#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 03, 2021; 3:52 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Reblova M., & Seifert K. 2004. Conioscyphascus, a new ascomycetous genus for holomorphs with Conioscypha anamorphs. Studies in Mycology, 50. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1267] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Amphisphaeria_umbrina Apiognomonia_errabunda Ascotaiwania_mitriformis Ascotaiwania_sawadae Cainia_graminis Carpoligna_pleurothecii Cercophora_newfieldiana Chaetomium_globosum Chaetosphaeria_innumera Codinaea_simplex Colletotrichum_gloeosporioides Colletotrichum_nymphaeae Conioscypha_japonica Conioscypha_lignicola Conioscyphascus_varius Cryptodiaporthe_aesculi Cryptosporella_hypodermia Daldinia_concentrica Diaporthe_padi Diaporthe_pustulata Diatrype_disciformis Dothidea_sambuci Gaeumannomyces_graminis Glomerella_cingulata Glomerella_phacidiomorpha Gnomonia_gnomon Graphostroma_platystoma Hypocrea_schweinitzii Hypomyces_subiculosus Lanatonectria_flavolanata Lasiosphaeria_ovina Lepteutypa_cupresii Leucostoma_niveum Magnaporthe_grisea Melanconis_stilbostoma Microascus_trigonosporus Neurospora_crassa Ophiostoma_africanum Ophiostoma_piliferum Oxydothis_frondicola Petriella_setifera Petriella_sordida Phragmoporthe_conformis Plectosphaerella_cucumerina Pleospora_herbarum Setosphaeria_monoceras Sordaria_fimicola Valsa_ambiens Verticillium_dahliae Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=108; TAXLABELS Apiospora_sinensis Arthrinium_phaeospermum Arthroderma_incurvatum Botryosphaeria_ribis Boudiera_acanthospora Bunodophoron_australe Byssochlamys_nivea Camarops_microspora Candida_tropicalis Capnobotryella_renispora Capnodium_citri Capronia_mansonii Capronia_pilosella Cazia_flexiascus Ceramothyrium_linnaeae Ceratocystis_fimbriata Chaetomium_elatum Chaetopsina_fulva Chaetosphaeria_curvispora Cladonia_sulphurina Coccodinium_bartschii Cochliobolus_sativus Colletotrichum_gloeosporiodes Coniochaeta_ligniaria Conioscyphascus_varius Cordyceps_ophioglossoides Ctenomyces_serratus Cudonia_confusa Diatrype_disciformis Dipodascus_aggregatus Discina_macrospora Dothidea_insculpta Emericella_nidulans Endomyces_sp Eupenicillium_javanicum Eurotium_herbariorum Exophiala_dermatitidis Exophiala_jeanselmei Gibberella_pulicaris Glomerella_cingulata Glomerella_septospora Gnomonia_setacea Gnomoniella_fraxini Graphium_penicillioides Graphostroma_platystoma Gymnoascoideus_petalosporus Gymnoascus_reessii Gyromitra_esculenta Hypocrea_lutea Hyponectria_buxi Hypoxylon_fragiforme Kionochaeta_ramifera Kluyveromyces_polysporus Lasiosphaeria_ovina Lecanora_intumescens Leotia_lubrica Leotia_viscosa Leptosphaeria_maculans Lophiostoma_crenatum Madurella_mycetomatis Melanomma_sanguinarium Microascus_cirrosus Microdochium_nivale Microglossum_viride Morchella_elata Mycosphaerella_mycopappi Nadsoniella_nigra Nectria_pseudotrichia Onygena_equina Parmelia_saxatilis Peltigera_neopolydactyla Pestalosphaeria_hansenii Petriella_setifera Peziza_badia Phaeoannellomyces_elegans Phaeococcomyces_exophialae Phaeosphaeria_nodorum Phyllachora_graminis Plectosphaerella_cucumerina Pleospora_betae Pneumocystis_carinii Protomyces_inouyei Pseudallescheria_boydii Pulvinula_archeri Renispora_flavissima Rhytidhysteron_rufulum Saccharomyces_cerevisiae Sarcinomyces_phaeomuriformis Sarcoscypha_austriaca Sarcosoma_globosum Schizosaccharomyces_pombe Sclerotinia_sclerotiorum Scutellinia_scutellata Setosphaeria_rostrata Solorina_crocea Sordaria_fimicola Spathularia_flavida Sphaerodothis_acrocomiae Stereocaulon_ramulosum Talaromyces_emersonii Taphrina_wiesneri Thelebolus_stercoreus Tuber_magnatum Urnula_hiemalis Verticillium_dahliae Volutella_colletotrichoides Xylaria_carpophila Zygosaccharomyces_bailii ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=30; TAXLABELS Ascotaiwania_hughesii Ascotaiwania_mitriformis Ascotaiwania_persoonii Ascotaiwania_sawadae Cainia_graminis Carpoligna_pleurothecii Chaetosphaeria_innumera Codinaea_simplex Colletotrichum_gloeosporioides Colletotrichum_nymphaeae Conioscypha_japonica Conioscypha_lignicola Conioscyphascus_varius Daldinia_concentrica Diatrype_disciformis Dothidea_sambuci Glomerella_cingulata Glomerella_phacidiomorpha Graphostroma_platystoma Hypocrea_schweinitzii Hypomyces_subiculosus Lanatonectria_flavolanata Microascus_trigonosporus Petriella_setifera Petriella_sordida Plectosphaerella_cucumerina Pleospora_herbarum Setosphaeria_monoceras Verticillium_dahliae Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1318] TITLE 28S_rDNA; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1260; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Amphisphaeria_umbrina ?????????????????????????????????????????????????????????????GAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCT--TC-------GGGTCCGAATTGTAATTTGTAGAGGATGC-TTTTGGTTAGGTACCTT-CCGA-GTGCCCTGGAACGGGACGCC-------------TTAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-GG-TTGGATGCC-GAGCCTCT-GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGTACTTTGAAAAGAGG-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTATGACCAGACTTTTTCTGGGCGGATCAT-CCGGTG--TTCT--CACCGGTGCACTTTGCCCAGTC-TAGGCCAGCATCGGTTTTCGTAGGGGGATAAAATT-TGT-GGGAACGTGGCTCCC--TC--GGGAGT-GTTATAGCCTGCTAAATAA-TACCTCTGCGGG-GACTGAGGTT--CG-CGCTCT---GCAAGGATGCTGGCGTAA-TGGTCATCAA-CGGCCCGTC-TTGAAACACGGGCCAAGGAG-TCGAACATTTGTGC---GAGTGTTTGGGTGTTAAACCC-TCA-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTGAGAGCC--TTA-----GGGTGCATCATCGACCGATCCTGAAGTTTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGCGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATTTAGAAACC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Apiognomonia_errabunda ????????????????????????????????????????????????????????GAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCT---TC--------GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGT-TTATGGTGCGGTACTTT-CCGA-GTTCCCTGGAACGGGACGCC-------------ACAGAGGGTGAGAGCCCCGTCT-GG-ATGGATACC-AAACCTGT-GTTAAACTCCTTCAACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATCTCTTCTAAAGCTAAATATAGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACCTTGAAAAGGGG-GTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTATGACCAGACTTGTGTCGTGTGGCTCAT-CCGAGG--TTCT--CCCCGGTGCACTCCACGCGGCT-CAGGCCAACATCGGTTTTTGTCGGAGGATAAGAAT-AGT-AGGAACGTAGCTCTTCCTCGGAAGAGT-GTTATAGCCTATTATACGA-TACTTTGATAGA-GACCGAGGAC--CG-CGCTTC--GGCTAGGATGTTGGCGTAA-TGGTCATTA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGTCCATTAGAGC---GAGCGTTTGGGTGTAAAACCC-GCA-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-ATTAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCATCGACCGATCCTGAAGTTTAC--GGATGGATTTGAGTAAGAGTTTTAACGGACGGACCCGAAAGACAGTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGAGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACTGTCTAGTAGCTGGTTACCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGACCT--TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTTATTAGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCC-TTGTTACTT-AATTGAACGTGGGCATTC-GAATGTACCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGGGGGGTTAAGGCGCCAGAATGTACGCTCATCAGACACCA Ascotaiwania_mitriformis ?????????????????????????????????????????????????????????????????CCAACAGGG-TTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCCCAGATTTGAAATCTGACCTC-TTT-----GGGGTCCGAGTTGTAATCTGCAGATGGGTT-TTCCGGTGAGGCGTGCGTCCAA-GTTCCCTGGAATGGGATGCC-------------GGAGAGGGTGAGAGCCCCGTAAAGG--CGCGCGCC-GAGCCTCT-GTGAGGCCCATTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGAAATGCTGCTCTAATCGTGGGGTAAATCTCCCATAAGGCTAAATATCGGCCGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGCGTGAGCGAAAGATGAAAAGAGCCTTGGATAAGGCCGTCAAAAAGCATGTGAAATTGTTGTGGGGGAAGCGCTCGTCGCCAGACGTGGCGGCGGCTGATTTA-CCGGCG--TCCT--CGCCGGTGTCCTCTGCCCGCCGCCAGGCCAGCACCGGCTCGGACCGGGGCCCAAAACG-CAC-GGGAACGTGGCTCCCC-TC-GGGGAGT-GTTATAGCCCGC-GCCT-A-CGCCCTGTTCCG-GGCCGAGGAA--CG-CGCATCT--GCTCGGATGCTGGCCTAA-TGGCGCCTAAGCGACCCGTCCTTGAAACACGGACCAAGGAGGTTGACCTTGACCGCGCCGATTGTTCGGGTGTCAAGCCC-CTA-CGCGTAG-TGAAAGCGAA-CGCTGGTGGGAGCCC-TCAC----GGGTGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTAC--GGATGGATTTGAGTAGGAGCGCGTCGGGTCTGACCCGAAAGAAGGTGAACTATGCATGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGTGCATGGGGGCGAAAGACCAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ascotaiwania_sawadae ???????????????????????????????????????????????????????????????????AACAGGGGTTGC--CAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCCCAGATTTGAAATCTGGC----CTTGGT-----GCCCGAGTTGTAATCTGGAGATGGGTT-TTCCAGCGACGCGTGCG-CCA--GTA--TTGGAATGGGATGCCGTAGAGGGATGCCGTAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-TG---GCGCGAC-TAGCTTCT-TTGTTGCCCATTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGAAATGCTGCTCTAATCGTGGGGTAAATCTCCCATAAGGCTAAATATCGGCCGGAGACCGATAGCGCACAAGTACCGTGAGCGAAAGATGAAAAGAGCCTTGGATAAGGGCGTCAAAAAGCATGTGAAATTGTTGTGGGGGAAGCGCTCGTCGCCAGTCGTGTCGGCGGCTGATTTG-CCGGCG--TTCT--CGCGGGTGCCCTCTGCCCGCCGCCAGGCCAGCACCGGCTCGGCCTCTGTCCCAATGCA-CGC-GGGAACGTAGCTCCCC-AC-GGGGAGT-GTTATAGCCCAC-GTGCGA-CGCCCTGGGCCG-GGCCGAGGAT--CG-CGCATCT--GCTCGGATGCTGGCTTAA-TGGCGCCTA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TTGCCCTGGCGCGC---GAGTGTTCGGGTGTAAAGCCC-CTA-CGCGCAG-TGAAAGCGAA-CGCAGGTGGGAGTCC-TTTA----GGATGCACCATCGACCGATCCTGAAGCTTGC--AGATGGATTTGAGTAGGAGCGCGCCGGGTCTGACCCGAAAGAAGGTGAACTATGCATGAA-AGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGTGCATGGGGGCGAAAGCCCAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cainia_graminis ??????????????????????????????GAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTC--TC-------GGGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGC-TTCTGGCGCGGTGCCTT-CCGA-GTTCCCTGGAACGGGACGCC-------------TTAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-GG-TCGGACACC-AAGCCTAT-GTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTGCGACCAGACTTTTTCCCGGCGGATCAT-CCGGCG--TTCT--CGCCGGTGCACTTCGCCGGGTC-AAGGCCAGCATCGGTTTCCGGAGGGGGACAAAAGC-TTT-GGGAACGTGGCTCCT--TC--GGGAGT-GTTATAGCCCTTTGCATAA-TGCCCCTCTGGG-GACCGAGGTT--CG-CGCATCT---CAAGGATGCTGGCGTAA-TGGTCGTCAA-CGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGAACATTTGTGC---AAGTGTTAGGGTGTCAAACCC-CTG-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTGAGAGCCC-TTAC----GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTTTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGGGTAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACCTGCGCATGGGGGCGAAAGACTTATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTACCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGTT-T--TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACCTGGGGGCGCTATATAGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCC-TTGTTGCTT-AATTGAACGTGGGCATTC-GAATGTATCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGGGGTTAAGGTGCCAGAGTGGACGCTCATCAGACACCA Carpoligna_pleurothecii ????????????????????????????????????????ATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCCCAGATTTGAAATCCGGCTT--TC-------GGGCCCGACTTGTAATCTGCAGATGAGTC-TTTTGGCGGAGCGCCGT-CCAA-GTTCCCTGGAACGGGACGCC-------------GGAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-CG-ACGTGCGCC-GAGTCTTT-GCAAAGCTCATTCGAAGAGTCGAGTAGTTTGGAAATGCTGCTCAAATTGTGGGGTAAATCTCCCATAAGGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGCGTGAGCGAAAGATGAAAAGAGCCTTGAACAAGGGCGTCAAAAAGCATGTGAAATTGTTGTGAGGGAAGCGCTCGATGCCAGACGTGGAGGCGGTTGGTTAC-CCGGCG--TTCT--CGCCGGCGCACTCTGCC-GTCTCCAGGCCAGCATCAGTTCGGCTTGGGG-CTCAATGCAGTT-GGGAACGTGGCTCT---TC---GGAGT-GTTATAGCCCAGC-TGCGA-CGTCCTGGGCCG-GACTGAGGAA--CG-CGCATCT--GCCCGGATGCTGGCGTAA-TGGCTTCTA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TTGACCTAACATGC---GAGTGTTTGGGTGTAAAGCCC-TCA-CGCGCAG-TGAAAGCGAA-CGCAGGTGGGAGC---TTC------GGCGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTAC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATGTTGGGTCTGACCCGAAAGAAGGTGAACTATGCATGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGTGCATGGGGGCGAAAGACCAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cercophora_newfieldiana ??????????????????????TACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCT---CC--------GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGAAGC-TTCTGGTGATATACTGT-CTAA-GTCCCCTGGAACGGGGCGCC-------------ACAGTGGGTGAGAGCCCCATAT-GA-CAG-ATGTA-GATCCTGT-GTGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTCCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTATGACCAGACTTGCGCTGGGCTGATCAT-CCGGTG--TTCT--CACCGGTGCACTCGGCCCAGCT-CAGGCCAGCATCGGTTTTGGTGGGGGGATAAAGGC-ATT-GGGAACGTAGCTCCT--TC--GGGAGT-GTTATAGCCCAGCGTGCAA-TACCCCCGCTGG-GACCGAGGTT--CG-CGCATCT---CAAGGATGCTGGCGTAA-TGGTCATCA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCAAGGTTTTGCGC---GAGTGTTTGGGTGTCAAACCCCGCA-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGTAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTATTC--GGATGGATTTGAGTAGGAGCGTTAAGCCTTGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGAGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTACCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGTTCT--TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTTTATAGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAAAATGTAAGAAGCTC-TTGTTACTTCAATTGAACGTGAGCATTC-GAATGTACC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Colletotrichum_gloeosporioides 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Colletotrichum_nymphaeae 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Daldinia_concentrica 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Dothidea_sambuci ?????????????????????????????????????????????????????????????GAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAATAGCTCAAATTTGAAAGCTGGCT---TAT-------GGTCCGCATTGTAATTTGTAGAGGATGA-TTTTAGGCAGCCGCCGGTCTAA-GTTCCTTGGAACAGGACGTC-------------ATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTG-ACCGGCTCTGGCACCTTATGTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCGAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGA-GTTAAAAAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGACTTGGACTTGGCTGTTCAA-CAGGTC--TTCT--GACCTGCCTATTCAGTCTTGTC-CAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGCCGGATAAAGGC-TTT-GGGAATGTGGCTTTCTTCCGGGGGAAG-TTTATAGG--AAGGTGTAA-TACGGCCAGCTGGGACTGAGGTC--CG-CGCTTC--GGCTAGGATGCTGGCGTAA-TGGTTGTCAAGCGGCCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCTAACATCTATGC---GAGTGTTAGGGTGTCAAACCC-TTA-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTGAGAACCC-GCAAA----GGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CTGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Glomerella_phacidiomorpha ????????????????????????????????????????????CAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCC---CCA-------GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGC-TTTTGGCGCGGTGCCTT-CCGA-GTTCCCTGGAACGGGACGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-GG-TTGGACACC-AAGCCTTT-GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTACATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGACTTGCGTCCGGTGAATCAC-CCAGCT-CTCGC--GGCTGGGGCACTTCGCC-GGCA-CAGGCCAGCATCAGCTTGCCGTCGGGGACAAAAGC-TTC-AGGAACGTGGCTCCTC-TC-GGGGAGT-GTTATAGCCTGTTGCACAA-TACCCTTCGGCG-GGCTGAGGTA--CG-CGCTCC---GCAAGGATGCTGGCGTAA-TGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Hypocrea_schweinitzii 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Hypomyces_subiculosus 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Lanatonectria_flavolanata 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Lasiosphaeria_ovina 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Lepteutypa_cupresii ?????????????????????????????????????????????????????????????GAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCC--TT-------GGGTCCGAATTGTAATTTGTAGAGGATGA-TTTTGGTGCGGTATCTT-CCGA-GTTCCTTGGAACAGGACGCC-------------TTAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-GG-TTGAATGCC-TAGCCTCT-GTAAATCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGGATTTATGACCAGACTTTTTCTGGGCGGATCAT-CCGGTG--TTCT--CACCGGTGCACTTTGCCCAGTT-TAGGCCAGCATCGATTTTCGGAGAGGGATAAAAGC-TTT-GGGAATGTGGCTCCCT-CC-GGGGAGT-GTTATAGCCCATTGTATAA-TACCTTTCTGGG-GATCGAGGTA--CG-CGCTTCT--GCAAGGATGCTGGCGTAA-TGGTTATCAATC-ACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGAACATTTGTGC---AAGTGTTTGGGTGTTAAACCC-TCA-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTGAGAGCCC-TTAC----GGGTGCATCATCGACCGATCCTGAAGTTTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGCGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTACCG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Leucostoma_niveum 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Magnaporthe_grisea 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Ophiostoma_piliferum ??????????????????????????CGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCC--TC-------GGGCCCGAGTTGTAATTTGGAGAGGATGC-TTCTGGCGCGGCGCCGT-CCGA-GTTCCTTGGAACAGGACGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-GG-GCGGCCGCC-TAGCCTTT-GCGAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCCTGTGACCAGACTTGCGGCCCGCGGATCAT-CCGGTG--TTCCT-CACCGGTGCGCTCCGCGGGCCG-CAGGCCAGCATCGGCTCTCCTGGGGGGACAAAGGT-CGC-GGGAACGTGGCTCCT--TA--GGGAGT-GTTATAGCCCGCTTCGTCA-TGCCTCCGGGGG-GGCCGAGGAC--CG-CGCTTC--GGCAAGGATGCTGGCGTAA-TGGTCA-CCGGCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCAAGCATTGGGGC---GAGTGTCTGGGTGCCAAACCC-GCA-CGCG-AAATGAAAGTAAA-CGCAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCACCGACCGATCCTGATGTCTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCCTTACCGCTTGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATATGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTACCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGTG-T--TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTATATTGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCC-TCGTTACTT-TGCTGAACGTGGGCCGTC-GAATGCACCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGCGGGGTTAAGGTGCCGGAGTGGACGCTCATCAGACACCA Oxydothis_frondicola ?????????????????????????????????????????????????????????????GAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCCC--TC-------GGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGC-TTTTGGCGCGGTGCCTT-CCGA-GTTCCCTGGAACGGGACGCC-------------TTAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC-GG-TTGGACGCC-TAGCCTCT-GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTATGACCAGACTTTTTCCAGGCGGATCAT-CCGGTG--TTCT--CACCGGTGCACTTCGCCTGGTT-TAGGCCAGCATCGGTTTCCGCGGGGGGAGAAAAGC-TTC-GGGAATGTGGCTCCT--CC--GGGAGT-GTTATAGCCCGTTGCATAA-TACCCTCGCGGG-GACCGAGGTT--CG-CGCTCT---GCAAGAATGCTGCCGTAA-TGTTCATCA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGAACATTTGTGC---GAGTGTTTGGGTGTTAAACCC-TCA-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTCAGAGCC--TTTC---GGGGTGCACGATCGACCGATCCTGATGTTTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGCGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Petriella_setifera 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Petriella_sordida 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Phragmoporthe_conformis 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Plectosphaerella_cucumerina 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Pleospora_herbarum ?????????????????????????????????????????????????????????????GAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCT-TTT-----AGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGTGC-TTTGGCTTTGGCAGCGGTCCAA-GTTCCTTGGAACAGGACGTC-------------ACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTG-GTCGCTAGCTATCGCCGT-GTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGA-GTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCTTTCAGTTGCTCAT-CCGGGC--TT-TT-GCCCGGTGCACTCTTCTGTAGG-CAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTGGGATAAAGGC-TTT-TGGAATGTGGCTCTCT-TC-GGGGAGGCCTT-TAGGGGAAGGTGTAA-TACCACCAGCTGGGACTGAGGTC--CG-CGCTTCT--GCTAGGATGCTGGCGTAA-TGGCTGTCAAGCGGCCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCTAACATCTATGC---GAGTGTTTGGGTGTCAAGCCC-GAG-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTGGGAACCC-GCAA----GGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTTTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTT-CTGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Setosphaeria_monoceras ???????????????????????????????AACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCT-TTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGCGC-TTTGGCTTTGGCAGCGGTCCAA-GTTCCTTGGAACAGGACGTC-------------ACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTG-GTCGCTAGCTATTGCCGT-GTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGA-GTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCTTGCAGTTGCTCAT-CCGGGC--TT-TT-GCCCGGTGCACTCTTCTGCAGG-CAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTGGGATAAAGGT-CTC-TGTCATGTACCTCTCT-TC-GGGGAGGCCTTATAGGGGA-GGCGACA-TACCACCAGCCTAGACTGAGGTC--CG-CGCATCT--GCTAGGATGCTGGCGTAA-TGGCTGT-AAGCGGCCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCTAACATCTATGC---GAGTGTTTGGGTGTCAAGCCC-GAG-CGCGTAA-TGAAAGTGAA-CGGAGGTGGGAACCC-GCAA----GGGTGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTAC--GGAAGGATTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTAACGTAT---TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCATGGGGGTTGAAACAA-CCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTTTGTTACTT-AATTGAACGCGGGCATTT-GAATGAAACGTTATTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGAGGGGTTACGGTGCCGGAGTACACGCTCATCAGACACCA Sordaria_fimicola ????????????????????????????????????????????????????????????????ACCAACAGGGATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCCGCAACAGCTCAAATTTGAGATCTGGCT---TC--------GGCCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGAAAC-TTTCGGTGAGGCACCTT-CTGA-GTCCCTTGGAACAGGGCGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTAT-AG-TCGGATGCC-GATCCAAT-GTAAAGTTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATAGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTGTGACCAGACTTGCGCCGTTCCGATCAT-CCGGTG--TTCT--CACCGGTGCACTCGGGGCGGCT-CAGGCCAGCATCGGTTTTGGTGGGGGGATAAAGGT-CCA-GGGAACGTAGCTCCT--CC--GGGAGT-GTTATAGCCCTGGGCGTAA-TGCCCTCGCTGG-GACCGAGGTT--CG-CGCATCT--GCAAGGATGCTGGCGTAAATGGTCATCAA-CGACCCGTCCTTGAAACACGGACCAAGGAG-TCAAGGTTTTGCGC---GAGTGTTTGGGTGTAAAACCC-GCA-CGCGTAA-TGAGAGTGAA-CGTAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTATTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCGTTAAGCCTTGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCTTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGAGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTACCGCCGAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Bunodophoron_australe 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Capnodium_citri 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Capronia_pilosella 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Cazia_flexiascus 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Ceramothyrium_linnaeae 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Ceratocystis_fimbriata 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Chaetomium_elatum 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Chaetosphaeria_curvispora 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Cladonia_sulphurina 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Coccodinium_bartschii 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Cochliobolus_sativus 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Colletotrichum_gloeosporiodes 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Coniochaeta_ligniaria 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Cordyceps_ophioglossoides 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Ctenomyces_serratus 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Dipodascus_aggregatus 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Discina_macrospora 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Dothidea_insculpta 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Emericella_nidulans 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Endomyces_sp AAACTGCGAATGGCTCA?TAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTTA--CTACTTGG-ATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC-TAAAAA-TCCCG-ACTGTTT-GGAAGGGATGTATTTATTAGATAAAAAACCAAT-G-CACTTC-GGTG--CTCTT-TGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCAAGGCTTCATGCTGGCGATGGTTCATTCAAAT-TTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC?CA?AATTACCCAATCCTGACACAGGG-AGGTAGTGACAATATATAAC--GATGC-AGGGCCCTTA-CGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAGAGCGTATA?TAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CTTTGGG-CTTGGCTGGCCGGTCCGTT-TTTT-AACGAGT-ACTGG-TTTTCAACCGA--G---CCTTT-CCTCCTGG-TTTCTGTGTAGTTGGGCTTGTCTCAGCTGCATATGATCCAGGAC-TATTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAACCAGGCG--TTTAGCTCGAATATATTAGCATGGAATAATGAAATAGGA-CGT-ATGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCATCGTAATG-ATTAATAGGGACGGT?GGGGGCATCAGTA?TCCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTT-CCC?AGGACGTTTTCATTAATCAA-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATC-AGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGTGTTGTTC-TTTTACTGACTCACTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCA-GGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAG-TTGGTGGAGTGATTTGTC-TGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTACTAAA-TAGTAC-TGTT-AGCGTT----TGCTGATATAG-TTACTT-CTTAGA-GGGACTATCGGTT-TCAAGCCGATGGAAG-TTTGAGGCAATAACAGGTCTGTG-ATGCCC----TTAGA-CGTTCTGGGCCGCACGC-GCGCTACACTGACGGAGCCAACGAGTATA---------------------TCCTTTG-CCGAGAGGTATGGGTAATCTTGTGAAACTCCGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTAGTACCG-ATTGAATGGCTTAGTGAGGC-CTCAGGAT-TGG-TTTAAAGGAGGAGGCAAC-TCCACCTTGGAACTGAGAATCTGGTCAAACT?GG-TCATTTA???????????? Eupenicillium_javanicum 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Eurotium_herbariorum 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Exophiala_dermatitidis 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Exophiala_jeanselmei 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Gibberella_pulicaris 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Glomerella_cingulata 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Glomerella_septospora 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Leotia_lubrica ????????????????????????AGT-A-CGTTTATTTGATAGTACC-TTA--CTACTTGG-ATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC-TAAAAA-CCCCG-ACTTC---GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAAT-G-CCCTTC-GGGG--CTCCT-TGGTGATTCATAATAACTAAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAAT-TTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC-GCAAATTACCCAATCCCGACACGGGG-AGGTAGTGACAATAAAT-AC-TGATAT-TGGGGTCTTT-AGGCTCTAATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CCTCGGG-CCTGGCTGGCCGGTCCGCC-TCACC-GCGTGC-ACTGG-TCCGGC-C-GG--G---CCTTT-CCTTCTGGGGACCC--GCATGCACTTCAGTGTGTGTGCT-GGGGA-CCAGGAC-TTTTACTT-GAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCC--TA-TGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATG-ATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTA-TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTT-GCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATC-AGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTA-TCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTTGCGAGAAATCAAAGTTTCTGGGTTCTGGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCA-GGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAAAAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAG-TTGGTGGAGTGATTTGTC-TGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAA-TAGCCA-GGCT-AGCTTT----GGCTGG-TCGC-CGGCTT-CTTAGA-GGGACTATCGGC--TCAAGCCGATGGAAG-TTTGAGGCAATAACAGGTCTGTG-ATGCCC----TTAGA-TGTTCTGGGCCGCACGC-GCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTTCA-------------------TCACCTTGG-CCGAAAGGCCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAGGCGCAAGTCATCAGCTTGTGCCGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCG-ATTGAATGGCTCAGTGAGGC-TT-CGGACCTGG-CC-AGGGAGGGCGGCAACAAT-AC????????????????????????????????????????????????? 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Leptosphaeria_maculans 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Lophiostoma_crenatum 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Madurella_mycetomatis 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Microdochium_nivale 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Microglossum_viride 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Morchella_elata AAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACC-TTA--CTACTTGG-ATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC-TAAAAA-CCCCG-ACTTCAC-GG-AGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAAT-G--CCTTC-GGG---CCTCC-TGGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAAT-TTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC-GCAAATTACCCAATCCCGACACGGGG-AGGTAGTGACAATAAAT-AC-TGATAC-AGGGCTCTTT-TGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CCTTGGG-CCTGGCTGGTCGGTCCTCC-TCACC-GAGTGC-ACTGA-TCCGGC-C-GG--A---CCTTT-CCTTCTGGCTAGCC--GCATGCCCTTCACTGGGTGTGTC-GGGGAACCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCA--TT-TGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATG-ATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTA-TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTT-GCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATC-AGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGTGGATGCTT-ACTAGATGGCTCCATCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCA-GGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACATTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCATGTGGGTGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAG-TTGGTGGAGTGATTTGTC-TGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAA-TAGCCC-GGCG-CGCTTT----TGCGCG-TCGC-TGGCTT-CTTAGA-GGGACTATCGGC--TCAAGCCGATGGAAG-TTTGAGGCAATAACAGGTCTGTG-ATGCCC----TTAGA-TGTTCTGGGCCGCACGC-GCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTACA-------------------TCACCTTAA-CCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCG-ATTGAATGGGTCAGTGAGG--CTTCGGAC-GGG-CAGGTGGAGATCGGAAACGATCACCGC-CAGCCTGAAAGTTGGTCAAA????????????????????????? Mycosphaerella_mycopappi 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Nadsoniella_nigra 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Peltigera_neopolydactyla 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Pestalosphaeria_hansenii 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Petriella_setifera 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Peziza_badia 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Phaeoannellomyces_elegans 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Phaeococcomyces_exophialae 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Phaeosphaeria_nodorum 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Phyllachora_graminis 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Plectosphaerella_cucumerina 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Pneumocystis_carinii 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Protomyces_inouyei 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Pseudallescheria_boydii 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Pulvinula_archeri 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Renispora_flavissima AAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACC-TTA--CTACATGG-ATA-CCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC-TAAAAA-CCTCG-ACTTC---GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAAT-G-CCCTTC-GGGG--CTTCC-TGGTGATTCATAATAACTTGTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAAT-TTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC-GCAAATTACCCAATCCCAACACGGGG-AGGTAGTGACAATAAAT-AC-TGATAC-AGGGCTCTTT-CGGGTCTTGTAATTGGAATGAGAACAATTTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CCTTGGG-TCTGGCTGGCCGGTCCGCT-TCGCG-GCGTGC-ACTGG-TCCGGC-C-GG--A---CCTTT-CCTTCTGGGGAATC--CCATGGCCTTCACTGGCCGTGG--GGGGAACCAGGAC-TTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCC--TT-TGCTCGGATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATG-ATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTA-TTCGGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTC-GCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATC-AGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGGCAAC-TTATAATAACCCGTTCGGCACCTTGCGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCA-GGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACAAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTTTGGATGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAG-TTGGTGGAGTGATTTGTC-TGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAA-TAGCCC-GGCC-GACGTT----TGTCGG-CCGC-TGGCTT-CTTAGA-GGGACTATCGGCT-TCAAGCCGATGGAAG-TTTGAGGCAATAACAGGTCTGTG-ATGCCC----TTAGA-TGTTCTGGGCCGCACGC-GCGCTACACTGACAGGGCCAGCGAGTACA-------------------TCACCTTGG-CCGAGAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACCCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAGGTACAAGTCATCAGCTTGTGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCG-ATTGAATGGCTCAGTGAGGC-CTTCGGAC-TGG-CTCAGGGAGGTTGGCAACGACCACCCA-GAGCCGGAAAGTTGGTCAAACTTGG-TCATTTAGAGGAAG????? Rhytidhysteron_rufulum AAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACC-TTA--CTACTTGG-ATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC-TAAAAA-CCCCA-ACTTC---GGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAAC-G-CCCTTC-GGGG--CTCCT-TGGTGAATCATAATAACTTAACGGATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGACGGTTCATTCAAAT-TTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAGGGTATTGGCCTACAATGGTATCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC-GCAAATTACCCAATCCCGACACGGGG-AGGTAGTGACAATAAAT-AC-TGATAC-AGGGCTCTTT-TGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CCTTGGG-CCTGGCTGGCCGGTCCGCC-TCACC-GCGTGC-ACTGG-TCCGGC-C-GG--G---CCTTT-CCTTCTGGAGAGCC--GCATGCCCTTCACTGGGTGTGTC-GGGGAACCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCC--TT-TGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATG-ATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTA-TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTT-GCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATC-AGATACCGTCGTAGTCTTAACCGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTA-TTATTTTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCA-GGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGATGAAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTTCAGGTGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAG-TTGGTGGAGTGATTTGTC-TGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAA-TAGCCA-GGCT-AGCTTT----GGCTGG-TCGC-CGGCTT-CTTAGA-GGGACTATCGGC--TCAAGCCGATGGAAG-TTTGAG-CAATAACAGGTCTGTG-ATGCCC----TTAGA-TGTTCTGGGCCGCACGC-GCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTTCA-------------------TCACCTTGG-CCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCATGTCATCAGCATGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCG-ATTGAATGGCTTA???????-????????-????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Saccharomyces_cerevisiae 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Sarcinomyces_phaeomuriformis 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Scutellinia_scutellata AAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACC-TTA--CTACTTGG-ATAACC-GTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC-TAAAAG-TCCCG-ACCTCT--GGAAGGGACGTATTTATTAGATAAAAAACCAAT-G--CCTTC-GGG---CTCCT-TGGTGATTCATGATAACTTTACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAAT-TTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGC-GCAAATTACCCAATCCCGACACGGGG-AGGTAGTGACAATAAAT-AC-TGATAC-AGGGCCCTTT-CGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCATTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT-GCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAA-CCTTGGG-TTTGGACGACCGGTCCGCC-TCACC-GCGTGC-ACTGG-G-AATC-C-GG--A---GGTTT-CCTTCTGGCAAACC--TCATGCCCTTTACTGGGTGTGTT-GGGGAACCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCA--TT-TGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGA-CGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATG-ATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCCGTA-TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTT-GCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTGAGGGATCGAAGACGATC-AGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTT--TATTCTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGG-AGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGC-ACC-ACCA-GGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACATTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCATGTGGGTGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAG-TTGGTGGAGTGATTTGTC-TGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAA-TAGCCA-GGCC-CGCTTT----GGCGGG-TCGC-CGGCTT-CTTAGA-GGGACTATCGGATTTCAAGTCGATGGAAG-TTTGAGGCAATAACAGGTCTGTG-ATGCCC----TTAGA-TGTTCTGGGCCGCACGC-GCGCTACACTGACAGAGCCAACGAGTATA-------------------TTCCCTTGG-CCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCG-ATTGAATGGCTTAGTGAGGC-TTCCGGAC-C??-????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Stereocaulon_ramulosum 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Talaromyces_emersonii 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Taphrina_wiesneri 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Thelebolus_stercoreus 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Tuber_magnatum 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Urnula_hiemalis 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Verticillium_dahliae 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Conioscyphascus_varius 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Daldinia_concentrica 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Glomerella_cingulata ???????????????????????????????????????????????????CGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-ATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCC---CTA-------GGCCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATGC-TTTG-GGTGCGGTG----CCTT-CCAA-GT-TCCCTAGAACGGG-ACGCC-------------AGAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC--AG-TTGGACACCAAGCCTTT----GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAA-TGGGAGGTATATTTCTTCTAAAGCTAAATACCGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAGCGCTTGTGACCAGACTTGCGTCCGGTGAATCAC-CCAGCT-CTC-GC--GGCTGGGGCACTTCGCC-GGCT-CAGGCCAGCATCAGCTCGCTGTCGGGGACAAAAGC-TTC-AGGAACGTAGCTCTCT-TC-GGGGA-GTGTTATAGCCTGTTGCACAA-TACCCTTCGGCGGG-CTGAGGTA--CG-CGCTCC---GCAAGGATGCTGGCATAATGGTCATCA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCAACCTTATGTGC---GAGTGTTCGGGTGTCAAACCCCTACGCGTAATGAAAGTGAACGCAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTTCTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATATAGGGTTG-GACCCGAAAGAAG-GTGAACTATGCGTGTATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATATGCGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTTCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGAAC---TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Hypocrea_schweinitzii 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Hypomyces_subiculosus 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Lanatonectria_flavolanata 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Microascus_trigonosporus 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Petriella_setifera ??????????????????????????CGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-ATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTGC-CTGT----GCAGTCCGAGTTGTAATTTGAAGAGGATGC-TTTT-GGCAAGGTG----CCTT-CCGA-GT-TCCCTGGAATGGG-ACGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTAT--GG-TCGGTCGCCGAGCCTCT----GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAACCCCTTCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGA-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGACTTGTGCTCGTCGAATCAG-CCGTCG-CTC-GT--CGGCGGCGCATTTCGGCGGGCT-CAGGCCAGCATCAGTTCGCTGTGGGGGA-GAAAGG-CGGTAGGAATGTGGCTCC---TC---GGA-GTGTTATAGCCTACCGTATAA-TACCCCTCGGCGG-ACTGAGGAC--CG-CGCATCT---CAAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTCA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGTCCTAATATGC---GAGTGTTCGGGTGTCAAACCCCTACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTTCTC--GGATGGATTTGAGTATGAGCATATTGGGCCG-GACCCGAAAGAAG-GTGAACTATGCCTGTATAGGGTAAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATATGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTTCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGAATT-CTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTATTAAGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCC-TTGTTACTT-AATTGAACGTGGGCATTC-GAATGTATCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGATCGCGAGGATAAGGTGCCGGAGTGGACGCTCATCAGACACCA Petriella_sordida ??????????????????????????CGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-ATTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTGC-CTGT----GCAGTCCGAGTTGTAATTTGAAGAGGATGC-TTTT-GGCAAGGTG----CCTT-CCGA-GT-TCCCTGGAATGGG-ACGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTAT--GG-TCGGTCGCCGAGCCTCT----GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCAAAATGGGAGGTAAACCCCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGA-GTTAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGACTTGTGCTCGTCGAATCAG-CCGTCG-CTC-GT--CGGCGGCGCATTTCGGCGGGCT-CAGGCCAGCATCAGTTCGCTGCAGGGGGAGAAAGG-CGGTAGGAATGTGGCTCT---TC---GGA-GTGTTATAGCCTACCGTATAA-TACCCCTCGGTGG-ACTGAGGAC--CG-CGCATCT---CAAGGATGCTGGCGTAATGGTTGTCA-GCGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGTCCTAATATGC---GAGTGTTCGGGTGTAAAACCCCTACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCATCGACCGATCCTGATGTTCTC--GGATGGATTTGAGTATGAGCATATTGGGCCG-GACCCGAAAGAAG-GTGAACTATGCCTGTATAGGGTAAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATATGGGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAACCTTCTAGTAGCTGGTTTCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGAATT-CTCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGGCGCTATTAAGCCTTCATCCATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCC-TTGTTACTT-AATTGAACGTGGGCATTC-GAATGTATCAACACTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGATCGCGGGGATAAGGTGCCGGAGTGGACGCTCATCAGACACCA Plectosphaerella_cucumerina ??????????????????????????????????????????????????CCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-TTTGCCTCAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCACCAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCC-TTC-----GGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGC-GTCGGGTACGGGTC----CCTA-CCGA-GT-TCCCTGGAACGGG-ACGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTCT--GG-TAGGATACCCAGCCCAT----GTGACGCTCCCTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAACGGGAGGTATACTCCTTCCAAAGCTAAATACCGGCTGGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGA-GTCAAACAGCACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAGCACTCGCTACCAGACTTGGGTTTGGAGGTTCAA-CCGGGG--CC-AC--GCCCCGGGGATTCCGCC-AGCT-CAGGCCAGCATCAGCTTTCCGTCGGGGGCAAAGAC-GTC-GGGAATGTGGCTCCCCCTCGGGGGA-GTGTTATAGCCCGGTGTGTCA-TACCCTTCGGGGGG-CTGAGGTA--CG-CGCTTCT--GCAAGGATGCTGGCGTAATGGTAGCTA-GTGACCCGTC-TTGATACACGGACCAAGGAG-TCAACCTTATGTGC---GAGTGCCCGGGCGTAAAACCCCAGCGCGGAATGAAAGTGAACGTAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCACCGACCGATCCTGATGTCCTC--GGACGGATTTGAGTGAGAGCATATAGGGTTG-GACCCGAAAGAAG-ATGAACTATGCGTGTGTAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACATGCGCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAATCTTCTGGTAGCTGGTTTCCGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTGTTGATCC---CAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGGGACTCGGGGG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pleospora_herbarum ?????????????????????????????????????????????????????????????GAAACCAACAGG-G-ATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCT-TTT-----AGGGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGTGC-TTTGGCTTTGGCAG----CGGT-CCAA-GT-TCCTTGGAACAGG-ACGTC-------------ACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGTCGCTAGCTATCGCC-GT----GTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGA-GTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCTTTCAGTTGCTCAT-CCGGGC--TT-TT--GCCCGGTGCACTCTTCTGTAGG-CAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTGGGATAAAGGC-TTT-TGGAATGTGGCTCTCT-TC-GGGGAGGCCTT-TAGGGGAAGGTGTAA-TACCACCAGCTGGGACTGAGGTC--CG-CGCTTCT--GCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGTCAAGCGGCCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCTAACATCTATGC---GAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCC-GCAA----GGGTGCACCATCGACCGATCCTGATGTTTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGG-GACCCGAAAGATG-GTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTT-CTGC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Setosphaeria_monoceras ???????????????????????????????AACTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-ATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCT-TTC-----AGAGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGGCGC-TTTGGCTTTGGCAG----CGGT-CCAA-GT-TCCTTGGAACAGG-ACGTC-------------ACAGAGGGTGAGAATCCCGTACGTGGTCGCTAGCTATTGCC-GT----GTAAAGCCCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGA-GTCAAACAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAGCCAGACTTGCTTGCAGTTGCTCAT-CCGGGC--TT-TT--GCCCGGTGCACTCTTCTGCAGG-CAGGCCAGCATCAGTTTGGGCGGTGGGATAAAGGT-CTC-TGTCATGTACCTCTCT-TC-GGGGAGGCCTTATAGGGGA-GGCGACA-TACCACCAGCCTAGACTGAGGTC--CG-CGCATCT--GCTAGGATGCTGGCGTAATGGCTGT-AAGCGGCCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCTAACATCTATGC---GAGTGTTTGGGTGTCAAGCCCGAGCGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGAACCC-GCAA----GGGTGCACCATCGACCGATCCTGAAGTTTAC--GGAAGGATTTGAGTAAGAGCATGGCTGTTGG-GACCCGAAAGATG-GTGAACTATGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGCATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACTATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGTAACGTAT---TCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCATGGGGGTTGAAACA--CCTTCACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGAAGCCCTTTGTTACTT-AATTGAACGCGGGCATTT-GAATGAAACGTTATTAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGAACGAGGGGTTACGGTGCCGGAGTACACGCTCATCAGACACCA Verticillium_dahliae ???????????????CTGCTGGTAAAGGTCATTACGTATTACTTTACTTACCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-ATTGCCTTAGTAACGGCGAGTGAAGCGGCAACAGCTCAAATTTGAAATCTGGCTCC-TTC-----GGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATGC-TTCGAGTTATGGTT----CCTTC-CGA-GT-TCCCTGGAACGGG-ACGCC-------------ATAGAGGGTGAGAGCCCCGTCT--GG-TAGGAAACCATGCTCAT----GTGAAGCTCCCTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTATACTCCTTCCAAGGCTAAATACCGGTTAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGA-GTCAAACAGCACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAGCGCTCGCTACCAGACGTGGGTTCGGTGGTTCAA-CCAGGT--CC-AT-GACCTGGGGCACTCCGCC-GGC-CCAGGCCAGCATCAG-TTTCCGTCGGGGGCAAAGGC-GTC-GGGAATGTGGCTCTCCTTCGGGGGA-GTGTTATAGCCCGTCGCGTCA-TACCCTTCGGGGGG-CTGAGGTA--CG-CGCTCC---GCAAGGATGCTGGCGTAATGGTAGCTA-GTGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCAACCTTATGTGC---GAGTGCCCGGGCGTAAAACCCCAGCGCGGAATGAAAGTGAACGTAGGTGAGAGC---TTC------GGCGCATCACCGACCGATCCTGATGTCCTC--GGACGGATTTGAGTGAGAGCATATAGGGTTG-GACCCGAAAGAAG-ATGAACTATGCGTGTGTAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACATG-GCATGGGGGCGAAAGACTAATCGAATCTTCTGGTAGC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Xylaria_hypoxylon ??????????????????????????????????????????ATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACAGG-G-ATTGCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGCG-CAACAGCTCAAATTTG?TATCTGGCCT--TCG-------GGTCCGAGTTGTAATTTGCAGAGGATG?-TTTG-TGCGCGGTG----CCTT-CCGA-GT-TCCCTGGAACGGG-ACGCC-------------TTAGAGGGTGAGAGCCCCGTAC--GG-TTGGACACCAAGCCTCT----GTAAAGCTCCTTCGACGAGTCGAGTAGTTTGGGAATGCTGCTCTAAATGGGAGGTAAATTTCTTCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAGG-GTTAAATAGCACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGTTTACGACCAGACCTTTTC?CAGCGGATCAT-CCGGTG--TT-CT--CACCGGTGCACTTCGCTGGGTT-GAGGCCAGCATCGGTTTCCGCAGGGGGATAAAAGC-CTG-GGGAACGTAGCTCCC--TC--GGGA-GTGTTATAGCCCCTCGCATAA-TACC-TTGCGGGG-ACCGAGGAC--CG-CGCTTC--GGCAAGGATGCTGGCGTAATGGTCGTCAA-CGACCCGTC-TTGAAACACGGACCAAGGAG-TCGAACATTTGTGC---GAGTATTCGGGTGTCAAACCCTTATGCGCAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAGCC--TCAC----GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTC--GGATGGATTTGAGTAAGAGCATAACTGTTCG-GACCCGAAAGATG-GTGAACTATGCGTGGATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATCTGCGCATGGGGGAGAAAGACTTATCGAACCATCTAGTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 28S_RNA) = N: 1-1270; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 28S_RNA) = N: 1-1270; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7125; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Xylaria_hypoxylon, 2 Verticillium_dahliae, 3 Setosphaeria_monoceras, 4 Pleospora_herbarum, 5 Plectosphaerella_cucumerina, 6 Petriella_sordida, 7 Petriella_setifera, 8 Microascus_trigonosporus, 9 Lanatonectria_flavolanata, 10 Hypomyces_subiculosus, 11 Hypocrea_schweinitzii, 12 Graphostroma_platystoma, 13 Glomerella_phacidiomorpha, 14 Glomerella_cingulata, 15 Dothidea_sambuci, 16 Diatrype_disciformis, 17 Daldinia_concentrica, 18 Conioscyphascus_varius, 19 Conioscypha_lignicola, 20 Conioscypha_japonica, 21 Colletotrichum_nymphaeae, 22 Colletotrichum_gloeosporioides, 23 Codinaea_simplex, 24 Chaetosphaeria_innumera, 25 Carpoligna_pleurothecii, 26 Cainia_graminis, 27 Ascotaiwania_sawadae, 28 Ascotaiwania_persoonii, 29 Ascotaiwania_mitriformis, 30 Ascotaiwania_hughesii; TREE Fig._2 = [&R] (3,(4,(15,(((1,(12,(16,17))),26),((((8,(6,7)),((11,10),9)),((5,2),((21,13),(14,22)))),((23,24),((((((20,19),18),25),(27,29)),30),28))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7123; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Gymnoascoideus_petalosporus, 2 Graphostroma_platystoma, 3 Graphium_penicillioides, 4 Gnomoniella_fraxini, 5 Gnomonia_setacea, 6 Glomerella_septospora, 7 Glomerella_cingulata, 8 Gibberella_pulicaris, 9 Exophiala_jeanselmei, 10 Exophiala_dermatitidis, 11 Eurotium_herbariorum, 12 Eupenicillium_javanicum, 13 Endomyces_sp, 14 Emericella_nidulans, 15 Dothidea_insculpta, 16 Discina_macrospora, 17 Dipodascus_aggregatus, 18 Diatrype_disciformis, 19 Cudonia_confusa, 20 Ctenomyces_serratus, 21 Cordyceps_ophioglossoides, 22 Conioscyphascus_varius, 23 Coniochaeta_ligniaria, 24 Colletotrichum_gloeosporiodes, 25 Cochliobolus_sativus, 26 Coccodinium_bartschii, 27 Cladonia_sulphurina, 28 Chaetosphaeria_curvispora, 29 Zygosaccharomyces_bailii, 30 Xylaria_carpophila, 31 Volutella_colletotrichoides, 32 Verticillium_dahliae, 33 Urnula_hiemalis, 34 Tuber_magnatum, 35 Thelebolus_stercoreus, 36 Taphrina_wiesneri, 37 Talaromyces_emersonii, 38 Stereocaulon_ramulosum, 39 Phyllachora_graminis, 40 Phaeosphaeria_nodorum, 41 Phaeococcomyces_exophialae, 42 Phaeoannellomyces_elegans, 43 Chaetopsina_fulva, 44 Chaetomium_elatum, 45 Ceratocystis_fimbriata, 46 Ceramothyrium_linnaeae, 47 Cazia_flexiascus, 48 Capronia_pilosella, 49 Capronia_mansonii, 50 Capnodium_citri, 51 Capnobotryella_renispora, 52 Candida_tropicalis, 53 Camarops_microspora, 54 Byssochlamys_nivea, 55 Sphaerodothis_acrocomiae, 56 Spathularia_flavida, 57 Sordaria_fimicola, 58 Solorina_crocea, 59 Setosphaeria_rostrata, 60 Scutellinia_scutellata, 61 Sclerotinia_sclerotiorum, 62 Schizosaccharomyces_pombe, 63 Sarcosoma_globosum, 64 Sarcoscypha_austriaca, 65 Sarcinomyces_phaeomuriformis, 66 Saccharomyces_cerevisiae, 67 Rhytidhysteron_rufulum, 68 Renispora_flavissima, 69 Pulvinula_archeri, 70 Pseudallescheria_boydii, 71 Protomyces_inouyei, 72 Pneumocystis_carinii, 73 Pleospora_betae, 74 Plectosphaerella_cucumerina, 75 Bunodophoron_australe, 76 Boudiera_acanthospora, 77 Botryosphaeria_ribis, 78 Arthroderma_incurvatum, 79 Arthrinium_phaeospermum, 80 Apiospora_sinensis, 81 Peziza_badia, 82 Petriella_setifera, 83 Pestalosphaeria_hansenii, 84 Peltigera_neopolydactyla, 85 Parmelia_saxatilis, 86 Onygena_equina, 87 Nectria_pseudotrichia, 88 Nadsoniella_nigra, 89 Mycosphaerella_mycopappi, 90 Morchella_elata, 91 Microglossum_viride, 92 Microdochium_nivale, 93 Microascus_cirrosus, 94 Melanomma_sanguinarium, 95 Madurella_mycetomatis, 96 Lophiostoma_crenatum, 97 Leptosphaeria_maculans, 98 Leotia_viscosa, 99 Leotia_lubrica, 100 Lecanora_intumescens, 101 Lasiosphaeria_ovina, 102 Kluyveromyces_polysporus, 103 Kionochaeta_ramifera, 104 Hypoxylon_fragiforme, 105 Hyponectria_buxi, 106 Hypocrea_lutea, 107 Gyromitra_esculenta, 108 Gymnoascus_reessii; TREE Fig._3 = [&R] (25,(59,(73,(94,(96,(67,(((((((101,(95,44)),57)Sordariales,((39,(28,103)Chaetosphaeriales),53)),23),(5,4)),(((((30,104),92),(105,(2,83))),(80,79)),18)Xylariales),((((8,((43,106),(21,55))),87)Hypocreales,(((93,(82,70)),45),3)Microascales),(((24,7),6)Glomerellaceae,((74,(32,31)),22)))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7124; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Lanatonectria_flavolanata, 2 Hypomyces_subiculosus, 3 Hypocrea_schweinitzii, 4 Graphostroma_platystoma, 5 Gnomonia_gnomon, 6 Glomerella_phacidiomorpha, 7 Glomerella_cingulata, 8 Gaeumannomyces_graminis, 9 Dothidea_sambuci, 10 Diatrype_disciformis, 11 Diaporthe_pustulata, 12 Diaporthe_padi, 13 Daldinia_concentrica, 14 Cryptosporella_hypodermia, 15 Cryptodiaporthe_aesculi, 16 Conioscyphascus_varius, 17 Conioscypha_lignicola, 18 Conioscypha_japonica, 19 Colletotrichum_nymphaeae, 20 Colletotrichum_gloeosporioides, 21 Codinaea_simplex, 22 Chaetosphaeria_innumera, 23 Chaetomium_globosum, 24 Cercophora_newfieldiana, 25 Carpoligna_pleurothecii, 26 Cainia_graminis, 27 Ascotaiwania_sawadae, 28 Ascotaiwania_mitriformis, 29 Apiognomonia_errabunda, 30 Amphisphaeria_umbrina, 31 Xylaria_hypoxylon, 32 Verticillium_dahliae, 33 Valsa_ambiens, 34 Sordaria_fimicola, 35 Setosphaeria_monoceras, 36 Pleospora_herbarum, 37 Plectosphaerella_cucumerina, 38 Phragmoporthe_conformis, 39 Petriella_sordida, 40 Petriella_setifera, 41 Oxydothis_frondicola, 42 Ophiostoma_piliferum, 43 Ophiostoma_africanum, 44 Neurospora_crassa, 45 Microascus_trigonosporus, 46 Melanconis_stilbostoma, 47 Magnaporthe_grisea, 48 Leucostoma_niveum, 49 Lepteutypa_cupresii, 50 Lasiosphaeria_ovina; TREE Fig._1 = [&R] (35,(36,(9,(((((((((21,22),24),50),(23,(44,34))),(((12,11),((33,48),((((15,(29,5)),38),14),46))),(((((31,4),(10,13)),26),(30,49)),41))),(47,8)),(42,43)),(((39,40),45),(((3,2),1),(((6,19),(7,20)),(37,32))))),((28,27),(((18,17),16),25)))))); END;