#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 24, 2021; 10:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hirose D., Degawa Y., Yamamoto K., & Yamada A. 2013. Sphaerocreas pubescens is a member of the Mucoromycotina closely related to fungi associated with liverworts and hornworts. Mycoscience, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14676] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Basidiobolus_haptosporus_AF368504 Calcarisporiella_sp_NUH37 Calcarisporiella_thermophila_CBS279_70 Coprinus_cinereus_M92991 Cryptococcus_neoformans_L05428 Dissophora_decumbens_AF157133 Endogone_lactiflua_DQ536471 Endogone_pisiformis_DQ322628 Mortierella_chlamydospora_AF157143 Mucoromycotina_sp._JF414221 Mucoromycotina_sp._JF414222 Mucoromycotina_sp._JF414223 Mucoromycotina_sp._JF414224 Mucoromycotina_sp._JF414225 Mucoromycotina_sp._JF414227 Mucoromycotina_sp._JF414228 Mucoromycotina_sp._JF414229 Mucoromycotina_sp._JF414231 Mucoromycotina_sp._JF414233 Mucoromycotina_sp._JF414235 Neurospora_crassa_X04971 Paraglomus_occultum_DQ322629 Saccharomyces_cerevisiae_V01335 Scutellospora_heterogama_AY635832 Sphaerocreas_pubescens_GP120607 Sphaerocreas_pubescens_Hafu Sphaerocreas_pubescens_Iryuda Sphaerocreas_pubescens_Kakeyu Sphaerocreas_pubescens_S2 'Sphaerocreas pubescens S3-1' 'Sphaerocreas pubescens S3-2' Sphaerocreas_pubescens_S4 Sphaerocreas_pubescens_S5 'Sphaerocreas pubescens S6-1' 'Sphaerocreas pubescens S6-2' Sphaerocreas_pubescens_S7 Sphaerocreas_pubescens_Shioda Spinochlamydosporium_variabile_EU688964 Umbelopsis_isabellina_AF157166 Umbelopsis_ramanniana_DQ322627 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M18502] TITLE 18S_rRNA_gene; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=1918; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Endogone_pisiformis_DQ322628 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'Sphaerocreas pubescens S6-2' 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Sphaerocreas_pubescens_S7 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Sphaerocreas_pubescens_Shioda --------------------------------------------------------------TCTAGTATAAACAATTCTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATCGTACC-TTACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCATA-AAAGGCCTGACTTTTTGGAAGGGCTGTATTTATTAGATAAAAAACCAAT-GCCCG--CAAGGGCTTTCTTGGTGATTCATAATAACTTGTCGAATCGTATGG-CCTTGTGCCGACGATGGTTCATTC-AAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTTTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCAATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATCCAGGGCCTTT-TTGGTCTTGGAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGATTAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTTTAG-ATCTGGGCGG-GTGGTCCTTC-ATT---GAAGCGTACTA--CT--TGGCTGGATCTCACC-TTCTGGTGAGCCAGTATGCTCTTTACTGG-GTGTGCTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTTAAAGCAGGCCTA--TGCTTGAATACATTAGCATGGAATAATAGAAT-AGGAC-TTCAGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGAAGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTTAGTAGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACTAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCAGAC-GATGTTA----ATTTACTGACTCGTTTGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATGGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG-TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTTATGCCAAT--AAT--TATT-G---GTAG-TCAACTTCTTAGAGGGACTGTCGGCGATTAGCCGACGGAAGTTTTAGGCAATAACAGGTCTGTTATGCCCTTAG-ATGTCCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGAAGTCAACAAGT-TTAT--AACCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAATCTTTTGAAACTTCATCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGTCCCTCGGATTGGTGTTAAGTAGCTGGCAACAGCAATT-GACGCTGAGAA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Spinochlamydosporium_variabile_EU688964 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Umbelopsis_isabellina_AF157166 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Umbelopsis_ramanniana_DQ322627 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; END; BEGIN TREES; TITLE NJ_Result; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Mucoromycotina_sp._JF414228, 2 Mucoromycotina_sp._JF414227, 3 Mucoromycotina_sp._JF414225, 4 Mucoromycotina_sp._JF414229, 5 'Sphaerocreas pubescens S6-1', 6 'Sphaerocreas pubescens S6-2', 7 Sphaerocreas_pubescens_GP120607, 8 Sphaerocreas_pubescens_S4, 9 Sphaerocreas_pubescens_Hafu, 10 Mucoromycotina_sp._JF414231, 11 Mucoromycotina_sp._JF414233, 12 Mucoromycotina_sp._JF414235, 13 Sphaerocreas_pubescens_Kakeyu, 14 Sphaerocreas_pubescens_Iryuda, 15 Sphaerocreas_pubescens_S2, 16 Sphaerocreas_pubescens_S5, 17 'Sphaerocreas pubescens S3-2', 18 'Sphaerocreas pubescens S3-1', 19 Sphaerocreas_pubescens_S7, 20 Sphaerocreas_pubescens_Shioda, 21 Mucoromycotina_sp._JF414222, 22 Mucoromycotina_sp._JF414223, 23 Mucoromycotina_sp._JF414221, 24 Mucoromycotina_sp._JF414224, 25 Endogone_pisiformis_DQ322628, 26 Endogone_lactiflua_DQ536471, 27 Mortierella_chlamydospora_AF157143, 28 Dissophora_decumbens_AF157133, 29 Spinochlamydosporium_variabile_EU688964, 30 Calcarisporiella_thermophila_CBS279_70, 31 Calcarisporiella_sp_NUH37, 32 Basidiobolus_haptosporus_AF368504, 33 Scutellospora_heterogama_AY635832, 34 Paraglomus_occultum_DQ322629, 35 Cryptococcus_neoformans_L05428, 36 Umbelopsis_isabellina_AF157166, 37 Umbelopsis_ramanniana_DQ322627, 38 Coprinus_cinereus_M92991, 39 Neurospora_crassa_X04971, 40 Saccharomyces_cerevisiae_V01335; TREE tree1 = [&R] ((((((((((((((((18:0.0,20:0.0):0.0,17:0.0):0.0,16:0.0):0.0,15:0.0):0.0,14:0.0):3.1996E-4,13:0.00163506):3.3332E-4,19:5.546E-4):0.00736231,((5:0.0,6:0.0):6.4058E-4,(7:-9.51E-6,(8:0.0013052,9:0.00130335):7.92E-6):1.066E-5):6.0145E-4):0.00209706,(3:0.00456806,4:6.5917E-4):0.00161383):0.00219827,(11:9.3351E-4,(10:0.001633,12:0.00293497):0.00102521):0.00269424):0.00584655,(1:0.00513053,2:7.4515E-4):0.00596089):0.00239727,(22:0.00865967,(21:0.01002615,(23:0.00415838,24:0.00896926):0.0099519):0.00223412):0.00118855):0.02029877,(25:0.01199489,26:0.00982901):0.0088301):0.00256494,(30:0.00436288,(29:0.0017969,31:0.00146461):0.00250623):0.02496295):0.00406068,((36:0.00895269,37:0.0108709):0.06006504,((33:0.03999109,34:0.04282544):0.00872101,((35:0.03813662,38:0.04101453):0.01932225,(39:0.06746151,40:0.05260905):0.01149288):0.00685804):0.00325326):0.00423403):0.00573206,(27:0.00227656,28:0.00426504):0.01896386,32:0.04386538); END;