#NEXUS [written Sun Jul 22 14:04:37 BST 2018 by Mesquite version 3.51 (build 898) at KN-ENVY15/192.168.0.18] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=103; TAXLABELS 'Ostreococcus lucimarinus A4RZH4_OSTLU' 'Caenorhabditis briggsae A8XZP3_CAEBR' 'Populus trichocarpa B9GGV0_POPTR' 'Chitinophaga pinensis C7PEG4_CHIPD' 'Desulfohalobium retbaense C8X3G1_DESRD' 'Halothiobacillus neapolitanus D0KVK6_HALNC' 'Naegleria gruberi D2V7G0_NAEGR' 'Conexibacter woesei D3FE57_CONWI' 'Puniceispirillum marinum D5BRR0_PUNMI' 'Kyrpidia tusciae D5WPS6_KYRT2' 'Starkeya novella D7A7G1_STAND' 'Selaginella moellendorffii D8SPM7_SELML' 'Thermosediminibacter oceani D9S3G8_THEOJ' 'Olsenella uli E1R0A0_OLSUV' 'Leadbetterella byssophila E4RYG4_LEAB4' 'Paludibacter propionicigenes E4T0B1_PALPW' 'Desulfobulbus propionicus E8RDC2_DESPD' 'Cellulophaga lytica F0RF82_CELLC' 'Syntrophobotulus glycolicus F0SZH7_SYNGF' 'Dictyostelium purpureum F1A4W7_DICPU' 'Polymorphum gilvum F2J2B8_POLGS' 'Thermodesulfatator indicus F8AA88_THEID' 'Thermodesulfobacterium geofontis F8C2V7_THEGP' 'Parachlamydia acanthamoebae F8KZF2_PARAV' 'Owenweeksia hongkongensis G8R6J7_OWEHD' 'Jonquetella anthropi H0UIN0_9BACT' 'Calab_3295 Caldithrix H1XVJ9_9BACT' 'Ciona savignyi H2YDP6_CIOSA' 'Phytophthora ramorum H3GNQ5_PHYRM' 'Fibrella aestuarina I0K5J4_9BACT' 'distachyon (Purple I1GV33_BRADI' 'Arabidopsis thaliana IPT9_ARATH' 'Oryza brachyantha J3MHV5_ORYBR' 'Solanum lycopersicum K4DCV4_SOLLC' 'Bifidobacterium asteroides K4ILF2_BIFAP' 'Thioalkalivibrio nitratireducens L0E1C1_THIND' 'Clostridium stercorarium L7VMA4_CLOSH' 'Ilumatobacter coccineus M5A3P6_9ACTN' 'Pneumocystis murina M7P9B6_PNEMU' 'Eutypa lata M7T4Q1_EUTLA' 'Acidiphilium cryptum MIAA_ACICJ' 'Agrobacterium vitis MIAA_AGRVS' 'Alcanivorax borkumensis MIAA_ALCBS' 'Amoebophilus asiaticus MIAA_AMOA5' 'Aquifex aeolicus MIAA_AQUAE' 'Bacillus clausii MIAA_BACSK' 'Bacillus subtilis MIAA_BACSU' 'Baumannia cicadellinicola MIAA_BAUCH' 'Borrelia burgdorferi MIAA_BORBU' 'Chlorobium phaeobacteroides MIAA_CHLPD' 'Chlamydia trachomatis MIAA_CHLTR' 'Clostridium tetani MIAA_CLOTE' 'Coprothermobacter proteolyticus MIAA_COPPD' 'Cyanothece sp. MIAA_CYAP4' 'Desulfatibacillum alkenivorans MIAA_DESAA' 'Escherichia coli MIAA_ECOLI' 'Exiguobacterium sp. MIAA_EXISA' 'Finegoldia magna MIAA_FINM2' 'Fusobacterium nucleatum MIAA_FUSNN' 'HI_0068 Haemophilus MIAA_HAEIN' 'Halothermothrix orenii MIAA_HALOH' 'Helicobacter pylori MIAA_HELPY' 'Herminiimonas arsenicoxydans MIAA_HERAR' 'Hyphomonas neptunium MIAA_HYPNA' 'Leifsonia xyli MIAA_LEIXX' 'Listeria monocytogenes MIAA_LISMO' 'Magnetococcus marinus MIAA_MAGMM' 'Methylacidiphilum infernorum MIAA_METI4' 'Microcystis aeruginosa MIAA_MICAN' 'Mycobacterium leprae MIAA_MYCLE' 'Myxococcus xanthus MIAA_MYXXD' 'Neisseria meningitidis MIAA_NEIMB' 'Nocardioides sp. MIAA_NOCSJ' 'Oceanobacillus iheyensis MIAA_OCEIH' 'Prochlorococcus marinus MIAA_PROMA' 'Pseudomonas stutzeri MIAA_PSEU5' 'Rhodopirellula baltica MIAA_RHOBA' 'Rhodobacter sphaeroides MIAA_RHOS4' 'Saccharopolyspora erythraea MIAA_SACEN' 'Solibacter usitatus MIAA_SOLUE' 'Staphylococcus carnosus MIAA_STACT' 'Streptococcus agalactiae MIAA_STRA5' 'Streptomyces coelicolor MIAA_STRCO' 'Symbiobacterium thermophilum MIAA_SYMTH' 'Synechococcus elongatus MIAA_SYNE7' 'Synechocystis sp. MIAA_SYNY3' 'Thermobifida fusca MIAA_THEFY' 'Thermomicrobium roseum MIAA_THERP' 'Geobacter lovleyi MIAA1_GEOLS' 'Geobacter bemidjiensis MIAA2_GEOBB' 'Saccharomyces cerevisiae MOD5_YEAST' 'Clostridium sp. R5AGI8_9CLOT' 'Prevotella sp. R5CU75_9BACT' 'Acetobacter sp. R5Y045_9PROT' 'Clostridium sp. R6GSB0_9CLOT' 'Firmicutes bacterium R6H037_9FIRM' 'Clostridium sp. R6PD01_9CLOT' 'Ruminococcus sp. R6XCW7_9FIRM' 'Firmicutes bacterium R6YST1_9FIRM' 'Firmicutes bacterium R7BNX8_9FIRM' 'Mycoplasma sp. R7NFF0_9MOLU' 'Rhizophagus irregularis U9SSW7_RHIID' 'Halorhodospira halochloris W8KS79_HALHR' ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE PfamIPPT_N40_seed; DIMENSIONS NCHAR=642; FORMAT DATATYPE = Protein GAP = - MISSING = ?; MATRIX 'Ostreococcus lucimarinus A4RZH4_OSTLU' RAKVLVVTGPTAIGKSAVAIAMARARRERRDAR---EVEIVSCDSVQIYRGLDVGSGKVGA-REL-----EACAHHMLSA---LDPRARDGSG--EYDANAYYDEAVNVID--DIHR---R-GRDAVV-VGGAGMYLKWL----TDG-K----------------P--SAP-------GSTPET----REA---A----ERAVGEA-R--ARGGWREA--VELLTRAGDA-----ET-GKTL-SEN-DWYRLTRAYEI--V--------------RT-----S-G-QSVKAFAR--------------------------------------ENPEARF--D-F----------------------------RCFFLS-S--------PRV--ELYR-KIDARVEGMFVD-------G-IMDEA---AW-LL-----------NAGIAPGE------------------------NVP------ARSIGYRQAMEYL----------------AK--ARA-KEIKVDDASLLE-------------------------------LV------NEIQMLNRAYAKRQFTWF----RGESR-----------------------------------------YA 'Caenorhabditis briggsae A8XZP3_CAEBR' 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KRVVHFIVGPTAIGKTFLSALLAEKI----------KVEIISADSRQIYRFMDIGTAKPEA-EFR-----RRVTHHFIDI---CDP-----DE--YYSAGLFGKDARAAIQ--DIFV---R-GSVPLV-VGGSGFYIKAL----VDG-I---F-------E--L-D--AKD-------E---KI----RQQ---L----NE----R-LERDG---LRA--LYDDLKKIDP-----VY-AAKI-SPN-DRQRILRSLEV--Y--------------FV-----T-G-K---PFS--------------YFH-QQKPEA-ADF--------------------K-P----------------------------AFWGL--D-M------ERK--ALYQ-RINERVDQMLAE-------G-LIDEV---KT-LL-----------G----------KGY------SP-QL-------N-A------LKTVGYKETIAYL----------------Q--------N---------R-------L-S--Y---E-----E--------MV------EQIKRNTRRYAKRQLTWF----RADQR-----------------------------------------IQ 'Ciona savignyi H2YDP6_CIOSA' PKKLVVVLGATGAGKSKLALDIATRC----------HGEIISVDSMQVYKGLDIVTNKVSK-EEL-----EMCRHHMIGF---LDP-----R--NEFTIVDFQEQTLKL--IDEIQS---R-KKIPIL-VGGTNYYVQSI----L---WDLLLKTKCNSQFSEENETER---------------------------KEMWETESSV--------------LHKMLMEVDP-----AS-AKVI-HPK-DKRKIVRALEV--F--------------KQ-----T-G-K---LQSNLIEEQRRQT-------------------------GGGSLGGPLRFPGA------------------------------CLLWVQ-S--------EPD--VLRE-RIYKRVEKMIDQ-------G-LLKEL---KD-FH-----------EDFNKER------------LAKG---------LEPDYEHGIFQSIGFKEFHDYL----------------TAD-A-----TTE-----EK-------MKEKML---E-----E--------AT------EQMKLATWQYAKYQMKFI----RKRIV--------------NRSNALPVYPLDATDPTLWEENVLYPSLK 'Phytophthora ramorum H3GNQ5_PHYRM' LRKVLVVIGTTGAGKTKLSVDLAKAV----------GGEIVNSDAMQMYRGLDVATAKITE-DEK-----QNVPHHLFDV---VDP-----S-AR-CDVLEFKRLALQT--IDDILA---R-GKVPIV-VGGTMYYTQAV----L---WKSQLLDDVP------------VKASADGQEEQTQQ----L-------------APEA--------------LYARLQTVDP-----VM-AARL-HVN-NVRKVQRSLQV--F--------------EQ-----T-G-V---PHSELLAQQEREQRHIERYFD------------------------------A------------------------------CAFWVH-A--------SKP--VLSE-RLATRVDTMLSS-------G-LVEEI---RG-LR-----------AQVKENPPRMNP-------DSDD----------EEQNSVGILQAIGYKEFQPYF----------------DALEA------TDDSADDPK-------KLETIL---D-----A--------CI------EQLNVATRQYARRQLSWI----RNKFVT----------------KNIPVYQVDSSDVPKWDTLVAQPAIE 'Fibrella aestuarina I0K5J4_9BACT' TKTLIVIAGPTGVGKTAFCVRLARRL----------HTVVVSADSRQFYRELSIGTAKPTP-EEL-----DGIPHYFIDS---HSI-----DA--PISAGQYEREALALLD--ELFQ---T-YDKVIM-TGGTGLYINAV----LHG-L-DDM------------P--VGD-------D---AL----RER---L----QR----Q-FEAEG---ITP--LQNELQRLDP-----DY-ATLA-DLN-NTQRVMRALEV--S--------------LV-----S-G-R---PYS--------------SFR-RRQ-LPERP------------------F--Q-T----------------------------VLIAL--E-R------PRD--ELYA-RIDQRMDQMLAA-------G-LVDEV---RG-LT-----------A-----------Y---R------HT-------P-A------LKTVGYKEVFGYL----------------D--------G---------D-------Y-D--Y---A-----T--------MV------DLLKRNSRRYAKRQLTWF----RHQ-N----------------------------------------DFR 'distachyon (Purple I1GV33_BRADI' RSKVIVISGPTGAGKSRLALEVARRL----------GGEIISADSVQVYRSLDIGSAKPSA-LEM-----NMVPHHLIDI---MHA-----SE--DYSAGMFFNDARRATQ--DVLD---R-GCVPVV-AGGTGLYLRWF----IYG-K----------------P--NVP-------QSSMGI----TSS---V----WSELAEF-R--ESGRWDEA--VQLVLKAGDP------K-AGDL-HTN-NWSRLRRRLEI--I--------------RS-----S-G-SPPSAFTL-----PYSSFQ-EQQDTKLTDST---------TDDGTCEVKELDY--V-F----------------------------LCIFLA-C--------PRV--ELYR-SIDLRCEEMLADTG-----G-LLSEA---SW-LL-----------DIGLHPNM------------------------NSA------SRAIGYRQAMEYL----------------LH--CRQ-NGGSSSPQEFFE-------------------------------FL------TKFQQTSRNFSKRQMTWF----RNEKI-----------------------------------------YQ 'Arabidopsis thaliana IPT9_ARATH' KEKVIVISGPTGAGKSRLAMELAKRL----------NGEIISADSVQVYKGLDVGSAKPSD-SDR-----KVVPHHLIDI---LHP-----SQ--DYSVGQFYDDGRQATK--DILN---R-GRVPIV-TGGTGLYLRWF----MYG-K----------------P--DVP-------KPSPEV----IAE---A----HDMLVGF-Q--TEYNWDAA--VELVVNAGDP------K-ASSL-PRN-DWYRLRRSLEI--L--------------KS-----T-G-SPPSSFRI-----PYDSFR-VNLVAPDADDF--LEDGSSADISIQNIETDLDY--D-F----------------------------LCFFLS-S--------PRV--ALYR-SIDFRCEDMLSGPN-----G-VLSEA---RW-LL-----------DLGLLPNS------------------------NPA------TRAIGYRQAMEYL----------------LQ--CRR-YEGESSPREFYA-------------------------------FL------NKFQTASRNFAKRQMTWF----RCEPM-----------------------------------------YH 'Oryza brachyantha J3MHV5_ORYBR' KNKVIVISGPTGAGKTRLALDLAKRL----------SGEIISADSVQVYRSLDVGSAKPSP-SQR-----AAVPHRLIDI---LHA-----SE--DYSAGDFFRDARAATD--DLLG---R-GRVPIV-AGGTGLYLRWY----IYG-K----------------P--NVP-------QSSMDV----TSA---V----WSELARY-R--DTGRWEEA--VDLVAKAGDP------K-ARDL-SVN-NWSRLRRSLEI--I--------------RS-----S-G-SPPSAFTL-----PYNAYN-QRR---LTNQT-----------DADQPPKELDY--D-F----------------------------LCIFLA-C--------PRV--DLYR-SIDLRCEEMLADTG-----G-LLSEA---SW-LL-----------DIGLSPGM------------------------NSA------TCAIGYRQAMEYL----------------LQ--CRH-NGGSSSPQEFFE-------------------------------FL------TKFQTASRNFSKRQLTWF----RNEKI-----------------------------------------YQ 'Solanum lycopersicum K4DCV4_SOLLC' KEKVIVISGPTGAGKSKLALELAKRI----------NGEIISADSVQVYRGLDVGSAKPSF-DER-----KEVVHHLVDI---LHP-----SE--DYSVGQFFEDARQTTR--DILD---R-GRVPIV-AGGTGLYLRWF----IYG-R----------------P--DVP-------KASREI----AAE---V----DSELASL-Q--NDEDWNAA--VQLLVKAGDP------G-AQSL-PAN-DWYRLRRRLEI--V--------------KS-----T-G-SPPSAFEV-----PYNSFR-EQLVSGQIDAA---DVKTSDDKLQQNEIKDLDY--D-F----------------------------LCYFLS-T--------SRI--DLYR-SIDFRCEDMLLGAD-----G-ILSEA---RW-LL-----------DVGLLPNS------------------------NSA------TRAIGYRQAMEYL----------------LR--CRE-DGGWSSAGDFHD-------------------------------FL------SEFQKESRNFAKRQMTWF----RNEQI-----------------------------------------YE 'Bifidobacterium asteroides K4ILF2_BIFAP' EPRIVSIVGPTASGKTALGVALAQALQARGQ-----TAHIVNADAYQMYRGMDVGTAKPSA-GER-----QAVVHHLIDI---IEP-----EE--TMSVARFQAMARSLIA--DLRA---Q-GIRPIL-VGGSGLYTRAV----IDD-L--SF------------P--GTD-------P---AV----RAR---L----EE----R-AQEEG---PGL--LFRELQERDP-----EA-AARM-DPR-NVRRTVRALEV--M--------------EI-----T-G-R---PYSASLPRYRYLLS---------------------------------------A----------------------------LQLGL--D-L------PRE--ELDR-RIDQRTQAMRDQ-------G-LVDEV-------------------S-----------GLRNRLGTTA-------------------SRALGYQQILDYL----------------D--------G---------R-------T-D--L---D-----A--------AF------GLIAQKTKRLARKQMGWF----GRDPR-----------------------------------------IH 'Thioalkalivibrio nitratireducens L0E1C1_THIND' -HRVILLMGPTASGKSALAMELAEAI----------GGEIISVDSAQVYRGMDIGTAKPDA-ADR-----QRVPHHLIDL---RDP-----EE--TFSAADFAALAARRIR--EISA---R-GRTPLL-VGGTMLYFRAL----LEG-LDP-M------------P--AVD-------P---AV----RAE---L----RA----RLPEV-G---AQG--LHRELAAVDA-----AA-AARI-HPN-DPQRILRALEV--F--------------LS-----T-GR----PLS------------------------------------------------SFQSGG-----------------RRRAPAHWRSLALWPE--------DRA--RLRM-RINERFDAMLDA-------G-FVQEL---ER-LA-----------A-------------------RP-GLTA--EH-V-S------QRAVGYRQGWKWL----------------S--------G---------Q-------C-S--L---D-----E--------FR------QRSIDATRQLAKRQLTWL----RGQQG-----------------------------------------IE 'Clostridium stercorarium L7VMA4_CLOSH' DKTVIVIAGPTASGKTDLAINLALET----------DGEVVSADSMQIYRYMDIGTAKPTK-EEM-----RGIPHHMIDI---VDP-----GE--NYSVALYKRDAENCIR--DILS---R-GKLPIV-AGGTGLYINSL----IYN-I--KF-------G--E-T--VID-------E---EF----RER---M----RK----I-AETEG---PKV--LHEMLEKVDP-----ES-AAKI-HYN-NVKRVIRALEV--Y--------------EY-----T-K-K---PIS--------------QHQ-K--E--SRTE----PPE----------F--R-Y----------------------------LVFIL--S-M------DRE--RLYD-RINRRVDKMIQK-------G-LVDEV---RR-LL-----------K----------MGY------KP-GS-------T-A------LQGLGYKEIIRFL----------------N--------N---------E-------L-P--F---E-----E--------AI------RILKRDTRHFAKRQLTWF----RAIKE-----------------------------------------AV 'Ilumatobacter coccineus M5A3P6_9ACTN' -PPRVAIVGSTASGKSAVAMAVAERM---------HDVDLVSIDSMQVYRGMDIGTAKPTA-DEQ-----RRVRHHCIDL---VDA-----SE--EFTVAEFKPQVESALR--SIAA---A-DRRALL-VGGTGLYHRVV----IDD-F--DL------------P--GQY-------P---DV----RAD---L----EQ----E----SS---TEA--LHARLAELDP-----PA-AAKM-EPG-NRRRVVRALEV--T--------------IG-----S-G-R---AFS--------------SFG-P-------------GVDAYPPTP---------V----------------------------AQIAI--R-R------PRE--VIAA-RVEQRVHRMIAA-------G-LVDEV---AS-LY-----------D----------AGM-----------SR-----T-A------LQALGYKEIVSAI----------------R--------G---------E-------I-D--Q---D-----E--------AI------DMIITRTRQFAVRQERWF----RRDPR-----------------------------------------VR 'Pneumocystis murina M7P9B6_PNEMU' LRNICVIIGATGSGKSKLGVALAKAF----------SGEIINGDAMQIYEGLDVLTNKQPL-EER-----QGVKHHLLGY---LNI-----T-DA-YNVFQYEKEALYI--IERLHE---K-KTLPVF-IGGTHYYIQSV----L---FKNALLSKKK-------------EV--------GET----EEK------ILDKEEEKKEYMSSHLLNMSTVDLYSHLKEIDP-----LI-AKRW-HPN-DRRKIQRSLEI--Y--------------YE-----T-G-T---RPSDLYNEQRQHSDKREVPRFR-----------------------------T------------------------------CIFWVY-C--------DYK--VLDE-ILDKRVDKMCDS-------G-LFDEI---NM-MY-----------DVWNTLD------------KQKI----------DLDVQKGIWQAIGFKEFLPYL----------------QLPKN-----SKEQ----TR-------N--RYL---L-----N--------AI------ASMKLATRQYARKQVKWI----KNKLYPLCKA----------AGMNIRFYLLDATNL-S----LWDTQIQ 'Eutypa lata M7T4Q1_EUTLA' ----------------------------------------------QMYRGLPVITNQISP-EEQ-----KGIPHHLLAM---IDH-----H-EPTWTIHNFASEARKV--IGGIRS---R-GKLPIV-VGGTHYYINSL----L---FEDSVLGKQQQRQQPDDD---TTRAAEEEA---TSA----Q------FPILDA-STDV--------------MLNRLREVDP-----IM-ADRW-HPS-ERRKIRRSLEI--Y--------------LA-----T-G-K---KASDIYAEQQLSRTTLKEAEGP---------WE------------------A------------------------------LMFWVY-S--------KPD--VLQE-RLNRRVDKMVER-------G-LMSEV---RD-LH-----------EHLRRRA------------EAGE----------TVDRTKGIWQSIGFKQLEPFL----------------NAERN--------GSS--PE-------ELKKLK---E-----T--------GL------EEMRIATRQYAKSQIKWL----RGKTVPGLKE----------HDALRYLYLLDSSNAGN----LTADVIQ 'Acidiphilium cryptum MIAA_ACICJ' ARPLLIVAGPTASGKSALALAAAQRF----------GGTIINADAMQCYADWRIITARPTP-ADE-----AAAPHRLYGV---RRL-----EE--AVDAAWWRGRALAELA--AA--------ELPIL-CGGTGMYLSSL----VNG-I-API------------P------------DPGPNA----RAE---A----RR----MLAA-DG---PAA--LHAWLAARDP-----AT-ATKL-RPS-DPQRLARAAEV--L--------------LG-----T-G-R---GLAAWHAA-PRAGLA-GY-R---------------------------------V----------------------------MLLLLDP---------PRP--ALRE-AIAARFEAMLAA-------G-ALAEV---AA-VA----ARAPDP-A-------------------------------LPG------LRAHGVPELLAHL----------------A--------G---------A-------I-S--L---D-----E--------AA------SRAIAATAAYTKRQATWF----RHQKLAD---------------------------------QRNTHTIR 'Agrobacterium vitis MIAA_AGRVS' NFDAILITGPTASGKSALALRLAAEV----------GGVVINADSMQVYDTLRVVTARPSE-EDM-----QAVPHHLYGH---VVA-----GA--AYSTGDWLRDVAVLLQ--DLQA---Q-NRLPVI-VGGTGLYFKAL----TGG-L-SDM------------P------------AIPEAV----RVM---L----RQ----RERV-EG---AES--LHRDLTLRDP-----TV-AARL-DPR-DGQRIIRALEV--L--------------EV-----T-G-Q---SISVFQTRS-GPMII-DPQR---------------------------------A----------------------------RKLVVLP---------DRK--LLHD-RINRRFAMMMDE-------G-AVEEV---EA-LL----AQNLSL-D-------------------------------MPA------MKAIGVSQIAAML----------------K--------G---------E-------I-S--R---E-----D--------VI------EKSSAATRQYAKRQMTWF----RNQMNE--------------------------------------TWER 'Alcanivorax borkumensis MIAA_ALCBS' SLPILLLMGPTCSGKTALAIEAAQTL----------PIEIINVDSALVYKGLNIGAARPTE-EEL-----ALAPHRLLGF---RDL-----TE--PYSAADFRADALKHIE--QIHN---N-GKLPLL-VGGTVLYFKAL----VEG-LAP-L------------P--EAD-------P---VV----RAE---I----AA----LADAQ-G---WPA--VHQALAEVDP-----VT-AARL-KPT-DKQRLQRALEV--F--------------RL-----T-GR----PLA------------------------------------------------AFHAEHDKTLTKSRDGLSQ----FSGLPYPVLSTALAPQ--------DRA--WLHE-QIALRFRAMLNS-------G-LQEEV---EA-LR-----------Q-------------------QP-QLNA--DL-P-G------IRAVGYRQMWEYL----------------D--------G---------M-------Y-G--Y---D-----S--------MV------ERGIIATRQLAKRQFTWL----RKWPE-----------------------------------------LQ 'Amoebophilus asiaticus MIAA_AMOA5' NKYLIVVVGPTAVGKTDLCIYIAQYF----------KTEIISADSRQYYQCMRIGTAQPTI-AQR-----QEVRHHFIDC---FPI-----NT--FYSAGKFGKESLDLIN--DLFN---K-HQYLLL-TGGSGLYIQAV----CEG-L-DEM------------P--EIS-------L---EI----RGY---F----NN----K-YKKEG---LSA--LVKELSIQDP-----DY-YKIV-DLN-NPQRVIRALEV--C--------------MA-----T-G-K---PYS--------------QFRLQKKEEHVRP------------------F--K-M----------------------------IKIGL--N-L------DRN--LLYQ-RIDQRVDQMMEQ-------G-LLEEV---RA-LY-----------P-----------Y---R------DC-------N-A------LQTVGYQELFGYL----------------D--------K---------R-------Y-T--L---E-----E--------AI------SLIKRNTRRYAKRQLTWF----TRQ-T----------------------------------------DIK 'Aquifex aeolicus MIAA_AQUAE' --KILVIGGPTAIGKSDLACCVAQKL----------NGEIISADSMAVYKFMDIGTAKP-L-ECM-----KKVPHHLIDV---VEP-----GG--YFDAKIFEEMAKEKIE--EIKR---K-GKVPIV-VGGTYLYIQAL----LYG-I--DE-------T--P-K--PDW-------N----L----RNK---L----YE----I-ARKKG---NDY--LYEKLKAIDP-----KY-AKKI-HKN-DLRRIVRALEV--F--------------IN-----T-G-K---PFS--------------SF----HS-WNKPK-----------------M--D-F----------------------------VGIYL--K-R------SPE--SLYK-RIENRVYDMVKD-------G-LLEEV---KK-LL-----------E----------MGY------EN-FL-------T-S------GQAIDYKEFVPCA----------------K--------G---------E-------K-S--L---E-----E--------CI------KEAIKNTKKQAKRQIRWF----RKQGW-----------------------------------------HE 'Bacillus clausii MIAA_BACSK' QEPLIAIVGPTAVGKTALGIELAKTF----------GAEIISGDSMQVYRTMDIGTAKATV-EEM-----AGIPHHLIDI---LEP-----GD--TWTVSMFQEKALLAIA--SIRS---R-GKWPLL-VGGTGLYVQAL----THE-L--SF-------G--D-A--PSD-------S---SF----REE---M----EL----Y-ASRFG---NAA--LHGKLAKADP-----NA-AEAI-HAN-NVRRVIRALEV--I--------------HL-----T-G-K---PFS--------------E---Q--E--NGLA----RPR----------F--D-N----------------------------VLIGL--E-M------ERQ--ALYE-RINRRVDAMMEA-------G-LLEEV---HR-LY-----------Q----------RGI-------Q-G--------Q-A------IQAIGYKELYAYF----------------D--------G---------K-------C-T--Y---D-----E--------AI------EALKTNSRRYAKRQLTWF----KNRSD-----------------------------------------AV 'Bacillus subtilis MIAA_BACSU' KQPVVILVGPTAVGKTNLSIQLAKSL----------NAEIISGDSMQIYKGMDIGTAKITE-QEM-----EGVPHHLIDI---LDP-----QD--SFSTADYQSLVRNKIS--EIAN---R-GKLPMI-VGGTGLYIQSV----LYD-Y--TF-------T--E-E--AND-------P---VF----RES---M----QM----A-AEREG---ADF--LHAKLAAADP-----EA-AAAI-HPN-NTRRVIRALEI--L--------------HT-----S-G-K---TMS--------------QHL-K-----EQKR----ELL----------Y--N-A----------------------------VLIGL--T-M------DRD--TLYE-RINQRVDLMMQS-------G-LLPEV---KR-LY-----------D----------KNV-------R-DC-------Q-S------IQAIGYKELYAYF----------------D--------G---------F-------V-T--L---S-----D--------AV------EQLKQNSRRYAKRQLTWF----RNKMQ-----------------------------------------VT 'Baumannia cicadellinicola MIAA_BAUCH' LPIAIFIIGPTASGKTNLAIKLRQKL----------PVEIISVDSALIYRGMDIGTAKPNH-EEL-----TQAPHRLINI---CDP-----AE--SYSTANFCLDALNEMT--VITA---A-GRIPLL-VGGTMLYFKSL----LHG-LSP-L------------P--PAN-------V---EI----RTL---I----QR----EAKAV-G---WAA--LHQKLKKIDL-----VA-ANRI-HPN-DSYRLLRALEV--F--------------LV-----S-GN----TLT------------------------------------------------EMIQKS-----------------GNALKYQVYQFAIMPV--------NRS--LLHD-RITRRFHQMLAN-------G-FEYEV---SQ-LF-----------A-------------------RT-DLNT--NM-S-S------IRCVGYRQMWSYL----------------A--------G---------E-------T-N--Y---H-----E--------MI------FRAISATRKLAKHQITWL----KSWQN-----------------------------------------IC 'Borrelia burgdorferi MIAA_BORBU' EDRVVFIFGPTAVGKSNILFHFPKN-----------KAEIINVDSIQVYKEFNIASSKPSK-NLM-----KHIKHHLVDF---LDP-----EK--DYTIGIFYEQALKIVK--EIRQ---K-KKIPIF-VGGTAFYFKHL----KDG-F----------------P--STP-------LVTSKI----RIYVNNL------------LELKG---KSY--LLKELKNVDP-----IR-FNML-NKN-DIYRIKRSLEV--Y--------------YQ-----T-GI----PIS------------------QFQKKQSSEF--------------------KNI----------------------------VIIGL--K-R------SFE--DLKT-RISIRINEMLNS-------G-LLSEI---KG-LF-----------S-------------------------------KGYNENTPAFKGIGYNEFLLWK----------------S------------------R----------------PCYGLND--------II------GLINKNSFLYAKRQMTFF----AKISD-----------------------------------------VL 'Chlorobium phaeobacteroides MIAA_CHLPD' QKTILAILGPTASGKSALAFSIAKEI----------NAEIISADSRQIYRELNIGTAKPSQ-ETL-----RQIKHHFVNE---LSI-----GD--PFTAGNFAREASARIR--NILH---S-GKNVLI-AGGSTLYLEAL----LNG-F-ADL------------P--PAD-------T---EK----RQQ---L----AI----E-LETFG---SKH--LFERLRQLDP-----LQ-AATL-DHT-KTQRLVRSLEI--I--------------EL-----S-G-H---TVT--------------EMQ-KK---HIQPL----AD-----------I--N-V----------------------------ITCGL--S-L------PRP--LLYE-KINRRTDQMLAS-------G-LLQEA---VA-LF-----------T-----------KYYPYCDVI--TT-------N-A------LQTVGYQELFAYL----------------D--------E---------K-------T-D--F---K-----T--------AI------TLIKQHTRNYAKRQLTFF----KNR-L----------------------------------------NVN 'Chlamydia trachomatis MIAA_CHLTR' KRTVILLAGPTGSGKTAVSLKLAPLV----------DGEIISVDSMQVYQGMDIGTAKVSL-TDR-----KEVPHHLIDV---CHV-----QE--SFNAVDFYYHAVQACQ--DILS---R-NKVPIL-VGGTGFYFHTF----LSG-P----------------P--SGP-------SPDFVL----REQ---L----TL----E-AQERG---ISA--LYQELELLDP-----VY-AATI-TKH-DKNKIIRALEI--I--------------RK-----T-G-S---KVS--------------SYAWQ-------STVNE--SKE---------Y--H-C----------------------------RRWLL--S-P------DPE--LLRH-NILERCDQMLEE-------G-LLDEV---QA-LL-----------A----------AGI------KG-NS-------S-A------SRAIGYREWIEFL--------------DLG-------SP---------P-------D-L--F---E-----I--------TK------QKFITNTWRYTKKQRTWF----KRYSL-----------------------------------------FR 'Clostridium tetani MIAA_CLOTE' 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GKPLISILGPTGVGKTDLAFRLACSL---------DKANILSVDTGSFYKAATIGTAKPPK-EFT-----SRVRHWFIDI---LEC-----QE--VYSVGAFVSDCSSILQ--DLWA---E-GVTPIV-VAGTLFYYYAL----V--------------------GERSFSAVPS-----DSTV----REK---V----EE--------KARVYGEEY--LRQELRKVDP-----ER-EKNI-LPG-DIRRLTRALEI------------------A-----ELGFK---PTE--AVVTNKLDFDI-N----------------------------------------------------------------LKIGL--K--------MPR--DLYRTRLRDRVEYMISA-------G-LIEEV---QDILS-----------K-------------------------------TG-NSSLPCLNQIGYKEVCSYL----------------K--------G---------E------------IKNKD-----E--------LV------ERIFLSHWTYARKQIKWL----KKDKT-----------------------------------------IV 'Cyanothece sp. MIAA_CYAP4' RPGLIVICGPTATGKSGLAIALAEYL----------NTVILSADSRQVYKEFDIGTAKPTV-QER-----QQVAHYLIDI---CEP-----TD--NCTLAQYQEQANQLIQ--HFHQ---Q-GKTPLL-VGGTGLYIQAV----TEG-L-----------IIPRVAPQV-------------EL----RSQ---L----AQ------LAQTQ--------LYAYLQQVDP-----VS-AQRI-HAN-DQVRTLRALEV--Y--------------YV-----T-G-I---PLS--------------QQQGRNP----PSY--------------------P-I----------------------------CKIGL-----------ESE--QLTH-RIQQRTLQMLEK-------G-WLAEV---EF-LL-----------K-------------------------------Q-YGDDLPLLKTLGYAEMKQHI----------------A--------G---------E-------T-S--L---E-----E--------AI------QLTVLHTRQFAKRQRTWF----R-ADA----------------------------------------EIT 'Desulfatibacillum alkenivorans MIAA_DESAA' KEKIVVIAGPTGVGKSASTLPLAREF----------GGEIISADAVSVYRCLDIGAAKPGM-EDR-----RLVPHHMIDV---VDP-----DE--DFDANIYAAQARAIAQ--SLHE---S-DKRVFV-DGGTGFYIKAL----LYG--LFTE------------G--RSD-------P---EL----RDS---L-----R----REAAQLG---SHA--LHDRLKDLDP-----PS-AKRI-HPN-DAYRITRALEI--C--------------IL-----T-G-K---P-----------------------ASAQQAAHGFEESP----------YDVLFF----------------------------C---L--H-R------ERE--ILYQ-RTDQRVDQMLAM-------G-LEQEV---RG-LL-----------E----------NGY------GP-EL-------K-S------MQSIGYRHMCQYI----------------T--------G---------A-------L-N--Y---E-----D--------AV------TLMKRDTRRLAKRQMTWF----KAYPE-----------------------------------------IR 'Escherichia coli MIAA_ECOLI' LPKAIFLMGPTASGKTALAIELRKIL----------PVELISVDSALIYKGMDIGTAKPNA-EEL-----LAAPHRLLDI---RDP-----SQ--AYSAADFRRDALAEMA--DITA---A-GRIPLL-VGGTMLYFKAL----LEG-LSP-L------------P--SAD-------P---EV----RAR---I----EQ----QAAEQ-G---WES--LHRQLQEVDP-----VA-AARI-HPN-DPQRLSRALEV--F--------------FI-----S-GK----TLT------------------------------------------------ELTQTS-----------------GDALPYQVHQFAIAPA--------SRE--LLHQ-RIEQRFHQMLAS-------G-FEAEV---RA-LF-----------A-------------------RG-DLHT--DL-P-S------IRCVGYRQMWSYL----------------E--------G---------E-------I-S--Y---D-----E--------MV------YRGVCATRQLAKRQITWL----RGWEG-----------------------------------------VH 'Exiguobacterium sp. MIAA_EXISA' KTPVVVIVGPTAVGKTKTGIELAKAF----------DGEIVSGDSVQVYRGMDIGSAKVTK-EEA-----EGIPHHLIDI---CDP-----DD--AMSVAMFQQLARAAID--DIYA---R-GKLPII-VGGTGLYIRSI----LYD-Y--EF-------V--E-R--PVD-------E---AL----REE---L----ER----L-AEVEG---REA--LHQRLVQLDP-----ER-AATI-HPN-NVRRVVRALEV--A--------------MQ-----G-D-T---QTT--------------D----------SAP----SEH----------Y--D-Y----------------------------RLFVL--H-A------DRE--ILYD-RINQRVDAMMEA-------G-LVEEV---ER-LL-----------A----------QGY-------R-DT-------Q-A------MRAIGYKEIIPYV----------------E--------G---------K-------I-S--K---D-----R--------AT------DLLKQHTRQFAKRQLTWF----RHQFD-----------------------------------------GI 'Finegoldia magna MIAA_FINM2' RKKCIVIVGPTGVGKTRLSIFLAKRL----------SSEIISADSMQIYKYMDIGTAKVEP-KYQ-----RVIKHHLIDI---VEP-----YE--NFNVEQFKNLCIEKIE--EISS---K-NKIPII-VGGTGLYINSI----THK-L--EF-------N--A-V--KSD-------D---KL----REE---L----EN----I-SLQYG---NEK--LHEILEDIDP-----KS-ADKI-HMN-NVRRVIRAIEV--C--------------KL-----T-G-H---KFS--------------EIN-D--K--FDHY----NDD----------Y--D-F----------------------------YIIGL--N-D------DRQ--VLYE-RINKRVDEMIDE-------G-FMAEC---KY-IY-----------E----------M-T------DE-NS-------Q-S------IQAIGYREAFMYL----------------N--------N---------K-------I-S--F---K-----D--------MI------SLMKKNSRKYAKRQLTWF----RQDKR-----------------------------------------IH 'Fusobacterium nucleatum MIAA_FUSNN' LNKAIVIAGPTGVGKTKISIDLAKKL----------NAEIISSDSAQVYRGLNIGTAKIRE-EEK-----EGIKHHLIDI---VEP-----VL--KYSVGNFEKDVNKILN-----Q---NSEKNFLL-VGGTGLYLNSV----TNG-L-SIL------------P--EAD-------K---KT----REY---L----TT---------LN---NQA--LLELALKYDE-----EA-TKEI-HPN-NRVRLERVVEV--F--------------LL-----T-G-Q---KFS--------------ELS-KK-NIKNNN------------------F--K-F----------------------------LKIAL--E-R------NRE--NLYD-RINKRVDIMFAQ-------G-LVDEV---KN-LY-----------K-----------IYG-D------KL-------Y-S------LNIIGYNEIIDYI----------------N--------A---------K-------I-S--L---D-----E--------AV------YQIKLNSRHYAKRQFTWF----KAD-K----------------------------------------EYQ 'HI_0068 Haemophilus MIAA_HAEIN' KPTAIFLMGPTASGKTDLAIQLRSQL----------PVEVISVDSALIYKGMDIGTAKPSK-EEL-----ALAPHRLIDI---LDP-----SE--SYSAMNFRDDALREMA--DITA---Q-GKIPLL-VGGTMLYYKAL----IEG-LSP-L------------P--SAD-------E---NI----RAE---L----EQ----KAAQQ-G---WAA--LHTELAKIDP-----IS-AARI-NPS-DSQRINRALEV--F--------------YI-----T-GK----SLT------------------------------------------------ELTEEK-----------------GEALPYDFVQFAIAPQ--------DRH--VLHE-RIEQRFHKMIEL-------G-FQAEV---EK-LY-----------A-------------------RG-DLNI--NL-P-S------IRCVGYRQMWEYL----------------Q--------G---------D-------Y-A--Y---E-----E--------MI------FRGICATRQLAKRQLTWL----RGWKT----------------------------------------PIQ 'Halothermothrix orenii MIAA_HALOH' NSTLIVILGPTAVGKTSLSLQLARDI----------NGEIISADSMQIYKDMDIGTAKASQ-KER-----NIIPHYMIDI---IKP-----DQ--EFSVAEYQAMVDNLIP--GIVY---R-NKVPIL-VGGTGLYIRAV----IEG-F--LF-------P--E-M--DKN-------I---EL----RQK---L----QK----E-AQQYG---NKY--VYNKLKKIDP-----EL-AKKL-HPN-DLRRVIRGIEV--Y--------------HQ-----T-G-K---TMT--------------YFKKE-----KQKK----GDR----------Y--R-N----------------------------LKIGL--Y-R------ERE--ELYK-RINKRVDIMIEQ-------G-LIDEV---KY-LL-----------T----------KYP------DL-SK-------T-A------RQGLGYKEIIGYL----------------K--------R---------E-------Y-D--R---E-----E--------AI------RLLKRNTRRYAKRQLTWF----RRDQD-----------------------------------------IN 'Helicobacter pylori MIAA_HELPY' PKKLIALLGPSGSGKSALSIELAQEL----------DAEIFSLDSLSIYKDINIASAKPSL-KER-----KNIKHYALDH---LNI-----DE--KNNAPLFKTLLEDAMR--VSS------KEILLI-VGGSSFYLKSI----LEG-L-SRM------------P------------KLSGEE----VVK---I----ER----E--I-AT---LSN--PYIFLKSIDP-----NM-AFKI-HPN-DTYRTHKALEI--F--------------YA-----T-C-T---PPSEYFKANPKKPFE-HAIS---------------------------------L----------------------------FALSI-----------EKS--ALHN-NIKRRTKNMLHS-------G-LVEEI---KA-LY----TQY--PKD-------------------------------SQP------FKAIGVKESVLFL----------------E--------K---------R-------L-T--L---K-----E--------LE------EAITSNTMKLAKRQNTFN----KTQFNN--------------------------------------LYVG 'Herminiimonas arsenicoxydans MIAA_HERAR' KPLVVSIMGPTASGKTATALAIAEQI----------PSEIISVDSALVYREMNIGTAKPTD-EER-----ASVPHHLIDI---LDP-----LD--AYSVMQFRQDALRLVA--EISA---R-GKLALL-VGGTMLYFKGL----KDG-LDA-L------------P--QAD-------A---AL----RAE---L----DA----EAALI-G---SPA--MHAKLAKLDP-----IT-AARL-KPN-DTQRIQRALEI--I--------------TL-----T-GQ----PMS------------------------------------------------ALLAQAP----------------KSELPFTLLPIALEPS--------ERS--VLHA-RIATRFDAMLKD-------GGLLDEV---RA-LR-----------A-------------------RG-DLHP--GL-P-S------MRCVGYRQSWEYL----------------D--------G---------A-------Y-G--L---A-----E--------LR------EKGIAATRQLAKRQLTWL----RGMPE-----------------------------------------RQ 'Hyphomonas neptunium MIAA_HYPNA' -HPAILIHGPTASGKSALAIELARKL----------GGEVINADSMQVYSDLQVISARPTE-EEM-----AGVPHHLFGY---VDA-----GR--RYSTGEWLESARSVLK--RLQR---Q-NKHAVI-VGGTGLYLLAL----TQG-L-SDI------------P------------PVPEDI----RAE---V----KA----ISES-EG---ADG--LRLRLAPHDP-----EL-AERL-GTG-DRQRLARAYEV--W--------------LA-----T-G-R---QLSEFQNE-RQPPVL-KEGE---------------------------------W----------------------------VGFALTP---------PRA--ALYK-KIDRRFEGMLMQ-------G-AVAEA---RA-LV----SRNLDP-E-------------------------------LPA------MKALGMPSIAAFV----------------R--------G---------E-------I-S--A---E-----E--------AA------ESAKRESRRYAKRQFTWI----GRQFP-------------------------------------FWPRIP 'Leifsonia xyli MIAA_LEIXX' ----------------------------------------------QLYRGMDIGTAKLPP-GEW-----RGLPHHLFDV---LDV-----TD--EAAVARYQPEARRVVQ--EIRE---R-GSTPIL-VGGSGLYVSSV----VFD-F--RF------------P--GTD-------T---AL----RAR---L----EA----E-LAAQG---PGT--LFQRLLARDP-----EA-AKRI-GSS-NGRRIVRALEV--A--------------EL-----T-G-A---AVSGALPEEPKPWVP--------------------------------------V----------------------------RVLGL--A-A------PRE--ELVQ-RLDARVERMWAE-------G-LLAEV---EG-LI-----------------------PLGIERSVTA-------------------RRAIGYAQALAEL----------------T--------G---------E-------L-T--R---S-----Q--------AQ------AQTQRLTRRYARRQLSWF----KRYPG-----------------------------------------IH 'Listeria monocytogenes MIAA_LISMO' KIPVIVIVGPTAVGKTSLSIELAKKL----------DGEIISGDSMQVYRGLDIGTAKITP-EEM-----DEIKHYLIDV---TDP-----SE--PFTAAKFQTETRKWIE--TIHQ---A-GKLPII-VGGTGLYIQSV----FYD-Y--DF-------G--N-V--SED-------K---AY----RAE---L----EQ----L---------NKTL-LWQMLEQQDP-----ES-AAQI-HEN-NKRRVIRALEV--M--------------HL-----T-G-K---PFS--------------EYQ-VHNV--LNDT-----------------Y--K-P----------------------------LFLGL--D-L------DRA--LLYE-RINQRVNLMFEE-------G-LVTEA---KK-LY-----------D----------Q-H------LV-DV-------P-A------VCGIGYKELFPYF----------------E--------G---------K-------S-S--L---E-----E--------AK------ELIQKNSRHFAKRQLTWF----RNRME-----------------------------------------ID 'Magnetococcus marinus MIAA_MAGMM' --------GPTASGKTGLALHLAEHF----------PLEIVNADSVQVYRGMDIGSAKPTL-QER-----QAIVHHLIDV---TTP-----DD--PFSAGRFRTAALEVIE--DCHR---R-GVIPAL-VGGTGFYFRAV----EQG--IAEI------------P--EVD-------A---QI----VAE---L----NR----RVCDEVG---LAC--CYAQLQQVDP-----PW-AARV-EPG-DRQRIVRGLSV--Y--------------LA-----S-G-Q---PLS-----------------YWQQLSCQQAPEG----------------PALRI----------------------------CKLAI--E-W------PRE--QLYA-RINQRFEQMLKE-------G-FMEEV---QG-LL-----------S----------RGY------HG-DL-------P-A------MRAVGYRALIGYL----------------Q--------G---------A-------Y-D--L---A-----R--------AV------ELGQRDSRRYAKRQITWL----KAEPG-----------------------------------------LQ 'Methylacidiphilum infernorum MIAA_METI4' NKPVFFLVGSTGIGKTAIAHRIADEI----------GLSLLSIDSMQVYRKLDIGTAKPSL-SER-----IRYRYGGIDL---VDW-----KD--SFNAFLFVQQACHYL------AKEWE-NRRGVLAVGGCGLYFRAM----TRG-LCNA-------------P------------PANLQL----RTE---L----EK--------------MDRITLLERLTRIDP-----SA-VAWV-DCS-NPRRIIRAIEV-----------------KE-----TSG------ISLIEWQKKTTLPLVTPF---------------------------------------------------------------LAFWI-----------DRPQPEAEI-RLRRRIKKMFER-------G-WEEET---LM-LI-----------E-------------------------------EGGMEAVEKCKAIGYKLIGQFL------------------------------------------------LQKRKNREELE----------------EAIYRQQHGYAKRQKTWF----KKEPS------------------------------------LCYYLLK 'Microcystis aeruginosa MIAA_MICAN' LPILIVICGATATGKSSLALQLAEKF----------NSVILSADSRQIYREFNIGTAKPSL-EEC-----QRIPHYLIDI---CDP-----QD--NFTLAQYQEQAEDLI----NNL---H-YSPLFL-VGGTGLYIKSI----VKG-L-----------KIPRVSPQA-------------DL----RRQ---L----QA------LGQSY--------LYQILTQVDE-----EA-AKKI-HPH-DQVRTLRALEV--F--------------YL-----T-G-K---PIS--------------SQQGENP----PTY--------------------P-I----------------------------LQIGL--DCS------PES---LGK-RITVRTDQMIAR-------G-LVAEV---QN-LG-----------D-------------------------------K-YGWDLPLLQTLGYAEIKQYL----------------L--------G---------E-------I-S--L---E-----Q--------AI------DLIILHTRQFAKRQRTWF----R-ADA----------------------------------------DII 'Mycobacterium leprae MIAA_MYCLE' ----LAIVGPTGVGKSELALDVIERLGGQV------SVEIVNADAMQLYRGMDIGTAKLPV-AAR-----RGIPHHQLDV---LDV-----TE--TATVASYQRTAAADIE--AIAA---R-GAVPVV-VGGSMLYVQSL----LDD-W--SF------------P--GTD-------P---AV----RVR---W----EQ----Q-LAEVG---VVR--LHAELARRDL-----AA-AAAI-LPT-DGRRTVRALEV--V--------------EL-----T-G-K---PFAASAPRI------GAPRW-------------------------------D-T----------------------------VIVGL--D-C------DRT--ILSE-RLARRIDSMFGQ-------G-LVDEV---RM-LL-------R---W-----------GLRD--GVTA-------------------SRALGYAQVLTAL----------------D--------A---------G-------G-D--ADHLD-----E--------AR------QQTYLGHRRYARRQRSWF----HRDHR-----------------------------------------VH 'Myxococcus xanthus MIAA_MYXXD' RPLLTVIAGPTASGKTALAIALAQRA----------GGEIVSADSQQVYRHFDIGTAKPSS-EEL-----AAVPHHLVSA---VDP-----ME--AFSAVEYQRRADAVIA--EIAA---R-GRPVFV-VGGTGLYLRVL----LHGVL-------------------EAP-------GALPEL----RAE---L----EA----L-AAGEG---REA--VHRRLAEVDP-----ET-AAKL-PPQ-DLVRVIRALEI--H--------------AQ-----T-G-V---PASAFRKAHAFAPDRYP------------------------------------F----------------------------QLYVL--S-P------PRD--VLYG-LINTRTRMLFER-------G-LVEET---RE-LL-------------------------------------------ARGYADSAPMRSVGYVQARAVV----------------E--------G---------R-------M-T--R---E-----E--------AI------HDTAQETRRYAKRQLTWF----RKEPG----------------------------------------AVF 'Neisseria meningitidis MIAA_NEIMB' TPKAFALLGPTAGGKTALALKIAETL----------PVEIISLDSALVYRDMDIGTAKPSA-SER-----AFVPHHLIDI---IPP-----TE--SYSAARFVEDCTRLVG--EISS---R-GRFALI-VGGTMMYFRAL----TQG-LND-L------------P--EAD-------A---CL----RAD---L----DE----QKQMY-G---LDF--LYRTLQKVDP-----ET-ACRL-KPN-DSQRIGRALEV--Y--------------YL-----T-GK----PMS------------------------------------------------THLGSLT----------------SHTLPFDLHTAALIPE--------NRA--RLHE-NIALRFHLMLEQ-------G-FIGEV---EN-LR-----------R-------------------RYPGLTA--YS-P-A------IRCVGYRQAWKYL----------------D--------G---------K-------T-D--F---P-----A--------FV------EKGIAATRQLAKRQLTWL----RK-TP------------------------LDC--------------VA 'Nocardioides sp. MIAA_NOCSJ' RTPIVAVVGATASGKTGLSLDLAERL----------RGEIVNTDAMQVYRGMDIGTAKLPV-AER-----RGIPHHLLDT---LTV-----RD--PATVAEFQSWARAEIA--EIRG---R-GRTPVL-VGGSALYTRAI----LDR-F--EF------------P--GTD-------E---AV----RRR---L----EA----E-LDALG---PAA--LHERLRAVDP-----EA-ATRI-LVE-NGRRIVRALEV--V--------------EI-----T-G-R---PFTASLPTMEY----ADPR----------------------------------T----------------------------VQVGV--D-I------DRP--TLDA-RIVARVDAMFAA-------G-FVEEV---ER-LLA------E---------------GLAE--GRTA-------------------GRAIGYREVASYL----------------T--------G---------E-------L-S--L---A-----E--------AR------ERTVSATRRFSRRQDSWF----RKDPR-----------------------------------------VT 'Oceanobacillus iheyensis MIAA_OCEIH' KETVISIVGPTAVGKSLLGIEMAKRF----------NGEVISGDSTQVYKGMDIGTAKVTK-EEM-----DGIMHHMIDI---ISP-----DE--SFSVADFQLHAKKCID--DVLG---R-GKLPIL-VGGSGLYIQAV----LYN-Y--NF-------S--E-Q--RRD-------E---SF----TKK---L----EE----I-IEEEG---PNQ--LYTRLKEVDP-----VQ-AAKV-HPN-NHRRLIRALEV--Y--------------ET-----T-G-M---TMT--------------EY--Q--Q--QQQL----ESP----------Y--H-L----------------------------ILIGL--D-M------DRD--VLYD-RINQRVDHMIDT-------G-LIEEV---RD-LI-----------D----------RGY-------E-NC-------Q-S------MHAIGYKEIIQHI----------------S--------G---------N-------Q-P--M---E-----Y--------AI------DALKQHSRKYAKRQLTWF----RNKMN-----------------------------------------VQ 'Prochlorococcus marinus MIAA_PROMA' KPLVIVLLGPTASGKTDLAIQIAKKI----------KVSIHNIDSRQLYKGMNIGTAKPTI-EQQ-----EEIKHYLLDL---KDP-----NN--PITLHEFKKEAELSLK--NIFS---K-EKCGFL-VGGSGLYLKSL----TSG-L-----------CPPSVPAQE-------------KL----RKE---F----RR------LGQKE--------CHQILKKCDP-----IA-WEKI-SPR-DSIRTIRALEV--F--------------YS-----T-G-Q---TIS--------------SLKTLKP----PDW--------------------N-L----------------------------LELGL--DPR------N-----LQQ-RIAKRTKILFQK-------G-LIDET---KA-LI-----------H-------------------------------Q-YGEDLPLLQTIGYKEACTVI----------------K--------G---------E-------Y-S--I---T-----E--------AI------EITTQRTNQFAKKQRTWF----R-RQH----------------------------------------NPK 'Pseudomonas stutzeri MIAA_PSEU5' LPPAIFLMGPTASGKTDLALELARVL----------PCELISVDSALVYRGMDIGTAKPSA-DVL-----AQFPHRLVDI---LDP-----AE--SYSAAEFSSDALAAMA--EITA---A-GRIPLL-VGGTMLYFKAL----QEG-LAD-M------------P--AAD-------A---SV----RAE---L----EA----LAASE-G---LQV--LHDRLAQVDP-----ES-AARI-HPN-DPQRLVRALEV--Y--------------CV-----S-GL----TMS------------------------------------------------EHRARQRSQKAGP------DAPGSGVLPYTVAQLCIAPA--------QRH--ILHE-RIERRFRHMVEQ-------G-FVEEV---EA-LR-----------S-------------------RG-DLHL--GM-P-S------IRAVGYRQVWEYL----------------D--------G---------S-------S-T--R---E-----E--------MV------ERGIIATRQLAKRQFTWL----RSWGE-----------------------------------------VH 'Rhodopirellula baltica MIAA_RHOBA' FDDVIVLTGPTASGKTELALRVAETLAARTNGR--QEIEILSLDAIAVYRGMDIGSAKPTS-DQL-----ARAPHHLIDL---VDP-----WD--EFSVAEYLHSAHACVQ--DILE---R-SKRPMF-VGGTPMYLKGV----LRG-F-------------DAGP--PAD-------E---AF----RNA---V----EE-----DLRQHG---IGA--LRERLHQVDP-----LS-AAKI-DRG-DSRRMIRALEF--A--------------RA-----T-G-T---PIS--------------HRQLQFDTARSSHE----------------------G----------------------------LVFAL--R-V------PRP--VLHQ-RIEKRVEEMFAE-------G-LVAEV---QG-LL-----------A---------------LEQP----LSK-----T-S------RQAVGYREIIE-----------------------------------------------A--I---A-----A--------GDAPETAAERVVFHTRRLARRQETWL----RSFSE----------------------------------------IRG 'Rhodobacter sphaeroides MIAA_RHOS4' PDRPVLIAGPTASGKSALAARLVEDG----------GGAVVNADALQVYDCWRLLSARPSA-AEE-----AALPHRLYGH---VGA-----RQ--TYSAGHWLKEVAGVLA--E--------GLRPVI-VGGTGLYFSAL----TGG-L-AEI------------P------------HTPPEV----RAA---A----DA----RLAE-AG---LAR--MVAEL---DA-----ET-AARI-DLQ-NPARVQRAWEV--L--------------RA-----T-G-R---GLARWQAE-TAPPLL-PLSD---------------------------------A----------------------------TALVIRP---------DPA--WLAQ-RIDSRFDLMMAD-------G-ALDEV---RA-AL----PD-WDP-T-------------------------------LPS------ARAIGAPELVAHL----------------R--------G---------E-------I-P--L---D-----E--------AV------AAAKLASRQYAKRQRTWF----RNRMRL--------------------------------------W--- 'Saccharopolyspora erythraea MIAA_SACEN' APRLLAIVGPTGTGKSELAVDLAEEL----------GGEVVNADAMQLYKGMDIGTAKLTT-AER-----RGVPHHLLDV---LDV-----TE--TASVAAYQRHARHAVE--ELLE---A-GRTPLL-VGGSGLYVQAV----LDD-L--AF------------P--GTD-------E---QV----RAR---W----EE----E-LHLHG---AAV--LHRRLRELDP-----VA-ADAI-LPT-NGRRLVRALEV--I--------------EI-----T-G-R---PFSAHLPKP------GPPRY-------------------------------G-A----------------------------VLVGL--D-R------EVA--ELDD-RIDLRVTRMFDN-------G-LVEEV---RE-LEK------Q---------------GLRR--GRTA-------------------SRALGYQQVLAEL----------------D--------G---------A-------G-D--M---A-----A--------AA------AETAKLHRRFVRRQRSWF----RRDKR-----------------------------------------IH 'Solibacter usitatus MIAA_SOLUE' --PLVAVAGPTGSGKSELALLIAEKF----------HGEIVNCDSLQVYRHFDIGTAKLPL-GER-----RGIPHHLIDI---IDP-----NE--LFTAGEYARIARNTIA--DISA---R-GRLPIL-AGGTGFYLRAL----LDG-L-----------F--EGP--ARD-------Q---PL----RDR---L----TA----R-EARRA---GS---LHRILRRLDS-----VS-AAKI-HAN-DVPKVTRALEV--C--------------LL-----T-Q-R---PVS--------------ELF-ARGR-DSLRG-----------------Y--R-T----------------------------LKLGL--L-P------DRE--VLYP-RLDARCAWMFEN-------G-LVDEV---RA-IL-----------A----------LGF------AA-EC-------K-P------FESHGYKQALQHI----------------R--------G---------E-------L-N--L---R-----E--------AI------FYAQRNTRNYAKRQITWF----RREPE-----------------------------------------LV 'Staphylococcus carnosus MIAA_STACT' KPLLVVIVGPTAVGKTELSIELAKKI----------GGEIISGDSIQVYRGMDIGTAKVTK-EEM-----QGVPHYLIDI---LDP-----DE--PFSAFAFKERAQKLIT--EITE---R-GHIPII-AGGTGLYIQSL----IYD-Y--PF---------------DKEEISPEKEQ---EV----KEK---M----AQ------LESLS---NEA--LHDYLKSFDP-----DS-AEDI-HPN-NRKRVLRAVEY--Y--------------LK-----T-K-K---LLS--------------YRK-KTVQ--FTEN-----------------Y--D-T----------------------------LLIGV--E-M------SRE--ILYQ-RINCRVDSMLEH-------G-LLQEV---EQ-LM-----------N----------QGY-------T-SC-------Q-S------MQAIGYKELIPAV----------------N--------H---------E-------I-P--I---N-----Q--------AV------DKLKQHSRNYAKRQMTWF----KNKMD-----------------------------------------VQ 'Streptococcus agalactiae MIAA_STRA5' KIKLIAVVGPTAVGKTALGIELAKTF----------NGEIISGDSQQVYQKLDIGTAKASK-EEQ-----EQAYHHLIDV---REV-----NE--NYSVYDFVKEAKVAID--TIIS---K-GKIPII-VGGTGLYLQSL----FEG-Y--HL----------GGE--VNQ-------ETLMAY----REK---L----ES------LSDED--------LFEKL-----------T-EQSIIIPQVNRRRAIRALEL----------------------------A---KFG--------------NDL-QNSESP---------------------Y--D-V----------------------------LLIGL--N-D------DRQ--VLYD-RINRRVDLMMDN-------G-LLDEA---KW-LY-----------D----------N--------YP-SV-------Q-A------SKGIGYKELFPYF----------------S--------K---------Q-------I-P--L---E-----E--------AV------DKLKQNTRRFAKRQLTWF----RNRMN-----------------------------------------VE 'Streptomyces coelicolor MIAA_STRCO' APRVIAVVGPTAAGKSDLGVFLAQRL----------GGEVVNADSMQLYRGMDIGTAKLTP-EER-----GGVPHHLLDI---WDV-----TV--TASVAEYQRLARERID--ALLA---E-GRWPIL-VGGSGLYVRGA----VDN-L--EF------------P--GTD-------P---GI----RAR---L----EE----E-LELRG---PGA--LHARLAVADP-----EA-ARAI-LPS-NGRRIVRALEV--I--------------EI-----T-G-R---PFTANLP-G------HDSVY-------------------------------D-T----------------------------VQIGV--D-V------ARP--ELHE-RIALRVDRMWEA-------G-LVDEV---RA-LEA------Q---------------GLRE--GRTA-------------------SRALGYQQVLAAL----------------A--------G---------E-------C-T--L---D-----E--------AR------AETVRATKRFARRQDSWF----RRDPR-----------------------------------------VH 'Symbiobacterium thermophilum MIAA_SYMTH' KLPLVVLVGPTAVGKTALSVAVAQAV----------GAEIISGDSMQVYRGMDIGTAKIRP-EEM-----GGVPHHLIDI---KDP-----DE--EFSVAEFQARVDALIP--QICA---R-GRLPML-VGGTGLYVRAV----VEK-Y--TF-------T--P-M--EAD-------H---EL----RAR---L----RQ----E-EERHG---PGY--LHARLREVDP-----AS-AARL-HPN-DLLRIVRALEV--Y--------------EQ-----T-G-V---PIS--------------ATQ-TAAF--SEPR-----------------Y--D-D----------------------------LMIGL--T-M------DRA--QLYA-RIDERVDAMLAA-------G-WLDEV---RG-LL----------------------VRY------PP-HV-------R-A------MQALGYRELVLYL----------------R--------G---------L-------L-T--W---E-----E--------AV------ALIKRNTRRFAKRQFTWF----RKERR----------------------------------------LTW 'Synechococcus elongatus MIAA_SYNE7' KPGLIVLCGPTAAGKSSLAIAIAQRL----------GSPILSADSRLVYRDFNIGTAKPTP-AEQ-----QQVPHYLMDL---CDP-----RQ--VFTVGDYQDCAVPLIQ--QLQE---K-GMLPLL-VGGTGLYIKAI----VNG-L-----------RFPRIAPQP-------------KL----RSQ---L----QA------LGQPL--------CHALLQRVDP-----VA-GDRI-HVN-DRVRTLRALEV--F--------------YV-----S-G-D---RLT--------------DLQQEQP----PSY--------------------P-I----------------------------LQIGL-----------DSD--RLEA-RIQQRTQQMLTS-------G-FVEEV---QG-LC-----------D-------------------------------R-YGSDLPLLNTLGYRQVCAFL----------------Q--------G---------S-------L-S--R---S-----E--------LP------EQIVLQTRQYAKQQRTWF----R-ADS----------------------------------------SIQ 'Synechocystis sp. MIAA_SYNY3' VPPLIVICGTTASGKSQLALDLAQRL----------NAVILGADSRQIYKELDIGTAKPTL-GDR-----QTVPHYLIDI---CEP-----TE--NFTLAEYQRQAQELI-----AS---L-NQPILL-VGGTGLYIQAI----VKG-L-----------KIPAVPPQT-------------NL----REQ---L----AN------LGQPF--------CYQLLSQVDP-----VA-QSKI-EPA-DVVRTLRALEV--F--------------YA-----T-G-R---PIS--------------SLQGENP----PSY--------------------P-I----------------------------VQIGL--GLE------PEQ---LQP-RIVHRTHAMVEA-------G-LVKEV---EG-LI-----------N-------------------------------Q-YGEDLPLLHTLGYAEIKQYL----------------Q--------G---------Q-------I-S--L---T-----Q--------AT------ESIIVHTRQFAKRQRTWF----R-KDS----------------------------------------AIH 'Thermobifida fusca MIAA_THEFY' -STVIAVVGPTAVGKSDLSVALALRLTEHGL-----PAEIINADSMQLYQGMDIGTAKLTP-EER-----RGVPHHLLDV---WEV-----TQ--TANVADYQRMARAVID--DLHA---A-GRVPVL-VGGSGLYVRAA----LDE-L--DF------------P--GTD-------P---KV----RAR---L----EA----E-LAEQG---PLA--LHARLARLDP-----EA-ARAI-LPT-NGRRIVRALEV--I--------------EI-----T-G-G---PFTATLP-D------HVSRY-------------------------------P-C----------------------------VQIGL--T-A------PRP--ELDE-RIALRVDRMWEA-------G-LVDEV---RA-LEK------A---------------GLRD--GFTA-------------------SRALGYAQILRFL----------------A--------G---------E-------C-T--E---E-----E--------AK------EETVRATRRFARRQESWF----RRDPR-----------------------------------------VH 'Thermomicrobium roseum MIAA_THERP' RKPVVALVGPTSVGKTATAIELALTF----------GGEVVSADSRYLYRGMDIGTDKPTL-EER-----RGVPHHLIDI---LDP-----RD--DYSLALFQRDAQRAIE--EIHA---R-GRLPIV-AGGTPLYLRAL----LEG-W--RI-------P--P-A--PPN-------P---EL----RAQ---L----EL----R-ARREG---PEA--LHRELQTVDP-----VA-AARI-PPE-NVRRVIRALEI--F--------------LT-----T-G-R---RMT--------------E------L--EGRE----APP----------W--R-V----------------------------LWLGL--T-M------PRD--ELYR-RIDERVDRQVAR-------G-LVEEV---QR-LL-----------E----------QGV------PP-DA-------P-A------MTALGYRQIVAFL----------------T--------G---------Q-------L-S--L---E-----E--------AI------QRIKYDTHRYARHQLTWL----RRMKQ-----------------------------------------VE 'Geobacter lovleyi MIAA1_GEOLS' KPRVLVIAGPTASGKSALALDLAVAL----------DGEIICADSLTVYRGLDIGSAKPTA-EQQ-----RQIPHHLLDI---REP-----TE--PFTAADFKLAAKAAIA--AICQ---R-GKRPIL-AGGTGLYLRAL----LRG-L---N-------D--A-P--GED-------P---VL----RET---L----RK----R-LECEG---AET--LLAELAKVDP-----DT-SQRL-HPN-NRNRIIRALEV--F--------------QT-----T-G-I---PLS--------------QFQ-AEHG--FADS----P------------Y--D-S----------------------------LQFCL--D-L------PRP--ELYQ-RIDDRVDAMLAA-------G-LVAEV---QG-LL-----------Q----------SGV------PA-DC-------K-P------LQAIGYKEVLAHL----------------Q--------G---------E-------Y-D--H---N-----E--------MV------RLIKRNTRHFAKRQLTWF----RSEPA-----------------------------------------MQ 'Geobacter bemidjiensis MIAA2_GEOBB' IPNLLVILGATASGKTRLGVQLAGRL----------NGEIISADSRQVYCGMDIGTGKDL--HEY----QG-IPYHLIDV---APA-----GH--EFNLFQFQRLFLAAFT--DICS---R-GAFPVL-VGGSGMYLDCV----LRGYRLTEV-------------------------PQDPAL----REE---L----AP--------------LSMDELASRLVRSN----PR--LHNST-DLT-ERARLIRAIEIAEYRGEAG-DD---WPELT-----P-----------------------------------------------------------------------------------------LTIGIRW---------ERA--QLRE-RITKRLKERMEQ-------G-MVEEV---ER-LH-----------A-------------------------------MGTSWEQLEFYGLEYRYLARYL----------------K--------G---------E-------L-S--R---N-----D--------MF------QKLNSAIHDFAKKQENWFRKMQTNGIA-----------------------------------------IN 'Saccharomyces cerevisiae MOD5_YEAST' SKKVIVIAGTTGVGKSQLSIQLAQKF----------NGEVINSDSMQVYKDIPIITNKHPL-QER-----EGIPHHVMNH---VDW-----S-EE-YYSHRFETECMNA--IEDIHR---R-GKIPIV-VGGTHYYLQ-T----L---FNKRV---DTKSSER--------KL--------TRK----QLD------ILESTDPDV--------------IYNTLVKCDP-----DI-ATKY-HPN-DYRRVQRMLEI--Y--------------YK-----T-G-K---KPSETFNEQKI------TLKFD-----------------------------T------------------------------LFLWLY-S--------KPE--PLFQ-RLDDRVDDMLER-------G-ALQEI---KQ-LY-----------EYYS--Q------------NKFT----------PEQCENGVWQVIGFKEFLPWL----------------T----------GKT----DD-------N-TVKL---E-----D--------CI------ERMKTRTRQYAKRQVKWI----KKMLIPDIKGD---------------IYLLDATDLSQWDTNASQRAIA 'Clostridium sp. R5AGI8_9CLOT' NKVVACIVGPTASGKSALAVSLATRF----------QTEIVSADSVQVYREMDIGSAKPSQ-MER-----DCVPHHMIDC---LPI-----DT-PDFSVAKYSAMAFPVLD--ALIA---S-GKLPII-VGGSGLYIAAI----TNP-L--HF-----------AV--PSD-------E---MI----RRE---L----TA------AYSSD---PDS--LRAELRRVDP-----DS-FARL-HPN-DAKRIVRALEV--Y--------------RC-----S-G-R---SIS--------------SFG-SDFH--NDGG----AKPP---------Y--R-A----------------------------IQIGL--SME-------RQ--HLYD-RINRRVDNMFAC-------G-LLDEA---LK-IY-----------H----------AGY------DR-RL-------P-A------MQSIGYRQLFDYF----------------D--------G---------Y-------C-T--L---D-----E--------AR------ENIKRETRRFAKRQMTWF----RRDHR-----------------------------------------IH 'Prevotella sp. R5CU75_9BACT' ----ITILGPTASGKTSFAAALAAEI----------NAEIISADSRQVYRNMDIGTGKDL--DDYKIGDKL-IKYHLIDI---AEP-----GT--KYNLFEYQKDFYNVYN--DIIG---R-GVTPIL-CGGTGLYIEAV----LNGYKLLPV-------------------------PENKEL----RLE---L----EK--------------KNLDELTKLLIQLKRDNKSN--MHNST-DID-NKKRAIRAIEIETYYKNCHNLEERNIPPID-----S-----------------------------------------------------------------------------------------LIFGIEI---------DRD--LRRK-RITERLLQRLNN-------G-MVDEV---KM-LL-----------D-------------------------------RGILPEDLIYYGLEYKYVTKYL----------------I--------N---------E-------I-T--Y---D-----D--------MF------RSLEIAIHQFAKRQMTWFRGMERRGFK-----------------------------------------IH 'Acetobacter sp. R5Y045_9PROT' TSEIIVIAGPTASGKSGLALALAERL----------DGVVINADSMQVYRDIPILAAAPSA-SDC-----SRVPHRLYCI---YDA-----SV--HGNVVDWLELCKAEIA--AARA---R-NKTPVI-VGGTGMYIEAL----TEG-V-TPI------------P------------ETPGAI----RSQ---I----AL----LQKE-QG---LAA--VYDLVAKNDP-----ET-AARL-SPN-DATRLRRAAEI--W--------------LH-----T-G-K---PLSYWHTV-PLIKNF-APQD---------------------------------F----------------------------FRIYIKP---------PRD--ILDA-RARIRFDLMMQQ-------G-ALKEV---QE-LA----ARNLPD-S-------------------------------LPA------MRALGVQELKAFL----------------N--------G---------Q-------T-S--L---E-----E--------AV------ELAKLHTRQYAKRQSTWF----NNRFSPDLVFPG----CFKTSAPTGGFPTNDAGSDKFASNSSAGSNLE 'Clostridium sp. R6GSB0_9CLOT' KIDVVAVVGPTACGKTKLSIELAKQL----------NGEIISADSIQTYKEMNIGTAKPTK-AEM-----SGVPHYLIDF---LDI-----ND--EFSVAEYVKLAKKCIF--EVNA---R-GKLPFI-VGGTGLYVNSL----LSN-I--SF----------TEQ--KFD-------P---TL----RED---L----FL----R-LKNEG---VES--LIDELSEFDK-----ES-AQKI-HPH-NVIRIIRAIEF--Y--------------RM-----T-G-T---TIT--------------QHI-K-------------DSKK-----IISPY--N-P----------------------------IMFGL--TYR------NRE--ILYD-KINKRVDKMMDL-------G-LADEA---KK-IL-----------S----------SKC------SK----------T-A------MNAICYKEFIPYF----------------R--------N---------Q-------C-S--L---N-----E--------VV------ENLKRQTRRYAKRQLTWF----KKDAR-----------------------------------------IN 'Firmicutes bacterium R6H037_9FIRM' KIKVLIISGPTAVGKSAFGVKAAQLL----------NGEVISADSMQIYRGMDIGTGKITA-SEM-----HGIKHHMLDV---ADP-----DE--DYSVGQYVYEAANLIK--DIAI---R-GKLPII-VGGTGLYINSL----MFG-H--SF-------F--QTQ--RNEEIRAQLRR---FV----AEN--------------------G---NSA--LHQKLAEVDP-----VS-AQKI-MVN-DVKRAIRAYEI--Y--------------LI-----T-G-K----------------------P-RSEQ--LDEN----KPM----------Y--D-Y----------------------------KMLVL--T-D------DRE--TLYQ-RINARVDDMLNR-------G-LIDEV---RS-LY-----------R------------Y-------K-NC-------N-S------MQAIGYKEIIKYF----------------D--------G---------E-------I-T--V---E-----Q--------AI------EEIKKGSRNYAKRQMTFF----RGIKL-----------------------------------EKEFLQVS 'Clostridium sp. R6PD01_9CLOT' KKNIIAIAGPTASGKTALAVEIAKIF----------DTEIISADSRQIYKEFDIATAKPSK-EEM-----KGIKHHLMDV---VEP-----VE--EFTVADFADEASKVIQ--SLFE---H-DKIPVV-AGGTGLYFRIL----LEN-Y--DM-------P--R-V--APD-------K---AL----REQ---L----HK----I-EKEKG---AQA--LYQMLCEADP-----VL-AKNM-HPN-NTVKIIRALEV--C--------------KT-----L-G-T---PMS--------------QAQ-KK-----KEP--------------------Q-Y----------------------------NVIWL--G-LGHLNGEDRQ--FLYN-RTDRRVDVMLEQ-------G-LEQEA---KN-LF-----------E-----------KY------GK-IR-------S-L------EKTIGYQEFIDYF----------------E--------N---------S-------I-T--F---D-----E--------CV------EKIKQNTRRYAKRQLTWF----RQNKE-----------------------------------------IY 'Ruminococcus sp. R6XCW7_9FIRM' -KKAIVIIGATASGKSALAAELCKRF----------DGEVISADSMQVYRRMDIGTAKPTA-DEL-----AAVRHHLIDI---RDF-----NE--KFSAADFITEAKTALA--DISA---R-GRLPFV-VGGTGMYSEML----FDS-S--AF------------SETGPD-------E---GI----RES---L----RM----K-AESEG---NAS--LWEYLRTVDP-----EA-AEKV-HPN-NVKRVVRYLEI--F--------------LT-----T-G-L---TPT--------------EMNVKNNSFEREYE--------------------PLI----------------------------FRIGH-----------DVA--ETYE-RIDRRVDIMMEA-------G-LAAEA---EE-LW-----------R----------DGL------AS-AP-------T-A------SQAIGYKELFPYF----------------E--------G---------K-------A-S--L---D-----D--------CV------SLIKQHSRNYAKRQKTYF----RRVRN----------------------------------------AIY 'Firmicutes bacterium R6YST1_9FIRM' -KKVIVITGPTAVGKTKLSIEIAKRL----------QTDIINGDAYQIYQKMNIGTAKPTD-DEK-----QGVTHHYMDF---LDS-----SK--TYSIAEFQKGVRECID--DLTS---K-NKVPLI-VGGSGLYIDSV----IKN-Y--QF-------L----E--EKR-------SN---E----QSK---Y----DS------LTNEE--------LHQVLANLDP-----DK-ASEI-HPN-NRKRVLRAIEL--I--------------SS--------------------------------N-VDNTSRSKKN--------------ELVY--D-A----------------------------LIIFL--N-D------NRE--SLYD-RINKRVDKMLAD-------G-LIEEV---KN-IG-----------INN------YSM--------------------T-S------KVAIGYKEVIQYL----------------N--------N---------E-------I-D--Y---N-----E--------MV------ELIKKNSRHYAKRQFTWF----KNQD-----------------------------------------NCQ 'Firmicutes bacterium R7BNX8_9FIRM' KKKLIVLTGPTAVGKTDLSIRLAKEV----------GGEIISADSMQVYRRMNIGTAKIRP-EEM-----DGVRHHLIDI---LEP-----EE--NFNAFLFKEYAKKAAD--EIWE---R-NNIPII-VGGTGFYIQTL----LYD-I--EF-------A--Q-N--DEN-------D---GI----RDE---L----NR----L-YEEKG---AGY--MHELLREIDP-----DY-AAEV-HEN-NVKKVIRAIEF--Y--------------RQ-----T-G-G---RMS--------------EHN-A--V--QRER----ISP----------Y--N-F----------------------------VYFVL--S-D------DRK--LLYD-RIDRRIDKMLEE-------G-LVDEV---KD-LL-----------A----------EGL------KR-DS-------V-S------MQGLGYKEIAAYL----------------S--------G---------E-------I-S--L---D-----E--------AV------YILKRDTRHFAKRQLTWF----RREKE-----------------------------------------VE 'Mycoplasma sp. R7NFF0_9MOLU' ---IICIVGPTGVGKTKLSVELAKKY----------QGIVINADAMQVYKGMNIGTAKIKE-EEK-----ESIPHYLFDI---VDV-----NK--NYTVFDYQKDARKLIE--E--H---K-DKTIIF-VGGTGLYLKSA----LYN-Y--EF-------P----D--NNE------------I----QNT---Y----DD------LTNEE--------LYKLAIKKDA-----NM---DI-HQN-NRKRLIRFLNK--E-------------------------------N--------------KEL-PP---C------------------NPLY--E-A----------------------------IYIGL--T-C------DRE--ILYE-RINKRVDLMFEE-------G-LEKEV---KS-FY-----------DKKIN---SKAL--------------------T-T--------AIGYKELYMYF----------------D--------G---------S-------I-T--I---E-----E--------AK------ELIKKNSRHYAKRQYTWF----NNQM-----------------------------------------NIN 'Rhizophagus irregularis U9SSW7_RHIID' -TNLISVPGTTGVGKSDLGVQLAKTL----------QGEIINGDSMQVYKGLDIITNKIPL-NER-----ENIPHHLIDF---LEP-----H-QE-YRVTDFTKDALQI--IDDIHN---R-HKIPII-VGGTNYYIQSL----L---WKNSLINIDDREIS-NIE---DKEILNAEPKI----------------------------------------VYERLQEVDP-----VM-ASKW-HWN-DTRRVRRSLQV--Y--------------LE-----T-G-K---PHSEWIKQQNLPEIKASSLRFP---R-------------------------T------------------------------CIFWLY-S--------DLE--VLDH-RLDARINRMIES-------G-LFEEI---NY-LR-----------KNVRTGE------------IHTP-F-------GDKDFTHGIWQAIGYKEFEPYL----------------TAIEE-----SND-----AS-------YLNGLK---Q-----H--------GL------ESMKAATHRYARTQVRWI----RNKLLYKCQQDSLNNKC-DGHSGDIIIYLLDATSLETW-----NQEVR 'Halorhodospira halochloris W8KS79_HALHR' --------GPTATGKTELAVEWAQRL----------PCEIISVDSAMIYRGMSVGTAKPSP-DTL-----RTAPHHLVDI---LDP-----SE--TYSAARFREDALTLMA--DITA---R-GRVPLL-VGGTMLYFRAL----DFG-LDT-L------------P--DAD-------P---VV----RAR---I----DA----LAADA-G---WEG--VHLALARVDP-----VS-AARI-HPN-DPQRLQRALEV--F--------------EL-----T-GR----PLS------------------------------------------------SFHAQPR----------------ASQLPYDVLRLALMPA--------DRT--QLRE-RIARRFHAMLEA-------G-FMDEV---RA-LK-----------A-------------------RG-DLNP--QM-P-S------IRAVGYRQAWACL----------------E--------G---------E-------L-D--D---E-----A--------MV------SKAITATRQLAKRQMTWL----RSYPQ-----------------------------------------TR ; END; BEGIN TREES; Title pIPPT_N40seed_103seq; ID 0164c216136c1; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 'Ostreococcus lucimarinus A4RZH4_OSTLU', [1] 2 'Caenorhabditis briggsae A8XZP3_CAEBR', [2] 3 'Populus trichocarpa B9GGV0_POPTR', [3] 4 'Chitinophaga pinensis C7PEG4_CHIPD', [4] 5 'Desulfohalobium retbaense C8X3G1_DESRD', [5] 6 'Halothiobacillus neapolitanus D0KVK6_HALNC', [6] 7 'Naegleria gruberi D2V7G0_NAEGR', [7] 8 'Conexibacter woesei D3FE57_CONWI', [8] 9 'Puniceispirillum marinum D5BRR0_PUNMI', [9] 10 'Kyrpidia tusciae D5WPS6_KYRT2', [10] 11 'Starkeya novella D7A7G1_STAND', [11] 12 'Selaginella moellendorffii D8SPM7_SELML', [12] 13 'Thermosediminibacter oceani D9S3G8_THEOJ', [13] 14 'Olsenella uli E1R0A0_OLSUV', [14] 15 'Leadbetterella byssophila E4RYG4_LEAB4', [15] 16 'Paludibacter propionicigenes E4T0B1_PALPW', [16] 17 'Desulfobulbus propionicus E8RDC2_DESPD', [17] 18 'Cellulophaga lytica F0RF82_CELLC', [18] 19 'Syntrophobotulus glycolicus F0SZH7_SYNGF', [19] 20 'Dictyostelium purpureum F1A4W7_DICPU', [20] 21 'Polymorphum gilvum F2J2B8_POLGS', [21] 22 'Thermodesulfatator indicus F8AA88_THEID', [22] 23 'Thermodesulfobacterium geofontis F8C2V7_THEGP', [23] 24 'Parachlamydia acanthamoebae F8KZF2_PARAV', [24] 25 'Owenweeksia hongkongensis G8R6J7_OWEHD', [25] 26 'Jonquetella anthropi H0UIN0_9BACT', [26] 27 'Calab_3295 Caldithrix H1XVJ9_9BACT', [27] 28 'Ciona savignyi H2YDP6_CIOSA', [28] 29 'Phytophthora ramorum H3GNQ5_PHYRM', [29] 30 'Fibrella aestuarina I0K5J4_9BACT', [30] 31 'distachyon (Purple I1GV33_BRADI', [31] 32 'Arabidopsis thaliana IPT9_ARATH', [32] 33 'Oryza brachyantha J3MHV5_ORYBR', [33] 34 'Solanum lycopersicum K4DCV4_SOLLC', [34] 35 'Bifidobacterium asteroides K4ILF2_BIFAP', [35] 36 'Thioalkalivibrio nitratireducens L0E1C1_THIND', [36] 37 'Clostridium stercorarium L7VMA4_CLOSH', [37] 38 'Ilumatobacter coccineus M5A3P6_9ACTN', [38] 39 'Pneumocystis murina M7P9B6_PNEMU', [39] 40 'Eutypa lata M7T4Q1_EUTLA', [40] 41 'Acidiphilium cryptum MIAA_ACICJ', [41] 42 'Agrobacterium vitis MIAA_AGRVS', [42] 43 'Alcanivorax borkumensis MIAA_ALCBS', [43] 44 'Amoebophilus asiaticus MIAA_AMOA5', [44] 45 'Aquifex aeolicus MIAA_AQUAE', [45] 46 'Bacillus clausii MIAA_BACSK', [46] 47 'Bacillus subtilis MIAA_BACSU', [47] 48 'Baumannia cicadellinicola MIAA_BAUCH', [48] 49 'Borrelia burgdorferi MIAA_BORBU', [49] 50 'Chlorobium phaeobacteroides MIAA_CHLPD', [50] 51 'Chlamydia trachomatis MIAA_CHLTR', [51] 52 'Clostridium tetani MIAA_CLOTE', [52] 53 'Coprothermobacter proteolyticus MIAA_COPPD', [53] 54 'Cyanothece sp. MIAA_CYAP4', [54] 55 'Desulfatibacillum alkenivorans MIAA_DESAA', [55] 56 'Escherichia coli MIAA_ECOLI', [56] 57 'Exiguobacterium sp. MIAA_EXISA', [57] 58 'Finegoldia magna MIAA_FINM2', [58] 59 'Fusobacterium nucleatum MIAA_FUSNN', [59] 60 'HI_0068 Haemophilus MIAA_HAEIN', [60] 61 'Halothermothrix orenii MIAA_HALOH', [61] 62 'Helicobacter pylori MIAA_HELPY', [62] 63 'Herminiimonas arsenicoxydans MIAA_HERAR', [63] 64 'Hyphomonas neptunium MIAA_HYPNA', [64] 65 'Leifsonia xyli MIAA_LEIXX', [65] 66 'Listeria monocytogenes MIAA_LISMO', [66] 67 'Magnetococcus marinus MIAA_MAGMM', [67] 68 'Methylacidiphilum infernorum MIAA_METI4', [68] 69 'Microcystis aeruginosa MIAA_MICAN', [69] 70 'Mycobacterium leprae MIAA_MYCLE', [70] 71 'Myxococcus xanthus MIAA_MYXXD', [71] 72 'Neisseria meningitidis MIAA_NEIMB', [72] 73 'Nocardioides sp. MIAA_NOCSJ', [73] 74 'Oceanobacillus iheyensis MIAA_OCEIH', [74] 75 'Prochlorococcus marinus MIAA_PROMA', [75] 76 'Pseudomonas stutzeri MIAA_PSEU5', [76] 77 'Rhodopirellula baltica MIAA_RHOBA', [77] 78 'Rhodobacter sphaeroides MIAA_RHOS4', [78] 79 'Saccharopolyspora erythraea MIAA_SACEN', [79] 80 'Solibacter usitatus MIAA_SOLUE', [80] 81 'Staphylococcus carnosus MIAA_STACT', [81] 82 'Streptococcus agalactiae MIAA_STRA5', [82] 83 'Streptomyces coelicolor MIAA_STRCO', [83] 84 'Symbiobacterium thermophilum MIAA_SYMTH', [84] 85 'Synechococcus elongatus MIAA_SYNE7', [85] 86 'Synechocystis sp. MIAA_SYNY3', [86] 87 'Thermobifida fusca MIAA_THEFY', [87] 88 'Thermomicrobium roseum MIAA_THERP', [88] 89 'Geobacter lovleyi MIAA1_GEOLS', [89] 90 'Geobacter bemidjiensis MIAA2_GEOBB', [90] 91 'Saccharomyces cerevisiae MOD5_YEAST', [91] 92 'Clostridium sp. R5AGI8_9CLOT', [92] 93 'Prevotella sp. R5CU75_9BACT', [93] 94 'Acetobacter sp. R5Y045_9PROT', [94] 95 'Clostridium sp. R6GSB0_9CLOT', [95] 96 'Firmicutes bacterium R6H037_9FIRM', [96] 97 'Clostridium sp. R6PD01_9CLOT', [97] 98 'Ruminococcus sp. R6XCW7_9FIRM', [98] 99 'Firmicutes bacterium R6YST1_9FIRM', [99] 100 'Firmicutes bacterium R7BNX8_9FIRM', [100] 101 'Mycoplasma sp. 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