#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 11, 2021; 23:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cabezas P., Sanmartin I., Paulay G., Macpherson E., & Machordom A. 2011. Deep under the sea: Unraveling the evolutionary history of the deep-sea squat lobster Paramunida (Decapoda, Munididae). Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12200] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Onconida_alaini_Fo191 Paramunida_achernar_PAR17 Paramunida_aff_longior_PAR123 Paramunida_aff_setigera_PAR148 Paramunida_amphitrita_PAR1 Paramunida_amphitrita_PAR3 Paramunida_antares_Fo185 Paramunida_belone_PAR129 Paramunida_belone_PAR73 Paramunida_cretata_PAR21 Paramunida_cretata_PAR7 Paramunida_crinitas_PAR82 Paramunida_cristata_PAR156 Paramunida_curvata_PAR146 Paramunida_curvata_PAR8 Paramunida_echinata_PAR54 Paramunida_evexa_PAR51 Paramunida_granulata_Fo106 Paramunida_granulata_PAR126 Paramunida_labis_PAR29 Paramunida_leptotes_PAR154 Paramunida_longior_PAR38 Paramunida_longior_PAR46 Paramunida_lophia_S23 Paramunida_luminata_PAR2 Paramunida_parvispina_PAR97 Paramunida_pictura_Fo177 Paramunida_pictura_PAR122 Paramunida_polita_PAR22 Paramunida_polita_PAR4 Paramunida_polita_PAR66 Paramunida_poorei_Fo364 Paramunida_pronoe_PAR24 Paramunida_proxima_PAR62 Paramunida_proxima_S25 Paramunida_salai_S7 Paramunida_scabra_PAR55 Paramunida_setigera_PAR31 Paramunida_spica_PAR140 Paramunida_stichas_PAR15 Paramunida_stichas_PAR19 Paramunida_tenera_PAR109 Paramunida_tenera_PAR150 Paramunida_tenera_PAR152 Paramunida_tenera_PAR44 Paramunida_thalie_PAR10 Paramunida_tricarinata_PAR155 Plesionida_concava_S8 ; 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END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=134; TAXLABELS Onconida_alaini_Fo191 Paramunida_achernar_PAR17 Paramunida_aff_longiorPAR123 Paramunida_aff_setigera_PAR148 Paramunida_amphitrita_PAR1 Paramunida_amphitrita_PAR3 Paramunida_amphitrita_PAR9 Paramunida_antares_Fo185 Paramunida_antares_Fo35 Paramunida_antares_PAR11 Paramunida_belone_Fo196 Paramunida_belone_PAR129 Paramunida_belone_PAR130 Paramunida_belone_PAR71 Paramunida_belone_PAR72 Paramunida_belone_PAR73 Paramunida_belone_PAR74 Paramunida_cretata_PAR20 Paramunida_cretata_PAR21 Paramunida_cretata_PAR7 Paramunida_cretata_PAR99 Paramunida_crinita_PAR100 Paramunida_crinita_PAR101 Paramunida_crinita_PAR102 Paramunida_crinita_PAR103 Paramunida_crinita_PAR82 Paramunida_crinita_PAR83 Paramunida_crinita_PAR84 Paramunida_crinita_PAR85 Paramunida_cristata_PAR156 Paramunida_cristata_PAR6 Paramunida_curvata_PAR145 Paramunida_curvata_PAR146 Paramunida_curvata_PAR147 Paramunida_curvata_PAR8 Paramunida_echinata_PAR52 Paramunida_echinata_PAR53 Paramunida_echinata_PAR54 Paramunida_evexa_PAR49 Paramunida_evexa_PAR50 Paramunida_evexa_PAR51 Paramunida_granulata_Fo106 Paramunida_granulata_PAR126 Paramunida_granulata_PAR127 Paramunida_granulata_PAR27 Paramunida_granulata_PAR86 Paramunida_granulata_PAR88 Paramunida_labis_Fo151 Paramunida_labis_Fo64 Paramunida_labis_PAR28 Paramunida_labis_PAR29 Paramunida_labis_PAR30 Paramunida_labis_PAR40 Paramunida_labis_PAR41 Paramunida_leptotes_PAR154 Paramunida_longior_PAR37 Paramunida_longior_PAR38 Paramunida_longior_PAR46 Paramunida_longior_PAR47 Paramunida_longior_PAR48 Paramunida_lophia_S23 Paramunida_lophia_S24 Paramunida_lophia_S6 Paramunida_luminata_PAR2 Paramunida_parvispina_PAR97 Paramunida_parvispina_PAR98 Paramunida_pictura_Fo177 Paramunida_pictura_PAR121 Paramunida_pictura_PAR122 Paramunida_polita_PAR22 Paramunida_polita_PAR23 Paramunida_polita_PAR4 Paramunida_polita_PAR5 Paramunida_polita_PAR65 Paramunida_polita_PAR66 Paramunida_polita_PAR67 Paramunida_polita_PAR68 Paramunida_polita_PAR69 Paramunida_polita_PAR70 Paramunida_poorei_Fo363 Paramunida_poorei_Fo364 Paramunida_pronoe_PAR24 Paramunida_pronoe_PAR25 Paramunida_proxima_PAR18 Paramunida_proxima_PAR61 Paramunida_proxima_PAR62 Paramunida_proxima_S25 Paramunida_salai_S29 Paramunida_salai_S7 Paramunida_scabra_PAR55 Paramunida_scabra_PAR56 Paramunida_scabra_PAR57 Paramunida_scabra_PAR58 Paramunida_scabra_PAR90 Paramunida_scabra_PAR91 Paramunida_setigera_PAR31 Paramunida_setigera_PAR32 Paramunida_setigera_PAR33 Paramunida_setigera_PAR34 Paramunida_spica_PAR139 Paramunida_spica_PAR140 Paramunida_stichas_Fo71 Paramunida_stichas_PAR12 Paramunida_stichas_PAR13 Paramunida_stichas_PAR14 Paramunida_stichas_PAR15 Paramunida_stichas_PAR19 Paramunida_stichas_PAR35 Paramunida_stichas_PAR36 Paramunida_stichas_S27 Paramunida_stichas_S28 Paramunida_tenera_PAR107 Paramunida_tenera_PAR108 Paramunida_tenera_PAR109 Paramunida_tenera_PAR110 Paramunida_tenera_PAR149 Paramunida_tenera_PAR150 Paramunida_tenera_PAR151 Paramunida_tenera_PAR152 Paramunida_tenera_PAR153 Paramunida_tenera_PAR42 Paramunida_tenera_PAR43 Paramunida_tenera_PAR44 Paramunida_tenera_PAR45 Paramunida_thalie_Fo28 Paramunida_thalie_Fo65 Paramunida_thalie_PAR10 Paramunida_thalie_PAR135 Paramunida_tricarinata_PAR155 Paramunida_tricarinata_PAR157 Paramunida_tricarinata_PAR78 Paramunida_tricarinata_PAR79 Paramunida_tricarinata_PAR80 Plesionida_concava_S8 ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M11064] TITLE Mitochondrial_Paramunida_Matrix; LINK TAXA = Taxa3; DIMENSIONS NCHAR=1947; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Onconida_alaini_Fo191 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Paramunida_amphitrita_PAR1 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Paramunida_amphitrita_PAR3 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Paramunida_cristata_PAR156 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Paramunida_echinata_PAR52 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Paramunida_echinata_PAR53 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Paramunida_echinata_PAR54 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Paramunida_granulata_PAR126 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Paramunida_granulata_PAR127 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Paramunida_granulata_PAR27 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Paramunida_granulata_PAR86 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Paramunida_pictura_PAR122 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Paramunida_polita_PAR22 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Paramunida_polita_PAR23 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Paramunida_polita_PAR4 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Paramunida_proxima_PAR61 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Paramunida_proxima_S25 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Paramunida_salai_S29 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Paramunida_stichas_PAR12 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Paramunida_stichas_PAR13 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Paramunida_tenera_PAR107 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Paramunida_tenera_PAR151 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Paramunida_tenera_PAR152 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Paramunida_tenera_PAR153 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Onconida_alaini_Fo191 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Paramunida_achernar_PAR17 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Paramunida_amphitrita_PAR3 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Paramunida_crinitas_PAR82 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Paramunida_curvata_PAR8 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Paramunida_granulata_Fo106 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Paramunida_lophia_S23 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Paramunida_pictura_Fo177 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Paramunida_polita_PAR22 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Paramunida_polita_PAR4 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Paramunida_pronoe_PAR24 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Paramunida_salai_S7 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Paramunida_spica_PAR140 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Paramunida_tenera_PAR44 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Plesionida_concava_S8 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Paramunida_granulata_PAR126 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Paramunida_pictura_Fo177 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Paramunida_polita_PAR4 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Paramunida_proxima_S25 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Paramunida_tricarinata_PAR155 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Plesionida_aliena_S8 TCAGCTATTTTTTATTTGATATTTAT-ACCCTGTTTTTCCTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCCCA-TA---TAGCCCCTGACCTGAC--GGTCAGGGCGCTCTTATTAGTATC-AAAACCGGTAACAGAC-----TTTGGTCTGTAAACC-AA--CCTATGATGACTCTGGATAATTT-ATAGCTGAGCGCACAGTCTTTGTACTGGTGCTGCTTCTTTCAAGTGTCTGCCTTATCAGCTTTCGATTGTAAATTATGTGCTTACAATGGCTATAACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACTCCCGGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACGATGCGAGACTCATCCGAGGCCTCGCAATCGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTACCGTTCTGGACTGATGGTACTTCGCCTTATGGTGTTTACTATCACGCTCCAAAACCGCTTACACAACCCAAAAGTTGTTGAGCTCCACCAGCTCGCATAGGATGCTCTTGACCGAGTGTCCTGAGTGGCTGGTATGTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAGAGCAGGCTATTTGTATTGCCTGAATGTCTATGCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTT-GTC------GGTTTTCTTTGGAATCCGAGGTAATGACTAAGAGAGACAAACGGGGG-CATTTGT-ACTGTGACGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGTCACAAGACAAACAACTGCGAAAGCATTTGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGAGGTTCGAAGGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCTAACCATAAACGATGCTAACCAGCAATCCGCCGGCGTTATTCCCATGACCCGGCGGGCAGCTTCCGGGAAACCAAAGTCTTTGAGTTTCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAACCTCACCAGGCCCAGACACTGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTCGATTCAGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCCTATTAACTAGTCGACGGATTTCCATATATTGGTGTCCAGTTCGCAAC-TTCTTCTTAGAGGGATAAGCGGTATGTCCTAGCCGCATGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGTGATCAGAGTGTTTTCCCCCTCCGAGAGGAGCGGGTAACCAGATGAACCCACTTCGTGATAGGGATTGGGGCTTGCAATTGTTTCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCAAGTTATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGATTTAGTGAGGCCTTCGGACTGTCGCTCTTGGATTTCTATCATTCTGGCTTTTAAGAGTTGGATGAGATGTTGTTCCTAGAGCAGACGGAAAGATGTCCAAACTTGATCATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCCTTTGTTCTGTTTTAAAAATGGTTCAAAAGGGTGTTGCGTTTCAGATGGTCTCTG-CATCGTTTAACC-ACCGCCTAAGTTTTTGCTTGAAGGTATCTT--ACCATGGAGGGTGACAGTCCCGTATGGCGGATGCCCGTGAGGGTAAGGTTTTATGGTGTA---TGTGGACTATTCTGTAGAGTCAGGTTGTCTAATACTACAACCTAAAGAAGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATATGACCACGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGGACTTTGAAGAGAGAGTTCAATAGTACGTGAAACCGTTAAGAGCCTAAACGGATGGGACCAATGCAGATCGAACTGAGGGGATTCAGCTCGCCGGCATCATCTCATTATGAGGTTGAAAGCAGAAATGCGAAGTGA-CCTGAGCCA-TGGATTGAGCAAAAACA----------------TCATTGC-TGTTGTGTTTGTAATACATCCTATCAGGCACG-CCTTAATAATTGATTGAAGGTGTTGGTTGGCGTATTTCGCTTCTGAAGTAGATCACTGCGACCTATTGCGGGGAAGTCGAAGGCCCGGTTGGATTGGTAGCCTTATGCCAAGTACGGTATTGTGATCCTTGGCAACAATCTGAACAAGTGAGCCTTGGTGAGCAGCTGTATGTAGGTGTTTTGTGAAACCACCGGTGACATATCCTAACTGCCCTGCGATAGTCGTTAGGGAAGGTCTTCCTTAT----GGAATTCTCTTTCGCAGTGCGTGCAAAGAGGGCCAGGAACCAACCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGTGTGCAAGTCTAAGGGAGTATTACTAAACCCGATGGCGAAATG-AAGGTGA-T---GAGAATTCA--CACCAGG-TGGCA--TTGTATTGAGGTG--CCC-ACA-GGACTGATCCCTTGGG-CTGGTACCTATTGAATTAAGCCCCGTCCAACCTTGGGACAAGTACGTTGGTGAGCCCCTCTCCCAATCGAACGTCTGTGTTTGAGATGCGTTGCTGGGTTGG---ACTGCAT---GG-TTAAGGT-CTGAGAATCTGTTAATTGATGCAGAGGAGGCGCAAGTCTGGGACATGACCTT-ATCTTAAATGTGAAGACGGCAACCT--GTTT--AA-TGGCGTGCATCATATACTCCCCTGGCAATACACTATTTCCTTACAGTT----ATAATTATTTGCTGAC---AGCTTGA---TTAT-GGTTGCAGGGTGGTGTA-GTGTACGGGTCTTCAG--TTGGGTAATATTTGTTGGTC-AC-CAAAACTAATAGACGTT-GAGGACATGTACCTTTAGCATACATGTTAGTACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGGCCGGGATGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGTCCGAAGCAATTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAGAGCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCGTCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGTACTCATT--GAAGAGTTTCATCTGGTAAAGAGAATGATTAGAGGTGATGGGGACGAAATGTCCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTGAGAATGG-CCAA-GCTTT-CATAAAA--CATGAGTGATAA--------GGCAGCAATGAAAT----TGCATCTATAT----GA----TCTC-ATGAAAACGAAGCTTT-GGCATTGGAATCAGAGTACCAAGTGGGCCACTTTT ; END; BEGIN TREES; TITLE Combined_Paramunida_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Plesionida_concava_S8, 2 Onconida_alaini_Fo191, 3 Paramunida_amphitrita_PAR1, 4 Paramunida_luminata_PAR2, 5 Paramunida_amphitrita_PAR3, 6 Paramunida_polita_PAR4, 7 Paramunida_cretata_PAR7, 8 Paramunida_curvata_PAR8, 9 Paramunida_thalie_PAR10, 10 Paramunida_stichas_PAR15, 11 Paramunida_achernar_PAR17, 12 Paramunida_stichas_PAR19, 13 Paramunida_cretata_PAR21, 14 Paramunida_polita_PAR22, 15 Paramunida_pronoe_PAR24, 16 Paramunida_labis_PAR29, 17 Paramunida_setigera_PAR31, 18 Paramunida_longior_PAR38, 19 Paramunida_tenera_PAR44, 20 Paramunida_longior_PAR46, 21 Paramunida_evexa_PAR51, 22 Paramunida_echinata_PAR54, 23 Paramunida_scabra_PAR55, 24 Paramunida_proxima_PAR62, 25 Paramunida_polita_PAR66, 26 Paramunida_belone_PAR73, 27 Paramunida_crinitas_PAR82, 28 Paramunida_parvispina_PAR97, 29 Paramunida_tenera_PAR109, 30 Paramunida_pictura_PAR122, 31 Paramunida_aff_longior_PAR123, 32 Paramunida_granulata_PAR126, 33 Paramunida_belone_PAR129, 34 Paramunida_spica_PAR140, 35 Paramunida_curvata_PAR146, 36 Paramunida_aff_setigera_PAR148, 37 Paramunida_tenera_PAR150, 38 Paramunida_tenera_PAR152, 39 Paramunida_leptotes_PAR154, 40 Paramunida_tricarinata_PAR155, 41 Paramunida_cristata_PAR156, 42 Paramunida_salai_S7, 43 Paramunida_lophia_S23, 44 Paramunida_proxima_S25, 45 Paramunida_granulata_Fo106, 46 Paramunida_pictura_Fo177, 47 Paramunida_antares_Fo185, 48 Paramunida_poorei_Fo364; TREE Combined_dataset_Phylogram = [&R] 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TREE Combined_dataset_Bootstrap = [&R] 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END; BEGIN TREES; TITLE Mitochondrial_Paramunida_Result; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Plesionida_concava_S8, 2 Onconida_alaini_Fo191, 3 Paramunida_amphitrita_PAR1, 4 Paramunida_luminata_PAR2, 5 Paramunida_amphitrita_PAR3, 6 Paramunida_polita_PAR4, 7 Paramunida_polita_PAR5, 8 Paramunida_cristata_PAR6, 9 Paramunida_cretata_PAR7, 10 Paramunida_curvata_PAR8, 11 Paramunida_amphitrita_PAR9, 12 Paramunida_thalie_PAR10, 13 Paramunida_antares_PAR11, 14 Paramunida_stichas_PAR12, 15 Paramunida_stichas_PAR13, 16 Paramunida_stichas_PAR14, 17 Paramunida_stichas_PAR15, 18 Paramunida_achernar_PAR17, 19 Paramunida_proxima_PAR18, 20 Paramunida_stichas_PAR19, 21 Paramunida_cretata_PAR20, 22 Paramunida_cretata_PAR21, 23 Paramunida_polita_PAR22, 24 Paramunida_polita_PAR23, 25 Paramunida_pronoe_PAR24, 26 Paramunida_pronoe_PAR25, 27 Paramunida_granulata_PAR27, 28 Paramunida_labis_PAR28, 29 Paramunida_labis_PAR29, 30 Paramunida_labis_PAR30, 31 Paramunida_setigera_PAR31, 32 Paramunida_setigera_PAR32, 33 Paramunida_setigera_PAR33, 34 Paramunida_setigera_PAR34, 35 Paramunida_stichas_PAR35, 36 Paramunida_stichas_PAR36, 37 Paramunida_longior_PAR37, 38 Paramunida_longior_PAR38, 39 Paramunida_labis_PAR40, 40 Paramunida_labis_PAR41, 41 Paramunida_tenera_PAR42, 42 Paramunida_tenera_PAR43, 43 Paramunida_tenera_PAR44, 44 Paramunida_tenera_PAR45, 45 Paramunida_longior_PAR46, 46 Paramunida_longior_PAR47, 47 Paramunida_longior_PAR48, 48 Paramunida_evexa_PAR49, 49 Paramunida_evexa_PAR50, 50 Paramunida_evexa_PAR51, 51 Paramunida_echinata_PAR52, 52 Paramunida_echinata_PAR53, 53 Paramunida_echinata_PAR54, 54 Paramunida_scabra_PAR55, 55 Paramunida_scabra_PAR56, 56 Paramunida_scabra_PAR57, 57 Paramunida_scabra_PAR58, 58 Paramunida_proxima_PAR61, 59 Paramunida_proxima_PAR62, 60 Paramunida_polita_PAR65, 61 Paramunida_polita_PAR66, 62 Paramunida_polita_PAR67, 63 Paramunida_polita_PAR68, 64 Paramunida_polita_PAR69, 65 Paramunida_polita_PAR70, 66 Paramunida_belone_PAR71, 67 Paramunida_belone_PAR72, 68 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TREE Mitochondrial_dataset_Phylogram = [&R] 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TREE Mitochondrial_dataset_Bootstrap = [&R] (1:0.359771,2:0.35191,((((((((3:0.002309,(5:0.001006,11:0.001017,13:0.006776)0.79:0.004755)1.00:0.156443,((12:0.002469,(123:0.001948,126:0.003755)0.55:0.001968)0.89:0.008158,99:0.005834)1.00:0.188505)1.00:0.078846,(8:0.003889,113:0.011315)1.00:0.183016,(((48:9.25E-4,49:9.34E-4,50:9.46E-4)1.00:0.097845,((54:0.003059,56:0.00201,(57:0.002075,(79:0.001953,80:0.002168)1.00:0.002165)0.99:0.002073)0.82:0.003678,55:0.002102)1.00:0.080245)1.00:0.045755,(81:0.001125,82:0.001092)1.00:0.234066)1.00:0.058296)0.92:0.023474,(((((14:0.001032,(15:0.001914,17:0.005031,35:9.69E-4)0.98:0.001964)1.00:0.006034,(16:9.68E-4,36:9.62E-4,127:9.96E-4)1.00:0.002928)1.00:0.008577,(20:9.8E-4,120:0.001,121:0.001042)1.00:0.006989)1.00:0.057817,(19:0.004519,(58:0.005557,59:0.001812)1.00:0.00843,119:0.001071)1.00:0.092307)1.00:0.074296,((25:0.002223,26:0.003928)1.00:0.180629,111:0.137869)1.00:0.068064)0.90:0.015884)0.72:0.011862,((((((9:0.001332,(22:0.002668,83:0.001165)0.99:0.003931)0.92:0.005089,21:0.00398)1.00:0.088056,18:0.066294)1.00:0.044141,(((92:0.00392,93:0.00214)1.00:0.010698,130:0.00559)1.00:0.066023,(133:0.001304,134:0.002494)1.00:0.09574)1.00:0.086631)0.61:0.019119,((((((28:0.008562,30:0.003057)0.99:0.00405,125:0.002084,129:0.002045)0.67:0.002274,29:0.003336)0.94:0.007015,40:0.001706)0.84:0.004963,39:0.002399)1.00:0.0941,((70:0.001985,71:9.82E-4,72:9.84E-4,112:9.6E-4,114:0.001036)1.00:0.02982,73:0.002685,(74:0.001017,75:0.001043,76:0.001047,84:0.001047,85:0.001074,86:0.003222,87:0.001033)0.80:0.002049)1.00:0.095636)1.00:0.058353,(51:0.005264,(52:0.001756,53:0.005911)0.55:0.002553)1.00:0.079791)1.00:0.063992,(((10:0.001554,((102:0.002018,103:0.00315)0.98:0.002093,104:0.001041)0.68:0.001863)1.00:0.234171,(((((31:0.001675,32:0.00499)0.53:0.001907,33:0.003976,34:0.002315)1.00:0.046962,105:0.051773)1.00:0.067715,((41:0.001396,42:0.004132)0.58:0.00206,43:0.00187,44:0.00166,((88:0.002047,89:0.003022,90:0.001063,91:0.00421)1.00:0.005692,((106:0.002137,107:0.002086,109:0.001041,110:0.002096)0.79:0.00207,108:0.001343)1.00:0.009317)0.78:0.002917)1.00:0.103566)1.00:0.092079,((37:9.13E-4,38:8.97E-4,(45:9.09E-4,46:8.91E-4,47:0.004705)0.96:0.003498)1.00:0.048863,94:0.072202)1.00:0.107263)1.00:0.129161)0.52:0.02336,(((((66:0.002095,(97:0.002003,98:9.75E-4)0.56:0.002082)1.00:0.004546,67:0.002009)1.00:0.004188,(68:0.001019,132:0.001781)0.67:0.002045,69:0.00601)1.00:0.037449,((115:0.001103,117:0.001087,118:0.002052)1.00:0.038604,(116:0.002141,122:0.001904)1.00:0.033988)1.00:0.031703)1.00:0.086257,(100:0.00152,101:0.002059)1.00:0.187316)1.00:0.069194)0.51:0.008853)0.77:0.010522)0.96:0.029363,((((6:0.006316,7:0.004079)0.99:0.004133,23:0.001045,24:0.001938)0.88:0.005123,62:0.002062)0.80:0.002073,(60:0.002044,61:0.001008)0.99:0.00203,63:0.001006,64:9.9E-4,65:0.001854)1.00:0.117789)0.58:0.016792,(4:0.080543,(124:0.005841,131:0.002501)1.00:0.051267)1.00:0.064822)1.00:0.163898,(27:8.41E-4,77:0.001622,(78:9.45E-4,128:0.0036)0.78:0.00162,95:0.003225,96:0.002327)1.00:0.291316)0.83:0.061286); END; BEGIN TREES; TITLE Nuclear_Paramunida_Result; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Plesionida_aliena_S8, 2 Onconida_alaini_Fo191, 3 Paramunida_amphitrita_PAR1, 4 Paramunida_luminata_PAR2, 5 Paramunida_amphitrita_PAR3, 6 Paramunida_polita_PAR4, 7 Paramunida_cretata_PAR7, 8 Paramunida_curvata_PAR8, 9 Paramunida_thalie_PAR10, 10 Paramunida_stichas_PAR15, 11 Paramunida_achernar_PAR17, 12 Paramunida_stichas_PAR19, 13 Paramunida_cretat_PAR21, 14 Paramunida_polita_PAR22, 15 Paramunida_pronoe_PAR24, 16 Paramunida_labis_PAR29, 17 Paramunida_setigera_PAR31, 18 Paramunida_longior_PAR38, 19 Paramunida_tenera_PAR44, 20 Paramunida_longior_PAR46, 21 Paramunida_evexa_PAR51, 22 Paramunida_echinata_PAR54, 23 Paramunida_scabra_PAR55, 24 Paramunida_proxima_PAR62, 25 Paramunida_polita__PAR66, 26 Paramunida_belone_PAR73, 27 Paramunida_crinita_PAR82, 28 Paramunida_parvispina_PAR97, 29 Paramunida_tenera_PAR109, 30 Paramunida_pictura_PAR122, 31 Paramunida_aff_longior_PAR123, 32 Paramunida_granulata_PAR126, 33 Paramunida_belone_PAR129, 34 Paramunida_spica_PAR140, 35 Paramunida_curvata_PAR146, 36 Paramunida_aff_setigera_PAR148, 37 Paramunida_tenera_PAR150, 38 Paramunida_tenera_PAR152, 39 Paramunida_leptotes_PAR154, 40 Paramunida_tricarinata_PAR155, 41 Paramunida_cristata_PAR156, 42 Paramunida_salai_S7, 43 Paramunida_lophia_S23, 44 Paramunida_proxima_S25, 45 Paramunida_antares_Fo185, 46 Paramunida_granulata_Fo106, 47 Paramunida_pictura_Fo177, 48 Paramunida_poorei_Fo364; TREE Nuclear_dataset_Phylogram = [&R] (1:0.067618,2:0.054593,((((((3:7.67E-4,5:7.55E-4):0.001238,9:0.008788):0.005072,(8:0.00112,35:3.84E-4):0.005943):0.003451,(15:0.011884,39:0.006653):0.006303):0.002561,(((((4:0.001116,45:0.001109):0.006715,(6:0.001918,14:7.45E-4,25:7.33E-4):0.01698,(((((7:0.001136,13:0.001925):0.004931,11:0.005407):0.009207,((30:4.03E-4,47:3.84E-4):0.005354,48:0.002984):0.006172):0.002118,((16:0.003653,27:0.009616):0.001866,40:0.002946):0.0021):9.17E-4,22:0.00656):0.00755):0.005388,((((10:9.89E-4,12:0.003148):0.004582,(24:7.87E-4,44:0.001162):0.007473):0.008305,41:0.009198):0.00375,((21:0.022095,23:0.009417):0.013248,28:0.013052):0.029412):0.005196):0.00453,(((26:9.62E-4,33:0.001459):0.007811,(42:0.009338,43:0.003374):0.003503):0.00924,34:0.02225):0.014251):0.003303,(((17:0.001501,36:0.005941):0.007023,(19:7.77E-4,29:7.54E-4,37:3.87E-4,38:3.84E-4):0.004711):0.008449,((18:3.97E-4,20:3.87E-4):9.04E-4,31:7.84E-4):0.009865):0.008324):0.003452):0.007534,(32:0.001961,46:4.11E-4):0.02904):0.03158); TREE Nuclear_dataset_Boostrap = [&R] (1:0.067618,2:0.054593,((((((3:7.67E-4,5:7.55E-4)0.95:0.001238,9:0.008788)1.00:0.005072,(8:0.00112,35:3.84E-4)1.00:0.005943)1.00:0.003451,(15:0.011884,39:0.006653)1.00:0.006303)0.99:0.002561,(((((4:0.001116,45:0.001109)1.00:0.006715,(6:0.001918,14:7.45E-4,25:7.33E-4)1.00:0.01698,(((((7:0.001136,13:0.001925)1.00:0.004931,11:0.005407)1.00:0.009207,((30:4.03E-4,47:3.84E-4)1.00:0.005354,48:0.002984)1.00:0.006172)0.90:0.002118,((16:0.003653,27:0.009616)0.93:0.001866,40:0.002946)1.00:0.0021)0.62:9.17E-4,22:0.00656)1.00:0.00755)1.00:0.005388,((((10:9.89E-4,12:0.003148)1.00:0.004582,(24:7.87E-4,44:0.001162)1.00:0.007473)1.00:0.008305,41:0.009198)0.92:0.00375,((21:0.022095,23:0.009417)1.00:0.013248,28:0.013052)1.00:0.029412)0.99:0.005196)0.96:0.00453,(((26:9.62E-4,33:0.001459)1.00:0.007811,(42:0.009338,43:0.003374)0.99:0.003503)1.00:0.00924,34:0.02225)1.00:0.014251)0.99:0.003303,(((17:0.001501,36:0.005941)1.00:0.007023,(19:7.77E-4,29:7.54E-4,37:3.87E-4,38:3.84E-4)1.00:0.004711)1.00:0.008449,((18:3.97E-4,20:3.87E-4)0.54:9.04E-4,31:7.84E-4)1.00:0.009865)1.00:0.008324)1.00:0.003452)1.00:0.007534,(32:0.001961,46:4.11E-4)1.00:0.02904)1.00:0.03158); END;