NEXUS
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[Matrix accession#: M3957]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3957;
	DIMENSIONS  NTAX=7;
	TAXLABELS
		Rana_pipiens	Rana_sp_Aguaje	Rana_yavapaiensis	Rana_onca	Rana_berlandieri	Rana_blairi	Rana_chiricahuensis
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3957;
	DIMENSIONS NCHAR=956;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Rana_pipiens              AATTTATATACATATTAAGTACCCCATATTATATTTTCCATAGTACTATTTAATGAATATACTATCTATGTATAATAATCATTGGTTTAATTTATATACATATTAAGTACCCCATATTATATTTTCCATAGTACTATTTAATGAATATACTATCTATGTATAATAATCATTGGTTTAATTTATATACATACTAAGTACCCCATAT--TATACTTTCCATAGTACTATATAATATATCAA--CTACTTATGTCAAATAAACATTCATAAACTTTTGAT-TAGATCTTAAGATACCCATTTCAATATATAGACTTGTACTGTAAATCTAACAGTTAATTATTCATTACCAATTTATAATCTAATTTTACATAACTAA-TGTATTAGTACATATATGTATTATAAACATTATATTACACACATCTAGCTTACCTCTATCAATAAAAATGTAGTACTATAATTGCGTGATCGGGCCAGAATTGAATGGACTAAGACTATGAATCCACCTCAGGCATATCATGACTACTTGATAGGACCTTCGCTTGTTATTCCTAATGCTTACCTCATTCCTAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAAATTGCTCAATCCTGCCAATAAAATGTAATGTTTAACCTC-ATAACAATAAGTTTTACACCTTTAGACTCAAATCACACATTTACCCCTTTACTGAATGTTTCATTCATACAGTCAAGATAAGACCTTATCTTGCATTAGATCACGGATATCATTTCAACTAGCTT-CCTCAACCCTCTACCATGGTCTATCTCATAAAAACATAACACGATTAATTGCAAAAACATTTAAATTAAACATGAATCTGTCAAATGACAACAGTGCATAATAGTACATGACGCCTATATATCAGCTCTATCTTACGTCGAC--TCAACCCTTGGACCGGTCCTAGGTCGTCTGCCCATCTTCTATTGGACCACAAT
		Rana_sp_Aguaje            AGAATAAACTCCTAAAAATTAATCATTAATATTCTTTCTATAGTACAATAAATTAAA-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAACTTATATACATATTAAGTTCCTCATAATATTCTTTCTATAGTACAATAAATTAAA-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAACTTATATACATATTAAGTTCCTCATAA--TATTCTTTCTATACTATAATCTTATGCATAAA-TCTAAATATGTATAATAAACATTCATAATATAGTTGATTAGATCTTAAGATACTCATCTTCATATCTTCACCCCTATTGTTAA-CTAACA--TAAACTATGGTTTAACCAATGCACTTAAGATTTAC-TATATAA-TGTATTAATACATATATGTATAATAAACATTAAATTATATACATCTAGCTTATCTTAATCAATAAACATGCAGTACTATAATCGTAAAATCTTACCAGAAATGGATTAACTCAGTTTATGAATG-ATTAATCTCATATTATGACTACTTGATTGGACCTTCGCTTGTTATTCAAAATGGATATCCATACTCTAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAACTTTCTCAATCCTGCCAATAAAGTGTAATGTTTAACCTCTATAATGATATATCTTACACCTTTAAACTTACATCACACATTTACCCCCCTATTGTATGTTTCATTCATAGAATCAAGATAAGACCTTCCCTTGCGTTAGATCACGCAGATCATTCCACCTATCTT-CCTTAAACCACTACCAGGGTCTATCTCATAAAAACACCAACTGTTTAATTGCAATGTATTTTTTCTTCAACAGGAATATGCCATAACTATATCCTG-GCAGCAATACATGACGCTTATGCATAAGCCCTATCGTACCCCCACCATCCATCCATGGTCCAGGCCTGGGAAGCTGGTTCATCTTCTACGGGGCATCGAT
		Rana_yavapaiensis         AACTTATATACATATTAAGTCCCCCATACTATTCTTTCTATAGTACAATTAATGAAG-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAACTTATATACATATTAAGTCCCCCATACTATTCTTTCTATAGTACAATTAATGAAG-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAACTTATATACATATTAAGTCCCCCATAC--TATTCTTTCTATACTATTATCTAATGCATATA-TCTAAATATGTATAATTAACATTCATAATATAGTTGATTAGATCTTAAGATACCCATCTCAATATCTACACTTATACTGTTAA-CTAACA--TAAACTATAGCTTAACCATTACACTTAAGACTTAC-TATATTA-TGTATTACTACATATATGTATAATAAACATTAAACTATTTACACCTAGCTTACCTTAATCAATAAACATGCAGTTCTATAATCGTAAAATCTTACCAAAAATGAATTAACTAAGTTTATGAATG-ACTTATCCCATACTATGTCTACTTGATCGGACCTTCGCTTGTCTTTCAAAATGGATATCCACTCCCTAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAAATTCCTCAATCCTACCAATAAAATGTAATGTTCAACCTCTATAATGACATATCTTACACCTTTAAACTTACATCACACATTTACCACCCTATTGTATGTTTCATTCATAAAATCAAGATAAGACCTTCCCTTGCATTAGATCACGCAGATCATTTCAACTATCTT-CCTTAAACCATTACCATGGTCTATCTCATAAAAACATAAATTGCTTAATTGCAATGTATTATACATACAACAGGAATATGTCATACCTACATCCTG-ACAGCAATACATGACGCCTATACATAAGCCCTATCGTACCCCCATCATCCATCCATGGTCCAGGCCTAGGGAGCTGGTTCATCTTCTACTGGACCACCAT
		Rana_onca                 ???????????????????????????????????????????????????ATGAAG-GTACTGTGTATGTATAATAATCATTAGTTTAATTTATATACATATTAAGTCCCCCATATTATTCTTTCTATAGTACAATTAATGAAG-GTACTGTGTATGTATAATAATCATTAGTTTAATTTATATACATATTAAGTCCCCCATAT--TATTCTTTCTATACTACCGTCTAATGCATATA-TCTAAATATGTATAATAAACATTCATAATATAGTTGATTAGATCTTAAGATACCCATCTTAATATCTACACTTATACTGTTAA-CTAACA--TAAACTATAGCTTAACCATTACACTTAAGACTTAC-TGTATTA-TGTATCATTACATACATGTATAATAAACATTAAATTATTTACATCTAGCTTACCTTAATCAATAAACATGCAGTCCTATAATCGTAAAATCTTACCAAAAATGAATTAACTAAACTTATGAATG-ACTTATCCCATATTATGTCTACTTGATCGGACCTTCGCTTGTCTTTCAAAATGGATATCCACTCCCTAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAACTTCCTCAATCCTGCCAATAAAATGTAATGTTCAACCTCTATAATGATGTATCTTACACCTTTAAACTTACATCACACATTTACCCCCCTATTGCATGTTTCATTCATAAAATCAAGATAAGACCTTCTCTTGCATTAGATCACGCAGATCATTTCAACTATCTT-CCTTAAACCTCTACCATGGTCTATCTCATAAAAACATACATTGCTTAATTGCAATATATTATACTTATAACAGGAATCTGCCATACCTACATCCTG-ACAGCAATACATGACGCCTATACATAAGCCCTATCGTACCCCCGTCATCCATCCATGGTCCAGGCCTAGGAAGCTGGTTCATCTTCTACTGGGCCACGAT
		Rana_berlandieri          AACTTATATACATATTAAGTTCCCCATATTATTCTCTCTATAGTACAATTCAGCGCA-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAACTTATATACATATTAAGTTCCCCATATTATTCTCTCTATAGTACAATTCAGCGCA-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAACTTATATACATATTAAGTTCCCCATAT--TACTCCCTAGATAATATAATCTAATGCATAAAACTTAAATATGTATAATAAACATTCATA-TATATTTGATTAGATCTTAAGATACCCATCTTAATATCTACACTTATACTGTAAA-CTACCA--TAATAAATAGTTATACCATCAAATTTAAGACTTACATACATTAATGTATTAATACATATATGTATAATTAACATTTAACTATTTACATCTAGCTTACCTTAACCAATTAATATGCAGCACTATAATTGCATTACCTGACCAAAATTGAACTAACTATAACTATGAATG-ATTTATCCCATATTATGACTACTTGATTGGACCTTCGCTTGTTATTCAAAATGGATATCCTAGTCCCAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAATTTCCTCAATCCTGCCAATAAAATGTAACGCTCAACCTCTATAATGTAATATTTTACACCTTTAAACTTACATCACACATTTACCCCCCTATTGAATGTTTCATTCATAAAATCAAGATAAGACCTTATCTTGCATTAGATCACGCAGATCATTTCACCCATCTT-CCTTAACCCCCTACCATGGTCTATCTCATAAAAACATAAAATGTTTAGTTGCAAATTAATTTATATACAACATGAATAGGACATATCTAAGTCCTG-GCAGCAATACATAACGCCTACTCATCAACCCTATCGTACCCCCGTCATCCAGCCATGGACCAGGCCTAGGACGCTGGTTCATCTTCTATTGGGCCACGAT
		Rana_blairi               ???????????????????????????????????????????????????AACGCA-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAATTTATATACATATTAAGTTCCCCATATTATTCTCTCTACAGTACAATTTAACGCA-GTACTGTCTATGTATAATAATCATTAGTTTAATTTATATACATATTAAGTTCCCCATAT--CATTCCTTATATATAGTAATCTAATGCATAAA-CTTAAATATGTATAATAAACATTCATA-TATATTTGATTAGATCTTAAGATACCCATCTTAATATATTCACTTATACTGTAA--CTACCA--TAATAAATAGTTTTACCATTAAACTTAAGACTTACATACATTAATGCACTATTACATATATGTATAATCAACATTCAACTATATACACCTAGCTTACCTTAACCAATAAATATGCAGCACTATAACTGCATTACCTGACCAAAATTGAATTAACTATAACTATGAATG-ATTTATCCCATATTATGACTACTTGATTGGACCTTCGCTTGTTATTCAAAATGGATATCCTAGCCCCAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAACTTCCTCAATCCTACCAATAAAATGTAATGCTCAACCTCTATAATGTAATATTTTACACCTTTAAATTTACATCACACATTCACCACCCTACTGAATGTTTCATTCATAAAATCAAGATAAAACCTTATCTTGCATTAGATCACGCAGATCATTTCATCCATCTT-CCTTAACCCCCTACCATGGTCTATCTCATAAAAACACAAAATGTTTAATTGCAAAGTAATTTATATTCAACATGAATATGACATATCTAAGTCCTG-ACAGCAATACATAACGCCTACTCATCAACCCTATCGTACCCCCGTCATCCAGCCATGGACCAGGCCTAGGACGCTGGTTCATCTTCTATTGGGCCACGAT
		Rana_chiricahuensis       ?????ATATACATATTAAGTACCCCATATTATGCTTTCTATAGTACAATTTAACATACA------CTATGTATAATAATCATTGGTTTAATTTATATACATATTAAGTACCCCATATTATGCTTTCTATAGTACAATTTAACATACA------CTATGTATAATAATCATTGGTTTAATTTATATACATATTAAGTACCCCATATACTGAAACTCCAATATAAATATGTATTA----AT--CTATTTATGTCTAATAAACATTCATAAACTTTTTGTCTAGATCTTAAGTCACCCATTTCAATATCTAGATATAACCTGTAAATTTAACAGT-AATAATCAATTCCCACATTCATATTAAATCCAATGTAAATA--TGCATTAGTACTTACATGTATAATAAACATTAAATTATTAACACCTAGCTTACCTTTACCAATAAAAATGCAGTTCTATAATTGTGTAACTTGACCAAAATTGAATTAACTAAGTTTATGAATGGGTACCGCTCATATCATGACTACTTGATAGGACCTTCGCTTGTTATTCCCAATGCTTACCTCATTCCTAAGTGAGTCCAACTGGATCTTCCAATCTACTCAATCCTGCCAATAAAATGTAACGCTCAACCTCTATAATGATAGATATTACACCTTTAAATTTACATCACACATTTACCCCTTCCATGAATGTTTCATTCATAATATCAAGATAAGACTTTATCTTGCATTAGATCACGCAGACTATTTCAACTAACTT-CCTTAATGCTCTATCATGGTCTATCTCACAAAAACATAACATGATTTATTGCAAAGAAATTTAATTAAAACATGAATATGCCATATGTCAATAGTGCGTTATAGTCCATGACGCCTATATATCAGCTCTATCTTACGTCGAC--TCAAACTTTGGACCAGGACTAGGTCGTCTGCTCATCTTCTATTGGGCCACGAT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 956 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;