#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 11, 2021; 22:21 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Baeza J. 2013. Baeza, J.A. 2013. Multi-locus molecular phylogeny of broken-back shrimps (genus Lysmata and allies): a test of the 'Tomlinson-Ghiselin' hypothesis explaining the evolution of simultaneous hermaphroditism. Molecular Evolution and Phylogenetics, In Press. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14330] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Alope_orientalis_HQ315559 Barbouria_cubensis_HQ315565 Betaeopsis_aequimanus_JX010760 Betaeus_lilianae_JX010756 Eualus_gaimardii_EU920923 Exhippolysmata_ensirostris Exhippolysmata_oplophoroides Heterocarpus_sp01_GQ302725 Hippolyte_bifidirostris_EU920927 Hippolyte_williamsi Lysmata_argentopunctata Lysmata_bahia Lysmata_californica Lysmata_debelius_Phillipines Lysmata_gracilirostris Lysmata_hochi_EastFL Lysmata_intermedia Lysmata_nayaritensis Lysmata_pederseni Lysmata_seticaudata Lysmata_vittata Lysmata_wurdemanni_Galveston Lysmatella_prima Mergia_oligodon Merguia_rhizophorae Merhippolyte_ancistrota Nenalpheus_sibogae_JX010761 Nikoides_sp Parahippolyte_misticia Parhippolyte_cf_uveae Stylodactylus_multidentatus_GQ131908 Thor_amboinensis_HQ315572 Tozeuma_zostericola ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17567] TITLE Lysmatidae_16S_GBlocks; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=501; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hippolyte_bifidirostris_EU920927 ???????????????????????????????????????????????????????????????GGTAGCATAATCAATAGTCTCTTAATTGGGGACTGGAATGAACGACGTGACGAAAAGTAAGCTGTCTTTAATATAAAGATTGAATTTTACTTTCAAGTGAAAAGGCTTGACTGGAATTAAGGGACGATAAGACCCTATAAAACTTAACATCGTTAACTTTTTAAATTTATGTGAAAGGTATCAGGTACTGTTTGGTTGGGGCGACTAAGATATAAACTGTTTTAGATAAAAATAATGATAAT-------TGAGCCATTAAGGATTAAAAAATTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTCTGAGAGTTCTTATCGAAGAAATTAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTTCTTATAAATGTAGCAGTTTAATAAGTAGGTCTGTTCGACCTTTAAAATTTTACATGATTTGAGTTCAAACCGGTGTGAG Hippolyte_williamsi GTCTGTTTGTTTGATGGTCTTACCTGCCCACTGTAAATGGCTGCGGTAATTTGACCGTGCTAAGGTAGCATAATCAATAGTTTTCTAATTTAAAACTGGAATGAATGGTGTGACGAAAAGCAAGCTTTTTTTAAAATATAAATTGAATTTTACTTCTGAGTGAAAAGGCTTAGATTCAGATAAGGGACGATAAGACCCTATAAAACTTAATAATACTTGTTATTAAAATTAAAGTTAAAAATTAACTAATTTATTTAGTTGGGGTGACTAAGATATAAGCTGTCAGTTAGATTAATAAATATATTTTGTTATAAATCCTTTAAAGATT-TAAAACTAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTCTGAGAGTTCTTATCGAAGAAAATAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTTTTGATTAACGCAGATGTTAAAGAAATAGGTCTGTTCGACCTTTAAAATTTTACATGATTTGAGTTCAGACCGGTGTGAG Lysmata_argentopunctata GTCTGCGTGATATGCAGTCTGGCCTGCCCACTGTGAAGGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCAATAGTGTTTTAATTGAAGACTGGAATGAAGGGTCGGACAAGGGGTAAGCTGTCTCTAAAATAAATCTTGAAGTTTACCTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATAAAGTAAAGGGACGATAAGACCCTATAAAACTTAACAAGTTATACAGTACGAATTAGAGTGTA--AACTTATGGGTTGTTTTGTTGGGGCGACAGAGATAAAAACTGTTTTTTATTTTAATAGTAATAATTAGAGAATGATCCACTAGGGATTATAAGATCAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTCTCTTGAGAGTCCTAATCGACAGAGTTAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGATGTTATTCAGGCGCAGCAGTCTGAATGGTAGGTCTGTTCGACCTTTAAAATCTTACATGATTTGAGTTCAA??????????? 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Parhippolyte_cf_uveae GTCTGGGTGATGCTCAGTCTGACCTGCCCGCTGTGAAGAGCCGCGGTATTGTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATAAGTTGTCTTTTAATTGAAGGCTGGAATGAATGGTCGAACGAGAAGCCAGCTGTCTCTTTAGTGATAATTGAATTTTACTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATGCCACGAGGGGACGATAAGACCCTATAAAGCTTCACGATTACTTTTCCTGAATTT-GAGTGTAAAGGGGGCAAGTTCGTTGCGTTGGGGCGACGAGAATATAAACTGTCTTGGAATGAAACGGCTGTGGCCGGTTGATGACCCATTAAGGATCACAAGATCAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTTATTTCCTTTGAGAGTTCATATCGACAAGGTAAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGGTTTCATCCGGGTGTAGAAGCTTGGACGGTGGGTCTGTTCGACCTTTAAAACCTTACATGATTTGAGTTCAGACCGGTGCGAG Stylodactylus_multidentatus_GQ131908 ?????????????????????????????????????????CGCGTAAT-TTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCAATAGCCTCTTAATTGGAGGCTGGAATGAATGGTTGAACAAAAGGAAAGCTGTCTTACTGGTATAAATTAAACTTTACTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATGAACTGAAGGGACGATAAGACCCTATAAAACTTTACAGGTGAACTTTTTAAATTT-ATATTAAAGAATTAAACATTTGTTGGGCTGGGGCGGCTTTAATAAAAACTGTTTGAAAATTAAATATTTATAAATAGATTATGATCCTTTAAGGATTAGAAGTATAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTGATTTTTCTTGAGAGTTCTTATCGACAGAATTAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAGG-GTTACTTAAATATAGAAGT?????????????????????????????????????????????????????????????? Thor_amboinensis_HQ315572 ?????????????????????????????????????TGGCCGCGGTATTTTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCAGTTGTCTTTTAATTGAAGGCTGGAATGAAAGGTTGCACGAGAAAAAATCTGTATTAATTATAAGTTTTGAATTTT-CTTTTAAGTGAAAAGGCTTAAATATTTTAAAGGGACGATAAGACCCTATAAAGCTTTACAATTTAA---TATTAAATGAAAGTAAAAAAATAATT---TTGTTTGATTGGGGTGATTATTATATAAACTGT-AATTGAATAAATAGTGATAATTAGTCTATGATCCTTTAAAGATTAAAAGATAAAGTTACTTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTCAGAGAGTTCTTATCGAAGAAAGTAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTTCTATTAAATGTAGCAGTTTAAGTAGTTGGTCTGTTCGACCATTAAAGTTTT???????????????????????????? Tozeuma_zostericola GTTTATACGATGTATAATTTAGCCTGCCCACTGTAAAGGGCCGCGGTAATTTGACCGTGCGAAGGTAGCATAATCAGTAGTCTCTTAATTGGGGGCTTGTATGAAAGGTTGGACGAGAGGAAAGCTGTCTTTGTGATGGATCTTGAATTTTACTTTTAAGTGAAAAGTCTTAAATATACTTAAGGGACGATAAGACCCTGTAAAACTTAATAAGGCTCTCTTTAAAAAATAGAGTTAAACTTTAGTTCGTTTATTTGGTTGGGGCGACTGGAATATAAACTGTCATAAAAATAAATAATCATAATTTGTAAATGAGCCATTAAGGATTAAAAGATAAAGTTACTTCAGGGATAACAGCGTGATTTTTTTTGAGAGTCCTTATCGACAAAAGTAGTTGCGACCTCGATGTTGAATTAAAATTTCTTTCAAATGCAGCAGTTTGATTAGTGGGTCTGTTCGACCTTTAAAATTTTACATGATTTGAGTTCAGACCGGTGTGAG ; END; BEGIN TREES; TITLE Lysmatidae_NJ; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Lysmata_californica, 2 Lysmata_bahia, 3 Lysmata_debelius_Phillipines, 4 Lysmata_gracilirostris, 5 Lysmata_intermedia, 6 Lysmata_nayaritensis, 7 Lysmata_pederseni, 8 Lysmata_seticaudata, 9 Lysmata_vittata, 10 Exhippolysmata_oplophoroides, 11 Exhippolysmata_ensirostris, 12 Lysmata_argentopunctata, 13 Lysmata_wurdemanni_Galveston, 14 Lysmata_hochi_EastFL, 15 Parahippolyte_misticia, 16 Barbouria_cubensis_HQ315565, 17 Parhippolyte_cf_uveae, 18 Nikoides_sp, 19 Hippolyte_williamsi, 20 Merguia_rhizophorae, 21 Tozeuma_zostericola, 22 Mergia_oligodon, 23 Merhippolyte_ancistrota, 24 Betaeopsis_aequimanus_JX010760, 25 Alope_orientalis_HQ315559, 26 Thor_amboinensis_HQ315572, 27 Stylodactylus_multidentatus_GQ131908, 28 Nenalpheus_sibogae_JX010761, 29 Hippolyte_bifidirostris_EU920927, 30 Heterocarpus_sp01_GQ302725, 31 Eualus_gaimardii_EU920923, 32 Betaeus_lilianae_JX010756, 33 Lysmatella_prima; TREE PAUP_1 = [&R] ((28:0.35830435,(24:0.25386139,32:0.28617263):0.0358069):0.08959525,(25:0.40437459,(23:0.20425614,((19:0.52859398,(21:0.28502212,(26:0.2975076,(29:0.21910241,31:0.23636125):0.05314481):0.00745023):0.0):0.06734429,(30:0.18108897,(18:0.46874901,(27:0.43799567,((20:1.294E-8,22:0.0547633):0.39454062,((16:0.17087506,(15:0.07647304,17:0.11322013):0.1921162):0.20830703,((9:0.30106837,(33:0.21880911,(10:0.03657845,11:0.02636468):0.04854083):0.16251954):0.11145805,((14:0.23716895,(5:0.10512787,(8:0.06326255,12:0.0654802):0.02455231):0.06156822):0.00834672,((7:0.12173957,(4:0.08903891,13:0.08685642):0.00990408):0.08220164,(2:0.21683068,(6:0.18386221,(1:0.07836101,3:0.10280118):0.0243679):0.00508231):0.01777159):0.07194523):0.0):0.0799152):0.02236045):0.04503372):0.0449006):0.04322924):0.02895869):0.06168855):0.00850949):0.08959525); END;