NEXUS
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[Matrix accession#: M1417]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1417;
	DIMENSIONS  NTAX=15;
	TAXLABELS
		Aspergillus_versicolor	Aspergillus_tamariiNRRL25565	Aspergillus_tamariiNRRL20818	Aspergillus_pseudotamarii_NRRL443	Aspergillus_pseudotamarii_NRRL25517	Aspergillus_parasiticus	Aspergillus_ochraceus	Aspergillus_ochraceoroseus	Aspergillus_nomius_NRRL25393	Aspergillus_nomius_NRRL13137	Aspergillus_nidulans	Aspergillus_fumigatis	Aspergillus_flavus	Aspergillus_bombycis	Aspergillus_alliaceus
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1417;
	DIMENSIONS NCHAR=496;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Aspergillus_versicolor                    TGCGTC--GAA-----AATTTC------ATCCATTTCAG------ATGGTATTTCC------------TTTGGTGCTTTTT---------------------GCTAACGACCCTATAGGCAGACCATCTCCGGCGAGCACGGCCTTGATGGCTCCGGTGTGTGAGTACAACCCGTCCA-AGACTCGA------------TCAAAACACGAC---CGAACAC------------AACCC---------CTGATATAATC---CAGTTACAATGGTACCTCCGACCTCCAGCTCGAGCGTATGAACGTCTACTTCAACG---------------------------------------------------------------------------------------AGGCCAGCGGCAACAAGTACGTTCCCCGTGCCGTTCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACTATGGACGCTGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_tamariiNRRL25565              TATGTCTCGAT-----GCTTTCGAGTTAATATGCTTTGG--ACCAAGGAACTGCACAGAAGCATGAACTCAGATGTGCCCT-ACTGTGTCTGCCACGTGTTTGCTAACATCTTTGCAGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTTGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAATCCGTGT--ACACCT--------------CGAACGAACGACAACCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTG-GAATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGTATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCACATTTTTCAGCCTC--------TTTG-ACAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTTGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_tamariiNRRL20818              TATGTCTCGAT-----GCTTTCGAGTTAATATGCTTTGG--ACCAAGGAACTGCACAGAAGCATGAACTCAGATGTGCCCT-ACTGTGTCTGCCACGTGTTTGCTAACATCTTTGCAGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTTGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAATCCGTGT--ACACCT--------------CGAACGAACGACAACCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTG-GAATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGGATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCACATTTTTCAGCCTC--------TTTG-ACAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTTGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_pseudotamarii_NRRL443         TATGTCTCGAT-----GCCTTCGAGTTAATATGCTTTGG--ACCAAGGAACTTCACAGAAGCATGAACTCGGATGTGCCCT-ATTGCGT-----------TTGCTAACATCCTTGCAGGCAGACCATCTCTGGCGAGCTCGGCCTTGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAGTCCGTGT--ACACCT--------------CGAACGAACGACGAGCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTG-GAATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCTGATCTCCAGCTGGAGCGTATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAATTTTTCAGCCTC--------TATG-AAAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_pseudotamarii_NRRL25517       TATGTCTCGAT-----GCTTTCGAGTTAATATGCTTTGG--ACCAAGGAACTTCACAGAAGCATGAACTCGGATGTGCCCT-ATTGCGT-----------TTGCTAACATCCTTGCAGGCAGACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTTGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAGTCCGTGT--ACACCT--------------CGAACGAACGACGAGCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTG-GAATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCTGATCTCCAGCTGGAGCGTATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAATTTTTCAGCCTC--------TATG-AAAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_parasiticus                   TATGTCTCGAT-----ACCTTCGAGTTAATATGCTTTGG--ACCAAGGAACTCCTCAAAAGCATGATCTCGGATGTGTCCT-ATTATATCTGCCACGTGTTTGCTAACAACTTTGCAGGCAAACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTTGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAGCCTGTAT--ACACCT--------------CGAACGAACGACGACCATATGG-CAT--TAGAA--GTTG-GAATGGATCTGACGGCAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCTGATCTCCAGCTGGAGCGTATGAATGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAAATTTTCAGCATC--------TATG-AAAACGCTTTGCA---ACTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCTGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_ochraceus                     TAAGTCT--AC-----ACGTTGGCATTGGCA-GTCTGGGCTATCTGAGATCATCTTTGATACCTTGGCGCTTGTGACGCTCAATCCTA---GATACTTGTTTACTGATAGGTGAATAGGCAAAACATCTCTGGCGAGCACGGCCTTGACGGCGCCGGTGTGTAAGTACATCCCGCGTTTACACCTATCGAAATCAGAATCGAAGAGAGAAGAAATAAACGACCAT--GGTGAGAGATT-GATTG--TCTGATGGGATG-AACAGTTACAATGGCTCCTCCGACCTTCAGCTGGAGCGCATGAACGTCTACTTCAACGAGGTTCGTTGCCCGAAAATTTTCTATCTCCCTTCACCTATCCGAAACGCCCCGTACAAAGCTCTAACCCACGCTCTCTTCATTTTTTAGGCTTCCGGTGGCAAGTATGTTCCCCGTGCCGTTCTGGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCTGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_ochraceoroseus                TACGTCCCAAT-------TTT--------CATCTTT------------ATTTCCCC-----------CCCTCAT--------ATTTTGTC-AACA------TGCTAACAACCAAATAGGCAGACTATCTCTGGTGAACACGGCCTGGATGGCTCCGGTGTGTGAGTACAACCTGTGT--GCAGCT--------------TCGACAAAAAA-----AAATAATCAT--AAAGAGAACGT-GAA---GTCTGATGG-ATG-GATAGTTACAATGGCTCCTCTGACCTCCAGTTGGAGCGTATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGTGGTCATGA---TTCTAGTCTAC-------TGTC-AAGATGGC---CA------CCTAATTA--AAT----------TATAGGCCAGCGGAAACAAGTACGTTCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCTGGCCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_nomius_NRRL25393              TATGTCTCGAT-----ACCTCCGAGTCAATATGCTTTGG--ACCTAGGGCCTCAGCAGAAACATGAGCTCGGATATATCAT-CTCGTGTCTGACACGTGTTTGCTAATACCTTTGCAGGCAGACCATCTCCGGCGAGCACGGCCTCGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAACCCGCGT--ACACCT--------------CGAATGAACGACGATCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTTTGGATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGCATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAATTTTTCAGCCGC--------TATA-AAAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_nomius_NRRL13137              TATGTCTCGAT-----ACCTCCGAGTCAATATGCTTTGG--ACCTAGGGCCTCAGCAGAAACATGAGCTCGGATATATCAT-CTCGTGTCTGACACGTGTTTGCTAATACCTTTGCAGGCAGACCATCTCCGGCGAGCACGGCCTCGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAACCCGCGT--ACACCT--------------CGAATGAACGACGATCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTTTGGATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGCATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAATTTTTCAGCCGC--------TATA-AAAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_nidulans                      TGAG-C--GAA-----AATTTC------ACCTTTTTGGA------ATGATTTCTTT------------CTTCGTACACCT----------------------GCTAACAAGCCAACAGGCAGACCATCTCCGGTGAGCACGGCCTCGATGGCTCCGGTGTGTGAGTACAATCCGTCCA-GCATCCGC------------TGAAAACACGACACCTCAACAG------------AACC-----------TGACACAACC---CAGTTACAATGGTACCTCCGACCTTCAACTCGAGCGTATGAACGTCTACTTCAATGAGGTCAGT--GGATGAGATATCAGGTAGCA--------GTTTGGTGTG-------------TCTGACT-----T--------CGTCCAGGCCAGCGGTAACAAGTACGTTCCCCGTGCCGTCCTCGTCGATCTCGAGCCCGGTACTATGGATTGCGTCCGCGCCGGTCCCTTCGGCGAG
		Aspergillus_fumigatis                     TATGTCTTGACCTCAAAGCTTGGATGACGGGTGATTGGG--ATCTCTCATCTTAGCAGGCT-----ACCTCCATGGGTTCAGCCTCACTGTCATGGGTATCAGCTAACAAATCTACAGGCAGACCATCTCTGGTGAGCATGGCCTTGACGGCTCTGGCCAGTAAGTTCGACCTATATC--CTCCCAA-----------TTGAGAAAGCGGCGGAAACACGGAAAACAAGGAAGAAGCGGACGCGTGTCTGATGGGAAATAATAGCTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGTATGAACGTCTATTTCAACGAGGTGTGT--GGATGAAACTCTTGATTTATACT---ATTTCGGCAACATCTCACGA-----TCTGACTC--GCTA----------CTAGGCCAACGGTGACAAATATGTTCCTCGTGCCGTTCTGGTCGATCTCGAGCCTGGTACCATGGACGCTGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGCGAG
		Aspergillus_flavus                        TATGTCTCAAT-----GCCTTCGAGTTAGTATGCTTTGG--ACCAAGGAACTCCTCAAAAGCATGATCTCGGATGTGTCCT-GTTATATCTGCCACATGTTTGCTAACAACTTTGCAGGCAAACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTTGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAGCCTGTAT--ACACCT--------------CGAACGAACGACGACCATATGG-CAT--TAGAA--GTTG-GAATGGATCTGACGGCAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGTATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAAATTT-CAGCATC--------TATG-AAAACGCTTTGCA---ACTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTTGATCTTGAGCCTGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_bombycis                      TATGTCTCGAT-----GTCTCCGAGTCAATATGCTTTGG--ACCCAGGACCTCAGCAGAAACATGAGCTTGGATGTATCAT-ATCGTGTCTGACACGTGTTTGCTAATATCTTTGCAGGCAGACCATCTCCGGCGAGCACGGCCTCGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAACCCGTGT--ACAACT--------------CGAACGAATGACGACCAGATGGGCAT--TGGAAGAGTTT-GAATGGGTCTGACGGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGCATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAAATTTTCAGCCTC--------TATG-AAAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
		Aspergillus_alliaceus                     TATGCCTCGAT-----GCCCCCGAGTCAATATGCTTTGG--ACGTAGGGCCTCAGCAGAAACATGAGCTCGGATATATCATTCTCGTGTCTGACACGTGTTTGCTAATACCTTTGCAGGCAGACCATCTCCGGGGAGCACGGCCTCGACGGCTCCGGTGTGTAAGTACAACCCGTGT--ACACCT--------------CGAACGAACGACGACCAGATGG-CAT--TGGAAGAGTTTCGGATGGGTCTGACAGGAAG-GATAGTTACAATGGCTCCTCCGATCTCCAGCTGGAGCGCATGAACGTCTACTTCAACGAGGTGCGT-ACCTCAAATTTTTCAGCCGC--------TATA-AAAACGCTTTGCA---AGTCCTGACC---GCT--------TCTCCAGGCCAGCGGAAACAAGTATGTCCCTCGTGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCCGGTACCATGGACGCCGTCCGTGCCGGTCCCTTCGGTCAG
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 496 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;