NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:39:04]
[Matrix accession#: M4191]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4191;
	DIMENSIONS  NTAX=12;
	TAXLABELS
		Fahrenholzia_pinnata	Fahrenholzia_reducta	Pediculus_humanus_capitis_23	Pediculus_humanus_capitis_25	Pediculus_humanus_capitis_3	Pediculus_humanus_capitis_20	Pediculus_humanus_humanus_1	Pediculus_humanus_humanus_3	Pediculus_schaeffi	Pthirus_pubis	Pthirus_gorillae	Pedicinus_badii
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4191;
	DIMENSIONS NCHAR=525;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Fahrenholzia_pinnata               ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Fahrenholzia_reducta               ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Pediculus_humanus_capitis_23       GCTACTTTTCAAGGTAAACATACAATAGAAGTAATTACTGGATTGCGTTTAGGAATGCTTATGTTTATTGCTTCAGAGGTAATGTTTTTCTTTTCATTTTTTTATGCTCTGTTTTTTCTTTCTTTAAGACCTGATGTGTCAGTGGGACTTCTTTACCCTCCGGCGGGTATTAACCCTGTAGGTGTTTTAGGAGTTCCTCTTTTAAATTCTATTTTATTACTCTCTAGTGGCGTGTCTGTCACTTGAGCTCATTACGAGCTTTTAAGAAAAAATATTTCTTCTAGGCTTATCGGCTTACTAATCACTTTAGCATTAGGTCTAGTGTTTTTAATGTTTCAGGCTATTGAGTATAAAACAAGCTCCTTTACTATAGCTGATAGAAGCTTTGGTTCAGTATTCTTTTTAATAACTGGCTTCCACGGAGCACATGTTTGCGTGGGGGTTGTGTTTATTATAATTAGAACTGTTCGGCTTTATTTAAATCACTATAATAATAATCATCATTTAGGGCTTGAACTAGCTGCA
		Pediculus_humanus_capitis_25       GCTACTTTTCAAGGTAAACATACAATAGAAGTAATTACTGGATTGCGTTTAGGAATGCTTATGTTTATTGCTTCAGAGGTAATGTTTTTCTTTTCATTTTTTTATGCTCTGTTTTTTCTTTCTTTAAGACCTGATGTGTCAGTGGGACTTCTTTACCCTCCGGCGGGTATTAACCCTGTAGGTGTTTTAGGAGTTCCTCTTTTAAATTCTATTTTATTACTCTCTAGTGGCGTGTCTGTCACTTGAGCTCATTACGAGCTTTTAAGAAAAAATATTTCTTCTAGGCTTATCGGCTTACTAATCACTTTAGCATTAGGTCTAGTGTTTTTAATGTTTCAGGCTATTGAGTATAAAACAAGCTCCTTTACTATAGCTGATAGAAGCTTTGGTTCAGTATTCTTTTTAATAACTGGCTTCCACGGAGCACATGTTTGCGTGTGGGTTGTGTTTATTATGATTAGAACTGTTCGGCTTTATTT----------------------------------------------
		Pediculus_humanus_capitis_3        GCTACTTTTCAGGGTAAACATACAATAGAAGTAATTGCTGGATTGCGTTTAGGAATGCTTATGTTTATTGCTTCAGAGGTAATGTTTTTCTTTTCGTTTTTTTATGCTCTGTTTTTTCTTTCTTTAAGGCCTGACGTGTCATTGGGACTTCTTTACCCTCCTGTGGGTGTTAGCCCTGTAGGCGTTTTAGGAGTTCCTCTTTTAAATTCTATTTTATTACTCTCTAGCGGTGTGTCTATTACTTGAGCTCATTATGAGCTTTTAAGGAAAAATATTTCTTCTAGGCTTATCGGCTTATTAATCACTTTAATTTTAGGTCTAGTGTTTCTAATATTTCAGGCTGTTGAATATAAAACAAGCTCTTTTACTATGGCTGATAGAAGTTTTGGCTCAGTGTTTTTTCTAATAACCGGCTTCCACGGAGCACATGTTTGTGTGGGAGTTGTGTTTATTACAATTAGAACCATTCGGCTTTACTTAAATCACTATAATAATAATCATCACTTAGGGCTTGAGCTAGCTGCA
		Pediculus_humanus_capitis_20       GCTACTTTTCAGGGTAAACATACAATAGAAGTAATTGCTGGATTGCGTTTAGGAATGCTTATGTTTATTGCTTCAGAGGTAATGTTTTTCTTTTCGTTTTTTTATGCTCTGTTTTTTCTTTCTTTAAGGCCTGACGTGTCATTGGGACTTCTTTACCCTCCTGTGGGTGTTAGCCCTGTAGGCGTTTTAGGAGTTCCTCTTTTAAATTCTATTTTATTACTCTCTAGCGGTGTGTCTATTACTTGAGCTCATTATGAGCTTTTAAGGAAAAATATTTCTTCTAGGCTTATCGGCTTATTAATCACTTTAATTTTAGGTCTAGTGTTTCTAATATTTCAGGCTGTTGAATATAAAACAAGCTCTTTTACTATGGCTGATAGAAGTTTTGGCTCAGTGTTTTTTCTAATAACCGGCTTCCACGGAGCACATGTTTGTGTGGGAGTTGTGTTTATTACAATTAGAACCATTCGGCTTTACTTAAATCACTATAATAATAATCATCACTTAGGGCTTGAGCTAGCTGCA
		Pediculus_humanus_humanus_1        GCTACTTTTCAGGGTAAACATACAATAGAAGTAATTGCTGGATTGCGTTTAGGAATGCTTATGTTTATTGCTTCAGAGGTAATGTTTTTCTTTTCGTTTTTTTATGCTCTGTTTTTTCTTTCTTTAAGGCCTGACGTGTCATTGGGACTTCTTTACCCTCCTGTGGGTGTTAGCCCTGTAGGCGTTTTAGGAGTTCCTCTTTTAAATTCTATTTTATTACTCTCTAGCGGTGTGTCTATTACTTGAGCTCATTATGAGCTTTTAAGGAAAAATATTTCTTCTAGGCTTATCGGCTTATTAATCACTTTAATTTTAGGTCTAGTGTTTCTAATATTTCAGGCTGTTGAATATAAAACAAGCTCTTTTACTATGGCTGATAGAAGTTTTGGCTCAGTGTTTTTTCTAATAACCGGCTTCCACGGAGCACATGTTTGTGTGGGAGTTGTGTTTATTACAATTAGAACCATTCGGCTTTACTTAAATCACTATAATAATAATCATCACTTAGGGCTTGAGCTAGCTGCA
		Pediculus_humanus_humanus_3        GCTACTTTTCAGGGTAAACATACAATAGAAGTAATTGCTGGATTGCGTTTAGGAATGCTTATGTTTATTGCTTCAGAGGTAATGTTTTTCTTTTCGTTTTTTTATGCTCTGTTTTTTCTTTCTTTAAGGCCTGACGTGTCATTGGGACTTCTTTACCCTCCTGTGGGTGTTAGTCCTGTAGGCGTTTTAGGAGTTCCTCTTTTAAATTCTATTTTATTACTCTCTAGCGGTGTGTCTATTACTTGAGCTCATAATGAGCTTTTAAGGAAAAATATTTCTTCTAGGCTTATCGGCTTATTAATCACTTTAATTTTAGGTCTAGTGTTTCTAATATTTCAGGCTGTTGAATATAAAACAAGCTCTTTTACTATGGCTGATAGAAGTTTTGGCTCAGTGTTTTTTCTAATAACCGGCTTCCACGGAGCACATGTTTGTGTGGGAGTTGTGTTTATTACAATTAGAACCATTCGGCTTTACTTAAATCACTATAATAATAATCATCACTTAGGGCTTGAGCTAGCTGCA
		Pediculus_schaeffi                 TCAACTTTTCAAGGAAAGCATACAATTGAAGTAATAAATGGTTTACGATTAGGAATAATTATATTTATTATTTCAGAAGTTATATTTTTCTTTTCCTTTTTTTATGGGCTGTTTTTTCTCTCACTTAGCCCTGATTCGTCGATTGGTCTTCTTTACCCGCCTTGCGGTGTGGAGAGTGTAGGAACTTTAGGCATCCCTCTTTTAAATTCCATTCTTTTACTTTCTAGAGGTGTGGCTATCACTTGAGCTCACTATGAACTTCTAAGAAATAACCTTTCTTCAAGACTTAAAGGTCTGATTATTACAATTACACTTGGACTAGTGTTTCTTATATTCCAGTATGAAGAGTATAAATCGAGAACTTTCTCTATTGCTGATAGAAGATTCGGTTCTACTTTCTTTATGATAACTGGCTTTCACGGAATTCATGTTTGTGTTGGAGTGTTATTTATTTTAATTAGGACTTTCCGTCTTACCTTTAGTCATTTAAGTAAAAACCATCATTTAGGATTTGAAATATCCTCT
		Pthirus_pubis                      TCAACTTTTCAAGGTAAGCATACTATTGAGGTTAAGCGGGGTATCCGTTTAGGAATAATTTTGTTTATTATGTCTGAGGTAATGTTCTTCTTCTCGTTTTTCTATGGTCTTTTCTTTCTAGCTCTTAACCCAGATGTAACTTTAGGTGGTCGGTTTCCTCCGGTGGGTCTAGCGTCAATAGAGCTACTTGGTGTGCCTCTGTTAAACTCGTTTTTACTCTTATCAAGTGGGGTCAGGGTAACTTGATCTCACTACGAGATTCTCCGGGGTGATGTACCAAAGTCTTTACTAGGCTTGACTATGACTCTAGCTCTAGGTACTGTGTTTTTAGCCTTTCAGTATCTGGAGTACAAACTTAGGAGGTTTAGGATCTCTGATAGTGCTTATGGGTCTATCTTTTACCTTATAACTGGCTTTCATGGGTTTCACGTTATGGTGGGAGTGGTATTCATTTTAGTAATAACAGTTCGTTTAGCTAAGGGTCATTTGAACTCAAGACATCATACAGGGTTTGAGCTATCAGCC
		Pthirus_gorillae                   TCAACCTTTCAAGGTAAACATACTATTGAGGTCAAGCGAGGCATTCGTTTAGGGATAATCTTATTTATTGTGTCTGAGGTGATGTTCTTTTTCTCGTTCTTCTACGGGCTTTTCTTCCTAGCTCTTAACCCGGATATTGCTTTAGGTAGTCGATTTCCTCCGGTTGGGCTAACGTCAGTAGGGCTATTAGGTGTTCCTCTTTTAAACTCATTTTTGCTCTTATCAAGTGGAGTCAGGGTAACTTGGTCCCATTATGAGATCCTCCGAGGAGATAAACCGAAGTCTTTACTAGGGCTGATTTTGACTCTAGCCTTAGGTGCTGTATTTATGGTCTTTCAGGCCTTGGAGTACAGGGTTAGAAGATTTAGCATCTCTGACAGTGCTTATGGGTCTATCTTTTATCTAATAACTGGCTTTCATGGATTCCACGTTATGGTGGGAGTAATGTTTATTTCAGTTATAGCAATTCGTCTTGCTAAAGGGCATTTGAGTTCAAAACACCATATGGGGTTTGAGCTATCAGCC
		Pedicinus_badii                    ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 525 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;