NEXUS
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[Matrix accession#: M4189]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4189;
	DIMENSIONS  NTAX=12;
	TAXLABELS
		Fahrenholzia_pinnata	Fahrenholzia_reducta	Pediculus_humanus_capitis_23	Pediculus_humanus_capitis_25	Pediculus_humanus_capitis_3	Pediculus_humanus_capitis_20	Pediculus_humanus_humanus_1	Pediculus_humanus_humanus_3	Pediculus_schaeffi	Pthirus_pubis	Pthirus_gorillae	Pedicinus_badii
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4189;
	DIMENSIONS NCHAR=699;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Fahrenholzia_pinnata               ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Fahrenholzia_reducta               ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Pediculus_humanus_capitis_23       TTGTTTCTTTCAATTCAGATTTTAAGAGGCCTTTTTCTAGCTTCTCATTATGAGGCTTCTACTAATTCGTTTTGAAGT---GTAATTTTAATTGATTTTGATGTAAATAGAGGATGATTGATTCGTAGTTTTCATGCTAATGGCGCTTCTTTTTTCTTTATTCTTGTTTACGTTCATATTTGGCGTGGCTTATGATTTGGTTGTTTTACGCAAAAATATGTTTGATTTTCAGGAATTTCTATTCTTTTTCTTATGATAGCAGCAGCTTTTATGGGGTATGTTCTACCTTGAGGTCAAATGTCTTTTTGAGGGGCGACTGTAATTACTAATCTTTTAAGTGCTATTCCTATTGTTGGAGGAGATTTGGTTATTTGAGTGTGAGGAGGGTTTTCAGTTAGACATCCTACTTTAGAGCGATTGTTTACCCTTCACTTTCTTTTACCGTTTATCTTGTTGGGATTTGTTATAGCTCACATTATTCTTCTTCATCAACACGGCTCTAGAAATCCTTTGGGGTTGGAGCTGGATAGTGATAAGGTTTATTTTTATCCTTATTTTTATCTAAAAGATATTTTAGGAGTTTTTGTGTGTTTGTTTTTATTTGTTTTGGTCTGCATTTATTCGCCGGACTTCTTTATGGACCCGGATAATTTTGTTGAATCAAACCCTATAATTACGCCTCCACACATTCAGCCAGAG
		Pediculus_humanus_capitis_25       TTGTTTCTTTCAATTCAGATTTTAAGAGGCCTTTTTCTAGCTTCTCATTATGAGGCTTCTACTAATTCGTTTTGAAGT---GTAATTTTAATTGATTTTGATGTAAATAGAGGATGATTGATTCGTAGTTTTCATGCTAATGGCGCTTCTTTTTTCTTTATTCTTGTTTACGTTCATATTTGGCGTGGCTTATGATTTGGTTGTTTTACGCAAAAATATGTTTGATTTTCAGGAATTTCTATTCTTTTTCTTATGATAGCAGCAGCTTTTATGGGGTATGTTCTACCTTGAGGTCAAATGTCTTTTTGAGGGGCGACTGTAATTACTAATCTTTTAAGTGCTATTCCTATTGTTGGAGGAGATTTGGTTATTTGAGTGTGAGGAGGGTTTTCAGTTAGACATCCTACTTTAGAGCGATTGTTTACCCTTCACTTTCTTTTACCGTTTATCTTATTGGGATTTGTTATAGCTCACATTATTCTTCTTCATCAACACGGCTCTAGAAATCCTTTGGGGTTGGAGCTGGATAGTGATAAGGTTTATTTTTATCCTTATTTTTATCTAAAAGATATTTTAGGAGTTTTTGTGTGTTTGTTTTTATTTGTTTTGGTCTGCATTTATTCACCGGACTTCTTTATGGACCCGGATAATTTTGTTGAATCAAACCCTATAATTACGCCTCCACACATTCAGCCAGAG
		Pediculus_humanus_capitis_3        TTGTTTCTTTCAATTCAGATTTTAAGAGGTCTTTTTCTGGCTTCTCATTATGAGGCTTCTACTAATTCGTTTTGAAGT---GTTATTTTAATTGATTTTGATGTAAATAGAGGGTGGTTGATTCGTAGTTTTCATGCTAACGGCGCTTCTTTTTTCTTCATTCTTGTCTACGTTCATATTTGGCGTGGTTTATGATTTGGTTGTTTTACACAAAAATATGTTTGATTTTCAGGAATTTCTATTCTTCTTCTTATAATAGCAGCAGCTTTTATGGGGTATGTTCTTCCTTGAGGTCAAATATCTTTTTGAGGAGCGACTGTAATTACTAATCTTTTAAGTGCTATTCCTATTGTTGGAAGAGATTTGGTTATTTGAGTGTGAGGAGGGTTTTCAGTTAGACATCCTACTTTAGAGCGGTTGTTTACTCTTCACTTTCTTTTACCGTTTGTCTTATTGGGGTTTGTTATAGCTCACATTATTCTCCTCCACCAACACGGTTCTAGAAATCCTTTAGGATTGGATTTGGATAGTGATAAAGTTTATTTTTATCCTTACTTTTATCTAAAAGATATTTTAGGAGGTTTTGTGTGTTTATTTTTATTTGTTTTGATTTGCATTTATTCGCCGGACTTCTTCATAGACCCGGATAATTTTGTTGAATCAAACCCGATAATTACACCTCCACACATCCAACCAGAG
		Pediculus_humanus_capitis_20       CTTGTTTCTTTCAATTCAGATTTAAGAGGTCTTTTTCTGGCTTCTCATTATGAGGCTTCTACTAATTCGTTTTGAAGT---GTTATTTTAATTGATTTTGATGTAAATAGAGGGTGGTTGATTCGTAGTTTTCATGCTAACGGCGCTTCTTTTTTCTTCATTCTTGTCTACGTTCATATTTGGCGTGGTTTATGATTTGGTTGTTTTACACAAAAATATGTTTGATTTTCAGGAATTTCTATTCTTCTTCTTATAATAGCAGCAGCTTTTATGGGGTATGTTCTTCCTTGAGGTCAAATATCTTTTTGAGGAGCGACTGTAATTACTAATCTTTTAAGTGCTATTCCTATTGTTGGAAGAGATTTGGTTATTTGAGTGTGAGGAGGGTTTTCAGTTAGACATCCTACTTTAGAGCGGTTGTTTACTCTTCACTTTCTTTTACCGTTTGTCTTATTGGGGTTTGTTATAGCTCACATTATTCTCCTCCACCAACACGGTTCTAGAAATCCTTTAGGATTGGATTTGGATAGTGATAAAGTTTATTTTTATCCTTACTTTTATCTAAAAGATATTTTAGGAGGTTTTGTGTGTTTATTTTTATTTGTTTTGATTTGCATTTATTCGCCGGACTTCTTCATAGACCCGGATAATTTTGTTGAATCAAACCCGATAATTACACCTCCACACATCCAACCAGAG
		Pediculus_humanus_humanus_1        -------------------------GAGGTCTTTTTCTGGCTTCTCATTATGAGGCTTCTACTAATTCGTTTTGAAGT---GTTATTTTAATTGATTTTGATGTAAATAGAGGGTGGTTGATTCGTAGTTTTCATGCTAACGGCGCTTCTTTTTTCTTCATTCTTGTCTACGTTCATATTTGGCGTGGTTTATGATTTGGTTGTTTTACACAAAAATATGTTTGATTTTCAGGAATTTCTATTCTTCTTCTTATAATAGCAGCAGCTTTTATGGGGTATGTTCTTCCTTGAGGTCAAATATCTTTTTGAGGAGCGACTGTAATTACTAATCTTTTAAGTGCTATTCCTATTGTTGGAAGAGATTTGGTTATTTGAGTGTGAGGAGGGTTTTCAGTTAGACATCCTACTTTAGAGCGGCTGTTTACTCTTCACTTTCTTTTACCGTTTGTCTTATTGGGATTTGTTATAGCTCACATTATTCTCCTCCACCAACACGGTTCTAGAAATCCTTTAGGATTGGATTTGGATAGTGATAAAGTTTATTTTTATCCTTACTTTTATCTAAAAGATATTTTAGGAGGTTTTGTGTGTTTATTTTTATTTGTTTTGATTTGCATTTATTCGCCGGACTTCTTCATGGACCCGGATAATTTTGTTGAATCAAACCCAATAATTACACCTCCACACATTCAACCAGAG
		Pediculus_humanus_humanus_3        TTGTTTCTTTCAATTCAGATTTTAAGAGGTCTTTTTCTGGCTTCTCATTATGAGGCTTCTACTAATTCGTTTTGAAGT---GTTATTTTAATTGATTTTGATGTAAATAGAGGGTGGTTGATTCGTAGTTTTCATGCTAACGGCGCTTCTTTTTTCTTCATTCTTGTCTACGTTCATATTTGGCGTGGTTTATGATTTGGTTGTTTTACACAAAAATATGTTTGATTTTCAGGAATTTCTATTCTTCTTCTTATAATAGCAGCAGCTTTTATGGGGTATGTTCTTCCTTGAGGTCAAATATCTTTTTGAGGAGCGACTGTAATTACTAATCTTTTAAGTGCTATTCCTATTGTTGGAAGAGATTTGGTTATTTGAGTGTGAGGAGGGTTTTCAGTTAGACATCCTACTTTAGAGCGGCTGTTTACTCTTCACTTTCTTTTACCGTTTGTCTTATTGGGGTTTGTTATAGCTCACATTATTCTCCTCCACCAACACGGTTCTAGAAATCCTTTAGGATTGGATTTGGATAGTGATAAAGTTTATTTTTATCCTTACTTTTATCTAAAAGATATTTTAGGAGGTTTTGTGTGTTTATTTTTATTTGTTTTGATTTGCATTTATTCGCCGGACTTCTTCATGGACCCGGATAATTTTGTTGAATCAAACCCGATAATTACACCTCCACACATCCAACCAGAG
		Pediculus_schaeffi                 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGAGGTCAAATATCGTTTTGAGGAGCAACTGTAATTACTAATCTTCTTAGTGCCCTTCCTTTAGTGGGAAGAGATTTGGTAGTTTGAGTTTGAGGAGGCTTTTCTGTAAGTCACCCTACTTTAGAGCGGCTCTTTACACTTCATTTTATTCTTCCCTTTATCCTAGCAATTTTTGTAATAATTCATATCATTTTTTTACATCAAGAAGGTTCTAGAAATCCTTTGGGGTTAGATTTAAATAGAGACAAAATTTATTTTTATCCTTATTTTTATCTTAAAGATATTTTAGGTGCATTTGTTTGTTTATTTTCATTTTCTGTAATCTGTATCAGTTCTCCTGATTTTTTTATAGATCCAGACAATTTTATCGAATGTAACCCTATAGTTACTCCACCTCATATCCAGCCAGAA
		Pthirus_pubis                      TGTTTTTTAGTTGTTCAAGTGTTTACTGGATTTTTGTTGTCTACTCATTATGAGGCTTCTTTGTCTTCATTTGAAAGG---GTGCTCTTAATCGAGTTTGATGCTTTAGAAGGGTGATTAGTTCGTAGCTTACATGCTAACGGAGCTTCTTGATTTTTTATTCTGGCTTATTTCCATATTTGACGCAGTCTCTGGTTTGGTTGTTTCTCTCAAAAGCTCGTTTGAGTGTCAGGTATCCTAATTTTATTGCTTATAATGGCTATCTCTTTTTTGGGCTATGTCCTTCCTTGGGGGCAGATGTCGTTTTGAGGGGCTACTGTCATCACAAATCTTTTCAGGGCTCTACCTTTTGTAGGCTCAGAGTTGGTTACCTGGATTTGAGGTGGATTCTCAGTGGGGTCGCCCACGCTAGAGCGATTTTTTAGTTTCCATTTTATGCTAAGAATGGTTTTGCTGTGCTTTGTTATTTTCCACATTACTTTTCTTCATGAGAATGGCTCTAGAAACCCTTTAGGGTTGGATCTACAATCAGACAAGGTGTATTTTTATCCTTACTTTATGCTTAAGGATTTGCTTGGAGGCTTAGTTGCGATGACTATCTACTTCTCTCTAAGGCTTTATTCGCCTGACCTATTTATGGATCCTGATAATTTTATAGAGGCTAACCCTTTAGTGACTCCTCCGCATATCCAGCCAGAG
		Pthirus_gorillae                   ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Pedicinus_badii                    ATATTTTTGATAATTCAAATTTTTTCTGGGTTTCTATTAGCTACTCATTATGAATCTTCTTTAGAATTGGCTTTTAGGAGGGTTCTAACATTAGACCGTGATGTTTCTTGAGGGTGGTTGTTCCGAAGAGTTCACGCTAATGGGGCTTCCTGATTTTTTATTTTGCTATATCTACACATTTTTCGTGGATTGTGGTTTTCGTCTTTTAGTCAGCCTTTTGTTTGGTTGACAGGATTTATAATTTATGTCGTGAGAATAGCAACAGCTTTTATGGGCTATGTTCTTCCGTGGGGTCAAATGTCTTTTTGGGGTGCAACAGTAATTACAAATTTATTAAGAGCTATTCCTGTTGTTGGGCAAACTTTAGTGATTTGAGTTTGAGGTGGATTTTCTGTTGCAAATCCAACACTTTTACGATTTTTTTCTGTCCACTTTATTCTTCCATTTGTAATTTTTGTTATGGTGGTAGCTCATCTTTTATTTCTCCATGTCAACGGAAGGTCCAATCCTTTAGGATTAGATCCTCAGTCTGGAAAAGTGTATTTTTATCCATATTTTTTTTTAAAAGATTTATTGGGTATGATGGTTGTAATAGTTTTATTTGCTGAATTACTGGTTTTATCACCTGATTTATTTATAGATCCTGATAATTTTACTGAAGCAAATCCGATAGTTACTCCTGTTCATATTCAACCAGAA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 699 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;