NEXUS
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[Matrix accession#: M569]

BEGIN TAXA;
	TITLE M569;
	DIMENSIONS  NTAX=17;
	TAXLABELS
		Dactylaria_lanosa	Nectria_cinnabarina	Fusarium_sambucinum	Beauveria_parasitica	Echinodothis_tuberiformis	Neotyphodium_uncinatum	Epichloe_typhina	Hirsutella_rhossiliensis	Harposporium_janus	Drechmeria_coniospora	Cordyceps_capitata	Tolypocladium_cylindrosporum	Tolypocladium_inflatum	Trichoderma_harzianum	Gliocladium_viride	Hypocrea_schweinitzii	Trichoderma_parceramosum
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M569;
	DIMENSIONS NCHAR=707;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = - GAP = #  ;
	MATRIX
		Dactylaria_lanosa                  CATTACCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAAC--A-T-ACCT---ATCGTTGCTTCGGCGG------A----AC-GC---CCCGG-CGCACTCGCT---GCCC-----G---GGC-----------TCA-GGCG-C-CCGCC-GGAG-AC--CA--C---AAACTC-T-----TGTC---TTTTT--------------AC-GT-----------A-----T----TCT--GAG------TGG-CATA------A---A--------GCAAAAATGAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCCC----CG--G---GCTTGGTGTTGGGGATC----GGC---C--GCAGC----CT---------------------AGCGC--T-GG--CCGTCCCCCAAATTCAGTGGCGGTCACGCCGCAG-CATCCCCTGCGTAGTAG----C----AC-------AACCTCGCA-CC-GG-AA-CGCAGCG-CGACCAC-GCCGTAAAA-C-CCCC-AA-CT----T--CTG-----A--AGTTTGACCT
		Nectria_cinnabarina                CATTACCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAAC--A-T-ACCTTT-ATTGTTGCTTCGGCGG---G--A----TC-GC---CCCGG-CGCCCTCG-G---G-CC-----G---GAC-----------CCA-GGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--C---C---AAACTC-T-----TGT----TTCC---------------ATTGT-----------GAT---TC---TCT--GAG------TG---ATAC-----A---A--------GCAAATA--AATTAAAACTTTCAACACCGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTACTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCCCTT--CG--G---GCTTGGTGTTGGGGATC----GGC---CT-GCGGCGT--CT---------------------GACGCCGT-GG--CCGGCCCCGAAATCTAGTGGCGGTCTCGCTGTAGTCCTCCTCTGCGTAGTAG----C----AC-------A-CCTCGCA-CC-GG-AA-CTTAGCG-CGGCCAC-GCCGTTAAA-C-CCC--AA-CT----TT-CTG-----A--AGTTTGACCT
		Fusarium_sambucinum                -----CCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAAC--A-T-ACCTTA-AT-GTTGCCTCGGCGG------A----TCAGC---CC--G-CGCCC-CG-TAAAACG------G---GAC---------------GGC----CCGCC-AGAGGAC--C---C---AAACTC-TA---ATGT----TTCTT--------------ATTGT-----------AAC---T----TCT--GAG------TA---AAAC-----A---A--------ACAAATA--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCAAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCTGGTATTCCGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCCC----CG--G---GTTTGGTGTTGGGGATC----GGCT--CT-GCC-CTT--CT---------------------GGCG--GT-G---CCGCCCCCGAAATACATTGGCGGTCTCGCTGCAG-CCTCCATTGCGTAGTAG----CTA--AC-------A-CCTCGCAACT-GG-AA-CGCGGCG-CGGCCAT-GCCGTAAAA-C-CCC--AA-CT----T--CTG-----A--A---TGACCT
		Beauveria_parasitica               CATTACCGAGTCT-TACAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAACTTA-T-ACCTTT-ACCGTTGCTTCGGCGG---GTTA----ACG-C---CCCGGAAGGCC---------C-TGAAAAG---GCCGCCGGA----ACCA-GGCG-C-CCGCC-GGGGGAC--C---C---AAAC---TT---TTGTGTGATT-TTCTT---------CAAT-GG-----------CA----TG---TCT--GAG------TGG--AATCA---TA---A--------ACGAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAGCCCC----CG-TG---GCTTGGTGTTGGGGACC----GGCGACCCCGCC-CGCACCTC----------GG--TGCA--GGCGCC---CG--CCGCCCCCGAAATGAATTGGCGGCCTCGTCGCGG-CCTCCTCTGCGTAGTAC----C-A---C-------AGCCTCGCAAC-AGG-AG-CGCGACG-CGGCCACTGCCGTAAAATCGCCC--AG-CT-------CTGTTTTCA-GAGT-TGACCT
		Echinodothis_tuberiformis          CATTACCGAGT-T-TACAAACTCCCAAACCCA--T--GTGAACCTA-T-ACCATA-ACTGTTGCTTCGGCGG---GC------TC---------TGACGCCC---------C-------G---GAC-----------CCG-GGCGGC-CCGC--GGAGGAC--C---C---AAACTCCTT---TTGT---ATTCTTCTT---------CTAT-G------------TA----TTA--TCT--GAG------TGG--ATT-----TAGT-A---------CCAATA--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAACTCAGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCC------G------GCTTGGTGTTGGGGACC----GGA---CAAGCC-CCC--CTCTTCCCCCCCGGGGGTGCAGGGGAGGC--AGG--CCGCCCCCGAAATGAATTGGCGGTCTCGTCGCGG-CCTCCTCTGCGCAGTAG----C-ACTACG------A-ACTCGCA-CCAGG-AG-CGCGGCG-CGGCCACTGCCGTAAAA-CGCCCC-AA-CT----T--CTTCTTCCAAGAGT-TGACCT
		Neotyphodium_uncinatum             CATTACCGAGT-T-TACA--CTCCCAAACCCC--T--GTGGACTTA-T-ACCTTT-ACCGTTGCCTCGGCGG---GC------ACGGC---CGCGGACGCCC---------CCTCGCGGG---GG-----GG----GCCG-GGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--C---C---AAAC-CCTT---CTGT---ATT-TTC-----------CTAC-G------------CA----TG---TCT--GAG------TGG--ATT-----TAAT-A--------TCAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCC------GCTGCGCGCTTGGTGTTGGGGACC----GGC---CC-GCC-CGC--CTC---------------GC---GGCGGC---GG--CCGCCCCCGAAATGAATTGGCGGTCTCGTCGCGG-CCTCCTTTGCGTAGTAA----C-A-TACC------A-CCTCGCAACCGGG-AG-CGCGGCG-CGGCCACTGCCGTAAAA-CGCCC--AA-CT----T--CT----CCAAGAGT-TGACCT
		Epichloe_typhina                   CATTACCGAGT-T-TACA--CTCCCAAACCCC--T--GTGGACCTA-T-ACCTTT-ACTGTTGCCTCGGCGG---GC------ACGGC---CGCGGACGCCC---------CCTCGCGGG---GGCACCGGG----GCCA-GGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--C---C---AAAC-CCTT---CTGT---ATT-TTC-----------TTAC-G------------CA----TG---TCT--GAG------TGG--ATT-----TA-------------CAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCC------GCTGCGTGCTTGGTGTTGGGGACC----GGC---CA-GCC-CGC--CTC---------------GC---GGCGGC---GG--CCGCCCCTGAAATGAATTGGCGGTCTCGCCGCAG-CCTTCTTTGCGTAGTAA----C-A-TACC------A-CCTCGCAACCAGG-AG-CGCGGCG-CGGCCACTGCCGTAAAA-CGCCC--AA-CT----T--CT----CCAAGAGT-TGACCT
		Hirsutella_rhossiliensis           CATTACCGAGT-TATTCAA-CTCCCAAACCCCC-T--GTGAACC---TTACCACACAC-GTTGCCTCGGCGG---G--A----CC-GC---CCCGG-CGCCCT--------CGC-----G---G-C-CCGGA----CCAA-GGCG-C-CCGCC-GGAGGACCAC---C---AGACTC-TC---CTG-----T----CG----------C-A--GTGGC---------AT---TTC--TCTCCGAG------TC-----A------AGC-AAGC------AAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTACTCTGGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAGC-CCG--TCTC-G---G-----TGTTGGGGGCCCCACGG----C---CG-------------------------------CGA----GG--CCGCCCCCGAAATGCATTGGCGACCCCGCCGCGG-CCTCCCCTGCGCAGTAG----C----TCCCAGAGAA-CCTCGCA-CC-GG-AAACGCGGAGGCGGTCAC-GCCGTAAAA-----C--AA-CTCTCCTC-CTGGA---A---GT-TGACCT
		Harposporium_janus                 CATTACCGAGT-TCT---A-CTCTCAAACCC---T--GCGAACC---T-ACCTCG-AC-GTTGCTTCGGCGG---G--AG---CC-CCGGGCCCGG-CGCGCTGA-GAAGCCGCC----G-C-G-C-CCGGA----CCCA-GGCG-A-CCGCC-GGAGG----C---C---AAACTC-T-----TG-----T----CTT---------C-T--GT------------AT---TA---TCT--GGG------T-------------ACC-A--C------AAA-TG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGATTTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATTCTGGCGGGCATGCCTGCCCGAGCGTCATTTCGACCCTC-AGCGCCGC-TCGC-G---GCCTGGTGTTGGGTGCC----GG----C---GT-------------------------------CT------G--CCGCCCCCGAAATGCAGTGGCGACCACGCCGCGG-CCTCCCCTGCGCAGTAG----C----AC-------A-TCTCGCA-CC-GG-AG-CGCGGACGCGGTCAC-GCCGTA-----------AA-CTCCTTTC-CAG------------------
		Drechmeria_coniospora              CATTACCGAGT-TTT-CAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAACA--CT-ACC--ACAC-GTTGCTTCGGCGGCGGG--AGAGGGC-GC---CCC-----------------CG------GGC-G---CC-------CCC--GCCCTCACCGCC-GGGGGAC--CCAAC---AAACTC-TT---TTGCC--AT----CGC---------C-CGCGCGGCGGA------ATC--TCAGCTCT--GAG------TCG-CA-A------ACA-A---------AAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCACTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAGCCCCCCC--GGGG---GCGCGGTGTTGGGGGCC----GG----C---CC-------------------------------TG------G--CCGCCCCCGAAATGCAGTGGCGACCTCGCCGCAG-CCTCCCCTGCGTAGTAG----C----AC--AC---A-CCTCGCA-CC-GG-AG-CGCGGAGACGGTCAC-GCCGTAAAA-CGCCCC-AATCT----TA-CAG-----A---GT-TGACCT
		Cordyceps_capitata                 CATTACCGAGT-TAC-CAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAACA---T-ACCTGA-AC-GTTGCTTCGGCGG---G--AC----C-GC---CCCGG-CGCCCA--------CG------G-C-GGC-CCGGA----ACCA-GGCG-C-CCGCC-GGAGGCC--C---T---AAACTC-TTGT-TTG----AT----T-----------T-ATAGCGGC---------ATA--T----TCT--GGG------TCT-CGCG------AGG-A---------AAAATG--AAACAAAACTT-CAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGCATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCGTTTCAACCCTCAGGCCCCCCCCGGCGG---GCCTGGTGTTGGGGACC----GG----C---CC-------------------------------CG------G--CCGCCCCCGAAATACAGTGGCGACCCCGCCGCAG-CCTCCCCTGCGTAGTAG----C----AC--A----A-CCTCGCA-CC-GG-AG-CGCGGAGACGGTCAC-GCCGTAAAA-CGCCC--AA-CT----TCTCAG-----A---GT-TGACCT
		Tolypocladium_cylindrosporum       CATTACCGAGT-TTT-CAA-CTCCCAAACCCT--TATGTGAACC---T-ACCT-A-TC-GTTGCTTCGGCGG------ACT---C-GC---CCCAG-C-------------CG------GAC-G----CGGACTGGACCA-G-CGGC-CCGCC-GGAGGAC--CAT-C---AAACTC-TTGTATTA----AT----CAG---------C-ATAGTGGC---------ATA--T----TCT--GAG------TCT-CACA------AG--A---------AAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAGCGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAGCGCACATTGCGTCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCCCA----GCCG---GCTTGGTGTTGGGGACC----GG----C---CC-------------------------------CG------G--CCGCCCCCCAAATGCAGTGGCGACCTCGCCGCAG-CCTCCCCTGCGTAGTAG----C----AC--A----A-CCTCGCA-CC-GG-AG-CGCGGAGACGGTCAC-GCCGTAAAATCGCCC--AA-CT----TCTCAG-----A---GT-TGACCT
		Tolypocladium_inflatum             CATTACCGAGT-TAT-CAA-CTCCCAAACCCC--T--GTGAACA---T-ACCC-A-AC-GTTGCTTCGGCGG---G--AC----C-GC---CCCGG-CGCCT---------CG------G-C-GTC-CCGGA----ACCA-GGCGCC-CCGCCCGGAGGAC--C---C---AAACTC-TTGT-TTA----A-----C-----------C-ATAGTGGC---------ATA--T----TCT--GAG------TCT-CACA------AG--A---------AAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTTCAACCCTCAAGCCCCA----GC-G---GCTTGGTGTTGGGGACC----GG----C---CC-------------------------------CG------G--CCGCCCCCCAAATGCAGTGGCGACCTCGCCGCAG-CCTCCCCTGCGTAGTAG----C----AC--A----A-C-TCGCA-CC-GG-AG-CGCGGAGACGGTCAC-GTCGTAAAA-CGCCC--AA-CT----TCTCAG-----A---GT-TGACCT
		Trichoderma_harzianum              CATTACCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCC-AAT--GTGAACG---TTACC--AAACTGTTGCCTCGGCGG---G--ATC--TCTGC---CCCGGGTG------------CGTC----G-CAGCC-CCGGA-----CCAAGGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--CAACC-A-AAACTC-TTA--TTGT---ATA--CC-------CC--C--TCGCGGGTTT-TT-TTATA-AT-----CT--GAGCCTT-CTCGGCGCCTCTCGTAG----GCGTTTCGAAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAACCCCTC--CGGGG---GGTCGGCGTTGGGGATC----GG----C---C--CTG-CCTT--------------------GGCGGT---GG--CCGTCTCCGAAATACAGTGGCGGTCTCGCCGCAG-CCTCTCCTGCGCAGTAGTTTGC----AC-------A-C-TCGCA-TC-GGGAG-CGCGGCG-CGTCCACAGCCGTTAAA-CACCC--AA-CT----T--CTGAA---AT--GT-TGACCT
		Gliocladium_viride                 CATTACCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCC-AAT--GTGAACG---TTACC--AAACTGTTGCCTCGGCGG---G--ATT--TCTGC---CCCGGGCG------------CGTC----G-CAGCC-CCGGA-----CCAAGGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--CAATTTACAAACTC-TT----TGT---ATG-TCC-------CT--C--T-GCGGATTT-TTATTATACATT----CT--GAGCTTT-CTCGGCGC---TCCTAGCGA-GCGTTTCGAAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAACCCCTC--CGGGG---GGTCGGCGTTGGGGATC----GG----C---CTTCTA-CC-------------------------------GG--CCGGCCCCGAAATACAGTGGCGGTCTCGCCGCAG-CCTCTCCTGCGCAGTAGTTTGC----AC-------A-C-TCGCA-CC-GGGAG-CGCGGCG-CGTCCACGTCCGTAAAA-CACCC--AA-CT----TT-CTGAA---AT--GT-TGACCT
		Hypocrea_schweinitzii              CATTACCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCCCAGT--GTGAACG---TTACC--AATCTGTTGCCTCGGCGG---G--ATC--TCTGC---CCCGGGCG------------CGTC----G-CAGCC-CCGGAT---CCCATGGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--CAACC-A-AAACTC-CT---TTTT---ATC-TCCGTCGCGGCT-CC-GTCGCGGCTCTGTT-TTAT--TTTG-CTCT--GAGCCTTTCTCGGCGAC---CCTAGCGG-GCGTCTCGAAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAGCCCCTC--CGGGG---GGTCGGCGTTGGGGATC----G---------CCCCTC-AC------------------------CG-----GG--CCGCCCCCGAAATCCAGTGGCGGTCTCGCCGCAG-CCTCTCCTGCGCAGTAGTTTGC----AC-------A-C-TCGCA-CC-GGGAG-CGCGGCG-CGGCCACAGCCGTAAAA-CACCCAAAA-CA----TT-CTGAA---AT--GT-TGACCT
		Trichoderma_parceramosum           CATTACCGAGT-T-TACAA-CTCCCAAACCCCAAT--GTGAACG---TTACC--AATCTGTTGCCTCGGCGG---G--ATC--TCTGC---CCCGGGCG------------CGTC----G-CAGCC-CCGGAT---CCCATGGCG-C-CCGCC-GGAGGAC--CAACC-A-AA-CTC-TT---TTTT---CTC-TCCGTCGCGGCTTCC-GTCGCGGCTCTGTT-TTAAC-TTTG-CTCT--GAGCCTTTCTCGGCGAC---CCTAGCGG-GCGTCTCGAAAATG--AATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTTCAACCCTCGAACCCCTC--CGGGG---GGTCGGCGTTGGGGATC----GGCA--C---GCCCTC-ACA-----------------------CG-----GGTGCCGGCCCCGAAATCCAGTGGCGGTCTCGCCGCAG-CCTCTCCTGCGCAGTAGTTTGC----AC-------A-C-TCGCA-CC-GGGAG-CGCGGCG-CGGCCACAGCCGTAAAA-CACCCCAAA-C-----TT-CTGAA---AT--GT-TGACCT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;