NEXUS
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[Matrix accession#: M4184]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4184;
	DIMENSIONS  NTAX=12;
	TAXLABELS
		Fahrenholzia_pinnata	Fahrenholzia_reducta	Pediculus_humanus_capitis_23	Pediculus_humanus_capitis_25	Pediculus_humanus_capitis_3	Pediculus_humanus_capitis_20	Pediculus_humanus_humanus_1	Pediculus_humanus_humanus_3	Pediculus_schaeffi	Pthirus_pubis	Pthirus_gorillae	Pedicinus_badii
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4184;
	DIMENSIONS NCHAR=393;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Fahrenholzia_pinnata               CAGAACGTCGAAGGCAAAAGAATCCCATTTGGTTTCCGCAAAAGAACTCTTCCGCACTTCATCAAGGACGATTACGGCCCAGAGTCCAGAGGTTTCGTMGAAAATTCCTACCTGGCCGGTTTGACTCCTTCGGAATTCTTTTTCCACGCAATGGGGGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACCGCCGTCAAGACCGCCGAAACCGGCTACATTCAACGACGACTGATCAAAGCCATGGAGTCCGTCATGGTGCATTATGACGGCACCGTTCGTAATTCAGTGGGGCAGCTGATCCAGCTGCGGTACGGGGAGGACGGACTGTGCGGGGAAACCGTAGAATTTCAGACATTGCCTACCATTAAGTTGTCGAACAAAGCGTTTGAGAAACGTTTCCGG
		Fahrenholzia_reducta               CAGAACGTGGAAGGAAAGAGAATTCCTTTTGGCTTCCGCAAAAGGACTCTTCCGCACTTCATAAAAGATGATTACGGTCCAGAGTCTAGAGGTTTTGTCGAAAATTCGTACCTCGCCGGGTTGACCCCGTCCGAATTCTTCTTCCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGGCTGATCGATACCGCTGTGAAAACCGCTGAAACCGGGTACATCCAACGACGGTTGATCAAAGCTATGGAGTCCGTTATGGTGCACTACGACGGGACCGTTCGTAATTCAGTGGGGCAGTTAATTCAGCTGCGGTACGGGGAGGACGGTCTGTGCGGGGAAACCGTCGAATTTCAAACATTGCCCACCATTAAGTTGTCAAATAAGGCGTTTGAAAAACGTTTCCGA
		Pediculus_humanus_capitis_23       CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
		Pediculus_humanus_capitis_25       CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
		Pediculus_humanus_capitis_3        CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
		Pediculus_humanus_capitis_20       CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTCGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
		Pediculus_humanus_humanus_1        CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
		Pediculus_humanus_humanus_3        CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCARCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTTGGTCAGCTGATTCAGTTACGATAYGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACAATTAAATTGTCTAATAAAGCRTTTGAAAAACGTTTCCGC
		Pediculus_schaeffi                 CAAAATGTAGAAGGAAAACGAATACCGTTTGGTTTTAGAAAAAGAACTTTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCAGAATCTAGAGGTTTTGTGGAAAATTCGTATTTGGCTGGGTTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCAATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAACGAAGGTTAATAAAGGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTTGGTCAGCTGATTCAGTTACGATACGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAAACATTACCTACAATTAAATTGTCTAATAAAGCATTTGAGAAACGTTTCCGC
		Pthirus_pubis                      CAGAATGTTGAAGGAAAGCGAATTCCCTTTGGTTTTAGAAAAAGAACCTTACCACATTTTATAAAAGACGATTACGGTCCAGAATCTAGAGGCTTTGTTGAAAATTCATATTTGGCTGGATTAACACCTTCAGAATTTTTTTTCCACGCCATGGGTGGTCGTGAAGGTTTAATTGATACAGCTGTAAAAACTGCGGAAACCGGTTATATCCAACGTAGATTAATTAAAGCTATGGAGTCCGTCATGGTTCATTATGACGGAACTGTGCGTAATTCTGTAGGTCAGCTCATTCAATTGCGTTACGGAGAAGATGGTTTATGTGGAGAAACTGTCGAATTTCAAACGTTGCCCACTATTAAATTATCTAATAAATCTTTTGAAAAGCGTTTCCGC
		Pthirus_gorillae                   CAGAATGTTGAAGGAAAGCGAATTCCTTTTGGTTTTAGAAAAAGAACCTTACCACATTTTATAAAAGACGATTATGGTCCAGAATCTAGAGGCTTTGTTGAAAATTCATATTTGGCTGGATTAACACCTTCAGAATTTTTTTTCCACGCCATGGGTGGTCGTGAAGGTTTAATTGATACAGCTGTAAAAACTGCGGAAACCGGTTATATCCAACGTAGATTAATTAAAGCTATGGAGTCCGTCATGGTTCATTATGACGGAACTGTGCGTAATTCTGTAGGTCAGCTCATTCAATTGCGTTACGGAGAAGATGGTTTATGTGGAGAAACTGTCGAATTTCAAACGTTGCCCACTATTAAATTATCTAATAAATCTTTTGAAAAGCGTTTCCGC
		Pedicinus_badii                    CAAAACGTTGAAGGAAAGCGAATTCCTTTTGGATTTAGAAAAAGAACATTACCACATTTCATTAAGGATGATTATGGTCCCGAATCGAGGGGTTTTGTTGAAAATTCTTACTTGGCAGGATTGACTCCTTCTGAATTTTTCTTTCACGCTATGGGTGGGCGTGAAGGTTTAATTGATACCGCTGTGAAAACGGCCGAAACTGGATATATTCAACGTAGGCTAATCAAAGCCATGGAATCTGTTATGGTTCACTATGATGGAACTGTGCGAAATTCCGTGGGCCAGTTAATTCAGTTGCGCTACGGTGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAAACACTTCCAACTATTAAGCTGTCTAATAAAGCTTTTGAAAAACGTTTCCGG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 393 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;