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; END; BEGIN SETS; CHARSET ATP6 = 1- 721; CHARSET TEF1ex = 722- 1715; CHARSET RPB2ex = 1716- 2433; CHARSET Introns = 2434- 2681; END; BEGIN MrBayes; charset ATP6 = 1 -721; charset TEF1ex = 722 -1715; charset RPB2ex = 1716 -2433; charset Introns = 2434 -2681; partition favored = 4 : ATP6 , TEF1ex , RPB2ex , Introns; set partition = favored; lset applyto = ( 1 ) nst = 2 rates = invgamma; lset applyto = ( 2 ) nst = 6 rates = invgamma; lset applyto = ( 3 , 4 ) nst = 2 rates = invgamma; prset applyto = ( 1 ) statefreqpr = dirichlet ( 2 , 1 , 1 , 2 ); prset applyto = ( 2 , 3 , 4 ) statefreqpr = fixed ( equal ); prset applyto = ( all ) ratepr = variable; unlink statefreq = ( all ) revmat = ( all ) shape = ( all ) pinvar = ( all ); mcmcp nchains = 5; mcmcp samplefreq = 200; mcmcp printfreq = 200; mcmcp ngen = 50000; END; BEGIN TREES; Title Sutorius_V005_AER2_introns; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Butyriboletus_appendiculatus_VDKO0193b, [1] 2 Butyriboletus_cf_roseoflavus_OR0230, [2] 3 Butyriboletus_pseudoregius_VDKO0925, [3] 4 Caloboletus_firmus_CFMR_BZ_1721, [4] 5 Caloboletus_inedulis_MICH_KUO_07031403, [5] 6 Caloboletus_radicans_VDKO1187, [6] 7 Caloboletus_yunnanensis_HKAS69214, [7] 8 Crocinoboletus_cf_laetissimus_OR0576, [8] 9 Crocinoboletus_rufoaureus_HKAS53424, [9] 10 Neoboletus_brunneissimus_HKAS52660, [10] 11 Neoboletus_ferrugineus_HKAS77617, [11] 12 Neoboletus_ferrugineus_HKAS77718, [12] 13 Neoboletus_flavidus_HKAS58724, [13] 14 Neoboletus_flavidus_HKAS59443, [14] 15 Neoboletus_hainanensis_HKAS59469, [15] 16 Neoboletus_hainanensis_HKAS63515, [16] 17 Neoboletus_hainanensis_HKAS74880, [17] 18 Neoboletus_hainanensis_HKAS90209, [18] 19 Neoboletus_junquileus_AF2922, [19] 20 Neoboletus_magnificus_HKAS54096, [20] 21 Neoboletus_magnificus_HKAS74939, [21] 22 Neoboletus_obscureumbrinus_HKAS63498, [22] 23 Neoboletus_obscureumbrinus_HKAS77774, [23] 24 Neoboletus_obscureumbrinus_HKAS89027, [24] 25 Neoboletus_rubriporus_HKAS57512, [25] 26 Neoboletus_rubriporus_HKAS83026, [26] 27 Neoboletus_rubriporus_HKAS89174, [27] 28 Neoboletus_sanguineoides_HKAS55440, [28] 29 Neoboletus_sanguineoides_HKAS57766, [29] 30 Neoboletus_sanguineoides_HKAS74733, [30] 31 Neoboletus_sanguineus_HKAS68587, [31] 32 Neoboletus_sanguineus_HKAS80823, [32] 33 Neoboletus_sanguineus_HKAS90211, [33] 34 Neoboletus_sp_HKAS76660, [34] 35 Neoboletus_sp_HKAS76851, [35] 36 Neoboletus_sp_OR0128, [36] 37 Neoboletus_tomentulosus_HKAS53369, [37] 38 Neoboletus_tomentulosus_HKAS77614, [38] 39 Neoboletus_tomentulosus_HKAS77656, [39] 40 Neoboletus_venenatus_HKAS63535, [40] 41 Pulveroboletus_sokponianus_ADK4360, [41] 42 Pulveroboletus_africanus_ADK4650, [42] 43 Pulveroboletus_aff_ravenelii_HKAS53351, [43] 44 Pulveroboletus_fragrans_OR0673, [44] 45 Pulveroboletus_ravenelii_REH2565, [45] 46 Pulveroboletus_sp_HKAS57665, [46] 47 Pulveroboletus_brunneopunctus_HKAS74933, [47] 48 Rubroboletus_legaliae_VDKO0936, [48] 49 Rubroboletus_rhodoxanthus_HKAS84879, [49] 50 Rubroboletus_satanas_VDKO0968, [50] 51 Suillellus_luridus_VDKO0241b, [51] 52 Suillellus_subamygdalinus_HKAS53641, [52] 53 Sutorius_aff_eximius_HKAS50420, [53] 54 Sutorius_aff_eximius_HKAS52672, [54] 55 Sutorius_aff_eximius_HKAS56291, [55] 56 Sutorius_aff_eximius_HKAS59657, [56] 57 Sutorius_aff_eximius_NY1393562, [57] 58 Sutorius_australiensis_NY02072542, [58] 59 Sutorius_australiensis_NY1194055, [59] 60 Sutorius_australiensis_REH9441, [60] 61 Sutorius_eximius_NY02449711, [61] 62 Sutorius_eximius_REH9400, [62] 63 Sutorius_maculatoides_OR0758, [63] 64 Sutorius_maculatoides_WAT25793, [64] 65 Sutorius_mucosus_OR0851, [65] 66 Sutorius_obscuripellis_OR0949, [66] 67 Sutorius_pallidosquamosus_OR0411, [67] 68 Sutorius_pallidosquamosus_SV0098, [68] 69 Sutorius_pseudotylopilus_OR0378B, [69] 70 Sutorius_rubinus_OR0379, [70] 71 Sutorius_rubinus_OR0403, [71] 72 Sutorius_rubinus_OR0409, [72] 73 Sutorius_rubinus_OR1255, [73] 74 Sutorius_sp_ADK2396, [74] 75 Sutorius_sp_ADK4369, [75] 76 Sutorius_sp_JD669, [76] 77 Sutorius_subrufus_FHMU2006, [77] 78 Sutorius_subrufus_FHMU2101, [78] 79 Sutorius_ubonensis_SV0032, [79] 80 Sutorius_vellingae_ECV3603; TREE PAUP_1 = 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