#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 25, 2021; 22:35 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Delgado-salinas A., Thulin M., Pasquet R., Weeden N., & Lavin M. 2011. Vigna (Leguminosae) sensu lato: the Names and Identities of the American Segregate Genera. American Journal of Botany, 98(10): 1694–1715. 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Leptospron_adenanthum_JN008255 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Vigna_minima_JN008222 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Vigna_monantha_JN008203 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Vigna_monophylla_AY583015 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Vigna_nepalensis_JN008225 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Vigna_nigritia_JN008200 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TTACGCATTTCTATGAAGCAATCGGTTCGTCCATACTATCGGTAGAGCTTGTAAAACCACGACTGATCCA-GAAAGGAA----TGAATGGAAAAAGTAGCATGTCGTATCGATGAAGAATTCTAAAAA-GATTTCATTC--------------------TTATAGGATCCAGCTCAAATTTTTGTTT--GAATTTTTGGCTCGTAACAAAAAAA--------TTAAGTTGGGTTTAATTTATAAAGGGATAGAACTTGGTGGCTCTAATTCTAA---------------TAGGGAAACAAAAAGCAACGAGCTTTCATTTCTTTTTT-ATTTGGATCATTACCCCATCTAATTATACGTTAAAAAGAGGTTAGTGCTTGATGTGGGAAAAGCTTTTCCGGTGAATGGATTA----TTTATTTTTGTTATGAGTCCTAACTATA-TAGCTATTTTCCATTATCTTTTGGTATTTTGGGGTAGCGATAAATGTGTA----AAAGAAAGAGTAT-ATTGAT------AAAGATATTTTTT-CCAAAATCAAAAGAGCGATTAGGTTGAAAAAAAAAA------TAAAGGATTCTTAATTAGCTCGTTATCCT------AGAAC---AAAAATTAGGCGAAAAA-GCGATTAGAGAGAGTCTGTTGATGGGTTTTACTTGTTTTCTAGGTATAT----------------------------------ACCTAGAATTTCCTGTTTTGACCATATCGCACTATGTATCATTTGATAATCCAATGAATCTCTGATTCTTTGTTTGA------CCAAATAGA---C----TTTA---------ATGGAGCAATATCAAGCATATTTAGAACTCCGTAGATCTCTATACCAGGACATCCTATACCCACTTTTTTTTCGGGAATCTATTTATGGACTAGCTTATGGTCATGAGTCCATTTTTATAGAAAAT---GTAGATTATAACAATCAATTTAGTTTACTAATTGTAAAACGTTTAAGTACTCGAATGTATCAACAGACTCATTTCAGTATTTTTGCTAACGATTCTAACAAAAATCCTTTTGTGGGTTATAACTATAATTTGGATTCT------------CAAATAATATTAGAAGGTTTTGTTGTCGTTGTGGAGATTATATTTTCTCTACAATTATGTATCTCGTCCTTAAGAGGATTAGAAATCGTAAAACCTTATAAAAATTTGCAATCAATTCAGTCCACTTTTCCCTTTTTCGAAGATAAACTGATATATTTAAATCATAAGTTAGATATACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGTAATCTTGGTTCAAATCCTTCGATATTGGATAAAAGATGTCTCTTTCTTTCATTTAATAAGGTTGTTTTTTTATTACTATTATAAT------TGGAATAGTCTTTTTATTCCAAAAAAATTGATTTCTACTTTTTTTTCAAAAAGGAATCTAAGAATTTTCATGTTCCTATATAATTTATATGTA------TGGGAATATGAATCTATCTTTCTTTTTCTACGTAACAAATCTTCTCAGTTACCGTTAAAACATTTTCGCGTTTTTTTTGAGCGAATTTTTTTCAATGAAAAAATAGAACATCTTCTAGAAGTATCTACTAAGAATTGTTCATCTACCTTATCTTTCTTTAAGGATATTTTCATCCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCAATTCTGGTTTCAAAGAAGACTCCTCTTTTGATAAATAAATGGAAATACTTTTTTATCTATTTATGGCAATCTCATTTTGATATTTGGGCTGGACCAGGAACGATCCATATAAACCAATTATCTCAGTATTCATTTCACTTTTTAGGCTATTTTTTAACTATTCCACTAAATATTTCAGTAGTACGAAGTCAAATGTTGCAAAATTCATTTCTAATAAAATTTGTTATCAAAAAGGTTGATACAATAGTTCCCATTATTCCTCTAAAGAGATCATTGGCTAAAGCAAAATTTTGTAATGTATTGGGTCATCCCATTAGTAAGTCGGTTTGGGCCAATTTCTCTGATTTTGATATTCTTGACCGGTTTTTGCGGATATGCAGAAATTTTTCTCATTATTACAAAGGATCCGCAAAAAAAAAGAGTTTATATCAAATAAAATATATACTTCGGCTTTCTTGTATAAAAACTTTGGCTCGTAAGCACAAAAGTACTGTGCGCACTTTTTTG------AAAAAATTAAGTTCAGAAAAATTATTGGAAGAATTTTTTACA---GAAGAAGATATTTTTTCTTTGATTTTTCCA------AGAACTTCTTTTACTTTGCAGAGGTTTTAT------AGAGGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGAAACGATTTCGTCAATCATTTATAA---TTTAAA---------------------ATAGGTTATGATACT------TTGGAAATTGA-------------TAAAAC-GAAATTCTTTT------------------------------TATTAATTGAGGATAAAAAAAA-----TCA--TTTTTTC---AGTATTCTATA-----------------------------------------TCTATAGG------------------ATTTTGAAATGCTCATGTAGTAAGAGTCA-------AGATTCGGGGTTCATTAATTGAATATT------TAACTTTCTTAGAG-------TCTTTTGCTAGGCAAGTAATTCAGGTTTAGATGTATGCATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAACACGGCTTGGGGAGGGATTTTTTCTTGTTTTATT Wajira_praecox_AY583001 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Wajira_virescens_AY583000 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; END; BEGIN TREES; TITLE ITS_analysis; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Dipogon_lignosus_AY583515, 2 Dipogon_lignosus_JN008277, 3 Lablab_purpureus_AY583516, 4 Physostigma_venenosum_AY583517, 5 Vigna_schimperi_JN008278, 6 Vigna_nigritia_JN008279, 7 Vigna_friesiorum_JN008280, 8 Vigna_vexillata_JN008281, 9 Vigna_vexillata_JN008282, 10 Vigna_hosei_JN008283, 11 Vigna_luteola_AY583519, 12 Vigna_luteola_JN008284, 13 Vigna_luteola_JN008285, 14 Vigna_luteola_JN008286, 15 Vigna_luteola_JN008287, 16 Vigna_unguiculata_AY583518, 17 Vigna_unguiculata_DQ445736, 18 Vigna_unguiculata_JN008288, 19 Vigna_unguiculata_JN008289, 20 Vigna_unguiculata_JN008290, 21 Vigna_membranacea_JN008291, 22 Vigna_gazensis_JN008292, 23 Vigna_monophylla_JN008293, 24 Vigna_racemosa_JN008294, 25 Vigna_aconitifolia_JN008295, 26 Vigna_aconitifolia_JN008296, 27 Vigna_reflexopilosa_glabra_JN008297, 28 Vigna_radiata_DQ445738, 29 Vigna_trilobata_JN008298, 30 Vigna_umbellata_JN008299, 31 Vigna_umbellata_JN008300, 32 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Helicotropis_linearis_JN008339, 120 Helicotropis_linearis_JN008340, 121 Helicotropis_linearis_JN008341, 122 Helicotropis_linearis_JN008342, 123 Helicotropis_linearis_JN008343, 124 Helicotropis_linearis_JN008344, 125 Cochliasanthus_caracalla_AF069124, 126 Cochliasanthus_caracalla_JN008345, 127 Cochliasanthus_caracalla_JN008346, 128 Cochliasanthus_caracalla_JN008347, 129 Cochliasanthus_caracalla_JN008348, 130 Sigmoidotropis_ampla_AF069121, 131 Sigmoidotropis_ampla_JN008349, 132 Sigmoidotropis_antillana_JN008350, 133 Sigmoidotropis_ekmaniana_JN008351, 134 Sigmoidotropis_elegans_JN008352, 135 Sigmoidotropis_elegans_JN008353, 136 Sigmoidotropis_elegans_JN008354, 137 Sigmoidotropis_elegans_JN008355, 138 Sigmoidotropis_halophila_JN008356, 139 Sigmoidotropis_halophila_JN008357, 140 Sigmoidotropis_halophila_JN008358, 141 Sigmoidotropis_halophila_JN008359, 142 Sigmoidotropis_megatyla_JN008360, 143 Sigmoidotropis_megatyla_JN008361, 144 Sigmoidotropis_megatyla_JN008362, 145 Sigmoidotropis_megatyla_JN008363, 146 Sigmoidotropis_megatyla_JN008364, 147 Sigmoidotropis_speciosa_JN008365, 148 Sigmoidotropis_speciosa_JN008366, 149 Sigmoidotropis_speciosa_JN008367, 150 Ancistrotropis_peduncularis_AF069122, 151 Ancistrotropis_peduncularis_AY583523, 152 Ancistrotropis_peduncularis_JN008368, 153 Ancistrotropis_peduncularis_JN008369, 154 Ancistrotropis_peduncularis_JN008370, 155 Ancistrotropis_subhastata_JN008371, 156 Ancistrotropis_firmula_JN008372, 157 Ancistrotropis_firmula_JN008373, 158 Condylostylis_candida_JN008374, 159 Condylostylis_candida_JN008375, 160 Condylostylis_latidenticulata_JN008376, 161 Condylostylis_latidenticulata_JN008377, 162 Condylostylis_latidenticulata_JN008378, 163 Condylostylis_venusta_JN008379; TREE PAUP_10000 = [&R] (((1:26.0,2:24.0):1.0,3:57.0):0.0,((4:79.0,((((((5:22.0,6:46.0):14.0,(7:31.0,(8:30.0,9:14.0):25.0):7.0):18.0,(((((16:0.0,17:0.0):1.0,19:2.0):2.0,18:3.0):3.0,20:5.0):45.0,21:33.0):23.0):12.0,23:33.0):18.0,((10:40.0,24:47.0):26.0,((((11:0.0,13:0.0):2.0,14:2.0):4.0,(12:1.0,15:0.0):5.0):48.0,22:46.0):13.0):30.0):18.0,(((((25:0.0,26:0.0):27.0,29:29.0):11.0,(27:5.0,(30:3.0,(31:0.0,32:0.0,33:0.0):2.0):3.0):8.0):21.0,28:25.0):75.0,((((34:1.0,36:1.0):4.0,35:4.0):18.0,(((37:0.0,38:0.0,39:0.0,40:0.0,41:0.0):1.0,42:2.0):15.0,((43:0.0,44:1.0,45:0.0,46:0.0,(47:0.0,48:0.0):1.0):9.0,((49:0.0,50:0.0,51:0.0):14.0,57:13.0):5.0):5.0):4.0):10.0,(((52:0.0,56:0.0):1.0,54:0.0):18.0,(53:0.0,55:0.0):3.0):7.0):36.0):31.0):23.0):43.0,(((((58:23.0,59:14.0):58.0,((((108:1.0,109:0.0,110:1.0):1.0,(112:0.0,113:0.0):3.0):1.0,111:3.0):1.0,(114:0.0,115:0.0):3.0):24.0):20.0,((((60:6.0,68:3.0):6.0,61:2.0):6.0,((64:0.0,65:0.0):19.0,(66:0.0,67:0.0):10.0):5.0):11.0,(62:2.0,63:1.0):17.0):28.0):16.0,((69:1.0,(70:8.0,(71:2.0,72:0.0,73:0.0):9.0):2.0):16.0,((((((74:3.0,76:0.0):2.0,77:4.0):18.0,((80:0.0,81:0.0):6.0,82:2.0):13.0):11.0,75:30.0):12.0,(78:2.0,79:0.0):20.0):23.0,((125:4.0,(126:5.0,129:7.0):1.0):2.0,127:0.0,128:0.0):28.0):19.0):11.0):14.0,((((((83:1.0,85:0.0):3.0,(84:1.0,88:0.0):1.0,86:0.0,87:1.0):3.0,(98:0.0,(99:1.0,100:0.0):2.0):1.0):5.0,(((89:2.0,90:0.0,91:2.0,92:1.0,97:0.0):1.0,93:1.0,(95:0.0,96:0.0):2.0):0.0,94:0.0):6.0):8.0,(((104:1.0,105:1.0):4.0,106:3.0):12.0,107:20.0):14.0):15.0,((101:16.0,(102:0.0,103:1.0):19.0):9.0,(((116:4.0,(117:0.0,(119:0.0,121:0.0,122:0.0):1.0,120:0.0,(123:0.0,124:0.0):6.0):1.0):0.0,118:2.0):27.0,(((((((((130:1.0,((131:2.0,136:0.0):0.0,147:0.0):0.0):0.0,148:0.0):0.0,135:1.0):0.0,149:0.0):0.0,134:2.0,137:0.0):1.0,133:3.0):3.0,(142:6.0,(143:0.0,145:0.0):1.0,(144:1.0,146:1.0):2.0):1.0):2.0,(132:0.0,(138:9.0,139:0.0,140:0.0,141:0.0):4.0):4.0):7.0,((((150:1.0,151:2.0,153:2.0,154:0.0,155:0.0):0.0,152:2.0):27.0,(156:0.0,157:0.0):34.0):20.0,((158:1.0,159:3.0):25.0,((160:0.0,(161:0.0,163:0.0):0.0):0.0,162:0.0):28.0):45.0):19.0):13.0):9.0):6.0):20.0):64.0):39.0); TREE Strict = [&R] (((1,2),3),(4,((((((5,6),(7,(8,9))),(((((16,17),19),18),20),21)),23),((10,24),(((11,13),14),(12,15)),22)),(((((25,26),29),(27,(30,(31,32,33)))),28),((((34,36),35),(37,38,39,40,41,42),((43,44,45,46,(47,48)),((49,50,51),57))),(((52,56),54),(53,55))))),(((((58,59),((108,109,110),111,(112,113),(114,115))),((((60,68),61),((64,65),(66,67))),(62,63))),((69,(70,(71,72,73))),((((((74,76),77),((80,81),82)),75),(78,79)),((125,(126,129)),127,128)))),(((((83,85),(84,88),86,87),(98,(99,100))),(89,90,91,92,93,94,(95,96),97)),(((104,105),106),107)),(101,(102,103)),(116,117,118,(119,121,122),120,(123,124)),(((((130,131,134,135,136,137,147,148,149),133),(142,(143,145),(144,146))),(132,(138,139,140,141))),(((150,151,152,153,154,155),(156,157)),((158,159),(160,161,162,163))))))); END; BEGIN TREES; TITLE trnK_analysis; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Platycyamus_regnellii_AF142709, 2 Butea_monosperma_JN008175, 3 Otoptera_burchellii_JN008176, 4 Psophocarpus_lancifolius_JN008177, 5 Cologania_hintoniorum_AY583013, 6 Ophrestia_radicosa_AF142703, 7 Glycine_max_AF142700, 8 Amphicarpaea_bracteata_AY582971, 9 Pueraria_montana_lobata_AY582972, 10 Neorautanenia_mitis_JN008178, 11 Pseudovigna_argentea_JN008179, 12 Rupertia_physodes_EF549955, 13 Otholobium_bolusii_JN008180, 14 Bituminaria_bituminosa_EU717398, 15 Psoralea_tenuiflora_JN008181, 16 Psoralea_pinnata_JN008182, 17 Dolichos_trilobus_trilobus_AY582976, 18 Dolichos_oliveri_JN008183, 19 Dolichos_trinervatus_JN008265, 20 Dolichos_kilimandscharicus_JN008184, 21 Wajira_albescens_AY583011, 22 Wajira_danissana_AY583008, 23 Wajira_grahamiana_AY583005, 24 Wajira_praecox_AY583001, 25 Wajira_virescens_AY583000, 26 Macrotyloma_uniflorum_benadirianum_JN008185, 27 Macrotyloma_stenophyllum_JN008186, 28 Macrotyloma_stenophyllum_JN008187, 29 Macrotyloma_africanum_JN008188, 30 Macrotyloma_axillare_JN008266, 31 Macrotyloma_daltonii_AY582973, 32 Macrotyloma_ellipticum_AY582974, 33 Sphenostylis_stenocarpa_AY582977, 34 Sphenostylis_angustifolia_AY582978, 35 Sphenostylis_angustifolia_JN008189, 36 Sphenostylis_angustifolia_JN008190, 37 Alistilus_jumellei_JN008191, 38 Alistilus_jumellei_JN008192, 39 Nesphostylis_holosericea_AY582979, 40 Spathionema_kilimandscharicum_JN008193, 41 Spathionema_kilimandscharicum_AY582990, 42 Vatovaea_pseudolablab_AY583016, 43 Vatovaea_pseudolablab_JN008194, 44 Lablab_purpureus_AY582989, 45 Dipogon_lignosus_AY582988, 46 Physostigma_venenosum_JN008195, 47 Physostigma_venenosum_AY582998, 48 Vigna_unguiculata_AY582999, 49 Vigna_unguiculata_JN008196, 50 Vigna_unguiculata_JN008197, 51 Vigna_unguiculata_JN008198, 52 Vigna_unguiculata_JN008199, 53 Vigna_nigritia_JN008200, 54 Vigna_racemosa_JN008267, 55 Vigna_ambacensis_JN008201, 56 Vigna_filicaulis_JN008202, 57 Vigna_monantha_JN008203, 58 Vigna_hosei_JN008204, 59 Vigna_triphylla_JN008205, 60 Vigna_schimperi_JN008206, 61 Vigna_membranacea_membranacea_JN008207, 62 Vigna_membranacea_caesia_JN008208, 63 Vigna_luteola_AY582996, 64 Vigna_luteola_JN008209, 65 Vigna_luteola_JN008268, 66 Vigna_subterranea_JN008210, 67 Vigna_gazensis_JN008211, 68 Vigna_vexillata_JN008212, 69 Vigna_angivensis_JN008213, 70 Vigna_friesiorum_AY582997, 71 Vigna_monophylla_AY583015, 72 Vigna_aconitifolia_JN008214, 73 Vigna_aconitifolia_JN008215, 74 Vigna_aconitifolia_JN008216, 75 Vigna_aconitifolia_JN008217, 76 Vigna_angularis_nipponensis_JN008269, 77 Vigna_angularis_angularis_JN008218, 78 Vigna_glabrescens_JN008219, 79 Vigna_grandiflora_JN008220, 80 Vigna_hirtella_JN008221, 81 Vigna_minima_JN008222, 82 Vigna_mungo_mungo_AY582994, 83 Vigna_mungo_silvestris_JN008223, 84 Vigna_nakashimae_JN008224, 85 Vigna_nepalensis_JN008225, 86 Vigna_radiata_radiata_DQ445950, 87 Vigna_radiata_radiata_JN008226, 88 Vigna_radiata_sublobata_JN008227, 89 Vigna_reflexopilosa_glabra_JN008228, 90 Vigna_reflexopilosa_reflexopilosa_JN085947, 91 Vigna_riukiuensis_JN008229, 92 Vigna_stipulacea_JN008230, 93 Vigna_subramaniana_JN008231, 94 Vigna_tenuicaulis_JN008232, 95 Vigna_trilobata_JN008233, 96 Vigna_trilobata_JN008234, 97 Vigna_trinervia_JN008235, 98 Vigna_umbellata_AF142701, 99 Vigna_umbellata_AY582995, 100 Vigna_umbellata_JN008236, 101 Vigna_umbellata_JN008237, 102 Vigna_umbellata_JN008238, 103 Vigna_lasiocarpa_AY582993, 104 Vigna_longifolia_AY582991, 105 Vigna_trichocarpa_AY582992, 106 Vigna_trichocarpa_JN008239, 107 Sigmoidotropis_ampla_JN008240, 108 Sigmoidotropis_ampla_JN008241, 109 Sigmoidotropis_antillana_JN008242, 110 Sigmoidotropis_ekmaniana_AY582986, 111 Sigmoidotropis_elegans_JN008243, 112 Sigmoidotropis_elegans_JN008244, 113 Sigmoidotropis_elegans_JN008245, 114 Sigmoidotropis_elegans_JN008246, 115 Sigmoidotropis_halophila_JN008247, 116 Sigmoidotropis_halophila_JN008248, 117 Sigmoidotropis_halophila_JN008249, 118 Sigmoidotropis_megatyla_JN008250, 119 Sigmoidotropis_megatyla_JN008251, 120 Sigmoidotropis_megatyla_JN008270, 121 Sigmoidotropis_speciosa_DQ443466, 122 Sigmoidotropis_speciosa_JN008252, 123 Macroptilium_bracteatum_AY509950, 124 Macroptilium_gibbosifolium_JN008253, 125 Macroptilium_erythroloma_AY509937, 126 Macroptilium_atropurpureum_AY509938, 127 Macroptilium_longipedunculatum_AY509940, 128 Mysanthus_uleanus_AY509941, 129 Strophostyles_umbellata_DQ443470, 130 Strophostyles_umbellata_AY509945, 131 Strophostyles_leiosperma_AY509946, 132 Strophostyles_leiosperma_AY509947, 133 Strophostyles_helvola_AY509948, 134 Strophostyles_helvola_DQ443469, 135 Dolichopsis_paraguariensis_AY509942, 136 Dolichopsis_paraguariensis_AY509943, 137 Dolichopsis_ligulata_AY509951, 138 Leptospron_adenanthum_AY582983, 139 Leptospron_adenanthum_JN008271, 140 Leptospron_adenanthum_JN008254, 141 Leptospron_adenanthum_JN008255, 142 Leptospron_gentryi_AY582982, 143 Leptospron_gentryi_JN008256, 144 Leptospron_gentryi_JN008257, 145 Helicotropis_spectabilis_AY582981, 146 Helicotropis_linearis_DQ443468, 147 Helicotropis_linearis_JN008258, 148 Ancistrotropis_peduncularis_AY582984, 149 Ancistrotropis_peduncularis_JN008272, 150 Ancistrotropis_firmula_JN008273, 151 Ancistrotropis_firmula_JN008259, 152 Cochliasanthus_caracalla_JN008274, 153 Cochliasanthus_caracalla_JN008275, 154 Condylostylis_candida_JN008260, 155 Condylostylis_latidenticulata_AY582985, 156 Condylostylis_venusta_JN008261, 157 Oxyrhynchus_populneus_DQ443467, 158 Oxyrhynchus_volubilis_AY509935, 159 Ramirezella_crassa_JN008262, 160 Ramirezella_micrantha_JN008276, 161 Ramirezella_nitida_JN008263, 162 Ramirezella_strobilophora_AY509936, 163 Phaseolus_angustissimus_JN008264, 164 Phaseolus_vulgaris_AY582987, 165 Phaseolus_leptostachyus_DQ445984, 166 Phaseolus_microcarpus_DQ445993; TREE Strict = [&R] (1,(2,((3,4),(5,(((((6,7),((((12,15),16),13),14)),8),10),9,11),((((((17,18,(19,20)),39),(37,38)),(26,((((27,28),32),30,31),29))),(33,(34,35,36))),((21,(23,(24,25))),22),((((40,41),(42,43)),(44,45)),(((46,47),((((((48,(49,50,52),51),57),(68,69)),(61,(62,70)),(((72,73,74,75),((78,(89,90)),97),(79,(92,95)),((82,83),(((86,87),88),93)),96),((((76,85),77),94),((80,81,(84,91)),(98,99,100,101,102))))),(53,((59,71),60))),(((54,58),67),(((55,56),66),((63,65),64))),((103,104),(105,106)))),(((107,108,109,110,111,112,113,114,115,116,117,(118,119,120),121,122),((((123,125),124,(126,127)),128,((129,130,131,132,(133,134)),((135,136),137))),((138,139,140,141,142,143,144),(145,(146,147)))),((148,149),(150,151)),(152,153),(154,(155,156))),(((157,158),((159,160,162),161)),(((163,164),166),165)))))))))); END;