#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 15, 2020; 8:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Dai Y., Wang Z., Binder M., & Hibbett D. 2006. Phylogeny and a new species of Sparassis (Polyporales, Basidiomycota): evidence from mitochondrial atp6, nuclear rDNA and rpb2 genes. Mycologia, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1558] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Climacodon_septentrionalis Fomitopsis_pinicola Grifola_frondosa Laetiporus_porlentosus_Rajch36 Laetiporus_sulphureus Lentinus_tigrinus Oligoporus_rennyi Phaeolus_schweinitzii Phlebia_radiata Piptoporus_betulinus Polyporus_arcularius Polyporus_squamosus Postia_lactea Pycnoporellus_fulgens Sparassis_brevipes_24 Sparassis_crispa Sparassis_crispa_17 Sparassis_crispa_19 Sparassis_crispa_25 Sparassis_crispa_3 Sparassis_crispa_5 Sparassis_crispa_9 Sparassis_cystidiosa Sparassis_radicara_32 Sparassis_radicata_26 Sparassis_radicata_29 Sparassis_spain_1 Sparassis_spathulata_8 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1202] TITLE 'atp6-Sparassis'; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=642; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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----CTATTTTAGGTTATTTAAATATTAGTTTAACTAATTTAGCTTTATATTCATTATTAGTATTATTTATAATAGTAGGATTACATTATATGGCTAATAATGATAATAAATTAGTTCCTTCAAAATGGTCTATCGCTCTAGAAAGTATATTTGCTAGTATAAATTCAATGGTTAGAGAACAATTAGGA------AAAGAATTATATTTACCTTTTATATATTCTTTATTCTTTTTCATACTAATAGCTAATTTAACTGGTAATATTCCATATTCTTTCACTATCACTACTTCTATTATGGTATCTATTGGTTTATCTTTTACTATTTTAATTGCTGTGACAATTTTAGGGTTATCTATTCATAAATTACACTTCTTTTCTTATTTTGTACCTTCTGGTACACCTTTAGCGCTTTTACCTTTATTAGTATTAATTGAATTAGTTTCATATCTTGCTAGAGCTTTCTCTTTAGGTATTAGACTATTTGCTAATGTAGTAGCAGGACACACTTTAATGAAAATATTAGCAACTTTCTTATACCAAATGTTTTCAGCTGGAATTATTATATTTGTATTAACTTTAGTTCCATTTGTGCTTTTCTTAGCTATCGTAGGATTAGAATTAGCTGTTTCTTTTATTC-- Sparassis_radicata_29 ----CTATTTTAGGTTATTTAAATATTAGTTTAACTAATTTAGCTTTATATTCATTATTAGTATTATTTATAATAGTAGGATTACATTATATGGCTAATAATGATAATAAATTAGTTCCTTCAAAATGGTCTATCGCTCTAGAAAGTATATTTGCTAGTATAAATTCAATGGTTAGAGAACAATTAGGA------AAAGAATTATATTTACCTTTTATATATTCTTTATTCTTTTTCATACTAATAGCTAATTTAACTGGTAATATTCCATATTCTTTCACTATCACTACTTCTATTATGGTATCTATTGGTTTATCTTTTACTATTTTAATTGCTGTGACAATTTTAGGGTTATCTATTCATAAATTACACTTCTTTTCTTATTTTGTACCTTCTGGTACACCTTTAGCGCTTTTACCTTTATTAGTATTAATTGAATTAGTTTCATATCTTGCTAGAGCTTTCTCTTTAGGTATTAGACTATTTGCTAATGTAGTAGCAGGACACACTTTAATGAAAATATTAGCAACTTTCTTATACCAAATGTTTTCAGCTGGAATTATTATATTTGTATTAACTTTAGTTCCATTTGTGCTTTTCTTAGCTATCGTAGGATTAGAATTAGCTGTTTCTTTTATTCAA Sparassis_spain_1 ---CCAGTTTTTGGCTATTTTAATATCAGTTTCACAAATTTCGCTTTATATTCACTACTAGTCTTATTTTTAATAGTATCTCTACATTATATGGGTAATAATGAAAATAAATTAGTACCATCAAAATGGTCTATAGCTCTTGAAAGTATATTTGCTAGTATAAATGCTATGGTTAGAGAACAATTAGGA------AAAGAATTATATTTACCCTTTATTTATTCTTTATTCTTTTTTATATTAATAGCTAATTTAACTGGTAATGTACCATATTCTTTTGCAATTACTACTTCTATTATGGCCTCTATTGGTTTTTCTTTCACTATTTTAGTAGCAGTAACTATTTTAGGGTTGTCTATTCATAAATTACACTTTTTCTCTTATTTTGTTCCTTCGGGAACCCCTCTCGGGCTGGTGCCGCTTTTAGTAATTATTGAATTAATTTCCTACCTAGCTAGAGCTTTCTCTCTAGGTGTGCGGCTGTTCGCTAATTTAGTTGCTGGGCATGCACTTATGGCCATTTTATCAACTTTCTTGTATCAGATGTTCTCAGCAGGAGTTATAATGTTTGTAGTAACTTTACTGCCTTTTGCTCTATTTTTAGCAATTATTTCTCTTGAGCTAGCAGTTTCTTTCATCCA- Sparassis_spathulata_8 ------------GGTTATTTTACGACTAGTTTCACTAATTTCGCTTTATATTCACTACTTGTTTTATTTTTAATAGTATCTTTACATTATATGGCTAATAATGAAAATAAATTAGTACCATCAAAATGGTCTATAGCTCTTGAAACGATGTTTGCAAGTATAAATACTATGGTTAGAGAACAATTAGGT------AAAGAATTATATTTACCCTTTATTTATTCTTTATTCTTTTTTATATTAATAGCTAATTTAACAGGTAACGTTCCATATACTTTTGCGATTACTACTTCTCTTATGACTTCTATTGGTTTATCTTTCACTATTTTAGTAGCAGTTACTATTTTAGGTTTGTCAATTCATAAATTACACTTCTTTTCTTATTTTGTTCCTTCCGGTACTCCTTTAGCACTTGTGCCCGCCCTGGTTTTAATAGAATTAGTCTCATACCTGGCTAGAGCTTTCTCTCTAGGAATACGACTTTTCGCTAACCTCAGCGCAGGTCATACGCTTATGGCAATTTTATCACTTTTCTT-TATAAAATGTTCAGTGCCACTATAATT------------------------------------------------------------------------------ ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'atp6-Sparassis') = N: 1-642; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'atp6-Sparassis') = N: 1-642; END; BEGIN TREES; TITLE Tb7804; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Climacodon_septentrionalis, 2 Fomitopsis_pinicola, 3 Grifola_frondosa, 4 Laetiporus_porlentosus_Rajch36, 5 Laetiporus_sulphureus, 6 Lentinus_tigrinus, 7 Oligoporus_rennyi, 8 Phaeolus_schweinitzii, 9 Phlebia_radiata, 10 Piptoporus_betulinus, 11 Polyporus_arcularius, 12 Polyporus_squamosus, 13 Postia_lactea, 14 Pycnoporellus_fulgens, 15 Sparassis_brevipes_24, 16 Sparassis_crispa, 17 Sparassis_crispa_17, 18 Sparassis_crispa_19, 19 Sparassis_crispa_25, 20 Sparassis_crispa_3, 21 Sparassis_crispa_5, 22 Sparassis_crispa_9, 23 Sparassis_cystidiosa, 24 Sparassis_radicara_32, 25 Sparassis_radicata_26, 26 Sparassis_radicata_29, 27 Sparassis_spain_1, 28 Sparassis_spathulata_8; TREE MP_Tree = [&R] (1,(((((((2,10),((3,5),4)),14),((7,13),(((((((16,17,19),25),20),18,21,24),22),26),(23,(28,(15,27)))))),((6,11),12)),8),9)); END;