NEXUS
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[Matrix accession#: M721]

BEGIN TAXA;
	TITLE M721;
	DIMENSIONS  NTAX=10;
	TAXLABELS
		Claviceps_purpurea_clp1	Claviceps_purpurea_clp2	Claviceps_fusiformis_clf1	Claviceps_paspali_cpas1	Claviceps_paspali_cpas2	Claviceps_africana_cla1	Claviceps_africana_cla2	Claviceps_sorghicola_cjap1	Claviceps_sorghicola_cjap2	Epichloe_typhinia_200736
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M721;
	DIMENSIONS NCHAR=567;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Claviceps_purpurea_clp1          GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTCGACAGCAGTGGTGTGTACAATGGTACCTCGGAGCAACAGCTCGAGCGCATGAGCGTCTACTTCAATGAGGTGTG---TAA--ATTGATAAAGCA--AATCTCTACCAATATGCGA--TCCCTCGC--------TGCATGCCGG-----CTGG--AGA---ATGTCCCACA-ATGAGATGTG--------AGCAACCTGGGTCA---TGCTAAACTGTGCGATAGGCCTCTGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTTCGTGCTGGTCCTTTCGGCCAGCTTTTCCGCCCCGACAACTTCGTTTTCGGACAGTCTGGTGCCGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTACACTGAAGGTGCCGAGCTGGTAGACCAGGTCCTTGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGCTGTGACTGCCTTCAGGGTTTCCAGATTACCCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACC-TCTAGACG
		Claviceps_purpurea_clp2          GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTCGACAGCAGTGGTGTGTACAATGGTACCTCGGAGCAACAGCTCGAGCGCATGAGCGTCTACTTCAATGAGGTGTG---TAA--ATTGATAAAGCA--AATCTCTACCAATATGCAA--TCCCTCGC--------TGCATGCCGG-----CTGG--AGA---ATGTCCCACA-ATGAGATGTG--------AGCAACCTGGGTCA---TGCTAAACTGTGCGATAGGCCTCTGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTTCGTGCTGGTCCTTTCGGCCAGCTTTTCCGCCCCGACAACTTCGTTTTTGGACAGTCTGGTGCCGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTACACTGAAGGTGCCGAGCTGGTAGACCAGGTCCTTGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGCTGTGACTGCCTTCAGGGTTTCCAGATTACCCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGCACC-TCTAGACG
		Claviceps_fusiformis_clf1        GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTCGACAGCAATGGTGTTTACAACGGCACTTCGGAGCTCCAGCTCGAGCGTATGAGCGTCTACTTCAACGAGGTGCG---TAACGA-CGATGAAAGA--ATTCTTCTCTCCAC-ACAA-CTCCC-TACA-------TG-TTGTCG------TTGTGGAGAACGATGAGATGGC-AAG-GA-ATGCATGCAAAAGCAATTTGTA-CAAAATGCTAAACTACGCGATAGGCCTCTGGCAACAAGTATGTTCCTCGTGCTGTCCTCGTCGATCTGGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTTCGTGCTGGTCCTTTCGGTCAGCTTTTCCGCCCCGACAACTTCGTCTTCGGTCAGTCTGGTGCCGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTACACTGAAGGTGCTGAGCTGGTTGACAATGTCCTTGACGTTGTTCGTCGCGAGGCTGAGGGATGTGACTGCCTTCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACC-TCTAGACG
		Claviceps_paspali_cpas1          GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATTTCTGGCGAGCACGGCCTTGACAGCAATGGTGTGTACAACGGCACTTCTGAGCTCCAGCTCGAACGTATGAGTGTCTACTTCAACGAGGTGGG---TGACGATGGCCCCA------TGCCCCGAAGCTATATAT-CCACCGTTC---------------CGG------AGGAACGA--GATGATAAGGAGAAGCGA-GTGC--------GTTTCTTGT-TCTAA-CCCCCCCCCCCCCAACAGGCATCCGGCAACAAGTATGTTCCCCGCGCTGTTCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTCCGTGCTGGTCCGTTTGGTCAGCTTTTCCGCCCCGACAACTTTGTTTTTGGACAATCTGGAGCTGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTATACCGAAGGTGCTGAGCTCGTCGATAACGTCCTCGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGCTGTGACTGCCTCCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCCCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACC-TCTAGACG
		Claviceps_paspali_cpas2          GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATTTCTGGCGAGCACGGCCTTGACAGCAATGGTGTGTACAACGGCACTTCTGAGCTCCAGCTCGAACGTATGAGTGTCTACTTCAACGAGGTGGG---TGACGATGGCCCCA------TGCCCCGAAGCTATATAT-CCACCGTTC---------------CGG------AGGAACGA--GATGATAAGGAGAAGCGA-GTGC--------GTTTCTTGT-TCTAA---CCCCCCCCCCCAACAGGCATCCGGCAACAAGTATGTTCCCCGCGCTGTTCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTCCGTGCTGGTCCGTTTGGTCAGCTTTTCCGCCCCGACAACTTTGTTTTTGGACAATCTGGAGCTGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTATACCGAAGGTGCTGAGCTCGTCGATAACGTCCTCGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGCTGTGACTGCCTCCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCCCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGCACC-TCTAGACG
		Claviceps_africana_cla1          GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGGCTCGACAGCAATGGTGTGTACAATGGCACTTCGGAGCTCCAGCTCGAGCGCATGAGCGTCTACTTCAATGAGGTGTG---TAACAATTGATCAAACA---TCCTCCTCTCCTCGG-TT-GTCCCTTACACATCTATTG-TTATGGGGAATATTGG---GACCGAAGGGAGCGA-AGG-GA-GTGC------AAGC-ATATGTATC-AAGCGCTAAACTACGCGATAGGCTTCTGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTCCGTGCTGGTCCTTTCGGTCTGCTCTTCCGCCCCGACAACTTCGTCTTCGGTCAGTCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCCAAGGGCCACTACACTGAGGGTGCTGAGCTGGTTGACAATGTCCTTGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGATGTGACTGCCTTCAGGGCTTCCAGATCACCCACTCGCTCGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACC-TCTAGACG
		Claviceps_africana_cla2          GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGGCTCGACAGCAATGGTGTGTACAATGGCACTTCGGAGCTCCAGCTCGAGCGCATGAGCGTCTACTTCAATGAGGTGTG---TAACAATTGATCAAACA---TCCTCCTCTCCTCGG-TT-GTCCCTTACACATCTATTG-TTATGGGGAATATTGG---GACCGAAGGGAGCGA-AGG-GA-GTGC------AAGC-ATATGTATC-AAGCGCTAAACTACGCGATAGGCTTCTGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTCCGTGCTGGTCCCTTCGGTCTGCTCTTCCGCCCCGACAACTTCGTCTTCGGTCAGTCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCCAAGGGCCACTACACTGAGGGTGCTGAGCTGGTTGACAATGTCCTTGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGATGTGACTGCCTTCAGGGCTTCCAGATCACCCACTCGCTCGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGCACC-TCTAGACG
		Claviceps_sorghicola_cjap1       GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGTGAGCACGGGCTCGACAGCAATGGTGTATACAATGGCACTTCGGAGCTCCAGCTCGAGCGTATGAGCGTCTACTTCAACGAGGTGTG---TAACAA-TGATAAAAAATTCTTCTCCTCTTCTCGGCTT-CTCCC-TACAC-----TTG-AAATCG------TTGGGCAGATGGATGAGACAGA-AAG-GA-GTGC------AAGC-GTGTGCATCAAATGGCTAAACTATGCGATAGGCCTCCGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTTCGTGCTGGTCCTTTCGGTCAGCTCTTCCGCCCCGACAACTTCGTCTTCGGTCAGTCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTACACTGAAGGTGCTGAGCTGGTTGACAACGTCCTTGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGATGTGACTGCCTTCAGGGTTTCCAGATTACCCACTCCCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACC-TCTAGACG
		Claviceps_sorghicola_cjap2       GCTCTAGACTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGTGAGCACGGGCTCGACAGCAATGGTGTATACAATGGCACTTCGGAGCTCCAGCTCGAGCGTATGAGCGTCTACTTCAACGAGGTGTG---TAACAA-TGATAAAAAATTCTTCTCCTCTTCTCGGCTT-CTCCC-TACAC-----TTG-AAATCG------TTGGGCAGATGGATGAGACAGA-AAG-GA-GTGC------AAGC-GTGTGCATCAAATGGCTAAACTATGCGATAGGCCTCCGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATGCCGTTCGTGCTGGTCCTTTCGGTCAGCTCTTCCGCCCCGACAACTTCGTCTTCGGTCAGTCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCCAAGGGTCACTACACTGAAGGTGCTGAGCTGGTTGACAACGTCCTTGACGTTGTCCGTCGCGAGGCTGAGGGATGTGACTGCCTTCAGGGTTTCCAGATTACCCACTCCCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACA-TCTAGACG
		Epichloe_typhinia_200736         AATTGGTGCTGCTTTCTGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTCGACAGCAATGGTGTGTACAATGGTACCTCCGAGCTCCAGCTCGAGCGTATGAGTGTCTACTTCAACGAGGCAAGTCTTCATAATCTACAAAAG-----TCTCCATTGAGCTACATACTGCC-----------CTGGAGATGGGG------CGGGAGAA-GATG-----GAAAGGAAAAGTG----------------TTATCA---TGCTAATCTATGTGACAGGCTTCTGGCAACAAGTACGTTCCTCGCGCTGTTCTCGTCGATCTCGAGCCTGGTACCATGGATGCAGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAGCTTTTCCGTCCTGACAACTTCGTCTTCGGTCAGTCTGGCGCTGGCAACAACTGGGCCAAGGGTCACTACACTGAGGGTGCTGAGCTGGTTGACCAGGTCCTCGATGTTGTGCGTCGCGAGGCCGAAGGCTGTGACTGCCTCCAGGGTTTCCAGATCACCCACTCTCTTGGTGGTGGTACCGGTGCCGGTATGGGTACATTGTTGAT-
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 567 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;