#NEXUS BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Podohedriella_sp. Ankyra_sp. Bracteacoccus_sp. Bracteacoccus_sp._Copy Bracteamorpha_sp. Bracteacoccus_sp._Copy1 Dictyochloris_sp. Dictyococcus_sp. Follicularia_sp. Mychonastes_sp. Neochloris_sp. Pediastrum_sp. Planktosphaeria_sp. Pseudomuriella_sp. Dictyococcus_sp._Copy Radiococcus_sp. Rotundella_sp. Rotundella_sp._Copy Scenedesmus_sp. Scenedesmus_sp._Copy Schizochlamys_sp. Schroederia_sp. Sphaeroplea_sp. Tumidella_sp. Chlorosarcinopsis_sp. Nephrocytium_sp. Nephrocytium_sp._Copy Nephrocytium_sp._Copy1 Nephrocytium_sp._Copy2 Nephrocytium_sp._Copy3 Nephrocytium_sp._Copy4 Nephrocytium_sp._Copy5 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Nephrocytium_tufA; DIMENSIONS NCHAR=668; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Podohedriella_sp. 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TCGAGAAGGGAAGATCAGGTTGATGATGCACAACTTTTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGTGAAACGTTAGATAAATACGACTTCCCAGGAGATGAAATTCCGGTCGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTTGTGGAAACTCCTCAAATTAAAAAAGGAGATAACAAGTGGGTTGATAAAATTTATGAACTGATGAATCAAGTAGATTCTTATATTCCAACACCAGAACGTCAAACAGATAAACCTTTTTTATTAGCTGTTGAAGATGTTTTAAGTATTACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACTCTAAAAATCGGAGATAACGTTGAAATTGTTGGCTTAAAAGATACAAAATCAACAGTTGTAACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGACGAAACAATGGCTGGAGACAACGTTGGAGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGAATGGTTTTAGCAAAACCAGGGACTTTAAAACCTTTGTCAAAATTTGATGCTCAAGTTTATGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCTTTCCTAGTAGGTTATCAACCACAATTTTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTTATTGACTTTAAACA Nephrocytium_sp._Copy TTAAACAAAGAAGACCAAGTAGACGACGCAGAGCTTTTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGCGAAACATTAGATAAATATGAGTTTCCAGGAGACGAGATCCCTGTTGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTGATGGAAAATACTGAGATCAAAAAAGGTGATAACAAATGGGTTGACAAAATTTATGAGCTGATGAATCAAGTAGATGCTTATATTCCAACACCAGAACGTGAAACAGATAAACCTTTCTTATTAGCTGTTGAAGACGCTTTAAGTATCACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACTCTGAAAATCGGAGAAAACGTTGAAATTGTTGGTTTAAAAGATACAAAAACAACAGTTGTTACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGATGAAACAATGGCTGGAGATAACGTTGGGGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGAACTTTAAAACCTTGGTCAAAATTTGATGCACAAGTTTATGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCATTCTTAGTAGGTTATCAACCACAATTCTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTGACTGACTTTAAACA Nephrocytium_sp._Copy1 TTAAACAAAGAAGACCAAGTAGACGACGCAGAGCTTTTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGCGAAACATTAGATAAATATGAGTTTCCAGGAGACGAGATCCCTGTTGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTGATGGAAAATACTGAGATCAAAAAAGGTGATAACAAATGGGTTGACAAAATTTATGAGCTGATGAATCAAGTAGATGCTTATATTCCAACACCAGAACGTGAAACAGATAAACCTTTCTTATTAGCTGTTGAAGACGCTTTAAGTATCACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACTCTGAAAATCGGAGAAAACGTTGAAATTGTTGGTTTAAAAGATACAAAAACAACAGTTGTTACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGATGAAACAATGGCTGGAGATAACGTTGGGGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGAACTTTAAAACCTTGGTCAAAATTTGATGCACAAGTTTATGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCATTCTTAGTAGGTTATCAACCACAATTCTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTGACTGACTTTAAACA Nephrocytium_sp._Copy2 TTAAATAAAGAAGATCAGGTTGATGATGCAGAACTTCTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGTGAAACGTTAGATAAATACGACTTCCCAGGAGATGAAATTCCGGTGGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTTGTGGAAACTCCTCAAATTAAAAAAGGAGAGAACAAGTGGGTGGATAAAATTTATGACTTAATGAGTCAAGTAGATTCTTATATTCCAACACCAGAACGTCAAACAGATAAACCTTTTTTATTAGCTGTTGAAGATGTTTTAAGTATTACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACCCTAAAAATTGGAGATAACGTTGAAATTGTTGGCTTAAAAGATACAAAATCAACAGTTGTTACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGACGAAACAATGGCTGGAGACAACGTTGGAGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGAATGGTTTTAGCAAAACCAGGTACTTTAAAACCTTTGTCAAAATTTGATGCTCAAGTTTATGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCTTTCCTAGTAGGTTATCAACCACAATTTTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTGATTGACTTTAAACA Nephrocytium_sp._Copy3 TTAAACAAAGAAGACCAAGTAGACGACGCAGAGCTTTTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGCGAAACATTAGATAAATATGACTTTCCAGGAGACGATATCCCTGTTGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTGGGGGAAAACCCTCAAATCAAAAAAGGTGATAACAAATGGGTTGACAAAATTTATGAACTAATGAATCAAGTAGATTCTTATATTCCAACACCAGAACGTCAAACAGATAAACCTTTCTTATTAGCTGTTGAAGACGTTTTAAGTATCACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACTCTGAAAATCGGAGAAAACGTTGAAATTGTTGGTTTAAAAGATACAAAAACAACAGTTGTTACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGATGAAACAATGGCTGGAGATAACGTTGGGGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGTATGGTTTTATCAAAACCAGGAACTTTAAAACCTTGGTCAAAATTTGACGCACAAGTTTACGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCATTCTTAGTAGGTTATCAACCACAATTCTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTGATTGACTTTAAACA Nephrocytium_sp._Copy4 TTAAACAAAGAAGACCAAGTAGATGACGCAGAGCTTTTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGCGAAACATTAGATAAATATGACTTTCCAGGAGATGATATCCCTGTTGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTGGTGGAAAATCCTAAAATCCAAAAAGGTGATAACAAATGGGTTGACAAAATTTATGAACTGATGAATCAAGTAGATGATTATATTCCAACACCAGAACGTCAAACAGATAAACCTTTCTTATTAGCTGTTGAAGATGCTTTAAGTATCACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACTCTGAAAATCGGAGAAAACGTTGAAATTGTTGGTTTAACAGACACAAAAACAACAGTTGTTACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGATGAAACAATGGCTGGAGATAACGTTGGGGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGAACTTTAAAACCTTTGTCAAAATTTGATGCACAAGTTTATGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCATTCTTAGTAGGTTATCAACCACAATTCTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTGGTTGACTTTAAACA Nephrocytium_sp._Copy5 TTAAACAAAGAAGACCAAGTAGACGACGCAGAGCTTTTAGAACTTGTTGAATTAGAAGTTCGCGAAACATTAGATAAATATGAGTTTCCAGGAGACGAGATCCCTGTTGTTACAGGTTCTGCTTTATTAGCTTTAGAAGCTCTGATGGAAAATACTGAGATCAAAAAAGGTGATAACAAATGGGTTGACAAAATTTATGAGCTGATGAATCAAGTAGATGCTTATATTCCAACACCAGAACGTGAAACAGATAAACCTTTCTTATTAGCTGTTGAAGACGCTTTAAGTATCACAGGTCGTGGAACAGTAGCAACTGGTCGTGTAGAACGTGGAACTCTGAAAATCGGAGAAAACGTTGAAATTGTTGGTTTAAAAGATACAAAAACAACAGTTGTTACAGGTCTTGAAATGTTTAAAAAGACATTAGATGAAACAATGGCTGGAGATAACGTTGGGGTTCTTCTTCGTGGTGTTCAAAAGAAAGACATTGAACGTGGTATGGTTTTAGCAAAACCAGGAACTTTAAAACCTTGGTCAAAATTTGATGCACAAGTTTATGTTCTTACAAAAGAAGAAGGTGGACGCCACTCTCCATTCTTAGTAGGTTATCAACCACAATTCTATATTCGTACAACAGATGTAACAGGTAAGGTGACTGACTTTAAACA ; END; BEGIN TREES; Title Nephrocytium_tufA; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Podohedriella_sp., [1] 2 Ankyra_sp., [2] 3 Bracteacoccus_sp., [3] 4 Bracteacoccus_sp._Copy, [4] 5 Bracteamorpha_sp., [5] 6 Bracteacoccus_sp._Copy1, [6] 7 Dictyochloris_sp., [7] 8 Dictyococcus_sp., [8] 9 Follicularia_sp., [9] 10 Mychonastes_sp., [10] 11 Neochloris_sp., [11] 12 Pediastrum_sp., [12] 13 Planktosphaeria_sp., [13] 14 Pseudomuriella_sp., [14] 15 Dictyococcus_sp._Copy, [15] 16 Radiococcus_sp., [16] 17 Rotundella_sp., [17] 18 Rotundella_sp._Copy, [18] 19 Scenedesmus_sp., [19] 20 Scenedesmus_sp._Copy, [20] 21 Schizochlamys_sp., [21] 22 Schroederia_sp., [22] 23 Sphaeroplea_sp., [23] 24 Tumidella_sp., [24] 25 Chlorosarcinopsis_sp., [25] 26 Nephrocytium_sp., [26] 27 Nephrocytium_sp._Copy, [27] 28 Nephrocytium_sp._Copy1, [28] 29 Nephrocytium_sp._Copy2, [29] 30 Nephrocytium_sp._Copy3, [30] 31 Nephrocytium_sp._Copy4, [31] 32 Nephrocytium_sp._Copy5; TREE PAUP_1 = ((2:0.057479,23:0.042599):0.110691,((7:0.193562,25:0.121857):0.032641,(((8:0.333379,22:0.167031):0.072818,((1:0.137208,(17:0.00861,18:0.017923):0.106484):0.036717,((11:0.148206,12:0.112429):0.103705,(19:0.034383,20:0.096459):0.121646):0.023128):0.022793):0.002909,((((5:0.304688,10:0.327479):0.071872,(14:0.064462,15:0.027623):0.126298):0.041191,((9:0.188395,16:0.163848):0.02429,(24:0.224905,(13:0.130977,21:0.079795):0.074627):0.020748):0.050939):0.000000546407,((3:0.063219,4:0.075244):0.176344,(6:0.215954,((26:0.019125,29:0.019947):0.050491,(31:0.012284,(30:0.014488,(32:0.0,(27:0.0,28:0.0):0.0):0.016665):0.006561):0.029467):0.161244):0.075039):0.018843):0.029183):0.05752):0.110691)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; 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