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Tulbaghia_simmleri 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Latace_andina 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Nothoscordum_gracile 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GAATGCGAACTTGTGATCGCGCCCTTCGGGAG---CGGAGGCGGCGGCGGCCGCGTCGCACGCCCTC----GCTCCCCTGGG--CCCCCCTGCTGCCCCC---GCCC--CGGTTTCTGCCGGGACGGGCGGTG-GGAACACGACCCCGGCGCGGTTTGCGCCAAGGAACAGTTTTTGACGGAGAGCTCCGCGT---------------GCCTCGCGGCGCGCGGTGCGATCCCGCTAGCGTGAGAACCTGCATGACTCTCGGCAACGGATATCTTGGCTCTCGCATCGATGAA-GGACGTAGCAAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAATCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCATCCGGTCGAGGGCACGCCTGCCTG-GGCGTCACGCCTCGCGTCACTTCGTGCACCCTGCCTGCCCCGCTCCTGGCGGGCGGCC-TCCGTGCAGGGACGTGGAGATTGGCCCCTCGTGTCCTCTGCGGCGCGACGGG-TTGAAGTGCTGGCTCTGCCGCCGGTTC-TGGACGCGGCGAGTG--GTGGACGGAGTT- Tulbaghia_simmleri GAATGCGAACTTGTGATCGCGCCCTTCGGGAG---CGGAGGCGGCGGCGGCCGC?TC?CACGCCCTC----GCTCCCCTGGG--CCCCCCTGCTGCCCCC---GTCC--CGGTTTCTGCCGGGACGGGCGGTG-GGAACACGACCCCGGCGCGGTTTGCGCCAAGGAACAGTTTTTGACGGAGAGCTCCGCGT---------------GCCTCGCGGCGCGCGGTGCGATCCCGCTAGCGTGAGAACCTGCATGACTCTCGGCAACGGATATCTTGGCTCTCGCATCGATGAA-GGACGTAGCAAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAATCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCATCCGGCCGAGGGCACGCCTGCCTG-GGCGTCACGCCTCGCGTCACTTCGTGCACCATGCCTGCCCCGCTCCTGGCGGGCGGCC-TTCGTGCAGGGACGTGGAGATTGGCCCTTCGTGTCCTCTGCGGCGCGACGGG-TTGAAGTGCTGGCTCTGCCGCCGGTTC-TGGACGCGGCGAGTG--GTGGACGGAGTT- Tulbaghia_violacea GAATGCGAACTTGTGATCGCGCCCTTCGGGAG---CGGAGGCGGCGGCGGCCGCGTCGCACGCCCTC----GCTCCCCTGGG--CCCCCCTGCTGCCCCC---GCCC--CGGTTTCTGCCGGGACGGGCGGTG-GGAACACGACCCCGGCGCGGTTTGCGCCAAGGAACAGTTTTTGACGGAGAGCTCCGCGT---------------GCCTCGCGGCGCGCGGTGCGATCCCGCTAGCGTGAGAACCTGCATGACTCTCGGCAACGGATATCTTGGCTCTCGCATCGATGAA-GGACGTAGCAAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAATCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAGGCCATCCGGTCGAGGGCACGCCTGCCTG-GGCGTCACGCCTCGCGTCACTTCGTGCACCCTGCCTGCCCCGCTCCTGGCGGGCGGCC-TCCGTGCAGGGACGTGGAGATTGGCCCCTCGTGTCCTCTGCGGCGCGACGGG-TTGAAGTGCTGGCTCTGCCGCCGGTTC-TGGACGCGGCGAGTG--GTGGACGGAGTT- ; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Allioideae_matk) = universal: 1- 1165; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Allioideae_ndhf) = universal: 1- 1969; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = Allioideae_ITS) = universal: 1- 574; END; BEGIN TREES; Title Allioideae_ITS; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Beauverdia_dialystemon, [1] 2 Beauverdia_hirtella_1, [2] 3 Beauverdia_hirtella_2, [3] 4 Beauverdia_sellowiana_1, [4] 5 Beauverdia_sellowiana_2, [5] 6 Beauverdia_sellowiana_3, [6] 7 Beauverdia_vitatta_1, [7] 8 Beauverdia_vitatta_2, [8] 9 Beauverdia_vitatta_3, [9] 10 Gilliesia_graminea, [10] 11 Ipheion_recurvifolium_1, [11] 12 Ipheion_recurvifolium_2, [12] 13 Ipheion_recurvifolium_3, [13] 14 Ipheion_tweedieanum, [14] 15 Ipheion_tweedieanum_1, [15] 16 Ipheion_uniflorum_1, [16] 17 Ipheion_uniflorum_2, [17] 18 Ipheion_uniflorum_3, [18] 19 Ipheion_uniflorum_4, [19] 20 Ipheion_uniflorum_5, [20] 21 Ipheion_uniflorum_6, [21] 22 Ipheion_uniflorum_7, [22] 23 Latace_andina, [23] 24 Leucocoryne_coquimbense, [24] 25 Leucocoryne_ixiodes, [25] 26 Miersia_chilensis, [26] 27 Nothoscordum_andicola, [27] 28 Nothoscordum_arenarium, [28] 29 Nothoscordum_bonariense_3, [29] 30 Nothoscordum_gracile, [30] 31 Nothoscordum_montevidense_1, [31] 32 Nothoscordum_montevidense_2, [32] 33 Nothoscordum_montevidense_3, [33] 34 Nothoscordum_nudicaule, [34] 35 Nothoscordum_sp., [35] 36 Nothoscorudm_bonariense_1, [36] 37 Nothoscorudm_bonariense_2, [37] 38 Nothsocordum_bivalve_1, [38] 39 Solaria_atropurpurea, [39] 40 Solaria_miersioides_1, [40] 41 Solaria_miersioides_2, [41] 42 Tristagma_ameghinoi, [42] 43 Tristagma_bivalve_1, [43] 44 Tristagma_bivalve_2, [44] 45 Tristagma_circinatum_1, [45] 46 Tristagma_circinatum_2, [46] 47 Tristagma_nivale_1, [47] 48 Tristagma_nivale_2, [48] 49 Tristagma_nivale_3, [49] 50 Tristagma_patagonicum_1, [50] 51 Tristagma_patagonicum_2, [51] 52 Tristagma_patagonicum_3, [52] 53 Tristagma_patagonicum_4, [53] 54 Tristagma_sessile_1, [54] 55 Tristagma_sessile_2, [55] 56 Tristagma_violacea, [56] 57 Trsitagma_bivalve_3, [57] 58 Trsitagma_bivalve_4, [58] 59 Trsitagma_gracile, [59] 60 Trsitagma_graminifolium, [60] 61 Tulbaghia_ludwigiana, [61] 62 Tulbaghia_simmleri, [62] 63 Tulbaghia_violacea; TREE tree_1 = ((62:0.008644,(61:0.0012,63:0.001215):0.003378):0.1283185,((26:0.069515,(39:0.015396,(41:0.003283,(10:0.00121,40:0.001188):0.003187):0.013302):0.082626):0.076548,((23:0.219629,(24:0.01174,25:0.004582):0.053371):0.014698,((((27:0.003833,35:0.088619):0.007963,(28:0.001359,30:0.001192,34:0.02986):0.005005):0.094131,((31:0.07782,(38:0.023182,((4:0.001166,6:0.002858):0.002271,(33:0.004738,(36:0.001167,37:0.001186):0.005977):0.004432):0.012497):0.008886):0.065141,((29:0.013835,(3:0.039554,32:0.020892):0.008417):0.019976,(7:0.006108,8:0.001218,(9:0.002822,(5:0.082203,(1:0.041019,2:0.039547):0.008199):0.035532):0.089295):0.028668):0.035984):0.053821):0.063966,(((48:0.014735,51:0.036241):0.024601,((13:0.00748,((11:0.001207,12:0.001203):0.002741,(14:0.003024,15:0.086039):0.042889):0.016119):0.02505,(16:0.001175,17:0.001192,18:0.001154,19:0.001167,20:0.001175,21:0.001268,22:0.00121):0.112081):0.024179):0.019383,((45:0.003004,(50:0.001201,52:0.006809,53:0.001213):0.004403):0.020531,((42:0.004824,46:0.002936):0.004739,(59:0.055931,(47:0.001254,49:0.002904):0.006774):0.004453,(60:0.010077,(43:0.00123,58:0.02586):0.009833,(54:0.002886,55:0.004476,56:0.022422,(44:0.035562,57:0.001242):0.009748):0.004355):0.00804):0.007137):0.010584):0.061313):0.032394):0.190701):0.1283185)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END; BEGIN TREES; Title Allioideae_cpDNA; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Beauverdia_dialystemon, [1] 2 Beauverdia_hirtella_1, [2] 3 Beauverdia_hirtella_2, [3] 4 Beauverdia_sellowiana_1, [4] 5 Beauverdia_sellowiana_2, [5] 6 Beauverdia_sellowiana_3, [6] 7 Beauverdia_vitatta_1, [7] 8 Beauverdia_vitatta_2, [8] 9 Beauverdia_vitatta_3, [9] 10 Gilliesia_graminea, [10] 11 Ipheion_recurvifolium_1, [11] 12 Ipheion_recurvifolium_2, [12] 13 Ipheion_recurvifolium_3, [13] 14 Ipheion_tweedieanum, [14] 15 Ipheion_tweedieanum_1, [15] 16 Ipheion_uniflorum_1, [16] 17 Ipheion_uniflorum_2, [17] 18 Ipheion_uniflorum_3, [18] 19 Ipheion_uniflorum_4, [19] 20 Ipheion_uniflorum_5, [20] 21 Ipheion_uniflorum_6, [21] 22 Ipheion_uniflorum_7, [22] 23 Latace_andina, [23] 24 Leucocoryne_coquimbense, [24] 25 Leucocoryne_ixiodes, [25] 26 Miersia_chilensis, [26] 27 Nothoscordum_andicola, [27] 28 Nothoscordum_arenarium, [28] 29 Nothoscordum_bonariense_3, [29] 30 Nothoscordum_gracile, [30] 31 Nothoscordum_montevidense_1, [31] 32 Nothoscordum_montevidense_2, [32] 33 Nothoscordum_montevidense_3, [33] 34 Nothoscordum_nudicaule, [34] 35 Nothoscordum_sp., [35] 36 Nothoscorudm_bonariense_1, [36] 37 Nothoscorudm_bonariense_2, [37] 38 Nothsocordum_bivalve_1, [38] 39 Solaria_atropurpurea, [39] 40 Solaria_miersioides_1, [40] 41 Solaria_miersioides_2, [41] 42 Tristagma_ameghinoi, [42] 43 Tristagma_bivalve_1, [43] 44 Tristagma_bivalve_2, [44] 45 Tristagma_circinatum_1, [45] 46 Tristagma_circinatum_2, [46] 47 Tristagma_nivale_1, [47] 48 Tristagma_nivale_2, [48] 49 Tristagma_nivale_3, [49] 50 Tristagma_patagonicum_1, [50] 51 Tristagma_patagonicum_2, [51] 52 Tristagma_patagonicum_3, [52] 53 Tristagma_patagonicum_4, [53] 54 Tristagma_sessile_1, [54] 55 Tristagma_sessile_2, [55] 56 Tristagma_violacea, [56] 57 Trsitagma_bivalve_3, [57] 58 Trsitagma_bivalve_4, [58] 59 Trsitagma_gracile, [59] 60 Trsitagma_graminifolium, [60] 61 Tulbaghia_ludwigiana, [61] 62 Tulbaghia_simmleri, [62] 63 Tulbaghia_violacea; TREE tree_1 = ((61:0.003202,(62:0.002934,63:0.000296):0.003779):0.0083355,(((40:0.000262,41:0.004471):0.003306,(26:0.000877,(10:0.000838,39:0.002645):0.002376):0.001551):0.018628,((24:0.001237,25:0.002732):0.009965,(23:0.006853,(((27:0.004151,28:0.001344):0.000464,(34:0.001434,(30:0.00317,35:0.001752):0.003916):0.001382):0.005882,((29:0.000898,32:0.001645):0.002168,(1:0.000522,4:0.002936,5:0.002969,6:0.000359,8:0.000695,9:0.00188,(2:0.001519,31:0.003843):0.002226,(3:0.002437,7:0.000923):0.000782,(33:0.001728,38:0.000902):0.000833,(36:0.000613,37:0.002113):0.001052):0.00141):0.006292):0.00233):0.001618,(50:0.01119,(((60:0.004125,(56:0.000474,59:0.00368):0.003946):0.003096,(45:0.003307,47:0.000857,48:0.001626,49:0.005476,52:0.006027,(51:0.001235,53:0.000343):0.000688):0.003494):0.001431,(((14:0.000516,15:0.000365):0.003222,(12:0.001237,(11:0.010376,13:0.001674):0.00077):0.00194):0.005834,(43:0.003748,((46:0.001483,58:0.007006):0.001291,((44:0.000732,57:0.000949):0.001126,(54:0.008831,55:0.000829):0.001812):0.001193):0.002998):0.000607,(42:0.007233,((19:0.00058,(18:0.000249,20:0.000257):0.000594):0.00058,((16:0.000247,17:0.000239):0.000578,(21:0.000655,22:0.000199):0.000512):0.000503):0.001167):0.002777):0.002116):0.003419):0.003467):0.006629):0.0083355)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END; BEGIN TREES; Title Allioideae_combined; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Beauverdia_dialystemon, [1] 2 Beauverdia_hirtella_1, [2] 3 Beauverdia_hirtella_2, [3] 4 Beauverdia_sellowiana_1, [4] 5 Beauverdia_sellowiana_2, [5] 6 Beauverdia_sellowiana_3, [6] 7 Beauverdia_vitatta_1, [7] 8 Beauverdia_vitatta_2, [8] 9 Beauverdia_vitatta_3, [9] 10 Gilliesia_graminea, [10] 11 Ipheion_recurvifolium_1, [11] 12 Ipheion_recurvifolium_2, [12] 13 Ipheion_recurvifolium_3, [13] 14 Ipheion_tweedieanum, [14] 15 Ipheion_tweedieanum_1, [15] 16 Ipheion_uniflorum_1, [16] 17 Ipheion_uniflorum_2, [17] 18 Ipheion_uniflorum_3, [18] 19 Ipheion_uniflorum_4, [19] 20 Ipheion_uniflorum_5, [20] 21 Ipheion_uniflorum_6, [21] 22 Ipheion_uniflorum_7, [22] 23 Latace_andina, [23] 24 Leucocoryne_coquimbense, [24] 25 Leucocoryne_ixiodes, [25] 26 Miersia_chilensis, [26] 27 Nothoscordum_andicola, [27] 28 Nothoscordum_arenarium, [28] 29 Nothoscordum_bonariense_3, [29] 30 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Tulbaghia_simmleri, [62] 63 Tulbaghia_violacea; TREE tree_1 = ((61:0.002609,(62:0.004052,63:0.000209):0.003108):0.0266625,((26:0.012533,((10:0.001632,39:0.006052):0.00197,(40:0.000237,41:0.004018):0.002606):0.015647):0.036022,((23:0.035421,(24:0.002545,25:0.003334):0.019119):0.002251,(((27:0.005993,(28:0.001416,(34:0.005982,(30:0.002939,35:0.015036):0.002937):0.001275):0.000533):0.019721,((31:0.015982,(38:0.004613,((4:0.002304,6:0.000478):0.001187,(33:0.002186,(36:0.000512,37:0.001795):0.00155):0.000992):0.002448):0.001925):0.009214,((3:0.009565,(29:0.002944,32:0.005118):0.003625):0.002821,(7:0.002427,(8:0.000732,(9:0.002836,(1:0.00644,2:0.009067,5:0.015705):0.005807):0.012754):0.000742):0.004422):0.005796):0.015947):0.011664,(((60:0.005358,(56:0.004416,59:0.013662):0.003722):0.003333,((45:0.007486,(50:0.008058,52:0.004843,53:0.000212):0.000787):0.005113,(47:0.000816,49:0.007391,(48:0.002138,51:0.009403):0.008299):0.001243):0.00376):0.001856,((43:0.005699,((42:0.007355,46:0.002266):0.00109,((54:0.009425,55:0.00176):0.001695,(58:0.012215,(44:0.006303,57:0.000825):0.002327):0.000879):0.003121):0.001595):0.000439,(((14:0.000671,15:0.017044):0.008559,(12:0.000985,(11:0.008968,13:0.004822):0.000519):0.00346):0.01135,((19:0.000487,(18:0.000191,20:0.000203):0.000474):0.000507,((16:0.000191,17:0.000191):0.000477,(21:0.000551,22:0.000183):0.000461):0.000456):0.019582):0.00614):0.001847):0.017252):0.004585):0.028916):0.0266625)[% 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