGAGTCATTGGGCTTGCACGAAACCCACAGGCGCAAGGAAACT------GAAAGGGGG--ACTCGTC--CTCCAT----AGGCGAGATCCC--------------------GGCCC---TCCGG-------GTCGGGCGCACCGCCGGCCCTCCTGAGCCTA--- Flabelligera_affinis_California ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Flabelligera_affinis_Sweden ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Flabelligera_infundibularis ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Flabelligera_affinis_Iceland ATCACTAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCCAGTAACGG-CGAGTGAACAGGG-AAGAGCCCAGCACCGAATCCCCC--GCGCGGCAACGCGTGGAGGGAGCTGTGGTGTTTGGGGAGGCCT-CTGT-GGCGATCGGCTCGT-----CGTCGT--TTCGG---CGGCGGCGGG-----CCTTAGGGGGCAGTCCGAGTCTCTCTTGATTGGGGCCGTCTATCCCATTGCGGGTGTCAGGCCTCTA-CGGCGCCTAC----CGATCGTCTGCTCTGTGCCT-TTCCCAGGAGTCGGGTTGTTTGAGAATGCAGCCCAAAG-TGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATACTGATGCGAGACCGATAGCGGACAAGTACCGCGAGGGAAAGTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Brada_villosa_California ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Brada_villosa_Sweden ---------------AAGAAGAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGTCGAGTGAACCGGGCAGAAGCCCAGCACCGAATCCCCTCGGCTCTGCAAAGCCTTGCGGGAAATGTGGTGTTAGGGAGGGCGTGCAGGCGGCAATCTCTCGCGT----CTTAGC--GCCAG---CGACGACGCG--GGTTAACGTGGGGCACT-CTAGTTCTCCTTGATCGGGGCTTCG--TACCTTAGCGGGTGTTAGTCCTAT--CGGTGCTCCCTCGGTTGTCGTTCGCAACGATGCCCTTCCCAGGAGTCGGGTTGTGTGGGAAAGCAGCCCAAAG-TGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATACTGGCGTGAGACCGATAGCGAAGAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGCTAGCAGGGAAGCGGATGGGAGCCGATGTCTCTGT-CGGCGGGCGGGATTCAGCTGGCC-----------------------------------GCGTCGCGTCGTTCGCGTAACGAG--------CTATGGT-----AGGTCGTCTTTCCTCTCTGACGACCGCCTCTCCCGACGGCGCGCGTGACCAGTGCACTTCCC-G----CTCGTTTGATGCCGTGACCGGTTCG--CGTCGTTGTCAAAAGCCGCCCCGGCGCTCTAGGGGGTCGTCGGTGT------------------------GCGCTAGCGCGCACCTTCGACTTACTCGGGGACCACGGCTGGCGACGAGCGGACCGTGTGATAA----------------------CCTACCCAACGCTGCTTGCAGCGATCGGCC------TCAATTATC----GGCCGACACTGAGGCCGGCTCGACCGGACGCGCCACGACGGGCGGACTCCATTCGTCTACGTGAGACCACCCGTCAGGTGCGTATCGCGCC---AGTGATCGGTCCAGTGGAAGTCGACGGCCGCGCCGACCTTGCGTCGTGTGTGCGGCTGCCCTCGAAGTCTGCGGCGTACTCTGTTACAGAAAGGCTTACCCATCCGGCCCCGTCTTGAAACACGGGACCAAGGAGTGCAACGTGTGCGCGAGTCAAAGGG-ACGACCGAATCCCCAGGGCGAAGTCAA-----------------CGC----------------GACGGGCGAGATCCTCTGGAGCAAGGCGTGTACTCTGCCGCCAGCTCGACCAGAG---AGGCGCATCGCCGGCCCTCCTGTACTGCACT Flota_sp._specimen_1 -------------------------------------CCTAGTAACGG-CGAGTGAACAGGG-AGAAGCCCAGCACCGAATCCCCCGGGCCCTGC-ACGCCTGGCGGGAACTGTGGTGTATGGGAGGGCCA-TT-GCGGTGATCGGTGCGCT-GCGAGCCGG--TTCGC---TGGCAAGCGG-TGTACCTCAGGGGGCGCC-CGAGTCTCTCTTGATTGGGGCCGTTCATTCCATAGCGGGTGTCAGGCCTCTA-CGGCGCTC-C----TGGTCGCTTGCTCTGCGCCC-GTCCCAGGAGTCGGGTTGTATGAGAAAGCAGCCCAAAG-TGGCGGGTAAATTCCCGCTAAGGCTAAATATTGAGGCGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGCTTACAGGGAAGCGGATGGGACTCGAAGTTGATCTCCTGTCGCTGGGATTCAGCCTGGT----CAGGGTCAGGGGCGTGTAACCGGCATCGTGCTTGGCGGGCTGCTCGCCTTTACGGGCGTGCAGCCATCGTCGACACGTTCACGCCAACCGCGCGCCCCGCTCAGCCTCGGCCA------------GGTGCACTTTCCGG----CGGCGGGGACGCCGCGACCGGTTCG--CAGGGCTGGCAGAAGCACCTC--------GAGATGGTGGCTGCCTTGTTGGCGCGTGCGGTTCGCCGCAAGCGCTGCCTGGTGGCTTTAGCTCGAGTGGATCGGCCCACCAGCC---CGTGGACTGTGGAGCACTTGCGATCCA---TCAGCGCTCCTCTGACGTGGAGTGGCCCGGGCTGTGCATT-----CGAATTGGGTCCGCTGCGTCGCCGCAGAGCTCCCTCACTGATGCGCGGTCACCGTGGG-------------------------CTGCCCGTCGATTAGCGCCCC---CTCGCTT-----GAGGGGTTCCCGGGTCCGCGGCGCTGACGT----------------------AGTGGGC-------------------------ACCCTATCCGA-CCCGTCTTGAAACAC-GGACCAAGGAGTCCAACATGTGCGCGAGTCATCGGGCATA-ACGAAACCTAAAGGCGCAATTAACGTTTGTTGAGCGTTGCTGGCCTCGGTCGGCTTCGTTCTTGGCGAGATCCT--------------------GCCCCGTCGCACG-------GGTGGGCGCATCGCCGGCCCTTCTCTGTCGACGC Flota_sp._specimen_2 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ilyphagus_octobranchus ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Macrochaeta_clavicornis ATTAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCAGTAGCGG-CGAGCGAACAGGG-AAGAGCCCAGCACCGAATCCCCC--GTCCCTAGACGGGCGCGGGGACATGTGGTGTTTGGGAGGGCCT-CT----GCGG-CGGCTGTC--GCCCGCCGGCTCTCGTGGCCGGCGGGG------------TGGGGTGCCTTAAGTCTCTCTTGATTGGGGCCATC--GCCCATAGCGGGTGTCAGGCCTTTG-AGGCGCCC-C----TGGCCGTCTGCTCTGCGTCC-CTCCTCGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAG-CGGGTGGTAAACTCCACCTAAGGCTAAATACTGGTGCGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGCGAGGGAAAGTT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Macrochaeta_sp. ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pherusa_plumosa_California ATCATTAAGCGGCGGAGAAGAGAATAACAATGATTCCCTCAGTAACGG-CGAGTGAACCGGG-AAGAGCCCAGCACCGAATCCCCC--GTGCGGAAACGTGCGACGGGAAATGTGGTGTAATGGTCTGCATACTGGCAGCGATCGGGCGGGCGGCTCGTCGT--TTCGG---CGGCTTGCCGCTGCTCTTTGGAGGGTGCC-GAAGTC-CCCTTGACTGGGGCTGAT--TCCCACAGCGGGTGTCAGGCCTATG-CGGCCCCC--T---TGGTCGCTTGCCGTGTGTAACGGCCTAGGAGTCAGGTTGTTTGTGATTGCAACCCAAAG-TGGGAGGTATATGCCTCCTAAGGCTAAATAC-AAGGCGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAATAGTACGTGAAACCGTTTAGAGGGAAACGGATG----TGCAGGTAGTCCTCGAAGGCGTAGAATTCATCCTGGT---CTGGAGGGGTGGGTGTCGGTGCG---------ACGTCGGCCTCTTGCCCTTCGCGGGGTTTCGGGGTCGGT-------CTCTCGCGCCGGCGGCCAGGTTTCTTCCCACCGACAGCCA--------GGTGCATTTTCTCGTTCTCACTTCGAGCGTTGCGAGCGGTTCGTACTTGGGTGCGAAAAG----CCAGGCGATTGGGAAG--CGTTAGCGTGTCGG-------------------------------------GACTCGTCC-----CGTTCGCGCTC--TTCGTGGAC------------------------------GCCGCCTGCGAGTCGTGGCATCCGGCGGACCGCT----CGATTTCGG--------------TCGGCGCAAGCCTTCCGGCAGCGTAAGT--------------------------------------------------------------------------------GGCTTGCGTCTG--------------------------------------------------------------CACATCCGC-CCCGTCTTGAAACAC-GGGCCAAGGAGTCTGGCATGCATGCGAGTCAAAGGGCACTTGC-AACCCCCAAGGCGAATGGAAA---------CAGTGGTTTGATTT------------ACCGGGCGTGATCCA------------GAGGCCTCTCCCCCTACTGGGAGCGGTGCGATGGCGCAGCGCCGGCCTTTCTCGGTGGCCCT Pherusa_plumosa_Massachusetts ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Poeobius_meseres ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGT--TTCGG---CGGTGGCTGG----ATCACAGGGGGCACC-CGAGTCTCACTGGAATGTGGCCGTCT-TCCCATAGCGGGTGTCAGGCCTCTA-CGGTGCCT-C----TGGTCGTCGGCTC-GAGCCT-CTCCTAAGAGTCGGGTTGCTTGGGAATGCAGCCTAAAGACGGGTGGTAAACTCCATCCAAGGCTAAATACTGACGCGAGACCGATAGCGGACAAGTACCGCAAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAAGAGTACGTGAAACCGTTTAGAGGGAAACGGATGGGACCGCAAGTTGGT---CGAACCGTGGGATTCAACCCGTTTGGTTTGGTCATGGATCGTGG-----------------TGGTGGACGGCT-ATCGGAAGGCCAGCAATGGCCGT-----ACGACGTCCGCTGCTTACAGAGAAACCTGACGCCAA------------CGGGTGCACTTTCC-A----CGGAGAGACAGCCGCGACCGGTTCA--CC-GGCCGTCAGAAG----CCGTGCG---GGGAAGGTAGTTGGCTTGAGGGCTTGTCCCGCTTGCC--------------AATGTTATAGCCCCGCCGATGGCGTTGGCCGGC--T-GGTGGACCGAGGAGAAAACAC------CGCCTCTAGCATGCCGGGGAAGACGGCGTTGCGCCGCCGCCCA-----TCGACTGGGTTTGGACTGACTCTTCTGCCAGTCCGATCCGACTGTGGGTGGTGGTACG--------------CGCGTCGCCACCCGGTGGCCTCG-----TTCC---CGAGACTGTTCGGAGAGAGG--AAGGTCAGCGGCGAAGACAC----------------------TGTCGGC-------------------------ACCCCATCCGA-CCCGTCTTGAAACAC-GGACCAAGGAGTCTAACGTGTGCGCAAGTCACTGGGCGCA-ATGAACCCCAAAGGCGCAATGAAA--------G-CAAATCTCAGCTCGTC------TGAGAGAGGCGGGATCCT--------------------GACTCCTACGCGG-------GTCGGGCGCACCGCCGGCCCCTCTCGT------- Therochaeta_collarifera ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 1289 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;