#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 26, 2021; 20:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Levin R., Watson K., & Bohs L. 2004. A four gene study of evolutionary relationships in Solanum section Acanthophora. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1276] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Solanum_abutiloides Solanum_acerifolium Solanum_aculeatissimum Solanum_agrarium Solanum_atropurpureum Solanum_aviculare Solanum_candidum Solanum_capsicoides Solanum_incarceratum Solanum_jamaicense Solanum_luteoalbum Solanum_mammosum Solanum_melongena Solanum_myriacanthum Solanum_palinacanthum Solanum_platense Solanum_pseudocapsicum Solanum_pseudolulo Solanum_quitoense Solanum_robustum Solanum_sisymbriifolium Solanum_stagnale Solanum_stenandrum Solanum_stramonifolium Solanum_tenuispinum Solanum_torvum Solanum_vaillantii Solanum_viarum Solanum_wendlandii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2710] TITLE All_four_regions_combined; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=5724; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Solanum_acerifolium 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Solanum_aculeatissimum TAACCTCTGAGCTAAGCGGGCCCACATCACAGAAATCTTAATATGC-------------------ATAGTAATTGACTAAACTACTGGAATTGGAATCTTAGTTATTAA--CTAGTCAATATTCTATTTGAATATTCTAGAGCATAAGGATTAATATAGCG-------ATCTAGAATTTCGATTTATCACAATTCTAATACTAATATTATTTCGAATACTAATATTATTAAATATTATTAATATAGTGATTGTAAATATTATTAATATAGTGATTGTAAATATTGTTAATATTCTTT-C-----TTTT-ATTTTCAATT-----------TGAATTGAATGGTAAATATTCTTTTTCATTTCTTTTTTT-GGCAT-TTGAAATACTTTTT------ATTACAGTTCTATATTTGATTCTATATTATATA--------TCTCTCTCATTCTATATTTA-----------------------------------------------------------------TTTCAAATTCTAATTGTTTAATGG------AATGGTTAGTTATAACTAATGAGACATTCCTCCCCTTTCAGGCGAAAGT-----GAAAAAA----CAAGAATCGATCGTTCAAGTATTCCAAATTGAATGGCAAAATGACAGGAAGCGAGACATATAGATCGGGTATATATCCATCTATATTGAATTGCGGATTCCGAAATGATAAAATCATTTTTGATTGGACAAAA--------------------------------AAAGGGTCTCCTATAGAAGATAGTTAAGAAAATAAAAGAGGAGAAAACACGTTTTCGAGATAGGAATCGGTATCTAATGAATTCAATGGTTCCAGTATAAATGAAAGAAAAAGAAAAA--GGAATGACATCCCAACGAGATCCTAATCTCAAAACAAAAAGAAAGGGG-ATATGGCGAAATTGGTAGACGCTACGGACTTAATTGGATTGAGCCTTGGTATGGAAACTTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAACAAAAATGGGTAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTCAGAAAACAAACAAAGGTTCAGAAAAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATTCTAAC-----AAATGGAGTTAAATGCGTTGGTAGAGGACTC--TTTACATCGAAACTTCAGAAAGAAAAAGAATGAAGT-GGAGGATAAACGTATATACATACGTATTGAATACTATATCAAATGATTAATGACGACCCGACTCCGTAGTTTTTCTATCAAAAATAGAAGAATTGGTGTGAATCCATTCTACATTGAAGAAAGAATCAAATATTCATTGATCAAATCATTCACTCCATAGTCTGATAGATCTTTTGAAGAACTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCGTTCTACATGTCAATACCGGCAAGAATGAAATTTATAGTAAAAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGACTATTTAACTCCCCAACTATTT-ATCCGACCCCCTTTCCTTAACGGTTCCAAATTCCTTATCTTTCTCATTCACTCTATTCTTTTATAAATTATAAATCTATTCTTTTATAAA-------TGGATTTTTTTT-CTAAGCGTAAATGGCTTTCTCTTATCACAAGCCTTTTGTTTTGATATCTATGATACACATAGAAATGAAC-----------------------------ATCTTTGAGCAAGGAATCCCTAGTTGAATGATTCCCGATCAATACAATATCATTACTCATACTGAAACTTACAAAGTCATCTTTTTGAA-----GATCGAAGAAATTCCCCGGCTTTGAAAAAATTTTTG-AATTGATTT----------ACTTGACATAGACCC-AGTTCTATGATA-------------------------------------AAATAAAATGAGGATACCACCCTTGACATAGACCCAGTTCTATATGATT------TATGATATAAGAATAAGAAAATAAGGATACCACCCAAAGGACTCGAAATCCTCATGTTAACGGTTCCAATTTCCAATCCAGATTGTTAGGATA-------GAGGACTGAAAATTCTC---------GTTCCAATCTAATCTGGGTTGG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAATCGCCGGGATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGCTTGGGATACCAGTGTTGCCGTTGAGGTACTCCTATCTTAATTGCATATGATACTATATAT---CTCTT---------GATTCAAGCACATGATCCCTACTTTATCTGCAGGTCAAAGTTGGAGACAGCATTGAAATTGTTCGTTTCTTTCACTGCTATAAACGTGGGGTTGATCGTGTTTTTGTTGACCACCCAATGTTCTTGGAGAAAGTAAGCATATTCTGATCCCTTAGAGAGGTCCTGAGGG-ATACTACAATGTGAATGTGCAGAACACACCATTTTTTAATTCCTTTTTT-GACTCTGCTGGTGCTTTTATCCTTT-AAGGTTTGGGGCAAAACTGGTTCAAAAATCTATGGCCCCAAAGCTGGACAAGATTATTTGGACAATGAACTTAGGTTCAGCTTGTTGTGTCAAGTAAGTTACTTGTTGTACTGTT-GTCTCGACTTAATGTGGCATTTTACCTTTGTCTTTAATACTTTGTTT-AACCTTGTTTTCTTTGTCACTCTCAGGCAGCCCTAGAGGCACCCAGAGTTCTGAATTTGAACTGCAGCAAATACTTCTCAGGACCATATGGTAGCACATCCCAGTTTCAGAAA-TCTCCTTAGCAATCATAGTATATCCTTGTAGGTAATCATCTTTATTTTGCCTATTT-CTGCAGGAGAAGATGTTCTCTTCATTGCCAATGATTGGCACACAGCTCTCATTCCCTGCTACTTGAAGTCAATGTACCAGTCAAGAGGAATCTATTTGAATGCCAAGGTAAAATATCTTTGTATTCACTTGATTGCACTTTACCCTGTAAATCAACAAGGTTGTACTAATGTATGATAAATTTAACATTGCCTCCAGGTCGCTTTCTGCATCCATAACATTGCCTACCAAGGCCGATTTGCTTTCTCTGACTTCCCTCTTCTCAATCTTCCTGATGAATTCAGGGGTT-CTTTTGATTTCATTGATGGGTATGAA-TTTAATGCTTGAAATCAGACCACCAACTTTAAAAGCTCTTTTGATGCTAGTAAATTGAGTTTTTAATATTTTGCAGACATGAAAAGCCTGTGAAAGGTAGGAAAATCAACTGGATGAAGGCTGGGATATTAGAATCAGATAGGGTGGTTACGGTGAGCCCATACTATGCCCAAGAACTTGTATCAGCTGTTGACAAGGGTGTTGAATTGGATAATGTCCTTCGTAAGACTAGCATAACTGGGATTGTGAATGGCATGGATACACAAGAGTGGAACCCAGCAACCGACAAATACACAGATGTCAAATATGATATAACCACTGTAAGAAAAGATTTTTCTGACCTCGACATATACTAAAATATTTTGTATGTTTATGAAATTAAAGAGTTCTTCCTAATCAAAATCTC-----AGGTCATGGATGCAAAGCCTTTACTAAAGGAGGCTCTTCAAGCAGCAGTTGGCTTGCCTGTTGATAGGAAGATCCCTTTGATTGGCTTCATCGGCAGACTTGAGGAGCAGAAAGGTTCAGATATTCTTGTTGCTGCAATTCACAAATTCATCGGATTGGATGTTCAAATAGTAGTCCTTGTAAGTACCAAGTGGATTCATGGTATCTTTCTTGTTATGTTCACTCGAACAAAAATTGAAATTGACCTGCAACTCATCCTATGCATCAGGGAACTGGAAAAAAGAAGTTCGAGCAGGAGATTGAACAGCTCGAGGTGTTGTACTCTAACAAAGCTAAAGGAGTAGCAAAATTCAATGTCCCTTTGGCTCACATGATCACTGCTGGTGCTGATTTTATGTTGGTTCCAAGCAGATTTGAACCCTGTGGACTCATTCAGTTACATGCTAGGATCATTGTCGAAACCTGCAGAGCAGAACGACCCGCGAACACGTTCAA-AC-ACTGGG--GGGG-CCGCGCG----GCG-GGGGCGCTTCGGCGC-TGCCCCGCGCGTCTCCCC------TA-CGCCCCC-GAT---GCGTGCCTCTGCGCTCG-TTCTT--GGGGG-CCAAAA-CGAACCCCGGCGCGGAAAGCGCCAAGGAATACTAAA-TTGAGAGCCCTCCCC-CCGCGCCCCGTCCGCGGAGCGTGCGGG-TGGATGTGTGCTTCTTTCT-GAACC-AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCGCGTCGCCCCTT-GCACGCCGCACGGCGTCGCGGGGGCGGATACTGGTCTCCCGTGAGCCTCGAGCCCGCGGCTGGCCTAAATGCGAGTCCACGTCGACGGACGTCGCGGCATGTGGTGGTTGTAACTCAA----CTCTC-TTGGTGCCGCGGCCACAGCCCGTCGCGCGTGCGGACTCCCCGACCCT-CCCAGCGCTCAGGCGCTCCGACCGCGACCCCAGGTCATCAGCCATCTCTCCCAATTGAAAAAGATAATTACTACATGAGATAACACATAAGATAAAGGAAAGAATCTTGCT----CTCTTTTCGTCTTTCTA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Solanum_agrarium 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Solanum_atropurpureum 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Solanum_aviculare 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Solanum_candidum 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Solanum_capsicoides 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Solanum_incarceratum 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Solanum_jamaicense 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Solanum_luteoalbum 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Solanum_mammosum 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Solanum_melongena 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Solanum_myriacanthum 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Solanum_palinacanthum 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Solanum_platense 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Solanum_pseudocapsicum 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Solanum_pseudolulo 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Solanum_quitoense 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Solanum_robustum 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Solanum_sisymbriifolium 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Solanum_stagnale 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Solanum_stenandrum 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Solanum_stramonifolium 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Solanum_tenuispinum 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Solanum_torvum 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Solanum_vaillantii 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Solanum_viarum 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Solanum_wendlandii 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = All_four_regions_combined) = N: 1-5724; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = All_four_regions_combined) = N: 1-5724; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7141; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Solanum_wendlandii, 2 Solanum_viarum, 3 Solanum_vaillantii, 4 Solanum_torvum, 5 Solanum_tenuispinum, 6 Solanum_stramonifolium, 7 Solanum_stenandrum, 8 Solanum_stagnale, 9 Solanum_sisymbriifolium, 10 Solanum_robustum, 11 Solanum_quitoense, 12 Solanum_pseudolulo, 13 Solanum_pseudocapsicum, 14 Solanum_platense, 15 Solanum_palinacanthum, 16 Solanum_myriacanthum, 17 Solanum_melongena, 18 Solanum_mammosum, 19 Solanum_luteoalbum, 20 Solanum_jamaicense, 21 Solanum_incarceratum, 22 Solanum_capsicoides, 23 Solanum_candidum, 24 Solanum_aviculare, 25 Solanum_atropurpureum, 26 Solanum_agrarium, 27 Solanum_aculeatissimum, 28 Solanum_acerifolium, 29 Solanum_abutiloides; TREE Fig._4 = [&R] ((((((((((28,(25,5)),22),((16,27,2),21)),14),(15,18)),((11,12,23),6)),((((4,20),17),9),((8,10),7))),(13,29),1),19),24); END;