NEXUS
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[Matrix accession#: M4234]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4234;
	DIMENSIONS  NTAX=19;
	TAXLABELS
		Bos_taurus	Ceratotherium_simum	Dicerorhinus_sumatrensis	Diceros_bicornis	Equus_asinus	Equus_burchellii	Equus_caballus	Equus_grevyi	Equus_hemionus	Equus_kiang	Equus_onager	Equus_quagga	Equus_zebra	Rhinoceros_sondaicus	Rhinoceros_unicornis	Tapirus_bairdii	Tapirus_indicus	Tapirus_pinchaque	Tapirus_terrestris
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4234;
	DIMENSIONS NCHAR=8287;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Bos_taurus                     GTCCTCCAAAGATTCAAGTGTACTCAAGACACCCACCAGAAGATGGAAAGCCAAATTACCTGAACTGCTATGTGTATGGGTTCCATCCACCCCAGATTGAAATCGATTTGCTGAAGAATGGGGAGAAGATTAAATCGGAGCAGTCAGACCTGTCTTTCAGCAAGGACTGGTCTTTCTACCTGCTGTCCCACGCTGAGTTCACTCCCAACAGCAAGGATCAGTACAGCTGCCGAGTGAAACACGTTACTTTGGAACAACCCCGGATAGTTAAGTGGGTATGTATATAGTACATTAAATTATATGCCCCATGCAT-ATAAGCAAGTACATGACC-------TCT-ATAG--CAGTACATAATACATATAATTATTGACTGTACATAGTACATTATG------------TCAAA---------TTCATTCTTG-ATAGTATATC-TATTATATAT--TCCTTA--------------------------------------------CCATTAGATCACG-AGCTTAATTACCATGCCGCGTGAAACCAGCAACCC-GCTAGGCAGGGATCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCAT--AAACCGTGGGGGTCGCTATCCAATGAATTTTACCAGGCATCTGGTTCTTTCTTCAGGGCCATCT-CATCTAAAACGGTCCATTCTTTCCTCTTAAATAAGACATCTCGATGGACTAATGGCTAATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGCTGTCATACATTTGGTATTTTTTTAT-TTTGGGGGATGCTTGGACTCAGCTATGGCCGTCAAAGGCCCTGACCCGGAGCATCTA-TTGTAGCTGGACTTAACTGCATCTTGAGCAC-CAGCATAATGATAAGCATGGACAT-TACAGTCAATGGTCACAGGACATAAGCCACGTTCCGCGGCCTGCGGCGCTGGGAGGCAGCCCGCCGCGCCAAGCTGCACGGCCGTGCGCCCCGCCGGCCCAGCGGCCCCGGCCCGCCCGCG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCGGACGCCAGCCAGGCCACCGACGCCGCCCCCGCCCCCGATTCCGGCCCGACCCCCGACGCCGACCCCGCCCCGGACGCCGTCGCGCCCCCGGAAGCCATTGCGGCCGAACCCCCGCCTCAGGCCCGCAGGAGGAGACGTGCCATGGTGCATTTTACTACCGAGGAGAAGGCTGCTGTTGCTAGTCTGTGGGCCAAAGTGAATGTGGAGGTGGTCGGCGGTGAGAGCCTGGCAAGGCTCCTGATCGTCTACCCATGGACCCAAAGGTTCTTTGACAGTTTTGGTAACTTATACTCTGAGTCTGCAATAATGGGCAACCCCAAGGTCAAAGCCCATGGCAGGAAGGTGCTGAACTCCTTTGGAAATGCCATTGAGCACATGGATGACCTCAAGGGCACCTTTGCAGATCTAAGTGAGCTGCACTGTGACAAGTTGCATGTGGATCCCGAGAACTTCAGGCTCCTGGTAGTGGCTGCCATTGCCAAGAACCGCAACCTGCACTCCCCCATGTACTACTTTATCTGCTGCCTGGCTGTGTCTGACTTGCTGGTGAGCGTCAGCAACGTGCTGGAGACGGCAGTCATGCCGCTGCTGGAGGCCGGTGTCCTGGCCACCCAGGCGGCCGTGGTGCAGCAGCTGGACAATGTCATCGACGTGCTCATCTGCGGATCCATGGTGTCCAGCCTCTGCTTCCTGGGTGCCATTGCTGTGGACCGCTACATCTCCATCTTCTACGCCCTGCGGTACCACAGTGTTGTGACACTGCCCCGAGCGTGGAGGATCATTGCGGCCATCTGGGTGGCCAGCATCCTCACCAGCCTGCTCTTCATCACCTACTACAACCACAAGGTCATCCTGCTGTGCCTCGTTGGCCTCTTCATAGCTATGCTGGCCCTGATGGCCGTCCTCTACGTCCACATGCTGGCCCGGGCCTGCCAGCATGCCCGGGGCATTGCCCGGCTCCAGAAGAGGCAGCGCCCCATTCATCAGGGCTTTGGCCTCAAGGGCGCTGCCAACCTCACCATCCTGCTGGGCGTCTTCTTCCTCTGCTGGGGCCCCTTCTTCCTGCACCTCTCGCTCATCGTCCTCTGCCCCCAGCACCCCACCTGTGGCTGCATCTTCAAGAGGGATCGGGAGACGCGAAACTTAAAGGACGCCGCACAGACTTTCCGAGTGAACCTGAACACCCTGCTCGGCTACTACAACCAGAGCGAGGCCGGGTCTCACACCCTCCAGTGGATGTACGGCTGCGACGTGGAGCCGGACGGGCGTTTCCTCCGCGGGTACAGGCAGGACGCCTACGACGGCAGAGATTACATCGCCCTGAACCAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGCGGACACGGCGGCTCAGATCACCAAGCGCAAGTGGGAGGCGGCAGGTGAGGCGGAGAGACGCAGGAACTACCTGGAGGGCCGGTGCGTGGAGTGGCTCCGCAGATACCTGGAGAACGGGAAGGACACGCTGCTGCGCGCAGACCCTCCAAAGGCACATGTGACCCGACACCCCAGCTCTGACCGTGAGGTCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGAGGAGATCTCACTGACCTGGCAGCACAATGGAGAGGACCAGACCCAGGACATGGAGCTTGTGGAGACCAGGCCTTCAGGGGATGGAACCTTCCAGAAGTGGGCAGCCCTGGTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAGATACACGTGCCGTGTGCAGCATGAGGGGCTTCGGGAGCCCCTCACCCTGAGATGGGAACCTCCT---CAGACCTCCTTCCTCACCATGGGCATCATTGTTGGCCTGGTTGTCCTCGTA------------GTAGCTGTGGTGGCTGGAGCTGTGATCTGGAGGAAGAAGCACTCAGGTGAAAAAGGACGGATCTACACCCAGGCTGCAAGCAGTGACAGTGCCCAGGGCTCTGATGTATCTCTCACGGTTCCTAAAGTTTGAATGAACGAAAATTTATTTACCTCTTTTATTACCCCTGTAATTTTAGGTCTCCCTCTCGTAACCCTTATCGTACTATTCCCAAGCCTACTATTCCCAACATCAAACCGACTAGTAAGCAATCGCTTTGTAACCCTCCAACAATGAATACTTCAACTTGTATCAAAACAAATAATGAGTATCCACAATTCTAAAGGACAAACATGAACATTAATATTAATATCTCTGATCCTATTTATTGGATCAACAAACCTACTAGGCCTATTACCCCATTCATTCACACCAACAACACAACTATCAATAAACCTAGGCATAGCCATCCCCCTGTGAGCAGGAGCCGTAATTACAGGATTCCGCAATAAAACTAAAGCATCACTTGCCCATTTCTTACCACAAGGAACACCCACTCCACTAATCCCAATACTAGTAATTATTGAAACTATCAGCCTTTTTATTCAACCTATAGCCCTCGCCGTGCGGTTAACAGCTAACATCACTGCAGGACACCTATTAATTCACCTAATCGGAGGAGCTACACTTGCACTAATAAGCATTAGCACTACAACAGCTCTAATTACATTCACCATTCTAATCCTACTAACAATTCTAGAGTTTGCAGTAGCTATAATCCAAGCCTATGTATTCACTCTCCTAGTCAGCCTATATCTGCATGACAACACATAAATGCCGCAACTAGACACGTCAACATGACTGACAATGATCTTATCAATATTCTTGACCCTTTTTATCATCTTTCAACTAAAAGTTTCAAAACACAACTTTTATCACAATCCAGAACTGACACCAACAAAAATATTAAAACAAAACACCCCTTGAGAAACAAAATGAACGAAAATTTATTTACCTCTTTTATTACCCCTG------TAAATGTTCATTAACCGCTGACTATTCTCAACCAGCCATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTACTATTTGATGCTTGGGCCGGTATAGTAGGAACAGCTCTAAGCCTTCTAATTCGCGCTGAATTAGGCCAACCCGGAACTCTGCTCGGAGACGACCAAATCTACAACGCAGTTGTAACCGCACACGCATTTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCAATCATAATTGGAGGATTCGGTAACTGACTTGTTCCCCTAATAATTGGTGCTCCCGATATAGCATTTCCCCGAATAAATAATATAAGCTTCTGACTCCTCCCTCCCTCATTCCTACTACTCCTCGCATCCTCTATAGTTGAAGCTGGGGCAGGAACAGGCTGAACCGTGTACCCTCCCTTAGCAGGCAACCTAGCCCATGCAGGAGCTTCAGTAGATCTAACCATTTTCTCTTTACACTTAGCAGGAGTTTCCTCAATTTTAGGAGCCATCAACTTCATTACAACAATTATCAACATAAAGCCCCCCGCAATGTCACAATACCAAACCCCTCTGTTCGTATGATCCGTAATAATTACCGCCGTACTACTACTACTCTCGCTCCCTGTATTAGCAGCCGGCATCACAATGCTATTAACAGACCGGAACCTAAATACAACCTTCTTCGACCCGGCAGGAGGAGGAGACCCTATTCTATATCAACACTTATTCTGATTCTTTGGACACCCCGAAGTCTATATTTTAATCTTACCTGGGTTTGGAATAATCTCTCATATCGTGACCTACTACTCAGGAAAAAAAGAACCATTCGGATATATGGGAATAGTTTGGGCTATAATGTCAATCGGATTTCTAGGTTTCATCGTATGAGC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		Ceratotherium_simum            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		Dicerorhinus_sumatrensis       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		Tapirus_indicus                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		Tapirus_pinchaque              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		Tapirus_terrestris             ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGGTGCATTTTACTGCTGAGGAGAAGGCTGCCATCACTAACGCGTGGGGCAAAGTGAATGTGGAAGAAGCTGGAGGCGAGGCTCTTGGCAGGCTCTTGGTTGTCTATCCCTGGACCCAGATGTTTTTTGACAACTTTGGCAACCTGTCCTCTTCCTCTGCCATAATGGGCAATCCCCAAGTCAAGGCCCATGGCAAGAAGGTGCTGACCTCTTTTGGAGATGCTGTTAAGAACATGGACAACCTCAAGGCTGCCTTTGCTAAGCTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATGAACGAAAATCTATTCGCTTCTTTCGCTACCCCAACAATAATGGGTCTACCTATTGTTATCCTAATCATCATATTCCCAAGTATTCTATTTCCCTCATCCAACCGATTAATTAACAACCGTTTAATCTCTATCCAACAATGACTAGTTCAACTTACATCAAAACAAATAATGTCCATCCATAATCACAAGGGACAAACATGAACACTAATACTTATATCACTTATTTTATTCATTGGCTCTACTAATCTTCTAGGCTTACTACCACACTCATTTACACCTACCACACAACTATCAATGAACCTAGGCATAGCTATTCCACTATGAGCAGGCACAGTATTCATAGGCTTTCGTCACAAAACAAAAGCATCCTTAGCCCATTTTCTTCCTCAAGGAACTCCCATCTTCCTAATTCCAATACTAGTTATCATTGAAACCATTAGCCTATTTATTCAACCAATAGCCTTAGCTGTACGACTTACAGCTAATATCACTGCTGGACATCTCCTGATGCACCTAATTGGAGGAGCAACACTGGCTCTAATAAATATTAGTCCTACCACAGCCCTCACTACATTCATCATTCTCATTTTACTCACTATCCTTGAATTTGCAGTAGCCTTAATTCAAGCTTACGTATTTACTCTCTTAGTAAGCCTTTATCTACACGACAACACTTAAATGCCACAACTAGACACATCAACATGATTTATTAATATCACATCAATAATTATCACACTATTTATTATATTACAACTAAAAATTTCAAAACACCTGTACCCCTATGACCCAAAACTAAAAACAACTAAAGTGACAAAATATACCACCCCTTGAGAATCAAAATGAACGAAAATCTATTCGCTTCTTTCGCTACCCCAACAA---TAAATGTTCATCAACCGCTGATTATTTTCAACAAACCACAAAGATATTGGTACCCTATACTTGCTATTTGGCGCCTGAGCTGGAATAGTAGGCACAGCTCTAAGTCTCTTAATCCGTGCCGAATTAGGTCAACCAGGAACTTTATTAGGAGATGACCAAATCTATAATGTAGTGGTAACCGCTCATGCATTTGTAATAATTTTCTTCATAGTTATGCCAATCATAATCGGAGGATTTGGGAACTGATTAGTTCCATTAATGATTGGAGCACCCGACATAGCATTTCCACGAATAAACAACATAAGCTTCTGATTACTTCCCCCATCCTTTCTGCTCCTACTAGCATCTTCAATAATTGAAGCTGGTGCAGGTACAGGCTGAACTGTCTATCCACCCCTAGCCGGTAACTTAGCACACGCAGGAGCTTCCGTTGACTTAACCATTTTCTCCCTCCACCTTGCAGGTGTATCCTCAATTCTAGGCGCTATTAACTTTATTACTACAATTATTAATATAAAACCACCAGCTATATCACAGTACCAAACACCTTTATTTGTTTGATCAGTCCTAATTACAGCAGTATTACTATTACTAGCACTTCCAGTTCTAGCAGCAGGGATTACCATACTACTAACAGACCGTAACCTAAATACTACTTTCTTTGACCCTGCAGGAGGAGGGGATCCTATTCTATATCAACATCTATTTTGATTCTTTGGACATCCTGAAGTTTATATCCTCATTTTACCAGGCTTTGGAATAATCTCACATATTGTCACATATTATTCAGGTAAAAAAGAACCATTTGGTTATATAGGAATAGTATGAGCTATAATATCCATCGGCTTCTTAGGCTTTATCGTATGAGC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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 8287 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
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BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET b_2_m = 1 - 276 ; 
 CHARSET control_region = 277 - 909 ; 
 CHARSET drd4 = 910 - 1413 ; 
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 CHARSET mtco3 = 6364 - 7147 ; 
 CHARSET mtcyb = 7148 - 8287 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;