NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:00:53]
[Matrix accession#: M1219]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1219;
	DIMENSIONS  NTAX=14;
	TAXLABELS
		Armillaria_hinnulea_CMW4990	Armillaria_hinnulea_CMW4980	Armillaria_limonea_CMW4991	Armillaria_limonea_CMW4992	Armillaria_limonea_CMW4681	Armillaria_limonea_CMW4680	Armillaria_luteobubalina_CMW5704	Armillaria_luteobubalina_CMW4974	Armillaria_luteobubalina_CMW4976	Armillaria_luteobubalina_CMW4977	Armillaria_South_America_Isolate_CMW5446	Armillaria_South_America_Isolate_CMW8879	Armillaria_South_America_Isolate_CMW8877	Armillaria_South_America_Isolate_CMW8876
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1219;
	DIMENSIONS NCHAR=559;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Armillaria_hinnulea_CMW4990                    AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCT---CTTTTT------CTT---TACATGCTGAAACCTTG--AGGGCCGGGATAATATCCTTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTAGGTTCGAACGAGTAAGCTAACATTGCCTTAGTGTTT-----TTGTTACCTTTCTAGTTCGAATCATGAGTTATTATGAGCCTTGAAGGCTTAGGAGGGACTTGGTTAGCAAGCTGTAAAGGCGTGCTGACTTGGAACGACGGTTTTACCTTGTACTTGATATCGACCTTATGGCCGATATCCCATATATGGTATAGCCAAAGATCCC-TAAAA-AGGCAATTCA--------GCGACTGATTTGCTGGAT---GAGCTTGAAATGATAAGTAAGCTAAG--CTATGGTT-ACTTTGTTATGACCGTTTAC-TTAGCTTTCGAGGGCTAT-----------CTGGTGCTGAATCGAAAGGTTTCCTAAGGAAACCGTT-GGTTGGCAACGGTTTTAGTGGCTGGTAGGGC--------GAGTTTTCATTGA
		Armillaria_hinnulea_CMW4980                    AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCT---CTTTTT------CTT---TACATGCTGAAACCTTG--AGGGCCGGGATAATATCCTTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTTGGTTCGAATGAGTAAGCTAACATTGCCTTAGTGTTT-----TTGTTACCTTTCTAGTTCGAATCATGAGTTATTATGAGCCTTGAAGGCTTAGGAGGGACTTGGTTAGCAAGCTGTAAAGGCGTGCTGACTTGGAACGACGGTTTTACCTTGTACTTGATATCGACCTTATGGCCGATATCCCATATATGGTATAGCCAAAGATCCCCTAAAA-AGGCAATTCA--------GCGACTGATTTGCTAGAT---GAGCTTGAAATGATAAGTAAGCTAAG--CTATGGTT-ACTTTGTTGTGACCGTTTAC-TTAGCTTTCGAGGGCTAT-----------CTGGTGCTGAATCGAAAGGTTTCCTAAGGAAACCGAC-GGTTGGCAACGGTTTTAGTGGCTGGTAGGGC--------GAGTTTTTATTGA
		Armillaria_limonea_CMW4991                     AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAACAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTATGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_limonea_CMW4992                     AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAACAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTATGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_limonea_CMW4681                     AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTATGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_limonea_CMW4680                     AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTTTTTT-----CTTTT-TACATGCTGAA-TGCTG--AGGGCCGGGATAGTATCCCTCGTGCACTCGCAACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTG-----------------------------------------CTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTG--------------------TATATGGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATATGGTTACTTTGTGACCGTTGAGTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGGAACGATGGTTTACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAAGTTGTATATGGTATAGCCAAAGCTAAGACTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_luteobubalina_CMW5704               AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTC-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTTGTCGCTGACTTGCTTACCT------------------TACCTTGTACAAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATAGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTGGCTTGTTCACTT-GTAGAGG
		Armillaria_luteobubalina_CMW4974               AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTCAACGCTCGTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTTGTCGCTGACTTGCTTACCT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTCGCTTGTTGACTT-GTAGAGG
		Armillaria_luteobubalina_CMW4976               AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTC-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTGCTTACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTGGCTTGTTGACTT-GTAGAGG
		Armillaria_luteobubalina_CMW4977               AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTT---CTTTCTTATCTACATGCTGTT-CGCTGTGAGGGCCGGGATAATCATCCTTGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTCGAACTTGTAAGCTAAC-----------GCTC-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCTTGGGTTA----------------------------TTAGCTTGCTTACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTAGGGATGAGAACTTGTATATAGTATGGCCAACGTTTCAGTAAGCCAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTG-------------CCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATCTCGTATATGGTATAGCCTAAGCTTAG-CTACGG--TTACTTTGTGAGCCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGGTTGGCTTGTTGACTT-GTAGAGG
		Armillaria_South_America_Isolate_CMW5446       AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGTATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_South_America_Isolate_CMW8879       AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGCATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_South_America_Isolate_CMW8877       AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTTTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGCATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG
		Armillaria_South_America_Isolate_CMW8876       AGCCCTTGTTCTAAAGATTTGTTCAACTTTGTTGGACTTTCTCTTCTCTTCTCCTTTCTTTT-TACATGCTGTA-CGCTGTGAGGGCCGGGATAGTCTTCCTCGTGCACTCGCGACAGCATGTTACTTGGGTTTGAACTGGTAAGCTAAC-----------GTTT-------GTTACCTTGCTGGAACGGATCCTGGGTTAGCG----------AGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGCTGACTTGGAACGATGGTT------------------TACCTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGAACTTGTATATAGTATAGCCAAAGTTTCAGTAAGCTAAGCTATA----------GTAACCGTTGACTTTGGTTAGCAAGCTGTAATGGCTTGCTGACTTGG-------------CTTGTACGAAATCTTGACCTTATGGATGAGATGTCGTATATGGCATAGCCTAAGGTTAG-CTATGG--TTACTTTGTGA-CCGTTTAGTTAGCTTTGAAGGCGGAAT-TGATAGTTT--------GAGTT-GTAGAGG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 559 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET * exclude = 42 - 63 ; 
 END;