#NEXUS
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	Homonota_whitii_LJAMMCNP_14387          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BEGIN TREES;
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[27] 		n27 Homonota_williamsii_LJAMMCNP_4467,
[28] 		n28 Homonota_williamsii_LJAMMCNP_6517;
	TREE tree_1 = (((n8:0.006097756664392295,n9:0.0006533513718816005):0.08088147167743234,(n12:0.08984497389592246,(((((n1:0.0005922503731870885,n0:0.00012966467641994546):0.011423347288380658,(n26:0.001310962039670277,n25:0.0013894053785976064):0.009402781217399183):0.018771806363834204,((n5:0.0010668055889825707,n4:0.0005376550507963471):0.013571921577328276,(n27:0.000977237390535285,n28:0.0015004180297201815):0.013267513377252547):0.014787154363326015):0.01769016509460006,((n23:0.0022757702164396317,n24:0.00048052466969686174):0.01966819617292143,(((n20:0.0010695934898917081,n19:0.00025593043490133974):0.010998714430890597,(n16:0.0007663538365811074,n15:0.00000098877627670047):0.018056851030726614):0.009284880837369978,(n3:0.0004939395574124614,n2:0.0006454124603934536):0.012607469122165456):0.007132700767453868):0.01931231469932587):0.006256483447747607,((n21:0.0005397657374626241,n22:0.002375232196258054):0.02529731376881845,((n7:0.002078952179148403,n6:0.0014165475609102351):0.01568601082628188,(n18:0.0009008863851911901,n17:0.0006106915986520435):0.023232321463881746):0.013083860875120347):0.012132546495477778):0.060114772020639855):0.013777151227373823):0.006831791073190499,((n10:0.0021845507655107077,n11:0.001996729990749797):0.1125818077031164,(n14:0.04448764650006802,n13:0.024772260724270388):0.044313625168293486):0.006831791073190499);

END;


Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1494049808138;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 8878856339626533287;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 527111927854963972;
			mqVersion 320;
			checksumv 0 3 479600637 null  getNumChars 8857 numChars 8857 getNumTaxa 29 numTaxa 29   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 4246336.0 sumSquares -2.444193589766505E20 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 100;
			setPopoutState 300;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1028 840;
			setLocation 132 27;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #8878856339626533287 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #8878856339626533287;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 928 768;
					setLocation 132 27;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #8878856339626533287  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					setTreeBlockID 015b65f332207;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 1755.1492064134665.8993770095421186025;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 928 768;
					setLocation 132 27;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindow.reroot;
					endTell;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
							setFixedTaxonDistance 0;
						endTell;
						setEdgeWidth 4;
						showEdgeLines on;
						orientUp;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition off;
						toggleColorAssigned on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					togglePrintName on;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred off;
					toggleHorizontal on;
					toggleWhiteEdges on;
					toggleShowOnTerminals on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
					toggleShowOnTerminals on;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
			makeTreeWindow #8878856339626533287  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 2;
					setTreeBlockID 015b66a26c3824;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 3682.1492075580345.3719306949223632054;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 928 768;
					setLocation 132 27;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
							setFixedTaxonDistance 0;
						endTell;
						setEdgeWidth 4;
						showEdgeLines on;
						orientUp;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition off;
						toggleColorAssigned on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					togglePrintName on;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred off;
					toggleHorizontal on;
					toggleWhiteEdges on;
					toggleShowOnTerminals on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
					toggleShowOnTerminals on;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #527111927854963972 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 928 768;
					setLocation 132 27;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					toggleShowPaleExcluded off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AlterData.AlterData;
				tell It;
					toggleBySubmenus off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;