#NEXUS
[written Wed Sep 27 16:24:40 CEST 2017 by Mesquite  version 3.31 (build 859) at jhackel-OptiPlex-9020/127.0.1.1]

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	Ehrharta_diplax                     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	Arundinaria_appalachiana            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	Ehrharta_erecta_MSV1625             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	Ehrharta_calycina                   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	Luziola_fluitans                    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	Luziola_peruviana                   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	Zizaniopsis_miliacea                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	Zizaniopsis_villanensis             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	Potamophila_parviflora              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	Oryza_longiglumis                   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	Oryza_ridleyi                       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	Oryza_meyeriana                     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	Oryza_malampuzhaensis               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	Oryza_punctata                      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	Oryza_latifolia                     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	Oryza_alta                          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	Oryza_officinalis                   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	Oryza_eichingeri                    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	Oryza_coarctata                     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	Oryza_glumipatula                   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	Leersia_tisserantii                 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	Oryza_glaberrima                    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	Maltebrunia_letestui                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	Leersia_oryzoides                   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catggtatccaagttgaaagggataagttgaacaagtatggtcgtcctttattgggatgtactattaaaccaaaattgggattatccgcaaaaaattatggtagagcatgttatgagtgtttacgtggtggacttgattttaccaaagatgatgaaaacgtaaactcacaaccatttatgcgttggagggaccgttttgtcttttgtgccgaagctatttataaatcacaggccgaaaccggtgaaattaaggggcattacttgaatgcgactgcaggtacatgcgaagaaatgattaaaagagctgtatttgcgagggaattaggggttcctattgtaatgcatgactacttaaccgggggattcaccgcaaatactagtttggctcattattgccgcgacaacggcctacttcttcacattcaccgagcaatgcatgcagttattgatagacagaaaaatcatggtatgcatttccgtgtattagctaaagcattgcgtatgtctgggggagatcatatccacgctggtacagtagtaggtaagttagaaggggaacgcgaaatgactttaggttttgttgatttattacgcgatgattttattgaaaaagatcgtgctcgcggtatctttttcactcaggactgggtatccatgccaggtgttataccggtagcttcagggggtattcatgtttggcatatgccagctctgaccgagatctttggagatgattctgtattacaatttggtggaggaactttaggacatccttggggtaatgcacctggtgcagcagctaatcgggtggctttagaagcctgtgtacaagctcgtaacgaagggcgcgatcttgctcgtgaaggtaatgaaattatccgagcagcttgcaaatggagtcctgaactagccgcagcttgtgaagtatggaaggcgatcaaattcgagttcgagccggtagataaactaga

;



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BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  5971;
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BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  5971;


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BEGIN MESQUITECHARMODELS;
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BEGIN TREES;
	Title 'MCC tree from BEAST2, older calibration';
	ID 015ec3b8deb02;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 Oryza_longistaminata_GB60B2014,
[1] 		2 Ehrharta_stipoides,
[2] 		3 Ehrharta_cf._stipoides_NOP90,
[3] 		4 Ehrharta_diplax,
[4] 		5 Zizania_latifolia,
[5] 		6 Triticum_monococcum,
[6] 		7 Zizania_aquatica,
[7] 		8 Brachyelytrum_erectum,
[8] 		9 Olyra_latifolia_Tanzania,
[9] 		10 Arundinaria_appalachiana,
[10] 		11 Ehrharta_erecta_MSV1625,
[11] 		12 Ehrharta_erecta,
[12] 		13 Ehrharta_calycina,
[13] 		14 Luziola_fluitans,
[14] 		15 Luziola_peruviana,
[15] 		16 Zizaniopsis_miliacea,
[16] 		17 Zizaniopsis_villanensis,
[17] 		18 Rhynchoryza_subulata,
[18] 		19 Prosphytochloa_prehensilis,
[19] 		20 Potamophila_parviflora,
[20] 		21 Chikusichloa_aquatica,
[21] 		22 Chikusichloa_mutica,
[22] 		23 Hygroryza_aristata,
[23] 		24 Oryza_longiglumis,
[24] 		25 Oryza_ridleyi,
[25] 		26 Oryza_brachyantha,
[26] 		27 Oryza_neocaledonica,
[27] 		28 Oryza_granulata,
[28] 		29 Oryza_meyeriana,
[29] 		30 Oryza_malampuzhaensis,
[30] 		31 Oryza_punctata,
[31] 		32 Oryza_latifolia,
[32] 		33 Oryza_alta,
[33] 		34 Oryza_officinalis,
[34] 		35 Oryza_rhizomatis,
[35] 		36 Oryza_eichingeri,
[36] 		37 Oryza_coarctata,
[37] 		38 Oryza_schlechteri,
[38] 		39 Oryza_glumipatula,
[39] 		40 Leersia_tisserantii,
[40] 		41 Oryza_australiensis,
[41] 		42 Oryza_rufipogon,
[42] 		43 Oryza_sativa_Japonica_Group,
[43] 		44 Oryza_sativa_Indica_Group,
[44] 		45 Oryza_glaberrima,
[45] 		46 Oryza_meridionalis,
[46] 		47 Oryza_nivara,
[47] 		48 Maltebrunia_letestui,
[48] 		49 Leersia_oryzoides,
[49] 		50 Leersia_japonica,
[50] 		51 Phyllorachis_sagittata_JMK246,
[51] 		52 Humbertochloa_bambusiuscula_MSV956,
[52] 		53 Humbertochloa_greenwayi_RCW1680,
[53] 		54 Leersia_hexandra_RGD197,
[54] 		55 Maltebrunia_leersioides_GES3926,
[55] 		56 Leersia_hexandra,
[56] 		57 Leersia_perrieri,
[57] 		58 Leersia_perrieri_HPB17323;
	TREE UNTITLED = (((6:37.85878444,8:37.85878444):13.79647607[%posteriorProbability = 1 ],(9:29.64957166,10:29.64957166):22.00568885[%posteriorProbability = 1 ]):22.10005313[%posteriorProbability = 1 ],(((3:6.91998446,(2:1.898296714,4:1.898296714):5.021687746[%posteriorProbability = 1 ]):22.64213443[%posteriorProbability = 1 ],(13:10.52524771,(11:2.224869967,12:2.224869967):8.300377682[%posteriorProbability = 1 ]):19.03687124[%posteriorProbability = 1 ]):38.40457499[%posteriorProbability = 1 ],((51:23.73020709,(52:5.93595469,53:5.93595469):17.79425251[%posteriorProbability = 1 ]):36.68710399[%posteriorProbability = 1 ],((((14:3.080355309,15:3.080355309):19.23501877[%posteriorProbability = 1 ],(16:11.03544021,17:11.03544021):11.27993387[%posteriorProbability = 1 ]):11.14698908[%posteriorProbability = 1 ],(23:31.52731263,((18:22.04599329,(5:8.656623088,7:8.656623088):13.3893702[%posteriorProbability = 1 ]):7.489599044[%posteriorProbability = 1 ],(20:22.20533369,(21:0.7256572247,22:0.7256572247):21.47967546[%posteriorProbability = 1 ]):7.330258645[%posteriorProbability = 1 ]):1.991720296[%posteriorProbability = 1 ]):1.935050525[%posteriorProbability = 1 ]):10.1081098[%posteriorProbability = 1 ],(19:35.22533722,(((48:5.055170078,55:5.055170078):12.34195624[%posteriorProbability = 1 ],((40:6.533692479,49:6.533692479):5.397397518[%posteriorProbability = 1 ],((57:1.209249139,58:1.209249139):1.312297523[%posteriorProbability = 1 ],(50:1.683833674,(54:0.9355938211,56:0.9355938211):0.748238869[%posteriorProbability = 1 ]):0.8377139717[%posteriorProbability = 1 ]):9.409543335[%posteriorProbability = 1 ]):5.466035247[%posteriorProbability = 1 ]):9.828272462[%posteriorProbability = 1 ],(((26:14.16482067,(24:2.339023709,25:2.339023709):11.82579696[%posteriorProbability = 1 ]):4.854612976[%posteriorProbability = 1 ],(27:8.75663656,(28:4.334723707,29:4.334723707):4.421912853[%posteriorProbability = 1 ]):10.26279709[%posteriorProbability = 1 ]):4.260750145[%posteriorProbability = 1 ],((37:4.891412124,38:4.891412124):12.07810161[%posteriorProbability = 1 ],(41:12.74888599,(((32:2.326161042,33:2.326161042):2.376122234[%posteriorProbability = 1 ],(34:2.633291334,(35:1.269084975,36:1.269084975):1.364206403[%posteriorProbability = 1 ]):2.068991942[%posteriorProbability = 1 ]):4.434777146[%posteriorProbability = 1 ],((30:2.136779517,31:2.136779517):5.004225411[%posteriorProbability = 1 ],(1:2.90976119,((46:0.899775438,47:0.899775438):1.346282907[%posteriorProbability = 1 ],((39:1.052658059,43:1.052658059):0.5981703252[%posteriorProbability = 1 ],(45:1.124768529,(42:0.6300102184,44:0.6300102184):0.4947583079[%posteriorProbability = 1 ]):0.5260598548[%posteriorProbability = 1 ]):0.595229961[%posteriorProbability = 1 ]):0.6637028828[%posteriorProbability = 1 ]):4.231243737[%posteriorProbability = 1 ]):1.996055495[%posteriorProbability = 1 ]):3.611825567[%posteriorProbability = 1 ]):4.22062774[%posteriorProbability = 1 ]):6.310670063[%posteriorProbability = 1 ]):3.945213795[%posteriorProbability = 1 ]):7.999939635[%posteriorProbability = 1 ]):8.345135733[%posteriorProbability = 1 ]):16.84683931[%posteriorProbability = 1 ]):7.549381614[%posteriorProbability = 1 ]):5.788619757[%posteriorProbability = 1 ]):0.0[%posteriorProbability = 1 ] [% ] [%  setBetweenDouble = posteriorProbability ];

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BEGIN TREES;
	Title 'MCC tree from BEAST2, younger calibration';
	ID 015ec3b934e24;
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[0] 		1 Oryza_longistaminata_GB60B2014,
[1] 		2 Ehrharta_stipoides,
[2] 		3 Ehrharta_cf._stipoides_NOP90,
[3] 		4 Ehrharta_diplax,
[4] 		5 Zizania_latifolia,
[5] 		6 Triticum_monococcum,
[6] 		7 Zizania_aquatica,
[7] 		8 Brachyelytrum_erectum,
[8] 		9 Olyra_latifolia_Tanzania,
[9] 		10 Arundinaria_appalachiana,
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[11] 		12 Ehrharta_erecta,
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[14] 		15 Luziola_peruviana,
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[16] 		17 Zizaniopsis_villanensis,
[17] 		18 Rhynchoryza_subulata,
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[19] 		20 Potamophila_parviflora,
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[25] 		26 Oryza_brachyantha,
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[27] 		28 Oryza_granulata,
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[36] 		37 Oryza_coarctata,
[37] 		38 Oryza_schlechteri,
[38] 		39 Oryza_glumipatula,
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[44] 		45 Oryza_glaberrima,
[45] 		46 Oryza_meridionalis,
[46] 		47 Oryza_nivara,
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[49] 		50 Leersia_japonica,
[50] 		51 Phyllorachis_sagittata_JMK246,
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[56] 		57 Leersia_perrieri,
[57] 		58 Leersia_perrieri_HPB17323;
	TREE UNTITLED = (((6:21.50722778,8:21.50722778):7.322745204[%posteriorProbability = 0.99972225 ],(9:16.64634524,10:16.64634524):12.18362772[%posteriorProbability = 0.99872236 ]):12.68751688[%posteriorProbability = 0.98411288 ],(((3:3.799889646,(2:1.055406734,4:1.055406734):2.744482912[%posteriorProbability = 1 ]):12.00703291[%posteriorProbability = 1 ],(13:5.827277973,(11:1.262778401,12:1.262778401):4.564499587[%posteriorProbability = 1 ]):9.979644567[%posteriorProbability = 1 ]):21.80879819[%posteriorProbability = 1 ],((51:12.36282895,(52:3.190032125,53:3.190032125):9.172796845[%posteriorProbability = 1 ]):20.73941249[%posteriorProbability = 1 ],((((14:1.659987247,15:1.659987247):10.32013592[%posteriorProbability = 1 ],(16:5.920623809,17:5.920623809):6.059499353[%posteriorProbability = 1 ]):6.50867217[%posteriorProbability = 1 ],(23:17.09829316,((18:12.4704409,(5:4.985054836,7:4.985054836):7.485386062[%posteriorProbability = 1 ]):4.027402814[%posteriorProbability = 1 ],(20:12.89868873,(21:0.378960412,22:0.378960412):12.51972832[%posteriorProbability = 1 ]):3.599154979[%posteriorProbability = 0.8064104 ]):0.6004494429[%posteriorProbability = 0.31868681 ]):1.390502177[%posteriorProbability = 0.27824686 ]):5.592263527[%posteriorProbability = 1 ],(19:19.69775952,(((48:2.820834529,55:2.820834529):6.87360375[%posteriorProbability = 1 ],((40:3.543811819,49:3.543811819):3.043516198[%posteriorProbability = 1 ],((57:0.5685723871,58:0.5685723871):0.8322439343[%posteriorProbability = 0.99994445 ],(50:0.8879567385,(54:0.5871814713,56:0.5871814713):0.3007752672[%posteriorProbability = 0.30018887 ]):0.5128595904[%posteriorProbability = 0.35862682 ]):5.18651168[%posteriorProbability = 1 ]):3.107110262[%posteriorProbability = 1 ]):5.467558682[%posteriorProbability = 1 ],(((26:7.954195261,(24:1.307327896,25:1.307327896):6.646867365[%posteriorProbability = 1 ]):2.699360043[%posteriorProbability = 0.99994445 ],(27:4.757851303,(28:2.355381101,29:2.355381101):2.402470201[%posteriorProbability = 1 ]):5.895704001[%posteriorProbability = 1 ]):2.370531768[%posteriorProbability = 1 ],((37:2.586205125,38:2.586205125):6.848488979[%posteriorProbability = 0.99994445 ],(41:7.074842166,(((32:1.280922383,33:1.280922383):1.310049772[%posteriorProbability = 0.99555605 ],(34:1.436755657,(35:0.6863776296,36:0.6863776296):0.7503780276[%posteriorProbability = 0.55904899 ]):1.154216498[%posteriorProbability = 0.99216754 ]):2.476034909[%posteriorProbability = 1 ],((30:1.187822849,31:1.187822849):2.785673469[%posteriorProbability = 1 ],(1:1.562186092,((46:0.4742541313,47:0.4742541313):0.7396842241[%posteriorProbability = 0.99972225 ],((39:0.5065720007,43:0.5065720007):0.377050411[%posteriorProbability = 0.27246973 ],(45:0.5630650036,(42:0.3612875268,44:0.3612875268):0.2017774768[%posteriorProbability = 0.26224864 ]):0.320557408[%posteriorProbability = 0.21803133 ]):0.3303159364[%posteriorProbability = 0.99644484 ]):0.3482477367[%posteriorProbability = 0.91284302 ]):2.411310226[%posteriorProbability = 1 ]):1.093510747[%posteriorProbability = 0.99738918 ]):2.007835102[%posteriorProbability = 1 ]):2.359851938[%posteriorProbability = 1 ]):3.589392968[%posteriorProbability = 1 ]):2.137909889[%posteriorProbability = 0.99905566 ]):4.535762616[%posteriorProbability = 1 ]):4.383299284[%posteriorProbability = 1 ]):9.021182597[%posteriorProbability = 1 ]):4.513479292[%posteriorProbability = 0.9995556 ]):3.901769117[%posteriorProbability = 1 ]):0.0[%posteriorProbability = 1 ] [% ] [%  setBetweenDouble = posteriorProbability ];

END;


Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1506522280278;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 1113593267743387226;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 5707615148908579661;
			mqVersion 331;
			checksumv 0 3 1226939036 null  getNumChars 5971 numChars 5971 getNumTaxa 58 numTaxa 58   short true   bits 3458764513820540943   states 15   sumSquaresStatesOnly 6608732.0 sumSquares -6.7169206858394905E22 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 100;
			setPopoutState 300;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 700 464;
			setLocation 632 275;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #1113593267743387226  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					setTreeBlockID 015ec3b8deb02;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 1278.1506522233859.7635712183218699279;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 600 392;
					setLocation 632 275;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
							setFixedTaxonDistance 0;
						endTell;
						setEdgeWidth 4;
						showEdgeLines on;
						orientUp;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition off;
						toggleColorAssigned on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					togglePrintName on;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					toggleShow consensusFrequency;
					toggleShow bootstrapFrequency;
					toggleShow posteriorProbability;
					toggleShow consensusFrequency;
					toggleShow posteriorProbability;
					toggleShow bootstrapFrequency;
					setDigits 4;
					setThreshold ?;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred off;
					toggleHorizontal on;
					toggleWhiteEdges on;
					toggleShowOnTerminals on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
					toggleShowOnTerminals on;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #5707615148908579661 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 600 392;
					setLocation 632 275;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					toggleShowPaleExcluded off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AlterData.AlterData;
				tell It;
					toggleBySubmenus off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 16 6 1 1;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;