#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 26, 2021; 20:53 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wang Z., Binder M., & Hibbett D. 2005. Aquatic discomycetes Mitrula (Helotiales, Ascomycota): life history and systematics based on cultural, morphological and molecular studies. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1376] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Ascocoryne_calichnium Bisporella_sp_G39 Bryoglossum_gracile Chloroscypha_sp Cudoniella_clavus Hyaloscypha_daedalae Hyderia_abietis Hydrocina_chaetocladia Hymeno_scutula Lachnum_virgineum Mitrula_borealis_G12_CHINA Mitrula_borealis_G122W_USA Mitrula_borealis_G3_CANADA Mitrula_elegans_G146E_USA Mitrula_elegans_G159E_USA Mitrula_elegans_G4_CANADA Mitrula_elegans_G45E_USA_Y Mitrula_elegans_G46E_USA_P Mitrula_elegans_G47E_USA Mitrula_elegans_G9W_USA Mitrula_lunulatospora Mitrula_paludosa_G149_EUROPE Mitrula_paludosa_G31_EUROPE Mollisia_cinerea Ombrophila_violacea Vibrissea_flavovirens Vibrissea_truncorum ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Ascocoryne_calichnium Ascocoryne_sarcoides Bisporella_sp_G39 Bryoglossum_gracile Bulgaria_inquinans Chloroscypha_sp Ciboria_sp_G36 Cudoniella_clavus Dothidea_sp Fabrella_tsugae Geoglossum_glabrum Geoglossum_umbratile Heyderia_abietis Hyaloscypha_daedalae Hydrocina_chaetocladia Hymenoscyphus_scutula Lachnum_virgineum Leotia_lubrica Lophodermium_pinastri Microglossum_olivaceum Mitrula_borealis Mitrula_paludosa Monilinia_laxa Mycocalicium_polyporaeum Neolecta_irregularis Ombrophila_violacea Orbilia_delicatula Peziza_phyllogena Peziza_varia Rutstroemia_bolaris Scleromitrula_shiraiana Sclerotinia_sclerotiorum Spathularia_flavida Trichoglossum_hirsutum Vibrissea_flavovirens Vibrissea_truncorum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1475] TITLE 'LLA-Mitrula'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1390; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Chloroscypha_sp 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Cudoniella_clavus 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Hyaloscypha_daedalae 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Lachnum_virgineum 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Mitrula_borealis_G12_CHINA 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Mitrula_paludosa_G31_EUROPE 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Mollisia_cinerea 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Bulgaria_inquinans AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCTCGAC--TTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTT-CGGGG-CTCCTTGGTGATTCATAATAACTCAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCG-CATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCCGAGTTGTAATTTGTAGAGGATG-TTTCGGGCGTGGCTCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGACTGGTAGCCTATGCCCATGTGAAACTCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAACCAGA-CTTGCACGTGGCCGATCAACCGGTGTTC-TCACCGGTGCACTCGGTTGCG-TTCAGGCCAGCATCGGTTTCGACGGTTGGATAAAGGCCCCGGGAATGTAGCTTCTTTC----GGGGAGTGTTATAGCCCGGGGTGCAATGCAGCCTGTTGGGGCCGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCATACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAACCCTTAA--GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATTATACAATAGTT-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Chloroscypha_sp 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Ciboria_sp_G36 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Cudoniella_clavus 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Dothidea_sp 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Fabrella_tsugae AATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-TCCCGAC-TTCTGGAAGGGATGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCGGGC-AACCGCTTTTCTGGTGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGTGCTAGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTTTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT-CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCG-CATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCCTGTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTCAGGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTTGACTCGCTCGGCACCTCACGAGAA-------------------------------------------------------------------------AAAAGCTCAAATTTGAAATCTGGC--TCTTTCAGGGTCCGAGTTGTAATTTGTAGAAGATG-TTTCGGGTGTGGCCCCGGTCTAAGTTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGTGACTGGGTGCCTACGCCTATGTGAAACTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTTAAACAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCAATCAGA-CTTGCGCCTGGGCGATCATCTGGGGTTC-TCCCCAGTGCACTCGTTCAGG-CTCAGGCCAGCATCGGTTTCGGTGGTTGGATAAAGGCCTTGGGAATGTGGCCCCTCTC----GGGGGGTGTTATAGCCCTCGGTGCAATGCAGCCTACCGGGACCGAGGACCGCGC--TTC--GGCT-AGGATGCTGGCGTAATGGTTGTAAGCGACCCGTCTTGAAACAGGGACCAAGGAGTCTAACATCTATGCGAGTGTTTGGGTGTCAAACCCATACGCGTAATGAAAGTGAACGGAGGTGAGAACCCTTAA--GGGTGCATCATCGACCGATCCTGATGTCTTCGGATGGATTTGAGTAAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCGTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGCGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATTATATAATAGTT-AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCA Geoglossum_glabrum 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Geoglossum_umbratile 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Heyderia_abietis 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Hyaloscypha_daedalae 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Hydrocina_chaetocladia 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Hymenoscyphus_scutula 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Lachnum_virgineum 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Leotia_lubrica 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Microglossum_olivaceum 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Mitrula_borealis 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Mitrula_paludosa 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Monilinia_laxa 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Mycocalicium_polyporaeum 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Neolecta_irregularis 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Ombrophila_violacea 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Peziza_phyllogena 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Peziza_varia 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Rutstroemia_bolaris 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Sclerotinia_sclerotiorum 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Spathularia_flavida 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Trichoglossum_hirsutum 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Vibrissea_flavovirens 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; END; BEGIN SETS; CHARSET LSU (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = 943-1853; CHARSET SSU (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = 1-942; CHARSET 3RDNA (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = 1-2024; CHARSET ambiguous_alignment (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = 940-950 1040-1050; CHARSET 58S (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = 1854-2024; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = N: 1-2024; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'HLA-Mitrula') = N: 1-2024; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7359; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Vibrissea_truncorum, 2 Vibrissea_flavovirens, 3 Ombrophila_violacea, 4 Mollisia_cinerea, 5 Mitrula_paludosa_G31_EUROPE, 6 Mitrula_paludosa_G149_EUROPE, 7 Mitrula_lunulatospora, 8 Mitrula_elegans_G9W_USA, 9 Mitrula_elegans_G4_CANADA, 10 Mitrula_elegans_G47E_USA, 11 Mitrula_elegans_G46E_USA_P, 12 Mitrula_elegans_G45E_USA_Y, 13 Mitrula_elegans_G159E_USA, 14 Mitrula_elegans_G146E_USA, 15 Mitrula_borealis_G3_CANADA, 16 Mitrula_borealis_G12_CHINA, 17 Mitrula_borealis_G122W_USA, 18 Lachnum_virgineum, 19 Hymeno_scutula, 20 Hydrocina_chaetocladia, 21 Hyderia_abietis, 22 Hyaloscypha_daedalae, 23 Cudoniella_clavus, 24 Chloroscypha_sp, 25 Bryoglossum_gracile, 26 Bisporella_sp_G39, 27 Ascocoryne_calichnium; TREE Fig._5 = [&R] (27,(((26,21),(((23,3),19),(18,((22,(4,(2,1))),((20,(((15,17),16),((((((9,13),8,14),(5,6)),(12,11)),7),10))),25))))),24)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb7358; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Vibrissea_truncorum, 2 Vibrissea_flavovirens, 3 Trichoglossum_hirsutum, 4 Spathularia_flavida, 5 Sclerotinia_sclerotiorum, 6 Scleromitrula_shiraiana, 7 Rutstroemia_bolaris, 8 Peziza_varia, 9 Peziza_phyllogena, 10 Orbilia_delicatula, 11 Ombrophila_violacea, 12 Neolecta_irregularis, 13 Mycocalicium_polyporaeum, 14 Monilinia_laxa, 15 Mitrula_paludosa, 16 Mitrula_borealis, 17 Microglossum_olivaceum, 18 Lophodermium_pinastri, 19 Leotia_lubrica, 20 Lachnum_virgineum, 21 Hymenoscyphus_scutula, 22 Hydrocina_chaetocladia, 23 Hyaloscypha_daedalae, 24 Heyderia_abietis, 25 Geoglossum_umbratile, 26 Geoglossum_glabrum, 27 Fabrella_tsugae, 28 Dothidea_sp, 29 Cudoniella_clavus, 30 Ciboria_sp_G36, 31 Chloroscypha_sp, 32 Bulgaria_inquinans, 33 Bryoglossum_gracile, 34 Bisporella_sp_G39, 35 Ascocoryne_sarcoides, 36 Ascocoryne_calichnium; TREE Fig._4a = [&R] (36,(35,((34,(((((33,20),23),(22,((16,15),(2,1)))),((29,11),21)),((((32,((28,13),(((26,25),3),((12,10),(9,8))))),(19,17)),(18,4)),(((((30,5),14),6),7),(27,24))))),31))); END;