NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 20:57:26] [Matrix accession#: M632] BEGIN TAXA; TITLE M632; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Pyrgomorpha_conica Tanaocerus_koebeli Xyronotus_aztecus Physemacris_variolosa Bullacris_membracioides Pneumora_inanis Systella_rafflesi Systella_sp. Stiphra_robusta Prosarthria_teretrirostris Euschmidtia_cruciformis Homeomastax_dentata Batrachideidae_sp. Paratettix_cucullatus Neotridactylus_australis Cylindraustralia_kochii Tettigonia_viridissima Ruspolia_nitidula Cyphoderris_monstrosus Hemideina_crassidens Comicus_campestris Ceuthophilus_carlsbadensis Agathemera_crassa Phyllium_bioculatum Grylloblatta_rothi Gromphodorhina_portentosa Gryllus_campestris Prosphena_scudderi Batrachotetrix_sp. Glauia_terrea Rhainopomma_montanum Oedipoda_coerulescens Gomphocerippus_rufus Acrida_turrita Acheta_domesticus ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M632; DIMENSIONS NCHAR=393; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Comicus_campestris AGTAGGAGTTAAGGTCTTGAAACTCAAAAGATTTGACGGTAACTTA-AGCTT-TTAGAGGAATCTGTTTCGTAATC-GATAATACACGATTTATTTGACTTGTTCTAGT--ATATTCA-GCTTGTATACCGCTGTCGT-AAGTTTGTCTTTTT-AGAG-GTA----ATTTTCTAAAA--TAATAAT-GTTAATA--------------------------ATGTCAGGTCAAGGTGCAGTTTATGGACAAGAGTTTAATGG-ATTACA-ATAAGTTTA---TTTAA------ATGGATTTGT---ATTTGAAAAAT------ACAA-TGAAGGTGGATTTAAAAGTAATGTTTAGAAAATTAAAATGTGAATAT----GATATTAAGTTGTGT Ceuthophilus_carlsbadensis AGTATTAGTTAAGGTCTTGAAACTCAAAGAATTTGGCGGTGTTTTA-GTCTATTCAGAGGAATCTGTTCCATTATT-GATAATACACA-AATATTTTACTTATTCTTGT---AGATCA-GTTTGTATACCGCCGTTAT-CAGATTATTTTTTT-AGGA-AATAA--ATATTCTTGAA-TTTTTATT-AAGAAGT--------------------------ATATCAGGTCAAGGTGCAGCTAATGAATAAGT-GGAAATGG-ATTACA-ATAAAATTA---TTTAT------ACGAATTTGA---TGTTGAAATATA-----AATA-TGAAGGTGGATTTGAAAGTAATGTTATAAATTGTGATAATTTGATTT---AAGCTCTAAAAGATGT Agathemera_crassa AGTAATAGTTATTTTCTTTAAACTCAAAGAATTTGGCGGTGCTTTA-GTCTATTTAGAGGAATTTGTCCCGTAATC-GATAGTCCTCGTTATATCTTTCTTGGTTTCGTTT--AATCA-GTATGTATATCGCCGTTAT-AAGTTTATTTTTTT-AGAA-TT-AAAAATTTACTTTAA-AATTTATT-TATTTAT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAACTAAGT-GGAGATGA-ATTACA-ATATTATCTT--AATAT------ATGGATTATA--TTTTTAAAATT-------TATA-TGAAGGTGGATTTAATGGTAATTTTAATAATAATAGTATTTTGATTA---TAGCTCTAAGGCGAGT Phyllium_bioculatum TATTAGTTATTTTCTTTTAAAACCTAAAGATTTTGGCGGTATTTTA-GTCTTTTCAGAGGAATTTGCCCCTTAATC-GATAGTCCTCGTTTTATCTAGCTTTAT-TTGTA------TG-GTATGTATACCGCCGTTAT-AAGATTATTTTATT-AGAA-TT--A--ATTTTCTTTAT-TCATTATT-GTGATTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAATTAAGTTTAAGGTGA-ATTACA-ATATTATTTG--AGTAT------ACGGATTTTA--TTTTTAAAATAT-------TAA-TTAAGGTGGATTTGATAGTAATTTTA???????????????????????????????????????? Grylloblatta_rothi ???????????????????AAACCCAAAGGATTTAACGGTATTTTA-GTCCTTTCAGAGGAACCTGTTTTTTTATC-GATATTCCACGTTATATCTTGCTTTATTTTGT----TTTCA-GTATGTATACCGCCGTTAT-TAGAGTGTTTTTTT-AGAA-TATTTTTATTTTTCTTTG-TTTTTTAT-TAGAAGTG-------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTTATAGTAAAGT-TGAAATGG-GTTACA-ATAAAATTTA--TTTAT-----AATGGATTTT---TACATGAAATTGT-----AGTT-TGAAGGTGAATTTGATAGTAATATATTAAATAATATTTTTTTGATTT---TGGCTCTAAAATATGT Gromphodorhina_portentosa AGTAATAGTTATGATCTTGAAACTTAAAGAATTTGGCGGTATTTTA-GTCTGTTTAGAGGAATCTGTCCCATAATC-GATAGTCCCGCGTTGAATCTTTACTTAATTTAT-----AAG-GTATGTATACCGCCGTTTTATTGAATATTTTTTT-AGGA-TAAT---ATTTTCTTAAA-ATGTATAA-TATAATG---------------------ATTTTACTTCAGGTCAAGGTGCAGCTTATAATTAAGG-GGAGATGG-ATTACA-ATATTTTAA---GGTAA------ACGGATTGTG--ATTTTGTAATGAATT----ATT-TGAAGGTGGATTTAATAGTAATTTTTTGTAGATTGTAAATATGATTT---AGGCTCTAAAATATGT Gryllus_campestris ??GTAGTAGTTATGTCTTGAAACCCAAAGAATTTGGCGGTGTTTTA-GTCCTTTCAGAGGAATCTGTTCTGTAATT-GATAATACACGATTTATGTAACTTGATTTTGT----TATCA-GTTTATATACCGCCGTCAGTAAGATTATCTTGTTGAGAG-TATAA--AATTTCATTAT-ATTTATAT-ATATATA----------------------TGTTATGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAATAGTCAAGT-AGAGATGG-ATTACA-ATAAAAATA---TTTAT------ATGGATAATA---TTTTGAATAATT-----TATT-TGAAGGTGGATTTGATTGTAAATTAATATAAATTGATTAATTGATTA---GGGCTCTAGAATGTGT Prosphena_scudderi ????????TTAAGTTCTTTAAATCTAAAGAATTTGGCGGCATTTTA-TTCCATTCAGAGGAACCTATCCCATAATT-GATAATTCACGATTTGATTGACTTAATT--------TTATT-GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-AGAG-TTTTATAATTTTCAAAAT-TTTAAATT-AAAGATA--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGCT-ATAATTAAGA-GGAGGTGG-GTTACA-ATAATTTAAG--ATT-T------GCGGTTTTGT---AAATATAAATTT-----TTAA-TTAAGTTGGATTTGATAGTAATTTGATTAACATTATTCATTTGATATG---GG????????????? Batrachotetrix_sp. 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Gomphocerippus_rufus ???ATTAGTTAGGATCTTAAAACCCAAAGAATTTGGCGGTATCTCA-TTCCATTTAGAGGAACCTACCCCGTAATT-GATGATACACGATTAACTTTACTTAATT--------TATTT-GTTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-GGAG-TTATA--ATTTTCTTAAT-TTTTAATT-TTAAAAT--------------------------ATTTCAGGTCAAGTTGCAGCTTATAATTAAGA-GGAGGTGG-GTTACA-ATAAATTTTAA-TTTAT-----TACGTATTTGAT---AGT-GAAATACT---ATTAA-TGAAGGTGGATTTAATAGTAATTTAATTTATTTAATTTAATTGATATT---GGCTCTGGGGTGTGT Acrida_turrita AATATTAGTTATGTTCTTTAAACCCAAAGAATTTGGCGGTATCTTA-TTCCATTTAGAGGAACCTGTCCCGTAATT-GATAGTACACGATTAACTTTACTTAATT--------TATTT-ATTTGTATATCTCCGTTAT-CAGAAAATCTTTTT-AAAG-TTATA--ATTTTCTATAT-TTATGATT-TTAATTT--------------------------ATTTCAGGTCAAGGTGCAGTTTTTAATTAAGT-GGAGATGG-GTTACA-ATATATTTTTT-TATAT-----TATGGATTTAAT---TTT-GGAATTT----TTTAA-TGAAGGTGGATTTAATAGTAATTTAATTTATTTAATTTAAGTGATATT---GGCTCTTGGGTGTGT Acheta_domesticus ????????????????TTGAAATTTAAAGAATTTGGCGGTGTTTTA-GTCCTTTCAGAGGAATCTGTTCTGTAATT-GATAATACACGATTTATGTGACTTGATTTTGT----TATCA-GTTTATATACCGCCGTCAGTAAGATTATCTTGTGGAGAG-TATTA--AATTTCGTTAT-ATTTTATT-TTATATT--------------------------ATGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAATAGTTAAGT-AGAAATGG-ATTACA-ATAAAAATA---TTTAT------ATGGATAATA---GTTTGAATAAGT-----TATT-TGAAAGTGGATTTGATTGTAAATTTGGTATAGATTGGCTAATTGATTA--GGGCTCTAGAATGTGT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 393 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; USERTYPE 2_1 ( STEPMATRIX ) = 4 A C G T . 2 1 2 2 . 2 1 1 2 . 2 2 1 2 . ; USERTYPE 10_1 ( STEPMATRIX ) = 4 A C G T . 10 1 10 10 . 10 1 1 10 . 10 10 1 10 . ; USERTYPE 1_2 ( STEPMATRIX ) = 4 A C G T . 1 2 1 1 . 1 2 2 1 . 1 1 2 1 . ; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; EXSET * POORALIGN = 105 - 114 118 - 120 153 - 155 252 - 254 278 - 327 373 - 380 ; END;