NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 20:59:03] [Matrix accession#: M941] BEGIN TAXA; TITLE M941; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS Yamagishiella_unicocca_Chile5 Yamagishiella_unicocca_Chile2 Yamagishiella_unicocca_Butler Yamagishiella_unicocca_U2432 Yamagishiella_unicocca_U2431 Yamagishiella_unicocca_U841 Yamagishiella_unicocca_U2032 Yamagishiella_unicocca_A29 Yamagishiella_unicocca_A36 Yamagishiella_unicocca_A52 Yamagishiella_unicocca_A49 Yamagishiella_unicocca_U12 Yamagishiella_unicocca_U2127 Yamagishiella_unicocca_2428 Yamagishiella_unicocca_U165 Chlamydomonas_reinhardtii ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M941; DIMENSIONS NCHAR=643; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ; MATRIX Yamagishiella_unicocca_Chile5 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATAATTATGTTGGCCACCTGTAAACAAGAAATTGGGTACAGGGTGAGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCTCCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAAAACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCCAATTACTTACCTA------------GTGAGTAACCAAGCGGAACTGGTTGTCTCGGTAAA--------TATCCTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCGAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTTA-CTTA-CGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_Chile2 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATTTATGTTGGCCACCTGTCACCAAGAAATTGGGTACAGGGTGGGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCTACAGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAACACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTAATTACTTACACT------------GTGAGTAACCAAGCGGAACTGGTTGTCCCGGTAAA--------TATTCTTTTGCCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCGAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGTTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTTA-CTTA-CGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_Butler AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATTTATGTTGGCCACCTGTAACCAAGAAATTGGGTACAGGGTGAGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCTTCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAACACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTAATTACTTACACT------------GTGAGTAACCAAGCGGAACTGGTTGTCCCGGTAAA--------TATTCTTTTGCCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCGAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGTTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTATTCTTA-CGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U2432 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGCAACGCC-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGTGGGTGCATATACTTGTGTATGCACCTT-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTTCAGCTTAGAGCTGACGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCACCAT-----------GGTGTAGAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAATTTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTA-TGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTCAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAGCAGGA-ATATTCTTAATTGAGT-ATACCCCCCTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U2431 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATTTATGTTGGCCACCTGTAACCAAGAAATTGGGTACGGGGTGAGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAATTTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCATCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAA-ACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTAATTACTTACATA------------GTGAGTAACATAGCGGAACTGGCTGTCCCGGTAAA--------TTTTCTTTTGCCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCAAGCCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTCGTTGCTAGATGCTTTAGTAGATGGTTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTATTCT-AACGGAGT-AAAACACCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U841 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATTTATGTTGGCCACCTGTAACCAAGAAATTGGGTACAGGGTGAGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCTTCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAACACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTAATTACTTACACT------------GTGAGTAACCAAGCGGAACTGGTTGTCCCGGTAAA--------TATTCTTTTGCCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCGAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGTTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTATCCTTA-CGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U2032 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGCAACGCC-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGTGGGTGCATATACTTGTGTATGCACCTT-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTTCAGCTTAGAGCTGACGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCACCAT-----------GGTGCGTAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAATTTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTA-TGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTCAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAGCAGGA-ATATTCTTAATTGAGT-ATACCCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_A29 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGAAACGCT-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGCTGGTGTATATACTTGTGTATGCACCTC-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTCCGGCTTAGAGCTGTCGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCTCCAC-----------GGTGAGTAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAAGTTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAAGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGATTGTGTT--TGACACAAAGCAGGA-ATATTCTTCATTGAGT-ATAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_A36 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGAAAGCCT-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGCTGGTGTATATACTTGTGTATGCACCTC-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTCCAGCTTAGAGCTGTCGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCTCCAC-----------GGTGAGTAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAAGTTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAAGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGATTGTGTT--TGACACAAAGCAGGA-ATATTCTTCATTGAGT-ATAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_A52 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGAAAGCCT-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGCTGGTGTATATACTTGTGTATGCACCTC-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTCCAGCTTAGAGCTGTCGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCTCCAC-----------GGTGAGTAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAAGTTTTTACCGGGTCAGCTGAAATGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAAGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGATTGTGTT--TGACACAAAGCAGGA-ATATTCTTCATTGAGT-ATAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_A49 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGAAAGCCT-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGCTGGTGTATATACTTGTGTATGCACCTC-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTCCAGCTTAGAGCTGTCGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCTCCAC-----------GGTGAGTAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAAGTTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAAGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGATTGTGTT--TGACACAAAGCAGGA-ATATTCTTCGTTGAGT-ATAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U12 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATAACTATGTTGGCCACCTGTATCCAAGAAATTGGGTACAGGGTGAGGTT-GTGCG-AGTGAAAACAC-GTAC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCTTCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAGAAAACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTAATTACTTACACT------------GTGAGTAACCAAGCGGAACTGGTTGTCCCGGTAAA--------TATTCTTTTGCCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCGAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTGGGCAACTCGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGTTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTTA-CTTA-CGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U2127 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATTTATGTTGGCCACCTGTAACCAAGAAATTGGGTACAGGGTGAGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTCT-------------ACCTTCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAACACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTAATTACTTACACT------------GTGAGTAACCAAGCGGAACTGGTTGTCCCGGTATAA-------TATTCTTTTGCCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCGAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGTTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAACAGGA-TTATCCTTA-CGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_2428 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATATAAATGTTGGCCACCTGTACTGCAGTAATGTAGTACAGGGTGAGGTTTGTACG-AGCGCAACGCC-GTGC-AAGCCTCAGTCGCTGTGGGTGCATATACTTGTGTATGCACCTT-GGCGTCGGTCT---TAATTAACCAACCAACACCAAACCCTAAATTAATATAAATCGAGTGTTCAGCTTAGAGCTGACGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCTCATTACTCACCAT-----------GGTGAGTAACCAAGCGGAACTGGCTGTCTCGGTAAGA------TTAATTTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTGCAGATGTTAAACCATGGACCCGCTA-TGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTCAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGACTGTGTT--TGGCACAAAGCAGGA-ATATTCTTAATTGAGT-ATACCCCCTTTATTTTC Yamagishiella_unicocca_U165 AATCTATCATAATCCACACACCGTGAAATAATCATGTTGGCCACCTGTAAACAAGAAATTGGGTACAGGGTGAGGTTTGTGCG-AGTGAAAACAC-GCGC-AAACCTCAGTCGCTGTTGGTATTTT-------------ACCTCCGGCGTCGGTCT---TTATTAACCAACCAACACCAAACCTTAATCATAAAAAAACCGAGTGCTTAGCTTAGAGCTGACACTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCAGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATTTTTGAACGCAAATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATA-TCGCCAATTACTTACGTA------------GTGAGTAA-AAAGCGGAACTGGTTGTCTCGGTAAA--------TATTCTTTTACCGGGTCAGCTGAAGTAAAGATGTCAAACCATGGACCCGCTAATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTTGTTGCTAAATGCTTTAGTAGATGGCTTAGGGACTGTGTT--CGGCACAAAACAGGA-TTACTCCTAACGGAGT-AAAACCCCTTTATTTTC Chlamydomonas_reinhardtii AATCTATCACAATCCACA--CCGCGAACTAACACTGTTGGCCTCCGTCTGT---GTAAAAGCAAAC-GGGCCAGGTCTGGGCGCAATGTAAAAGTTACGCCTGGCCTGGGTTGCC----------------------GCAA----GGCATCGGTCTCTTATACTAACCAACCAACACCAAACCAAAACTAAATTAAAACCGAGTATCTAGCTTAGAGCTAGTGCTCACTAACCAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCTCGGATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAAATACGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCTCGAGGCTTCGGCCAAGAGCATGTCTGCCTCAGCGTCGGGTTAATACTCGCCC--TACTCCAACATACACTTGTGTGTTTGGAGCAAGAGCGGACCTGGCTGTCTCGGTGTTTGATTTTCGGATCAGACGCCGGGTCAGCTGAAGTACAGAGGTTGATGCATGGACCCGCTTATGGGCCTCTACTGGGTAGGCAACTCGTTGCTAA-TGCTTTAGTAGATGGCTTGGAGCTGTGCTTGTCGACCCAAACCAGGAACTTTGGCCCTGTGCCGAAGCAAACCCCTATTTTC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 643 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;