#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 25, 2021; 22:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ocampo G.A., & Columbus J. 2010. Molecular phylogenetics of suborder Cactineae (Caryophyllales), including insights into photosynthetic diversification and historical biogeography. American Journal of Botany, 97(11): 1827-1847. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10828] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=53; TAXLABELS Alluaudia_ascendens Alluaudia_humbertii Anacampseros_vulcanensis Anredera_cordifolia Anredera_ramosa Calandrinia_caespitosa Calyptridium_parryi Ceraria_namaquensis Claytonia_parviflora Decarya_madagascariensis Didierea_madagascariensis Didierea_trollii Grahamia_bracteata Halophytum_ameghinoi Lewisia_rediviva Maihuenia_patagonica Mirabilis_sanguinea Montiopsis_andicola Opuntia_vestita Parakeelya_pleiopetala Pereskia_aculeata Pereskia_grandifolia Pereskia_lychnidiflora Pereskia_quisqueyana Pereskia_sacharosa Phemeranthus_multiflorus Portulaca_amilis Portulaca_bicolor Portulaca_californica Portulaca_cryptopetala Portulaca_echinosperma Portulaca_elatior Portulaca_guanajuatensis Portulaca_howellii Portulaca_massaica Portulaca_molokiniensis Portulaca_pilosa Portulaca_quadrifida Portulaca_umbraticola_lanceolata Portulaca_villosa Portulacaria_afra Quiabentia_verticillata Rhipsalis_baccifera Rivinia_humilis Sesuvium_portulacastrum Talinopsis_frutescens Talinum_arnottii Talinum_caffrum Talinum_fruticosum Talinum_lineare Talinum_paniculatum Talinum_polygaloides Talinum_tenuissimum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Anredera_ramosa 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Calyptridium_parryi 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Claytonia_parviflora 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Decarya_madagascariensis 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Didierea_madagascariensis 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Didierea_trollii 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Pereskia_aculeata 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Pereskia_grandifolia 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Pereskia_lychnidiflora 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Pereskia_quisqueyana 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Pereskia_sacharosa 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Phemeranthus_multiflorus 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Portulaca_amilis 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Portulaca_bicolor 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Portulaca_californica 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Portulaca_howellii 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Portulaca_massaica 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Portulaca_molokiniensis 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Portulaca_pilosa 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Portulaca_quadrifida 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Portulaca_umbraticola_lanceolata 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Portulaca_villosa 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Portulacaria_afra 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Rivinia_humilis 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Sesuvium_portulacastrum 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Talinopsis_frutescens 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Talinum_arnottii 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Talinum_fruticosum 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Talinum_lineare 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Talinum_paniculatum 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Talinum_polygaloides 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Talinum_tenuissimum 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; END; BEGIN SETS; CHARSET ShawL_rpl14_rps8_infA_rpl36 (CHARACTERS = Cactineae_cpDNA) = 1-1351; CHARSET ShawS_atpI_atpH_intergenic_spac (CHARACTERS = Cactineae_cpDNA) = 1352-2257; CHARSET ShawU_ndhA_intron (CHARACTERS = Cactineae_cpDNA) = 2258-3652; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Cactineae_cpDNA) = N: 1-3652; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Cactineae_cpDNA) = N: 1-3652; END; BEGIN TREES; TITLE Bayesian_TB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Alluaudia_ascendens, 2 Alluaudia_humbertii, 3 Anredera_cordifolia, 4 Anredera_ramosa, 5 Calandrinia_caespitosa, 6 Calyptridium_parryi, 7 Ceraria_namaquensis, 8 Claytonia_parviflora, 9 Decarya_madagascariensis, 10 Didierea_madagascariensis, 11 Didierea_trollii, 12 Grahamia_bracteata, 13 Lewisia_rediviva, 14 Maihuenia_patagonica, 15 Mirabilis_sanguinea, 16 Montiopsis_andicola, 17 Opuntia_vestita, 18 Parakeelya_pleiopetala, 19 Pereskia_aculeata, 20 Pereskia_grandifolia, 21 Pereskia_lychnidiflora, 22 Pereskia_quisqueyana, 23 Pereskia_sacharosa, 24 Phemeranthus_multiflorus, 25 Portulaca_amilis, 26 Portulaca_bicolor, 27 Portulaca_californica, 28 Portulaca_cryptopetala, 29 Portulaca_echinosperma, 30 Portulaca_elatior, 31 Portulaca_guanajuatensis, 32 Portulaca_massaica, 33 Portulaca_howellii, 34 Portulaca_molokiniensis, 35 Portulaca_pilosa, 36 Portulaca_quadrifida, 37 Portulaca_umbraticola_lanceolata, 38 Portulaca_villosa, 39 Portulacaria_afra, 40 Quiabentia_verticillata, 41 Rhipsalis_baccifera, 42 Rivinia_humilis, 43 Sesuvium_portulacastrum, 44 Talinopsis_frutescens, 45 Talinum_arnottii, 46 Talinum_caffrum, 47 Talinum_fruticosum, 48 Talinum_lineare, 49 Talinum_paniculatum, 50 Talinum_polygaloides, 51 Talinum_tenuissimum, 52 Halophytum_ameghinoi, 53 Anacampseros_vulcanensis; TREE Bayesian = [&R] (((24:0.015087,((13:0.030173,(5:0.01279,(8:0.032772,18:0.026967):0.005331):0.001196):0.002837,(6:0.009675,16:0.02733):0.001745):0.007393):0.005947,((52:0.035173,(((44:0.035203,(12:0.03584,53:0.042046):0.010996):0.011591,((22:0.006329,((41:0.057826,(14:0.007563,(17:0.004734,40:0.024403):0.010395):0.004831):0.005614,(20:0.009101,(19:3.96E-4,(21:3.69E-4,23:3.77E-4):3.94E-4):0.012893):0.001851):0.001777):0.011196,(((37:0.011535,(30:0.00557,((25:0.005078,(27:0.001227,35:0.001982):0.003411):0.002823,(32:0.003327,38:0.004184):7.74E-4):0.001135):0.004455):0.001458,(28:0.012008,(29:0.004071,(31:0.001837,(33:0.001706,34:0.002282):8.44E-4):0.002547):0.005729):0.002978):0.003171,(26:0.030333,36:0.021943):0.010452):0.018762):0.001184):0.00152,(((46:0.001353,(45:0.002828,51:0.002554):0.001502):0.001205,(48:0.005051,50:0.002875):0.001524):0.010163,(47:0.011094,49:0.012349):0.001001):0.003056):0.007676):9.29E-4,((3:0.007511,4:0.005604):0.019465,((7:0.00221,39:0.00369):0.027782,((9:0.002049,(10:0.001102,11:0.001076):7.02E-4):4.21E-4,(1:0.001423,2:0.001068):0.00219):0.01094):0.002643):0.001028):0.001566):0.013149,(43:0.057427,(15:0.050197,42:0.052467):0.015075):0.013149); END; BEGIN TREES; TITLE ML_TB; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Alluaudia_ascendens, 2 Alluaudia_humbertii, 3 Anredera_cordifolia, 4 Anredera_ramosa, 5 Calandrinia_caespitosa, 6 Calyptridium_parryi, 7 Ceraria_namaquensis, 8 Claytonia_parviflora, 9 Decarya_madagascariensis, 10 Didierea_madagascariensis, 11 Didierea_trollii, 12 Grahamia_bracteata, 13 Lewisia_rediviva, 14 Maihuenia_patagonica, 15 Mirabilis_sanguinea, 16 Montiopsis_andicola, 17 Opuntia_vestita, 18 Parakeelya_pleiopetala, 19 Pereskia_aculeata, 20 Pereskia_grandifolia, 21 Pereskia_lychnidiflora, 22 Pereskia_quisqueyana, 23 Pereskia_sacharosa, 24 Phemeranthus_multiflorus, 25 Portulaca_amilis, 26 Portulaca_bicolor, 27 Portulaca_californica, 28 Portulaca_cryptopetala, 29 Portulaca_echinosperma, 30 Portulaca_elatior, 31 Portulaca_guanajuatensis, 32 Portulaca_massaica, 33 Portulaca_howellii, 34 Portulaca_molokiniensis, 35 Portulaca_pilosa, 36 Portulaca_quadrifida, 37 Portulaca_umbraticola_lanceolata, 38 Portulaca_villosa, 39 Portulacaria_afra, 40 Quiabentia_verticillata, 41 Rhipsalis_baccifera, 42 Rivinia_humilis, 43 Sesuvium_portulacastrum, 44 Talinopsis_frutescens, 45 Talinum_arnottii, 46 Talinum_caffrum, 47 Talinum_fruticosum, 48 Talinum_lineare, 49 Talinum_paniculatum, 50 Talinum_polygaloides, 51 Talinum_tenuissimum, 52 Halophytum_ameghinoi, 53 Anacampseros_vulcanensis; TREE ML = [&R] 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END;