NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  20:55:13]
[Matrix accession#: M170c6x22x97c14c48c20]

BEGIN TAXA;
	TITLE M170c6x22x97c14c48c20;
	DIMENSIONS  NTAX=9;
	TAXLABELS
		Pronolagus	Brachylagus	Lepus	Sylvilagus_aquaticus	Sylvilagus_palustris	Sylvilagus_floridanus	Sylvilagus_nuttallii	Sylvilagus_audubonii	Sylvilagus_obscurus
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M170c6x22x97c14c48c20;
	DIMENSIONS NCHAR=728;
	FORMAT  MISSING=? GAP=- DATATYPE=DNA ;
	MATRIX
		Pronolagus                  CCCATGCCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--CCAGATCAAGAGGAGTAGGCATTAAGCACACCAGCCGGTAGCTCACGACGCCTTGCTCACCCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGAATTAAACTTAGCAATGAACGAAAGTTCGACTGAGTTATGCTACTTAAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGTGTGATTAGAAGTAAAT---GAAAAATAAAATCAAATAGCGTTTAAGCTGTAAAAAGTACTAACCACGAACAAAAATAATCAACGAAAGTGATCTTATAATTTTCGAACTCACGAGAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTTAATAGTTTCATAACAAAACTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCCCGATAAACCCTACCTCTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTCCAGCGAACCCTGAAAAGGAGCAAAAGTGAGCTCAATCA-CCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATGGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTATAGAATACACGGAACTCCCTGTGAAAC-CTAGGGACCAAAGGAGGATTT
		Brachylagus                 CCCGCACCAGTGAGAATGCCCTTAACATCAGTTCAAAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTATTAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATACTACTC-AGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAATTAATAAACACTCGGCGTAAAGCGTGATTAGGATTAGACGTAACAAAATAGAATCAAATATCAACTAAACTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATTAACAACGAAAGTGGTTTTATTATCTTCGAATTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCGATAATTTCATAACAAAATTACCCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTCAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAGACCTCACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGGACAAAAGTAAGCTCAATTATTTCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGGAAGCAATGGGCTACATTTTCTATATCAGAATACACGAAGACCCTGATGAAACTCAAAGGGTTAAAGGAGGATTT
		Lepus                       CCCTCCCCAGTGAGAATGCCCTTAATATCAAT--CTAGATCAAGAGGAGCAGGTATTAAGCACACTAACTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGATACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGCTATGCTACTCCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACATAAGAAAAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTATAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTAGATAATTCCAGAACAAAATTATTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACTCTAAAAAGGAGCAAAAGTAAGCTCAATCATCACCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTACTTTAGAACACACGAAAGCCCCTATGAAACTCTAGAGGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_aquaticus        CCCACACCGGTGAGAATGCCCTCAACATCAGC--ATAGATCAAGAGGAGCGGGCATTAAGCAC?CCAATCAGCAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGAAAACAGCAGTGATAAAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCGAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAACTAAAG--ATACAAATAGAGTCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGCTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTCTACAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTAAATAATTTCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTGAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTCCAGAACATACGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGGGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_palustris        CCCACACCGGTAAAAATGCCCTCAACATCAAT--ATAGATCAAGAGGAGCGGGCATTAAGCACACTATTTAGCAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTTCAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCGAACTAATAAACACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAATCAAAG--ATAAAAATAAAATCAAATATCAACTAGGCTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATACCCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACTTAAATAATTCCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAATAAAAGTAAGCTCAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTCCAGAACACACGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGGGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_floridanus       ??????????????AATGCCCTTAACAT?AAT--TTAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTATTTAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGAAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCC-AACTAATAAATTCCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAATCAAAACAGAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTACAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACTTAAATAATTCCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAAAAAAACTAAGC?CAATTATCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTAGATTTTCTACTTCAGAACATACGAAAGCCCTTATGAAACTCTGAGAGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_nuttallii        ????????????????????????????????????AGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTAATCACTAGCTCAAGA?GCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAGCTAATA-AAAAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACCACGAAAGTGATTTTACAATCCTCGAACTCACGAAAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTGAATAATTTCATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAACTACCCCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTACATTTTCTTCTTCAGAACATACGAAAGCCCTTATGAAATTCTAAGGGCCAAAGGAG?ATTT
		Sylvilagus_audubonii        CCCATACCGGTGAGAATGCCCTTAACATCAAC--ATAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTAATAAGTAGCTCAAGATGCCTTGCTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGTAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATACCCGGCGTAAAGCGTGATTAGAGCTAAAA-TAGAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGTAAACAAAAATAAACAACGAAAGTGATTTTACAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGATCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTGAATAATTTTATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCGCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAATAAAAGTAAGCTCAACTATTGCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGCAATGGGCTACATTTTCTTCTTCAGAACAT?CGAAAGCCCTTATGAAATTCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT
		Sylvilagus_obscurus         CCCGCGCCGGTGAGAATGCCCTTAACATCAGC--TTAGATCAAGAGGAGCAGGCATTAAGCACACTAATTAGTAGCTCAAGATGCCTT-CTTAACCACACCCCCAAGGGAAACAGCAGTGATAGAAATTTAGCAATGAACGCAAGTTTGACTAAGTTATGCTACTCTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATAAATTTCCGGCGTAAAGCGTGATTAGTATCTAAA---CAAAAATAAAATCAAATAACAACTAAGCTGTAAAAAGTAATAGTTGCAAACAAAAATAAACGACGAAAGTGATTTTATAACCTTCGAACTCACGATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCTTAAACTTAAATAATTC?ATAACAAAATTACTCGCCAGAGAACTACAAGCCAGAGCTT?AAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATACCCACCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTTACCACTCTTTGCCAACTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCGAACCCTAAAAAGGAACAAAAGTAAGCTCAATTATCTCCATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCTATAGAGTGGAAAGTAATGGGCTACATTTTCTTCTTCAGAACATACGAAAGCCCTTATGAAACCCTAAGGGCCAAAGGAGGATTT
	;
END;