NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  20:59:53]
[Matrix accession#: M1076]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1076;
	DIMENSIONS  NTAX=12;
	TAXLABELS
		Naucoria_bohemica_AF124712	Hebeloma_sarcophyllum	Hebeloma_fastibile	Naucoria_scolecina	Naucoria_escharoides	Naucoria_bohemica_IB19940290	Hebeloma_circinans	Gymnopilus_spectabilis	Gymnopilus_sapineus	Gymnopilus_picreus	Anamika_indica	Agrocybe_praecox
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1076;
	DIMENSIONS NCHAR=859;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = N GAP = - ;
	MATRIX
		Naucoria_bohemica_AF124712         NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTTGCTGGCCCCCTCAAGGG-GGCA---TGTGCACG-CCC-GCCATCCTC--ATCT---CTTCACC--TGTGCACCTCTTGTAGG-CTT-GGA-T-AGA-TTTTTTTCCGA---GG-C------AACTCGG-------TCGG------GAGGAA--TG-CTGCGC--TCTGT---GAGCCAGCTTTT---GCAATTTTTCC--AAGTCTATGTT----TTTCA-TATA--CCCCATTAG-TAC-GT-AACAGAATGT-----CA---TTGGGCGCTTAG-CG-CC-TATAAA---GTTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACCTTTATTA--GC----TTTTGC-TG-GTAAATGGCTTGGA-TG--TGGGGG----------CTTGCTGGCTTT---------------GG-TCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCCGG--TGC-CCTGTGTGGA--CT---GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCA--GGGATGT-----CTGCAA---------TGG--TTTTGCGCTG-CTT-CT-AA-CCGTCT-GTTC-ATTCGGACAATTT-----CAATG-ACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Hebeloma_sarcophyllum              NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTTGCTGGCCCTCTC--GGG-GGCA---TGTGCACA-CCC-GCCATCCTC--ATCT---CTCCACC--TGTGCACCTCATGTAGA-TTT-GGA-T-TGA----CTTTCCGA---GG-C------AACTCGG-------TCGG------GAGGAC--TG-CTAG----CTT-------GCTGGCTTTCCTTGCA-TTT-CC---AGGTCTATGTT----TTTCA-TATA--CCCC-ATTG-TAT-GT-AACAGAATGT---ATTA---TTGGGCACT-TG-TG-CC-TATAAAA---CTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACCTTTATCA--AC----TTTTGC-TG-AT-AATGGCTTGGA-TA--TGGGGG-----TTTATTTTGCTGGCTTCTT------CAC-AGATGGTCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCTGG--TGC-CCCGCGTGGA--CT---GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG--TGGACAT-----CTACAATCA---TA-TGGG--TTTGCACTG-CTT-CT-AA-CTGTCT-ATTC-ATTCAGACAAT--A----CA-TG-ACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Hebeloma_fastibile                 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTTGCTGGCCCTTTC--GGG-GGCA---TGTGCACA-CCC-ATCATCCTC--ATCT---CTCCACC--TGTGCACCTCTTGTAGA-CTT-GGA-T-TGA----CTTTCCGA---GG-C------AACTCGG-------TCGG------GAGGAC-TTG-CTG-----GCATT----AGCTGGCTTTCCTTGCA-TTT-CC---CAGTCTATGTT---TTTTCA-TATA--CCCC-ATTG-AAT-GT-AACAGAATGT---AACATA-TTGGGCCTT-TG-TG-CC-TATAAAAA--CTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACTATTATCA--GC----TTTTGC-TG-AT-GATGGCTTGGA-TA--TGGGGG-----TTTATTTTGCTGGCTT---------CACAGAATG-TCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCCGG--TNC-CCCGCGTGGA--CT---GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG--TGGACAT-----CTACAATCA---TA-TGGG--TTTGCACTG-CTT-CC-AG-CCGTCT-GTTT-ACTCAGACAAT--A----CA-TG-ACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAA
		Naucoria_scolecina                 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGATCATTATTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTTGCTGGCCCTCTC--GGG-GGCA---TGTGCACA-CCC-ACCATCCTC--ATCT---CTCCACC--TGTGCACCTCTTGTAGA-CCT-GGA-T-TGA----CTTTCCGA---GG-C------AACTCGG-------TCGG------GAAGAT--TG-CTGCGC--TCTGT---GAGCCAGCTTTCTTTGCA-TGT-CC---AGGCCTATGTT----TTTCA-TATA--CCCCTATAG-AAT-GT-AACAGAATGT---ATCA---TTGGGCC-T-TG-TG-CC-TATAAA---CCTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACC-TTATTA--AC----TTTTGT-TG-AT-AATGGATTGGATTG--TGGGGG-----TTTCTTTTGCTGGCTTCTT------CAC-AGAGA-TCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCTGG--TGC-CCCGCGTGGA--CC---ATCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG--TGGATGT-----CTGCAATCA---TA-TGGG-TTTCGCACTG-CTT-CT-AA-CCGTCT-GTTC-ATTCGGACAAT--A----CA-TG-ACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAA
		Naucoria_escharoides               NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGCGGAAGGATCATTATTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTTGCTGGCCCTCTC--GGG-GGCA---TGTGCACA-CCC-ATCATCCTC--ATCT---CTCCACC--TGTGCACCTCTTGTAGA-CCT-GGA-T-TGA----CTTTCCG----GG-C------AACTCGG-------TCGG------GAAGAT--TG-CTGCGC--TCTGT---GAGCCAGCTTTCTTTGCA-TGT-CC---AGGACTATGTT---TTTTCA-TATA--CCCCTATAG-AAT-GT-AACAGAATGT---ATCA---TTGGGCC-T-TG-TG-CC-TATAAA---CCTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACC-TTATTA--AC----TTTTGT-TG-AT-AATGGATTGGA-TA--TGGGGG-----TTTCTTTTGCTGGCTTCTT------CAC-AGAGA-TCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCTGG--TGA-CCCGCGTGGA--CC---ATCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG--TGGATGT-----CTGCAATCA--ATA-TGGG-TTTTGCACTG-CTT-CT-AA-CCGTCT-GTTC-ATTCGGACAAT--A----CA-TG-ACAATTTGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCCGCTGAACTTAA
		Naucoria_bohemica_IB19940290       NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCCCCCTCAAGGG-GGCA---TGTGCACG-CCG-GC-ATCATC--ATCT---CTTCACC--TGTGCACCTTTTGTAGG-CTT-GGA-T-AGA-TTTTTTTCCGA----G-C-----ACACTCGG-------TCG-------GAGGAA--TG-CTGCGC--GCA------AGCCGGCTTTNTTTGCAATTTTTCC--AAGTGTATGTT----TTTCA-TATA--CCCCATTAG-TAC-GT-AACAGAATGT-----CA---TTGGGCGCTTAG-CG-CC-TATAAA---GTTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACCTTTATTA--GC----TTTTGC-TG-GTAAATGGCTTGGA-TG--TGGGGG----------CTTGCTGGCTTT---------------GG-TCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCCGG--TGC-CCTGTGTGGA--CT---GTCTACCTGGTGTGATAAT--TATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Hebeloma_circinans                 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTCGCTGGCCCTCTC--GGG-GGCA---TGTGCACA-CCC-GCCATCCTC--ATCT---CTCCACC--TGTGCACTTCTTGTAGA-CTT-GGA-T-TGA----CTTTCCGA---GG-C------AACTCGG-------TCGG------GAGGAC--TG-CTT---------------ATTGGCTTTCCTTGCA-TTT-CC---AGGCCTACGTT----TTTCA-TATA--CCCC-ATTG-TAT-GT-AACAGAATGT---ATCA---TTGGGCCCT-TG-TG-CC-TATAAA---CCTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACCTTTATTA--GC----TTTTGC-TG-AT-AATGGCTTGGA-TA--TGGGGG-----TATATTTTGCCGGCTTCTT------CACAGATGG-TCAGCTCCCCTTAAATG-CATTAGCCAG--TGC-CCCGCGTGGA--CT---GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG--TGGACAT-----CTGCAATTA---TA-TGGG--TTTGCACTG-CTTCCT-AA-CCGTCT-GTTC-ATTCGGACAAT--A----CA-TG-ACCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Gymnopilus_spectabilis             NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGCGGAAGGATCATTATTG--AATAAACTTGATGTGGTTGTAGCTGACTTTCGCAAGAG-AGTA---TGTGCTCG-CCC-GTCACCTTT--ATCT---TTCCACC--TGTGCACTTTTTGTAGA-TTT-GAATTGTAG----CTTTCCGAG---G-T------AACTCGG-------TTGG------GAGGAA--TGTC---------ATT---CG-T-GGCTTTTCATGTA-ATA-CGTTCAAGTCTATGTT-----TTCA-TATA--CTCC--AAA-AAT-GT-AACAGAATGT---ATCA---TTGGGCCT--TG-TG-CC-TATAAA---CTTTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAAT-GTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCC-TTGGTATTCCGAGGGGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTTAATTCT-------CAGCC-TTATTA--GC----TTTTGC-T--TCTAATGGTCTGGA-TG--TGGGGG-------TC-TTTGCTGGTTT---------CGCAAGAAA-TCTGCTCCCCTTAAATG-TATTAGCCGG--TGC-CCTACGTGGA--CT---GTCTA-CTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG-TTAGATGT-----CTGCTTTAA-----ATGGG---ATGCGCTG-CTT-CT-AA-TCGTCC-TTTC-A---GGACAATT-ATT-----GCACCATTTTGACCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Gymnopilus_sapineus                AAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTATTG--AATAAACTTGATGTGGTTGTAGCTGGCTCTCTT--GGG-GGTA---TGTGCTCG-CCC-GTCATCTTT--ATAT---TTCCACC--TGTGCACTTTTTGTAGA-TTT-AGA-TGTGA----CTTTCTGTG---G-C------GACTCAG-------TTGG------GAGGAA--TGTC--------AATT---CGTT-GGCTTTCCTTGTA-TGT-CC---AAATCTATGTT----TTTTA-TATA--CTCC---AG-AAT-GT-AATAGAATGT---ATCA---ATAGGCCT--TG-TG-CC-TATAAA-----TAGTACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAAT-GTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCCCC-TTGGTATTCCGAGGGGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACC-TTACTA--GCTTTTATGAGC-AA-TGTAATGGCTTGGA-TG--TGGGGG-------TTTTTTGCTGGCGG---------CGAAAGAAA-TCAGCTCCCCTAAAATC-TATTAGCTGG--TGCCCCCGTGTGGA--CT---ATCTA-CTGGTGTGATAAT--TATCTATGCCG-TTAGATGT-----CAAA----------TAGGG---ATGTGCTG-CTT-CT-AA-TTGTCC-ACTT-A---GGACACTT-ATT-----GA-CTATT-TGACCTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Gymnopilus_picreus                 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTATTG--AATAAACTTGATGTAGTTGTAGCTGATCTTTTC--GGA-GATA---TGTGCTCG-CTC-GTCACCTTT--ATCT---TTCCACC--TGTGCACCTTTTGTAGA-CTT-GAA-TGTAACA--TTTTCCGAG---G-T------AACTCGG-------TTTG------GAGGAA--TGCCTTTT--ATTTAT---AG-A-GGGCTTTCCTTGTGCAT-TC---TAGTCTATGTT-----TTCA-TATA--CCCC-AAAG-AAT-GT-AACAGAATGT---ATCA---TTGGGCCT--TG-TG-CC-TATAAAA--CTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAAT-GTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACCTTTATTA--GCTTTTGCGAGC-TT-GGTGAAGGATTGGA-TG--TGAGGG-------TTTTATGCTGGCTT---------CGCAAGAGG-TCTGCTCCCCTCAAATA-CATTAGCCGG--TGC--CCGTGTGGAT-CC---GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG-TTAGACAT-----CTGCATTAA-----ATGGG---TTGTACTG-CTT-CT-AA-CAGTCC-ATTT-AGTTGGACAATT-AAT-----GA-CTATT-TGACCTCAAATCAGGTAGGACTACCNNNNNNNNNNNN
		Anamika_indica                     NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTATTG--AATGAACTTGGTGTGGTTGTTGCTGGCTCCCTC--GGG-GGCA---TGTGCACA-CCT-GCCATCCTC--ATCT---TTCCACC--TGTGCACGTTTTGTAGA-TTT-GGA-T-TGA----CTTTCTGA---GG-T------AACTCAG-------TCGG------GAGGAT--TG-CTAG----TGT-------CCTGGCTTTCCTTGTA-TTT-CC---AAGTCTATGTT----TTTCA-TATA--CCCC-ATTG-CAT-GT-GACAGAATGT---ATCA---TTAGGTCTT-TG-TG-CC-TATAAAA---TCTATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACCCTTATTA--GC---TTTATGT-CA-AT-AATGGCTTGGA-TG--TGGGGG----TATCTTTTTGCTGGCTTCTTT------CTAGATGG-TCAGCTCCCCTAAAATG-CATTAGCTGG--TGC-CCCACGTGGA--CTT--GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCA--TGGATGT-----CTACACTTA---TA-TGGG--TTTGCATTG-CTT-CT-AA-CTGTCT-GTTC-ATTCAGACAAT--A----CA-TG-ACCATTTGACCTCAAATCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		Agrocybe_praecox                   NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTG--AATAAACT-GGCGTGGTTGTAGCTGGCCCTCTC--GGG-GGCA---TGTGCTCG-CCC-GTCAACTTT--ATAT---CTCCACC--TGTGCACCCTTTGTAGA-CCT-GGACGATAA---CTTTTCCGA---GT-G----CAAACTCGGG------TCGG------GAGGAC--TG-CTGGC---TCTCA-CGAGTC-GGCTTTCCTTGTA--TT-ATCC-AGGCCTATGTT----ATTCA-CATA--CCCC-AAAG-AAT-GT-AACAGAATGT---ATCA--TTATGGCCT--TG-TG-CC-TATAAA---CTATATACAACTTTCAGCAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAAT-CATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCC-TTGGTATTCCGAGGAGCATG-CCTGTTTGAGTGTCATTAAATTCT-------CAACC-TTATCA--GC----TTTTGC-TG-AT-AATGGCTTGGA-CT--TGGGGG-------TCTTTTGCTGGCTTT-----------CATTAG-TCTGCTCCCCTTAAATG-TATTAGCTGG--CGCCCCGCAGTGGA--CC---GTCTA-TTGGTGTGATAAT--TATCTACGCCG--TGGATGT-----CTGCTTTCA----A-TGGGTCTTTGCGCTG-CTT-CA-AA-CCGTC--------CTCGGACAAA-----CAAA-TG-ACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 859 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
USERTYPE 2_1 STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 2 1 2 
 2 . 2 1 
 1 2 . 2 
 2 1 2 . 
 ; 
 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET * dontwant = 1 - 62 80 - 92 97 - 99 108 - 112 122 123 128 - 139 157 - 195 203 - 209 214 - 219 225 - 251 265 - 274 286 - 291 295 301 - 306 311 315 318 329 - 348 351 354 363 - 367 495 516 541 - 547 560 561 564 - 571 577 580 592 - 596 602 - 642 660 671 672 687 - 693 713 714 726 727 735 - 763 770 774 - 780 787 - 796 803 - 859 ; 
 END;