#NEXUS BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS 'Pannaria andina Elvebakk_06_245' 'Pannaria athroophylla Passo_181' 'Pannaria athroophylla Passo_251' 'Pannaria calophylla Passo_101' 'Pannaria conoplea Ekman_3188' 'Pannaria contorta Passo_142' 'Pannaria farinosa Passo_119' 'Pannaria hookeri Jorgensen_sn' 'Pannaria immixta Elvebakk_02_352b' 'Pannaria insularis Kashiwadani_43760' 'Pannaria leucosticta Hur_041227' 'Pannaria lurida lurida Kashiwadani_43861' 'Pannaria lurida russellii Tonsberg_22565' 'Pannaria microphyllizans Passo_264' 'Pannaria multifida Schumm_Frahm_sn' 'Pannaria pallida Passo_249' 'Pannaria rubiginella Tonsberg_32508' 'Pannaria rubiginella Thor_10050' 'Pannaria rubiginosa Anonby_870' 'Pannaria sphinctrina Passo_221' 'Pannaria sp GK102_16' 'Pannaria subfusca Tonsberg_33592' 'Pannaria tavaresii Schumm_sn' 'Pannaria tavaresii Passo_122' 'Psoroma implexum Passo_84' 'Staurolemma oculatum Aptroot_55941' 'Staurolemma omphalarioides UPS_L117536' ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE 'Pannaria hookeri ITS-mtSSU combined matrix'; DIMENSIONS NCHAR=1114; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX 'Pannaria andina Elvebakk_06_245' ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCGAGA-GGGG-AGCTTGTCTTTAACCGCCCCC-GACTCTTCACCCGATGTGAATTGCTTTGGCGGCCGCCGGGGGCGCTGTTCGGAGTAATAGAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCTTGGCATTCCGAGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTAGCTCCCTTCAAGCTTC--GCTTGGTCTT-GGG-CGTGCGCGGCCCCGAAAA-GCAGT-GGCGGTGC-GGCGCGCCCCGGGAGCGTAGTTCGTT-CCGTTGGG-CGGCGCGT-CGG--GG-CCA-GGC-AACC 'Pannaria athroophylla Passo_181' GAATGTATAGCAATAGCTAATTGTTTTACAA-TAACGATTATATCGTATAAAATTCTAGATAGATTTATGATAATGACATTGTCTATCTATGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACGCAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATTGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAATTATAGCCTAAATAAGGTACTTTTTTACTAGAGTTATATGTGAAAGTGTATTAAAGTACTGTTGAGTTTAGAGATGAAATTCTTTGACACCAGATAATTGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCATCACTTTATGTAATAACTGACGTTGAGGAACGAAGGCTATGTGTCGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTCTTAGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGATTAGATTTGATCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAACCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATAAATCATGTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTCCTGTTAATATCGTGAGAG-ATGGTTTGTTCCATTTAATTAACG-TAAACCCTTTCTCTTTTTTTT--ATA--GAGTT-TTCACCATTATATTGG????????????????????????????????TCGAGA-GTGG-AGTTCGTCTCTAACCGCCCCC-GACTCTTCACCCGTTGTGGATTGCTTTGGCGGCCGCCGGAGGCGCTGTTCGGAGTAATAGAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTTGCTCACTTCAAGCGTC--GCTTGGTCTT-GGG-CGTGCGCGGCCCCGAAAA-GCAGT-GGCGGTGC-GGCGTGGCC-GCGGGCGT-GTTCGCT-CCGC-AGG-TTCCGCGT-CGG--GG-CCA-GGC-AACC 'Pannaria athroophylla Passo_251' GAATGTATAGCAATAGCTAATTGTTTTACAA-TAACGATTATATCGTATAAAATTCTAGATAGATTTATGATAATGACATTGTCTATCTATGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACGCAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATTGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAATTATAGCCTAAATAAGGTACTTTTTTACTAGAGTTATATGTGAAAGTGTATTAAAGTACTGTTGAGTTTAGAGATGAAATTCTTTGACACCAGATAATTGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCATCACTTTATGTAATAACTGACGTTGAGGAACGAAGGCTATGTGTCGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTCTTAGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGATTAGATTTGATCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAACCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATAAATCATGTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTCCTGTTAATATCGTGAGAG-ATGGTTTGTTCCATTTAATTAACG-TAAACCCTTTCTCTTTTTTTT--ATA--GAGTT-TTCACCATTATATTGG????????????????????????????????TCGAGA-GTGG-AGTTCGTCTCTAACCGCCCCC-GACTCTTCACCCGTTGTGGATTGCTTTGGCGGCCGCCGGAGGCGCTGTTCGGAGTAATAGAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGAGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTTGCTCACTTCAAGCGTC--GCTTGGTCTTTGGG-CGTGCGCGGCCCCGAAAAAGCAATTGGCGGTGCCGGCGTGGCCCGCGGCCGTTGTTCGCTTCCGCAAGGTTTCCGCGTTCGG--GGGCCAAGGCCAA?? 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'Pannaria rubiginosa Anonby_870' 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'Pannaria sphinctrina Passo_221' 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'Pannaria sp GK102_16' 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'Pannaria subfusca Tonsberg_33592' 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'Pannaria tavaresii Schumm_sn' 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'Pannaria tavaresii Passo_122' GAATGTATAGCAATAGCTAATTGTTTTACAA-TATTGAGTATATCGAATAAAATTCTAGGTAGATTTATGATAATGACATTGTCTATCTATGTGTCTTGACCAAATTGCGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACGCAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATTGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAAATATAGCCTAATAAAGGTACTTTTTTACTAGAGTTATATGTGAAAGTGTTTTAAAGTACTGTTGAGTTTAGAGATGAAATTCTTTGACACCAGATAATTGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCATCACTTTATGTAATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTATGTGTCGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTCTTAGCAGAAAATTATGAGTGTCATAGATTAGATTTGATTTGATCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAACCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATAAATCATGTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGAT-ATGGTTTGTTCCATTTAATTAACG-TAAACCCTAGCTCTTTTTTTT--ATA--GAGTTGTTCGCCGCTATATTGG????????????????????????????????CCGAGA-GGGG-AGCTTGCCTCCAACCGCCCCC-GACTCTTCACCCGTTGCGGATTACTCTGGCGGTCGCCGGGGGCGCTGGTCGGAGTAATAGAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCTCGGCATTCCGAGGGGCATACCTGTCCGAGCGTCATTTGCCCCCCTCAAGCTCC--GCTTGGTCTT-GGG-CGTGCGCGGCCCCGAAAA-GCAGT-GGCGGTGC-GGCGTGCCCCGGGAGCGTAGTTCGTT-CCGC-GGG-CGGCGCGC-CGG--GG-CCA-GGC-AACC 'Psoroma implexum Passo_84' 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'Staurolemma oculatum Aptroot_55941' GAAGGTATAGCAATAGCTAATTGTTTTACAA-TATCGAGTAATTCGAATAAAATTCTAGGTAGATTTATGATTATGACATTATCTACCTATGTGTCTTGACCAAAATACGTGCCAGCAGTCGCGGCAAGACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAATTATAGCCTAAATAAGGTACTTTTTTACTAGAGTTACATGTAAGGGTGTATTAAAGTACTGTTGAGTTTAGAGATGAAATTCTTTTACACCAGATAATTGGCACAGGTATAGGCGAAAGCATCACCTTATGTAATAACTGACGTTGACGGACGAAGGCTATGTGTCGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTCTTAGCAGAAAATTATGAATGTCATAGATTAGATTTTATTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTCGTTTAATTTGATAACCCGCAAAAAACCTTACCACAATTTGAATATAA-TCATGTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATTATGGTTTGTTCCATTTAATTAACG-TAAACCCTTGCTCTTTTTTT---ATATGGAGTTGTCCACCGTTATATTGGAAGTGTTAATAGGGA?????????????????TCGAGA-GTGG-AGCTTGGCTCAAACCGCCCTC-AACTCTTCACC-ATTGCGGATTGCCTTGGCGATCGCCGATGGCGCTGTTCGGACTACAATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTCGGTATTCCGAGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTGGCTCACCTCAAGCTTG--GCTTGGTCAT-GGG-CGTGCGCGGGCCCGAAAA-GCAGT-GGCGGTTC-GAC-TA-GCTGCGAGCGTAGTTTTAT-CCGCTCTGCCGGCT-GC-AGGTCGGGCCA-GGC-AACT 'Staurolemma omphalarioides UPS_L117536' GAAGGTATAGCAATAGCTAATTGTTTTACAA-TATCGACTAATTCGAATAAAATTCTAGGTAGATTTATGATAATGACATTATCTACCTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGCAAGACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAATTATAGCCTATATAAGGTACTTTTTTACTAGAGTTACATGTAAGGGTGTATTAAAGTACTGTTGAGTTTAGAGATGAAATTCTTTTACACCAGATAATTGGCACAGGTAAAGGCGAAAGCATCACCTTATGTAATAACTGACGTTGACGGACGAAGGCTATGTGTCGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTCTTAGCAGAAAATTATGAATGTCATAGGTTAGATTTAATTTAGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTCGTTTAATTTGATAACCCGCAAAAAACCTTACCACAATTTGAATATAAATCATGTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATTATGGTTTGTTCCATTTAATTAACG-TAAACCCTAGCTCTTTTTTT---ATATGGAGTTGTCCACCGCTATATTGGAAGTGTTAATAGGGACCAAGACAAGTCATCATCCGAGA-GTGG-GGCTCCGGCCAAACCGCCCCC-GACTCTTCACCCATTGCGGATTGCTTTGGCGATCGCCAATGGCGCTGTTCGGAATACAATAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCTTTGGTATTCCGAGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCGTTGGCTCCCCTCAAGCTTG--GCTTGGTCAT-GGG-CGTGCGCGGGCCCGAAAA-GCAGT-GGCGGTTC-GACCCGGGCTGCGAGCGTAGTTTCAT-CCGCTCCGCCAGCC-GC-AGGTCGCGCCA-GGC-AACC ; END; BEGIN TREES; Title 'Pannaria hookeri ITS-mtSSU'; ID 0164a8e02eaf23; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 'Pannaria andina Elvebakk_06_245', [1] 2 'Pannaria athroophylla Passo_181', [2] 3 'Pannaria athroophylla Passo_251', [3] 4 'Pannaria calophylla Passo_101', [4] 5 'Pannaria conoplea Ekman_3188', [5] 6 'Pannaria contorta Passo_142', [6] 7 'Pannaria farinosa Passo_119', [7] 8 'Pannaria hookeri Jorgensen_sn', [8] 9 'Pannaria immixta Elvebakk_02_352b', [9] 10 'Pannaria insularis Kashiwadani_43760', [10] 11 'Pannaria leucosticta Hur_041227', [11] 12 'Pannaria lurida lurida Kashiwadani_43861', [12] 13 'Pannaria lurida russellii Tonsberg_22565', [13] 14 'Pannaria microphyllizans Passo_264', [14] 15 'Pannaria multifida Schumm_Frahm_sn', [15] 16 'Pannaria pallida Passo_249', [16] 17 'Pannaria rubiginella Tonsberg_32508', [17] 18 'Pannaria rubiginella Thor_10050', [18] 19 'Pannaria rubiginosa Anonby_870', [19] 20 'Pannaria sphinctrina Passo_221', [20] 21 'Pannaria sp GK102_16', [21] 22 'Pannaria subfusca Tonsberg_33592', [22] 23 'Pannaria tavaresii Schumm_sn', [23] 24 'Pannaria tavaresii Passo_122', [24] 25 'Psoroma implexum Passo_84', [25] 26 'Staurolemma oculatum Aptroot_55941', [26] 27 'Staurolemma omphalarioides UPS_L117536'; TREE PAUP = ((26:0.014936503545889362,27:0.018750534587684543):0.023797279282431184,(25:0.020614063251899264,(((8:0.003967227935559869,21:0.0020749051431717346):0.010099375067657231,((18:0.00000100000050002909,(17:0.00000100000050002909,24:0.0010311205115406427):0.00000100000050002909):0.018582198480418262,(22:0.004602850018802217,((1:0.006302208598126304,19:0.00000100000050002909):0.004298985956144904,(5:0.004818662073091948,23:0.01027509693172037):0.004333166158278503):0.0036840912326035063):0.0034328164336340965):0.008402254233275532):0.006220399824145382,((15:0.01770279649101777,(13:0.00000100000050002909,(11:0.006148037505642503,(10:0.00000100000050002909,12:0.0019234230352448611):0.0018328229969211223):0.000498693119111907):0.00943380186277048):0.013480605035116331,((16:0.005952064608173318,(4:0.015210699420988202,6:0.011312902668556045):0.006745835913541456):0.007823982921271459,((2:0.00000100000050002909,3:0.00223817550605134):0.025342779580801843,(7:0.010672803501991355,(9:0.01477083249393808,(14:0.002059155514596482,20:0.00000100000050002909):0.032281176344146345):0.011286781460564277):0.006598360850457731):0.0003731513398705383):0.005772848811288923):0.0025956765254378667):0.02452574506485179):0.023797279282431184):0.0; END;