NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:36:00]
[Matrix accession#: M3956]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3956;
	DIMENSIONS  NTAX=13;
	TAXLABELS
		Rana_pipiens	Rana_forreri_Sonora	Rana_forreri_Michoacan	Rana_forreri_Oaxaca_AY115129	Rana_forreri_Oaxaca_AY115130	Rana_magnaocularis	Rana_sp_Papagayo	Rana_sp1_Michoacan	Rana_sp_Aguaje	Rana_brownorum	Rana_berlandieri	Rana_yavapaiensis	Rana_chiricahuensis
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3956;
	DIMENSIONS NCHAR=815;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Rana_pipiens                       GTTTCTTGATTTACACATGCAAGTCTCAGCACACCAGTGAGGACGCCCTTCTAATTCTATCCCAGATAAAGGAGCTGATATCAGGCACAAACTCCGCCCACAACATCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATCTTGAACATAAGCGTAAGCTTGATTCAGTCAAAGAAAAGAGGGCCGGCCAACATTGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCT-AGGGCCCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTG-ATTAAAAATT-AGGATTAAATTAATGCTTAGCAGTTTTATGCTTGCTATTAAGAAACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGCTAGGAAGACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCGTAAACAATTAATTTACACCCATCAGCGCCAGGGAACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTTTAATCGATGATCCCCGCTACACCTGACCATTTCTTGCTCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACG-TCTTCAGTAGGCTCAATGAT--CATAATTACATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCAATTGGCTACAATTTCTAATATAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAGCAGCGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGATGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_forreri_Sonora                GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAGACCAGTGAGGACGCCCTT-TTAACCTACACCAGGTAAAGGAGCCGGTATCAGGCACAATCCATGCCCACGACGTCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGAATATAAGCGCAAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAACATTGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCC-AGGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-CCTTAAACATTAGGATTGAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGCTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCGTAAACAATTAACTTACACCCATCAGCGCCAGGGAATTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCTTGTTCTATAATCGATGATCCCCGATACACCCGACCATTTTTAGCTTATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCTTGTGAACGTTCCTCAGTAGGCTCAATGATT-CAACACC-CATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCAATTTGCTACAATTTCTAATTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAGCCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_forreri_Michoacan             GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TTAACCTACACCAGATAAAGGAGCCGGTATCAGGCACAATCAATGCCCACGACATCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGGATATAAGCGCAAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAACATTGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCCCAGGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-TCCAAAACATTAGGATTGAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGCTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCGTAAACAATTAACTTACACCTATCAGCGCCAGGGAATTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCTTGTTCTATAATCGATGATCCCCGATACACCCGACCATTTTTAGCTCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGTTTTTCAGTAGGCTCAATGATC-CAAGACC-CATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGGAGTAATTTGCTACAATTTCTAATTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAACCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_forreri_Oaxaca_AY115129       ????????ATTTACACATGCAAGTCTCAGCAGACCAGTGAGGACGCCCTT-TCAACCTATTCCAGGCAAAGGAGCCGGTATCAGGCACAATTCCTGCCCACAACACCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGAACATAAGCGCAAGCTTGATTCAGTCAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAACATTGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCC-AGGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-TCTCAAATATTAGGATTAAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGTTAGGAAAACAAACTGTGATTAGATACCCCACTATGCCTAACCGTAAACAATTAATTTACACCCATCATCGCCACGGAATTACCACCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCTTGTTCTATAATCGATGATCCCCGATACACCCCACCATGTTTAGCTTATCAGTCTGTAAACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTCAACGTTCTTCAGTAGGCTGAATGAT---AACACTTCATCAACACGTCAGGTCAAAGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCAATTTGCTACAATTTCTAATTTAGAACAGACGAAAGGCCATGTGAAATCATAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_forreri_Oaxaca_AY115130       GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TCAACCTATTCCAGGCAAAGGAGCCGGTATCAGGCACAATTCCTGCCCACAACACCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGAACATAAGCGCAAGCTTGATTCAGTCAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAACATTGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCC-AGGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-TCTCAAATATTAGGATTAAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGCTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAACCGTAAACAATTAATTTACACCCATCAGCGCCAGGGAATTACGATCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTT-ACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCTTGTTCTATAATCGATGATCCCCGATTCACCCCACCATTTTTAGCTTATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGTTCTTCAGTAGGGTTAATGAT---AACACTTCATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCAATTTGCTACAATTTCTAATTTAGAACACACGAAAGGCCATGTGAAATCATAGCCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_magnaocularis                 GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TTAACCTACACCAGGTAAAGGAGCCGATATCAGGCACAAATCCTGCCCACAACATCTAGTCCCACCACGCCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGTATATAAGCGAAAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAATATCGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCT-AGGGCTCAAGTTGATAATTATCGTCGTTAAGCGTGATTAAAGTTCACTAAACAAT-AGGGTTAAATTAACACTTAGTAGTCCTATGCTTGTTGTTAAGAAATACACAAACGAAAGTTACCCTATCTTGAATACACGACAGTTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCATTATGCCTAACCGTAAACAATCAATTCACACCTATCAGCGCCAGGGGATTACGAGCATTGCTTAATACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCCTGATCTATAATCAATGATCCCCGAGACACCCGACCAGTTTTAGCTTATCAGTCTGTAAACGTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCCCAAGGAC-TCTACACCC-GTCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAA-AAATGGGAAGTAATTGGCTACAATTTCTAAGTTAGAACAAACGAAAGGTTATGTGAAACCATAACCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_sp_Papagayo                   GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TTAACCTGTACCAGGCAAAGGAGCTGATATCAGGCACAAATCCTGCCCACAACATCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGTACATAAGCGAAAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAATATCGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCT-AAGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-ACTAGAAAT--AGGATTAAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGTTAGGGAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAACCGTAAACAATTAATTTACACCTATCAGCGCCCGGGGATTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGATACACCCGACCATTTTTAGCTAATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCTCAAGGAT-TCAACACCC-ATCAATACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGTAATTGGCTACAATTTCTAACTTAGAACAAACGAAAGGTTATGTGAAATCATAACCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_sp1_Michoacan                 GTCTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TCAATCTACACCAGATAAAGGAGCTGATATCAGGCACAAATCCTGCCCACAACATCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGTTCATAAGCGTAAGCTTGATCCAGTTAAAGAGAAGAGGGCCGGCTAATATCGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCC-AAGGCTCAAGTTGACAATCGTCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-ACTTAAAATT-AGGATTAAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAGACACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGCTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAGCCGTAAACAATTAATTTACACATATCAGCGCCAGGGAATTACGAGCGATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCGACCATTTTTAGCTCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCTCAATGAT-AAAACACCC-ATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAAAAATGGGAAGTAATTGGCTACAATTTCTAACTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATGGCCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_sp_Aguaje                     GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TTAACCTACACCAGGCAAAGGAGCCGATATCAGGCACAAATCCTGCCCACAACATCTAGTCCCACCACGCCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGTATATAAGCGAAAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAATATCGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCT-AGGGCTCAAGTTGATAATTATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-ACTAAACAAT-AGGGTTAAATTAACACTTAGTAGTCCTATGCTTGTTGTTAAGAAATACACAAACGAAAGTTACCCTATCTTGAATACACGACAGTTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCATTATGCCTAACCGTAAACAATTAATTCACACCTATCAGCGCCAGGGGATTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCAACCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCGACCATTTTTAGCTTATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCCCAAGGAC-TCAACACCC-GTCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGTAATTGGCTACAATTTCTAATTTAGAACAAACGAAAGGTTATGTGAAACCATAACCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
		Rana_brownorum                     GTTTCTCAACTTACACATGCAAGTCTCAGCAGACCAGTGAGGACGCCCTT-TAAACCTACACCAGGTAAAGGAGCCGATATCAGGCGCAAATCCAGCCCACGACATCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGATTAATTTTGTATATAAGCGCAAGCTTGATTCAGTTAGAGAAAAGAGGGCCGGCTAACATTGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCT-AGGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-ACTAAAAAAT-AGGATTAAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAATACACAAACGAAAGTTATCCTATCTTGAATACACGACAGTTAGGGAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAACCGTAAACAATTAATTTACACCTATTAGCGCCAGGGAACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCCACCATTTCTAGCTAATCAGTCTTGTTACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCTTAATGATCTCAACACCC-ATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCATCTTTAGAAATGGGAAGCAATTGGCTACAATTTCTAATTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAACCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
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		Rana_yavapaiensis                  GTTTCTTAATTTACACATGCAAGTCTCAGCAAACCAGTGAGGACGCCCTT-TTAACCTACACCAGGTAAAGGAGCCGGTATCAGGCACAAATCCTGCCCACAACATCTAGTCCCACCACACCCCCAAGGGTAATCAGCAGTGACTAATTTTGTATATAAGCGAAAGCTTGATTCAGTTAAAGAAAAGAGGGCCGGCTAATATCGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCCT-AAGGCTCAAGTTGATAATCATCGGCGTTAAGCGTGATTAAAGTT-ACTAAAAAATTAGGATTAAATTAACACTTAGTAGTTTTATGCTTGTTGTTAAGAAATACACAAACGAAAGTTATCCTAACTTGAATACACGACAGTTAGGAAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCCTAACCGTAAACAATTAATTTACACCCATCAGCGCCAGGGAATTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCGACCATTTTTAGCTCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCCCAATGAC---AACATCC-GTCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCAATTGGCTACAATTTCTAACTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAACCATAACCACGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGAT
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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 815 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;