NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 20:58:30] [Matrix accession#: M827] BEGIN TAXA; TITLE M827; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Stylocheilus_longicauda Phyllaplysia_taylori Phyllaplysia_sp. Petalifera_ramosa_Philippines Petalifera_ramosa_Canary_Islands Notarchus_indicus_Philippines Notarchus_indicus_Japan Dolabrifera_dolabrifera Dolabella_auricularia_Mexico Dolabella_auricularia_Guam Bursatella_leachii Aplysia_punctata Aplysia_cervina Akera_bullata Haminoea_virescens Bulla_gouldiana ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M827; DIMENSIONS NCHAR=658; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ; MATRIX Stylocheilus_longicauda AACATTATACATAATTTTTGGAATATGATGTGGTTTAGTCGGAACTGGGTTAAGTTTATTAATTCGTTTTGAGTTAGGAACTGCTGGTTCTTTCTTAGGTGACGATCATTTCTACAATGTAATTGTGACGGCTCATGCCTTCGTAATAATTTTCTTCATGGTGATACCAATTATAATTGGAGGATTCGGAAACTGAATAGTTCCCTTACTTATTGGTGCTCCCGATATAAGATTCCCTCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTCTTCCTCCTTCTTTTCTATTACTACTAGTTTCAAGTTTAATAGAAGGAGGGGCTGGAACTGGATGAACAGTTTATCCACCTCTTTCTGGGCCTATTGCTCACGGAGGAACTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTTCACCTAGCAGGGATGTCTTCAATTTTAGGAGCCATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATACGTTCTCCTGGAATTTCCTTCGAACGTTTAAGTTTATTTGTTTGATCTGTTTTAGTAACTGCTTTCCTTTTACTACTTTCTCTTCCTGTACTTGCAGGTGCAATTACCATACTTTTAACAGATCGGAATTTCAATACTAGATTCTTCGATCCAGCTGGAGGAGGGGATCCTATTTTATATCAACACTTGTTC Phyllaplysia_taylori AACATTTTACATAATTTTTGGAATGTGGTGTGGATTAGTAGGAACAGGGCTCAGTCTTTTAATTCGGTTTGAATTAGGGACTCCTGGTTCTTTCCTAGGTGACGACCACTTTTACAATGTAATTGTAACGGCTCATGCCTTTGTAATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATGATTGGGGGGTTTGGAAACTGAATAGTTCCGCTGCTCATTGGAGCTCCTGACATAAGTTTCCCCCGTATAAATAATATAAGTTTCTGACTCTTACCGCCTTCTTTCTTGTTACTTTTAGTCTCGAGTCTAATAGAAGGGGGAGCAGGAACTGGTTGAACGGTTTACCCTCCTCTCTCTGGGCCAATTGCTCATGGAGGAACGTCTGTGGATTTAGCGATTTTTTCTCTTCATTTAGCAGGAATGTCTTCTATTTTAGGGGCTATCAATTTTATTACAACTATTTTTAACATACGTGCCCCTGGAATCACTTTCGAGCGTCTTAGACTGTTTGTTTGATCTGTGCTAGTAACACGGTTTCTACTGCTTCTTTCACTTCCTGTGCTAGCTGGTGCGATTACTATGTTACTAACTGATCGAAATTTTAATACTAGTTTCTTTGACCCTGCTGGGGGAGGGGATCCTATTTTGTATCAACACCTGTTT Phyllaplysia_sp. AACATTATATATAATCTTTGGGATGTGATGTGGACTAGTAGGAACAGGACTGAGTTTATTAATTCGTTTTGAGTTGGGAACTCCGGGTTCTTTTCTAGGTGACGACCACTTTTACAATGTGATTGTAACGGCCCATGCTTTTGTGATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATGATTGGGGGTTTTGGAAATTGAATGGTTCCTCTGCTTATTGGGGCCCCTGATATAAGATTTCCCCGAATAAATAATATAAGTTTCTGACTTCTTCCGCCTTCTTTTTTATTATTATTAGTGTCTAGACTAATAGAAGGAGGTGCAGGAACTGGGTGAACAGTTTATCCCCCTCTTTCAGGACCTATTGCTCATGGAGGGACGTCAGTGGATTTAGCCATTTTCTCTCTTCATCTAGCGGGAATGTCTTCTATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATGCGTTCTCCTGGAATTACCTTTGAGCGGCTTAGTCTATTTGTCTGGTCTGTGCTGGTGACACGGTTTTTACTTCTTCTTTCTCTTCCCGTATTAGCTGGTGCTATTACTATGTTATTAACTGACCGTAATTTTAACACTAGCTTCTTTGATCCTGCGGGGGGAGGAGACCCTATTTTATACCAACACCTGTTC Petalifera_ramosa_Philippines AACGTTATATATAATCTTCGGAATGTGATGTGGACTAGTAGGGACTGGGTTAAGTCTTTTAATTCGTTTCGAGTTAGGGACTGCAGGTTCTTTTTTAGGTGATGATCATTTTTATAATGTGATTGTTACAGCACACGCTTTCGTGATGATTTTTTTCATGGTAATGCCTATTATAATTGGAGGGTTTGGGAACTGAATAGTTCCTTTACTTATTGGGGCCCCTGACATAAGTTTTCCCCGAATAAATAATATGAGTTTTTGACTTTTACCTCCTTCTTTCTTGTTACTTTTAGTTTCGAGACTGATGGAAGGGGGAGCAGGAACTGGGTGGACAGTGTACCCGCCTCTTTCTGGGCCAATCGCTCACGGGGGGACATCTGTAGATTTGGCTATTTTCTCTCTTCATCTGGCAGGGATGTCTTCAATTCTAGGTGCGGTTAATTTTATTACAACTATTTTTAACATGCGTTCTCCTGGGATTACTTTCGAGCGACTAAGCTTGTTTGTTTGATCTGTACTAGTTACAGCTTTCTTGCTTTTACTTTCTCTTCCTGTTCTAGCGGGAGCTATTACTATGCTTCTGACTGATCGGAATTTTAATACTAGCTTCTTTGATCCTGCTGGAGGGGGAGATCCAATCCTATATCAACACCTGTTC Petalifera_ramosa_Canary_Islands AACATTATATATAATCTTTGGAATGTGATGTGGACTGGTAGGAACTGGGTTGAGTCTTTTAATTCGTTTCGAGTTAGGAACTGCAGGTTCTTTTCTAGGTGATGATCACTTTTATAATGTGATTGTTACAGCACACGCTTTCGTGATGATTTTTTTTATGGTAATGCCTATTATAATTGGAGGGTTTGGAAACTGAATAGTTCCCTTACTCATTGGAGCCCCTGACATAAGTTTTCCCCGAATAAATAATATGAGTTTTTGACTTTTACCTCCTTCTTTCTTGTTACTTTTAGTTTCGAGACTGATGGAAGGGGGAGCAGGAACTGGGTGGACAGTGTATCCACCTCTTTCTGGGCCAATTGCTCACGGAGGGACATCTGTGGATCTGGCCATTTTCTCTCTTCATCTGGCAGGAATGTCTTCAATTCTAGGTGCGGTTAATTTTATTACAACTATTTTTAACATGCGTTCTCCTGGGATTACTTTCGAACGACTAAGTTTGTTTGTTTGATCTGTACTAGTTACAGCTTTCTTGCTTTTACTTTCTCTTCCTGTGCTAGCAGGGGCCATTACTATGCTTCTGACTGACCGGAATTTTAACACTAGCTTTTTTGATCCTGCCGGAGGGGGGGATCCTATTCTTTATCAACATCTGTTC Notarchus_indicus_Philippines TACTTTATATATGATTTTTGGAATGTGATGTGGTTTAGTTGGGACTGGTTTAAGTCTTCTTATTCGTTTTGAATTAGGAACTGCTGGTTCTTTACTAGGTGACGATCATTTCTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCCTTTGTTATAATTTTTTTCATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGGTTTGGAAACTGAATAGTTCCCCTTCTTACTGGTGCTCCTGATATGAGTTTTCCTCGTATAAATAATATGAGTTTCTGGTTATTACCTCCTTCATTCCTGTTACTTTTAGTTTCTAGTTTGATGGAAGGAGGGGCTGGGACTGGTTGAACGGTGTACCCACCTCTTTCTGGTCCTATTGCTCATGGAGGTACTTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCACTACACTTAGCAGGTATGTCTTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACCACTATTTTTAATATGCGATCTCCTGGTATTACCTTTGAGCGATTAAGTCTTTTTGTTTGATCAGTTCTTGTAACTGCTTTCTTATTATTACTTTCTTTACCTGTTTTAGCTGGTGCTATTACTATGCTTCTTACTGATCGAAATTTCAATACAAGTTTTTTCGATCCAGCAGGTGGTGGAGACCCTATTCTTTACCAACACTTGTTT Notarchus_indicus_Japan TACTTTATATATGATTTTTGGAATGTGATGTGGTTTAGTTGGGACTGGTTTAAGTCTTCTTATTCGTTTTGAATTAGGAACTGCTGGTTCTTTACTAGGTGACGATCATTTCTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCCTTTGTTATAATTTTTTTCATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGGTTTGGAAACTGAATAGTTCCCCTTCTTATTGGTGCTCCTGATATGAGTTTTCCTCGTATAAATAATATGAGTTTCTGGTTATTACCTCCTTCATTCCTGTTACTTTTAGTTTCTAGTTTGATGGAAGGAGGGGCTGGGACTGGTTGAACGGTGTACCCACCTCTTTCTGGTCCTATTGCTCATGGAGGTACTTCAGTTGATTTAGCTATTTTTTCACTACACTTAGCAGGTATGTCTTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACCACCATTTTTAATATGCGATCTCCTGGTATTACCTTTGAGCGATTAAGTCTTTTTGTTTGATCAGTTCTTGTAACTGCTTTCTTATTATTACTTTCTTTACCTGTTTTAGCTGGTGCTATTACTATGCTTCTTACTGATCGAAATTTCAATACAAGTTTTTTCGATCCAGCAGGTGGTGGAGACCCTATTCTTTACCAACACTTGTTT Dolabrifera_dolabrifera AACATTATATATAATTTTCGGAATGTGATGTGGGTTAGTAGGAACAGGGCTTAGTTTACTAATTCGATTTGAATTAGGAACTGCTGGTTCTTTCCTAGGTGACGATCACTTTTATAATGTAATTGTGACGGCTCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTCATGGTAACGCCTATTATGATTGGAGGGTTCGGGAACTGAATGGTCCCTTTACTTATTGGGGCTCCTGATATAAGTTTCCCTCGAATGAATAATATAAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTTCTTTCTTGCTGCTTCTAGTTTCAAGTTTAATAGAAGGTGGGGCGGGAACTGGTTGAACAGTTTATCCTCCTCTATCAGGGCCAATTGCTCACGGGGGAACATCTGTAGATTTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTGGCAGGGATGTCTTCAATTCTGGGGGCAATTAATTTTATTACAACTATTTTTAATATGCGTTCCCCTGGAATCACTTTTGAGCGGTTAAGTTTATTTGTTTGATCTGTATTAGTAACGGCCTTCTTGCTTCTCCTTTCACTCCCTGTGTTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATCGAAATTTCAATACTAGTTTCTTTGATCCTGCTGGAGGAGGAGACCCGATTTTGTACCAACACTTATTT Dolabella_auricularia_Mexico TACGTTATATATAATCTTTGGAATATGATGTGGACTTGTAGGAACTGGACTAAGTCTTCTAATTCGATTTGAGTTAGGAACTGCTGGTTCTTTCTTAGGTGATGATCATTTTTATAACGTAATTGTAACGGCTCATGCCTTTGTTATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGATTCGGAAATTGAATAGTTCCTTTATTAATTGGAGCTCCTGATATGAGATTTCCTCGAATGAATAATATAAGTTTTTGACTTCTTCCCCCTTCTTTCTTGTTGCTTTTAGTTTCAAGTTTGATGGAAGGAGGAGCTGGAACCGGGTGAACTGTGTATCCTCCTTTATCTGGGCCAATTGCCCACGGTGGGACATCAGTTGATCTGGCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCGGGAATGTCTTCAATTTTAGGGGCTATTAATTTTATTACCACGATTTTTAATATGCGGTCTCCTGGAATTACTTTCGAACGATTAAGTCTTTTTGTTTGGTCTGTTTTAGTGACGGCCTTTCTTTTATTATTATCTTTACCTGTATTGGCTGGGGCTATTACTATGTTATTAACTGATCGAAATTTTAATACTAGTTTCTTCGATCCTGCGGGAGGGGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTGTTC Dolabella_auricularia_Guam TACGTTATATATAATTTTTGGAATATGATGTGGACTTGTAGGAACAGGATTAAGTCTTCTAATTCGATTTGAATTAGGAACTGCCGGTTCTTTTCTTGGTGATGATCATTTTTATAACGTAATTGTAACGGCTCATGCCTTTGTTATGATTTTTTTTATAGTAATGCCTATTATAATTGGGGGATTTGGAAATTGAATAGTTCCATTGTTGATTGGAGCTCCTGATATAAGTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTTTGGCTTCTTCCCCCTTCTTTCTTGTTACTTTTAGTTTCAAGTTTGATGGAAGGAGGAGCTGGGACAGGATGAACTGTGTATCCTCCTTTATCTGGGCCTATTGCTCACGGTGGAACATCGGTTGATCTGGCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCGGGAATATCTTCAATCTTAGGGGCAATTAATTTCATTACTACAATTTTTAATATGCGATCTCCTGGAATTACTTTCGAACGATTGAGTTTGTTTGTTTGGTCCGTCTTAGTGACGGCTTTTCTTTTATTATTATCTTTACCTGTATTGGCTGGTGCTATTACCATGCTATTGACTGACCGTAATTTTAATACTAGTTTCTTTGATCCAGCAGGAGGGGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTC Bursatella_leachii AACATTATATATAATTTTTGGGATGTGATGTGGTCTAGTAGGAACTGGATTAAGTCTACTAATTCGATTTGAGTTAGGGACTGCAGGCTCTTTCCTAGGTGACGATCACTTTTACAATGTAATTGTAACGACTCATGCTTTCGTAATAATTTTTTTCATAGTAATGCCTATTATAATTGGAGGTTTCGGAAATTGAATGGTTCCCTTACTTATTGGGGCCCCTGATATAAGTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTTCTTCCTCCTTCATTCCTTTTACTATTAGTCTCAAGTTTAATAGAGGGAGGAGCTGGAACAGGGTGGACGGTGTACCCTCCATTATCTGGACCAATTGCTCACGGAGGAACTTCCGTAGATCTCGCCATTTTCTCTCTTCATTTAGCGGGAATATCTTCTATTTTAGGAGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGCTCTCCCGGAATTACGTTTGAGCGACTAAGTTTATTTGTTTGATCTGTTTTAGTAACAGCTTTCCTTCTTTTACTATCCCTTCCTGTACTAGCTGGGGCTATTACTATGTTGTTAACAGATCGAAATTTCAATACTAGTTTCTTTGATCCTGCGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACATTTATTC Aplysia_punctata AACACTATATATAATCTTCGGAATGTGATGTGGGTTGGTAGGAACAGGTTTAAGATTATTAATTCGATTCGAACTTGGAACTGCTGGGGCCTTTTTAGGGGACGATCATTTTTACAATGTGATTGTAACTGCTCATGCCTTTGTAATAATTTTTTTCATGGTTATACCTATTATAATTGGTGGATTCGGAAACTGAATAGTACCTCTACTTATTGGTGCCCCCGATATAAGTTTTCCCCGTATAAATAATATAAGTTTCTGACTTCTTCCCCCTTCATTTTTACTTCTCCTAGTCTCTAGCCTAATAGAGGGTGGAGCAGGAACTGGGTGGACGGTGTACCCTCCTCTATCAGGTCCTATTGCTCATGGAGGAACTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACACTTGGCGGGGATATCGTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTCATTACTACTATCTTTAATATACGTTCACCAGGGATCACTTTTGAGCGTCTTAGTTTATTTGTGTGATCTGTACTAGTAACTGCTTTTTTACTTCTTCTTTCTTTGCCTGTATTGGCTGGTGCTATTACTATGCTCTTAACTGACCGTAATTTTAATACTAGATTCTTTGATCCGGCTGGAGGGGGAGACCCTATCTTATATCAACATCTTTTC Aplysia_cervina AACATTATACATAATTTTTGGAATGTGATGTGGTTTAGTGGGAACAGGTTTAAGTCTTTTAATTCGATTTGAGCTTGGTACTGCTGGAGCTTTCCTAGGGGATGATCACTTCTATAATGTTATTGTAACTGCTCACGCTTTCGTAATAATTTTTTTCATAGTTATACCTATTATAATTGGTGGATTTGGAAATTGAATGGTACCTTTATTAATTGGTGCCCCTGATATGAGATTTCCTCGTATAAATAACATGAGTTTCTGACTCCTTCCTCCTTCCTTTTTACTTCTTTTAGTTTCTAGACTAATAGAAGGTGGAGCTGGAACAGGATGAACAGTTTATCCTCCCTTGTCAGGTCCTATTGCACATGGAGGAACTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCCTTACACTTAGCAGGGATATCTTCAATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACTACTATTTTTAATATACGATCGCCAGGAATTACTTTTGAGCGATTAAGCTTATTTGTTTGATCTGTCCTGGTAACAGCTTTCTTACTTCTTCTCTCTCTACCAGTACTAGCCGGTGCTATTACGATGCTTTTAACGGATCGTAATTTTAATACGAGCTTCTTTGATCCTGCGGGAGGAGGAGATCCTATTTTATATCAACACTTGTTC Akera_bullata TACACTATATATGATCTTTGGGATGTGGTGTGGACTAGTCGGAAGAGGATTAAGTTTATTAATTCGTTTTGAGCTAGGTACGGCTGGTTCTCTTTTAGGAGATGATCACTTTTACAATGTGATTGTCACAGCCCACGCTTTTGTAATAATTTTTTTTATAGTAATACCCATTATAATTGGTGGATTTGGAAACTGAATAGTTCCTTTATTAATTGGGGCTCCGGATATGAGTTTTCCTCGTATAAATAATATAAGTTTCTGATTACTTCCCCCTTCTTTCATTTTACTCTTAGTCTCTAGTTTAATAGAAGGAGGAGCGGGAACCGGTTGAACTGTATACCCCCCTCTATCAGGGCCTATTGCCCACGGAGGTACTTCTGTAGATTTGGCCATTTTTTCACTTCATTTGGCCGGGATGTCTTCGATTTTAGGTGCTATTAATTTCATTACTACTATTTTCAACATACGTTCTCCAGGTATCACCTTTGAACGACTAAACCTGTTTGTTTGGTCTGTATTAGTTACAGCATTCTTACTTCTACTCTCCTTGCCGGTACTTGCGGGGGCAATTACTATGTTATTAACTGATCGTAATTTTAACACTAGCTTTTTCGATCCTGCAGGAGGGGGAGACCCTATTTTATACCAACACTTATTT Haminoea_virescens AACACTATATATAATCTTCGGAATATGATGTGGATTAGTAGGTACGGGACTTAGGTTGTTAATTCGGTTTGAGTTAGGTACAGCATCCGCTTTTCTTGGAGATGACCACTTTTATAATGTTATTGTTACAGCCCATGCCTTTGTAATGATTTTTTTTATGGTTATGCCTCTAATAATTGGGGGATTTGGAAATTGAATGGTACCTCTTCTAATTGGTGCTCCTGACATAAGTTTTCCTCGAATGAATAATATAAGTTTCTGATTATTACCCCCTTCTTTTATTCTTTTACTAGTTTCAAGTATAGTTGAAGGAGGAGCCGGGACAGGGTGAACTGTTTACCCCCCCTTATCAGGCCCTATTGCTCATGGATCTTGTGCTGTAGACTTAGCAATTTTCTCCCTTCATTTAGCAGGTATATCCTCAATTTTAGGTGCTATTAATTTCATTACCACGATTATTAATATACGTTCCCCTGGAATTACATTCGAACGATTAAGTTTATTTGTTTGATCAGTATTTGTAACAGCTTTTCTCCTTCTTCTTTCTTTACCAGTTTTAGCTGGAGCAATTACAATACTCCTAACTGATCGGAATTTTAATACTAGTTTCTTCGACCCTGCAGGGGGAGGGGATCCTATTTTATATCAACATTTGTTC Bulla_gouldiana AACTTTATACATAATTTTCGGGATGTGATGTGGGTTAGTAGGAACTGGATTAAGTCTCCTTATTCGATTCGAGTTAGGAACTGCTTCAGCTTTCCTGGGAGACGATCATTTCTATAATGTAATCGTAACTGCCCACGCCTTCGTGATAATTTTCTTTATAGTAATGCCCTTAATAATTGGAGGGTTCGGAAATTGAATAGTGCCCCTGTTGATTGGTGCTCCTGACATGAGGTTTCCTCGTATAAATAATATGAGTTTCTGACTTCTTCCTCCATCTTTTATTTTACTTCTTGTATCAAGTATGATTGAAGGTGGGGCTGGAACTGGATGAACGGTATACCCGCCTCTATCCGGACCTATTGCTCACGGATCTACTTCAGTGGATTTAGTAATTTTTTCTTTACACTTAGCTGGGATATCTTCTATTTTAGGTGCAATTAATTTTATTACTACTATTATCAATATACGATCCCCTGGAATCACTTTCGAGCGATTAAGCTTATTCGTGTGATCAGTGTTCGTAACTGCTTTCCTTTTACTATTGTCATTACCTGTACTGGCTGGAGCTATTACTATGCTTTTAACTGATCGGAATTTTAATACTAGCTTCTTCGACCCAGCGGGTGGTGGAGATCCTATTTTATATCAACACTTGTTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = 1: 2 - 656 \ 3 , 2: 3 - 657 \ 3 , 3: 1 - 658 \ 3 658 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;