NEXUS
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[Matrix accession#: M4005]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4005;
	DIMENSIONS  NTAX=10;
	TAXLABELS
		Platylophus_trifoliatus	Hooglandia_ignambensis	Spiraeanthemum_ellipticum	Spiraeanthemum_brongniartianum	Spiraeanthemum_pubescens	Spiraeanthemum_collinum	Spiraeanthemum_pedunculatum	Spiraeanthemum_densiflorum	Spiraeanthemum_macgillivrayi	Brunellia_mexicana
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4005;
	DIMENSIONS NCHAR=650;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Platylophus_trifoliatus              ???????TGaTATACCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAAAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCCGCCAGTGAAGGTAATTCAAGATAAGAAATTGGCTCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCTGCATTGAGATCTCCTCATGGGTGTCATGCACAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCATCTCTTGTGATGTCTGTGACAATCAATGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGAAAATTGTGGGGCTTAGTAGTTTGCCATCACACAACCCCTAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGTGAGTTCTTAATCCAAGTATTCGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTATGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCTCCTGTAGGAATTATTACTCAATCACCCAGTGTAATGGATCTTGTTAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGGAAGAAATTTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTCTTGAATACCACAGTGCAAGTACTGGCTTAAGTACTGATAGCCT-AG
		Hooglandia_ignambensis               ???????????????????????????????????????????????????GTTAGGATGATATGTGATTGTTTTACCCCGCCGGTGAAGGTAATTCAAGATAAGAAATTGGCTCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCGCATTGAGATCTCCTCATGGGTGTCATGCACAATATATGGCAAATATGGGCTCAACTGCATCTCTTGTGATGTCTGTGACAATCAATGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGAAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCTAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGTGAGTTCTTAATCCAAGTATTCGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGATCCTTAGAGATGCTCCTGTAGGAATTATTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTTAAGTGTGATGGAGCGGCACTTTATTACAGAGAGAAAATTTGGCTGTTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCCGAATGGCTTCTTGAATACCACAGTGGAAGTACAGGCTTAAGTACTGATAGCCTTAG
		Spiraeanthemum_ellipticum            CAGCTACTGATATACCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGATCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCACATTGAGATCCCCTCATGGGTGTCATGTGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCCAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGCGAGTTCTTAATCCAAGTATTTGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCCCCTRTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTCTTGAATACCAC???????????????????????????????????
		Spiraeanthemum_brongniartianum       ???????TGATATACCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGATCAAYCATTAAGTCTTTGTGGATCCACATTGAGATCCCCTCATGGGTGTCATGTGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCCAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGCGAGTTCTTAATCCAAGTATTTGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCCCCTGTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTT???????????????????????????????????????????????
		Spiraeanthemum_pubescens             ?AGCTACTGATATACCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGATCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCACNTTGAGATCCCCTCATGGGTGTCATGTGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCCAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGCGAGTTCTTAATCCAAGTATTTGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCCCCTGTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACACATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTCT-GAATACCA????????????????????????????????????
		Spiraeanthemum_collinum              ????????????TTCCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGATCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCACATTGAGATCCCCTCATGGGTGTCATGTGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCCAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGCGAGTTCTTAATCCAAGTATTTGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCCCCTGTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTCT-GAA?????????????????????????????????????????
		Spiraeanthemum_pedunculatum          ?????????????ACCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGATCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCACATTGAGATCCCCTCATGGGTGTCATGTGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCTTCKCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGARGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGWAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCCAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGCGAGTTCTTAATCCAAGTATTTGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCCCCTRTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTRATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTTCTGAATA???????????????????????????????????????
		Spiraeanthemum_densiflorum           ??????????????CCTCAAGCTT-CAAGATTTCTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGATCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCACATTGAGATCCCCTCATGGGTGTCATGCGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCGTCTCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGAGGAGATSGATAGTGATCAGCARAAGGGAAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCTAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGTGAGTTCTTAATCCAAGTATTCGGTGTACAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCRAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTACTTAGAGATGCTCCTGTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTTAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATCTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTCT--GAA?????????????????????????????????????????
		Spiraeanthemum_macgillivrayi         ???????????????CTCAAGCTT-CAAGATT-CTCTTCATGAGAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCAGCCAGTTAAGATAATTCAAGATAAGAGATTGGGTCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCCACATTGAGATGCCCTCATGGGTGTCATGTGCAATATATGGCAAATATGGGCTCAATTGCGTCTCTTGTGATGTCTGTGACGATCAACGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGGAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGCCATCACACAAGCCCTAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGTGAGTTCTTAATCCAAGTGTTCGGTGTACAGATCAACAAGGAGGTGGAGTTGGCTGCTCAACGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTGCTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCTCCTGTAGGAATTGTTACTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTGCTACGGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTCTTGAATACCACGGTGCAAGTACAGGCTTAAGTACTGATAG-CT-A?
		Brunellia_mexicana                   ???????????????CTCAAGCT--CAAGATTTCTCTTCATGAAAAACAAGGTTAGGATGATATGTGATTGTTTTGCCCCACCAGTTAAGGTAATTCAAGATAATAGATTGACTCAGCCATTAAGTCTTTGTGGATCGGCATTGAGATCTCCTCATGGGTGTCATGCACAGTATATGGCAAATATGGGCTCAGTTGCATCTCTTGTGATGTCTGTGACAATCAATGAGGATGATGAGGAGATGGATAGTGATCAGCAAAAGGGAAGAAAATTGTGGGGCTTAGTGGTTTGTCATCACACAAGCCCTAGGTTTGTTCCATTTCCTTTGAGGTATGCCTGTGAGTTCTTAATCCAAGTATTCAGTGTGCAGATCAACAAGGAAGTGGAGTTGGCTGCTCAAGGAAGGGAGAAGCATATTTTGCGAATTCAAACTGTACTTTGTGACATGCTCCTTAGAGATGCTCCTATAGGAATTGTTGCTCAATCACCCAATGTAATGGATCTTGTTAAGTGTGATGGAGCTGCACTTTACTACAGAAAGAAAATTTGGCTGCTTGGGGTTACCCCTACAGAGGCACAAATTAAAGATATAGCTGAATGGCTTCTTGAATACCACAGTGCAAGTACAGGCTTA-GTACTGATAG-CT-A?
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 650 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;