#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 25, 2021; 19:50 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Layton D.J., & Kellogg E. 2014. Morphological, phylogenetic, and ecological diversity of the new model species Setaria viridis (Poaceae: Paniceae) and its close relatives. American Journal of Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15339] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=133; TAXLABELS Brachiaria_eruciformis_AY188452 Cenchrus_caliculatus_EF189886 Cenchrus_ciliaris_AY029625 Cenchrus_ciliaris_EU741937 Cenchrus_echinatus_AF499151 Cenchrus_myosuroides_AF499152 Cenchrus_pilosus_Ef189887 Cenchrus_setigerus_AF499153 Eriochloa_punctata_AY029634 Ixophorus_unisetus_AY623749 Ixophorus_unisetus_EU741940 Odontelytrum_abyssinicum_EU741938 Panicum_miliaceum_AY188472 Paspalidium_albovillosum_EU741984 Paspalidium_basicladum_EU741978 Paspalidium_constrictum_EU741979 Paspalidium_flavidum_1_EF189889 Paspalidium_flavidum_2_EF189890 Paspalidium_flavidum_3_EU741980 Paspalidium_geminatum_AY029662 Paspalidium_globoideum_EU741981 Paspalidium_jubiflorum_EF189891 Paspalidium_rarum_EU741982 Paspalidium_retiglume_EU741983 Pennisetum_alopecuroides_AY029672 Pennisetum_flaccidum_AF499150 Pennisetum_glaucum_AF499149 Pennisetum_montanum_AY188498 Pennisetum_setaceum_AY029673 Pennisetum_sphacelatum_EU741936 Pennisetum_villosum_EF189888 Plagiosetum_refractum_SJ9600 Pseudoraphis_paradoxa_EF189892 Setaria_acromelaena_EU741941 Setaria_adhaerens_D00_001 Setaria_adhaerens_D99_007 Setaria_adhaerens_EU741942 Setaria_alonsoi_EU741943 Setaria_barbata_AF499145 Setaria_barbata_EU741944 Setaria_cernua_EU741945 Setaria_faberi_Kellogg_1247_5 Setaria_faberi_Layton_154 Setaria_faberi_Nee_57234_1 Setaria_fiebrigii_1_EU741947 Setaria_fiebrigii_2_EU741948 Setaria_globulifera_EU741949 Setaria_grisebachii_AF499141 Setaria_hassleri_EU741950 Setaria_homonyma_EU741988 Setaria_italica_AF499140 Setaria_italica_ISE1107 Setaria_kagerensis_EU741951 Setaria_lachnea_1_EU741952 Setaria_lachnea_2_EU741953 Setaria_leucopila_EU741954 Setaria_lindenbergiana_EU741994 Setaria_longiseta_EU741955 Setaria_macrostachya_1_EU747691 Setaria_macrostachya_2_EU741956 Setaria_magna_EU741957 Setaria_mendocina_EU741958 Setaria_nigrirostris_1_EU741991 Setaria_nigrirostris_2_EU741992 Setaria_nigrirostris_3_EU742004 Setaria_nigrirostris_4_EU741989 Setaria_nigrirostris_5_EU741990 Setaria_oblongata_EU741959 Setaria_palmifolia_AF499144 Setaria_pampeana_1_EU741961 Setaria_pampeana_2_EU741960 Setaria_parviflora_2_AF499142 Setaria_parviflora_3_AY029678 Setaria_parviflora_4_EU742003 Setaria_parviflora_5_EU742000 Setaria_parviflora_AF499143 Setaria_parviflora_K1259 Setaria_paucifolia_EU741962 Setaria_petiolata_EU741963 Setaria_pflanzii_EU741964 Setaria_plicata_EU741965 Setaria_poiretiana_A_AF499146 Setaria_poiretiana_B_AF499147 Setaria_pumila_EF189894 Setaria_pumila_ME036_1 Setaria_restioidea_EU741967 Setaria_rosengurttii_EU741968 Setaria_scabrifolia_EU741969 Setaria_scandens_EU741970 Setaria_seriata_EU741971 Setaria_sp_ISE_1679 Setaria_sp_nov1_EU741998 Setaria_sp_nov2_EU741999 Setaria_sphacelata_2_EU741986 Setaria_sphacelata_3_EU742002 Setaria_sphacelata_EF189893 Setaria_sphacelata_sericea_1_EU741972 Setaria_sphacelata_sericea_2_EU741997 Setaria_sphacelata_torta_EU742001 Setaria_sulcata_2_EU741987 Setaria_sulcata_3_EU741995 Setaria_sulcata_6_EU741966 Setaria_tenacissima_EU741973 Setaria_vaginata_EU741974 Setaria_verticillata_D00_115 Setaria_verticillata_D00_116 Setaria_verticillata_D97_007 Setaria_verticillata_D99_025 'Setaria verticillata D99 025_dup' Setaria_verticillata_Doust_1360 Setaria_verticillata_Doust_1401 Setaria_verticillata_Kellogg_1138 Setaria_verticillata_SETAD2 Setaria_verticillata_SETVE2 Setaria_verticilliformis_Alcock_192 Setaria_viridis_Ahart_17139 Setaria_viridis_Kelllogg_1211 Setaria_viridis_Kellogg_1235 Setaria_viridis_ME014_1 Setaria_viridis_Thompson_sn Setaria_viridis_Yang_1108 Setaria_viridis_Yang_8014 Setaria_vulpiseta_EU741977 Setaria_vulpiseta_var._reversipila_EU741976 Spinifex_littoreus_EU741993 Spinifex_sericeus_EF189895 Stenotaphrum_secundatum_AY029684 Uranthoecium_truncatum_SJ9599 Urochloa_acuminata_AY029692 Zuloagaea_bulbosa_AY029648 Zuloagaea_bulbosa_AY864833 Zygochloa_paradoxa_Female_EF189897 Zygochloa_paradoxa_Male_EF189896 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M20691] TITLE Setaria_spp._NADH_dehydrogenase_subunit_F; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2019; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Paspalidium_jubiflorum_EF189891 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Setaria_viridis_Kellogg_1235 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; END; BEGIN TREES; TITLE Setaria_spp._NADH_dehydrogenase_subunit_F; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Brachiaria_eruciformis_AY188452, 2 Cenchrus_caliculatus_EF189886, 3 Cenchrus_ciliaris_AY029625, 4 Cenchrus_ciliaris_EU741937, 5 Cenchrus_echinatus_AF499151, 6 Cenchrus_myosuroides_AF499152, 7 Cenchrus_pilosus_Ef189887, 8 Cenchrus_setigerus_AF499153, 9 Eriochloa_punctata_AY029634, 10 Ixophorus_unisetus_AY623749, 11 Ixophorus_unisetus_EU741940, 12 Odontelytrum_abyssinicum_EU741938, 13 Panicum_miliaceum_AY188472, 14 Paspalidium_albovillosum_EU741984, 15 Paspalidium_basicladum_EU741978, 16 Paspalidium_constrictum_EU741979, 17 Paspalidium_flavidum_1_EF189889, 18 Paspalidium_flavidum_2_EF189890, 19 Paspalidium_flavidum_3_EU741980, 20 Paspalidium_geminatum_AY029662, 21 Paspalidium_globoideum_EU741981, 22 Paspalidium_rarum_EU741982, 23 Paspalidium_retiglume_EU741983, 24 Paspalidium_jubiflorum_EF189891, 25 Pennisetum_alopecuroides_AY029672, 26 Pennisetum_flaccidum_AF499150, 27 Pennisetum_glaucum_AF499149, 28 Pennisetum_montanum_AY188498, 29 Pennisetum_setaceum_AY029673, 30 Pennisetum_sphacelatum_EU741936, 31 Pennisetum_villosum_EF189888, 32 Plagiosetum_refractum_SJ9600, 33 Pseudoraphis_paradoxa_EF189892, 34 Setaria_acromelaena_EU741941, 35 Setaria_adhaerens_EU741942, 36 Setaria_alonsoi_EU741943, 37 Setaria_barbata_AF499145, 38 Setaria_barbata_EU741944, 39 Setaria_cernua_EU741945, 40 Setaria_fiebrigii_1_EU741947, 41 Setaria_fiebrigii_2_EU741948, 42 Setaria_globulifera_EU741949, 43 Setaria_grisebachii_AF499141, 44 Setaria_hassleri_EU741950, 45 Setaria_homonyma_EU741988, 46 Setaria_italica_AF499140, 47 Setaria_kagerensis_EU741951, 48 Setaria_lachnea_1_EU741952, 49 Setaria_lachnea_2_EU741953, 50 Setaria_leucopila_EU741954, 51 Setaria_lindenbergiana_EU741994, 52 Setaria_longiseta_EU741955, 53 Setaria_macrostachya_1_EU747691, 54 Setaria_macrostachya_2_EU741956, 55 Setaria_magna_EU741957, 56 Setaria_mendocina_EU741958, 57 Setaria_nigrirostris_1_EU741991, 58 Setaria_nigrirostris_2_EU741992, 59 Setaria_nigrirostris_3_EU742004, 60 Setaria_nigrirostris_4_EU741989, 61 Setaria_nigrirostris_5_EU741990, 62 Setaria_oblongata_EU741959, 63 Setaria_palmifolia_AF499144, 64 Setaria_pampeana_1_EU741961, 65 Setaria_pampeana_2_EU741960, 66 Setaria_paucifolia_EU741962, 67 Setaria_petiolata_EU741963, 68 Setaria_pflanzii_EU741964, 69 Setaria_plicata_EU741965, 70 Setaria_poiretiana_A_AF499146, 71 Setaria_poiretiana_B_AF499147, 72 Setaria_restioidea_EU741967, 73 Setaria_rosengurttii_EU741968, 74 Setaria_scabrifolia_EU741969, 75 Setaria_scandens_EU741970, 76 Setaria_seriata_EU741971, 77 Setaria_sp_nov1_EU741998, 78 Setaria_sp_nov2_EU741999, 79 Setaria_sphacelata_2_EU741986, 80 Setaria_sphacelata_3_EU742002, 81 Setaria_sphacelata_EF189893, 82 Setaria_sphacelata_sericea_2_EU741997, 83 Setaria_sphacelata_torta_EU742001, 84 Setaria_sphacelata_sericea_1_EU741972, 85 Setaria_sulcata_2_EU741987, 86 Setaria_sulcata_3_EU741995, 87 Setaria_sulcata_6_EU741966, 88 Setaria_tenacissima_EU741973, 89 Setaria_vaginata_EU741974, 90 Setaria_verticillata_Doust_1401, 91 Setaria_verticillata_Doust_1360, 92 Setaria_verticillata_Kellogg_1138, 93 Setaria_verticilliformis_Alcock_192, 94 Setaria_vulpiseta_EU741977, 95 Setaria_vulpiseta_var._reversipila_EU741976, 96 Spinifex_littoreus_EU741993, 97 Spinifex_sericeus_EF189895, 98 Stenotaphrum_secundatum_AY029684, 99 Uranthoecium_truncatum_SJ9599, 100 Urochloa_acuminata_AY029692, 101 Zuloagaea_bulbosa_AY029648, 102 Zuloagaea_bulbosa_AY864833, 103 Zygochloa_paradoxa_Female_EF189897, 104 Zygochloa_paradoxa_Male_EF189896, 105 Setaria_parviflora_2_AF499142, 106 Setaria_parviflora_3_AY029678, 107 Setaria_parviflora_4_EU742003, 108 Setaria_parviflora_5_EU742000, 109 Setaria_parviflora_AF499143, 110 Setaria_parviflora_K1259, 111 Setaria_sp_ISE_1679, 112 Setaria_pumila_EF189894, 113 Setaria_pumila_ME036_1, 114 Setaria_faberi_Kellogg_1247_5, 115 Setaria_faberi_Layton_154, 116 Setaria_faberi_Nee_57234_1, 117 Setaria_viridis_Thompson_sn, 118 Setaria_viridis_ME014_1, 119 Setaria_viridis_Yang_8014, 120 Setaria_viridis_Kelllogg_1211, 121 Setaria_viridis_Yang_1108, 122 Setaria_viridis_Kellogg_1235, 123 Setaria_viridis_Ahart_17139, 124 Setaria_italica_ISE1107, 125 Setaria_verticillata_D97_007, 126 Setaria_verticillata_SETAD2, 127 Setaria_verticillata_SETVE2, 128 Setaria_verticillata_D00_115, 129 Setaria_verticillata_D00_116, 130 'Setaria verticillata D99 025_dup', 131 Setaria_verticillata_D99_025, 132 Setaria_adhaerens_D00_001, 133 Setaria_adhaerens_D99_007; TREE con_50_majrule = [&R] (13:0.0020047229300716547,((100:0.002429353542208133,(1:0.003520863829470572,9:0.006966899682297684):6.371011130544571E-4):0.001834390561457451,(((96:1.657265160959458E-4,97:1.516536975500781E-4):7.94664303828819E-4,(103:6.558155550857014E-4,104:6.075167809084871E-4):0.001599282839010037):0.00132086895267759,(33:0.002086404969908537,(35:1.582861955221324E-4,90:0.001108452661483634,92:1.522355835948285E-4,93:1.58038048227469E-4,111:3.77044069325048E-4,132:1.584908129947589E-4,133:1.597122988728495E-4):3.95770436233189E-4):4.124564725352564E-4,(25:0.003130641396808149,((30:8.242280820024338E-4,(12:0.001527643352699618,31:0.001828845139904575):6.225124074984521E-4):3.874871005387282E-4,(28:0.002199899372299096,29:0.002023923302594079,(27:0.002059485576122423,(26:8.699304641861442E-4,(2:0.001101159707463853,(4:4.052184691350678E-4,(3:8.687625802760864E-4,8:3.894693602845112E-4):6.065154688295111E-4):8.187184290710564E-4,(7:0.002265884512443323,(5:1.647829952950451E-4,6:4.066139312585802E-4):6.364839034680213E-4):3.81698649142256E-4):0.001089292452280548):9.016028601323154E-4):3.727164817362805E-4):3.843298872559107E-4):4.118578970955807E-4):0.001077453588593524,((98:0.002157799267426639,(20:9.399977096049102E-4,(23:4.661746112471698E-4,99:0.001036938683111575):9.84144864347124E-4):3.851824840509961E-4):4.704402355407009E-4,(55:0.001861514243849557,(22:8.311231926812526E-4,32:8.295761902906491E-4,(21:6.429408270599733E-4,24:3.784155342285571E-4,(15:1.568325288065845E-4,16:1.594072077956581E-4):3.745067209026307E-4,(14:6.109286146065097E-4,17:3.734939516054948E-4,18:6.093128709407097E-4,19:3.99250443353737E-4):3.809174605922884E-4):6.076545572652939E-4):3.98817559887527E-4,(46:1.597560183454365E-4,118:1.733855750621298E-4,119:1.642403460776827E-4,120:1.620461280741377E-4,121:1.581539109787771E-4,122:1.528276492485781E-4,123:1.570261155741735E-4,124:3.993453867086702E-4,(91:1.516916220590863E-4,114:1.630882348186257E-4,115:1.600368563753407E-4,116:1.557587253398988E-4,117:1.583361844050243E-4,125:1.546404497651564E-4,126:1.550466418458384E-4,127:1.609176036492808E-4,128:1.539910411811262E-4,129:1.570150974518268E-4,130:1.56149283560695E-4,131:1.580337138151793E-4):3.7381617409094E-4):0.002752138193882376):3.781120403061579E-4):3.702518991387279E-4,((((66:3.982611309019719E-4,72:0.002454699129499937):8.075843218815718E-4,(44:5.553336685490273E-4,(75:1.672457537581852E-4,88:0.001072782056206368):3.132627790062426E-4):0.001058674231117629):3.431020892675769E-4,(39:0.001279659605517802,((43:7.207570696134822E-4,(10:1.698048964442118E-4,11:1.697656119360577E-4):0.001951240308498067,(101:1.5715474076343E-4,102:1.618248364420154E-4):0.001453141067888098):5.060750160234975E-4,(49:3.851431948483248E-4,94:1.560860418957899E-4,(89:4.679581600954171E-4,(40:1.582241634535877E-4,41:3.954051185018846E-4,42:1.587011812302085E-4,73:1.587338946967365E-4,74:8.513481887273392E-4,(95:3.808063839723413E-4,(36:1.6579015640116E-4,50:1.657788419715196E-4,53:4.202728832108773E-4,64:1.495020066134279E-4,68:0.001356430525102571):6.407107994984706E-4,(48:3.882235338807188E-4,54:8.014592732998759E-4,56:3.72742233817238E-4,62:0.001741243520989707,65:1.646258134955815E-4):6.064275967611767E-4):5.145199208458753E-4):3.772745320285314E-4):3.575424158621016E-4):0.001226350781140777):4.478864455190077E-4):6.20604106124622E-4):4.156841403986266E-4,(69:0.001299920067794522,(67:0.001014562897991379,(47:9.842877465246732E-4,76:1.580774379316405E-4):7.139491187611675E-4,(63:0.001075485380041546,71:1.649704976122156E-4,87:1.589486564902911E-4):0.001065742723394515,(61:0.001092908945148362,83:1.698766159355473E-4,(77:3.955342197488861E-4,78:4.028679267558975E-4):0.001300190554852486):6.183951990367774E-4,((105:8.544133967197946E-4,107:1.564831588815938E-4):7.352659168123841E-4,(108:1.482663248752005E-4,109:3.90228187883401E-4,110:3.95575978778886E-4):3.305909071568852E-4):8.556795262324859E-4,(45:0.001169922433938813,(51:1.624420158493206E-4,70:1.520457204564299E-4,85:3.951794353402922E-4,86:3.755031889665937E-4,(37:2.713965623121755E-4,38:1.644472517406776E-4):4.596479093331864E-4):5.934012705816715E-4):7.05877855428291E-4,((60:1.585987432598568E-4,(34:4.196660260690081E-4,57:1.632441483443298E-4,58:1.802054021265574E-4,59:1.686099005610289E-4):0.001347211337304982):3.872793430098017E-4,(52:0.003576526982954787,(113:0.001408377501762017,(106:0.00219075997525277,(79:1.669955365848849E-4,80:3.685136602594655E-4,81:0.001314574218060876,82:1.631993735806303E-4,84:0.001303990486365124,112:0.00141823851663163):3.797466715103856E-4):0.001002142870174239):8.710343478168474E-4):7.100071597733912E-4):4.50745787117538E-4):6.279691858933152E-4):0.001089237130837721):3.887542362012397E-4):0.002101491650338658):0.0020047229300716547); 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