#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 24, 2021; 11:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Coetzee M.P., Wingfield B.D., Van coller P., Zhao J., & Wingfield M.J. 2014. Phylogenetic relationships among biological species of Armillaria from China. Mycoscience, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16345] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=97; TAXLABELS Armillaria_CBSC_CMW31123 Armillaria_CBSC_CMW31124 Armillaria_CBSF_CMW31127 Armillaria_CBSF_CMW31128 Armillaria_CBSF_CMW31129 Armillaria_CBSF_CMW31130 Armillaria_CBSG_CMW31132 Armillaria_CBSG_CMW31133 Armillaria_CBSG_CMW31134 Armillaria_CBSH_CMW31136 Armillaria_CBSH_CMW31138 Armillaria_CBSH_CMW31139 Armillaria_CBSJ_CMW31140 Armillaria_CBSJ_CMW31142 Armillaria_CBSL_CMW31144 Armillaria_CBSL_CMW31145 Armillaria_CBSN_CMW31146 Armillaria_CBSN_CMW31148 Armillaria_CBSO_CMW31150 Armillaria_CBSO_CMW31151 Armillaria_NAG_E_2000_71 Armillaria_NAG_E_2003_71 Armillaria_NAG_E_94_2_1 Armillaria_NAG_E_94_35_01 Armillaria_NAG_E_94_43_08 Armillaria_NAG_E_96_37_1 Armillaria_NAG_E_ne4 Armillaria_borealis_CMW31072 Armillaria_borealis_CMW31075 Armillaria_borealis_CMW31077 Armillaria_calvescens_CMW31078 Armillaria_calvescens_CMW31079 Armillaria_calvescens_CMW31080 Armillaria_cepistipes_04_16 Armillaria_cepistipes_07_04 Armillaria_cepistipes_08_14 Armillaria_cepistipes_90_10 Armillaria_cepistipes_94_33 Armillaria_cepistipes_94_39 Armillaria_cepistipes_94_46 Armillaria_cepistipes_CMW31082 Armillaria_cepistipes_CMW31083 Armillaria_cepistipes_nd1 Armillaria_gallica_CMW31086 Armillaria_gallica_CMW31087 Armillaria_gallica_CMW31088 Armillaria_gallica_CMW31090 Armillaria_gallica_CMW31091 Armillaria_gallica_CMW31093 Armillaria_gallica_na13 Armillaria_gallica_na4 Armillaria_gemina_CMW31094 Armillaria_gemina_CMW31095 Armillaria_mellea_89_07 Armillaria_mellea_94_10 Armillaria_mellea_94_5 Armillaria_mellea_94_68 Armillaria_mellea_94_7 Armillaria_mellea_97_6 Armillaria_mellea_CMW31161 Armillaria_mellea_CMW31171 Armillaria_mellea_CMW31172 Armillaria_mellea_a_10 Armillaria_mellea_a_12 Armillaria_nabsnona_0_16_4 Armillaria_nabsnona_00_3_1 Armillaria_nabsnona_00_4_4 Armillaria_nabsnona_CMW31100 Armillaria_nabsnona_CMW31101 Armillaria_nabsnona_nb4 Armillaria_ostoyae_2002 Armillaria_ostoyae_88_01 Armillaria_ostoyae_89_03b Armillaria_ostoyae_91 Armillaria_ostoyae_94_75 Armillaria_ostoyae_94_8 Armillaria_ostoyae_CMW31102 Armillaria_ostoyae_CMW31103 Armillaria_ostoyae_CMW31104 Armillaria_ostoyae_CMW31107 Armillaria_ostoyae_CMW31110 Armillaria_ostoyae_nc8 Armillaria_sinapina_05_13_2 Armillaria_sinapina_05_46_1 Armillaria_sinapina_05_7_1 Armillaria_sinapina_96_7_1 Armillaria_sinapina_CMW31112 Armillaria_sinapina_CMW31113 Armillaria_sinapina_CMW31115 Armillaria_sp_CMW31153 Armillaria_tabescens_2002 Armillaria_tabescens_2006 Armillaria_tabescens_96_1_8 Armillaria_tabescens_96_3_3 Armillaria_tabescens_CMW31118 Armillaria_tabescens_CMW31119 Armillaria_tabescens_CMW31120 ; 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M24314] TITLE Armillaria_from_China_Fig_6_EF1a; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=466; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M24315] TITLE Armillaria_from_China_Fig_8_combined_IGS_and_EF1a; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1348; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Armillaria_ostoyae_CMW31104 ???????????????????????AGATCACTGGTACCTCCCAGGCTGATTGTGCCATTCTCATTATCGCTGGTGGAACTGGTGAATTTGAAGCCGGTATTTCCAAGGACGGCCAGACCCGAGAGCACGCCCTCCTTGCCTTCACCCTCGGTGTCAGGCAGCTCATCGTCGCCGTCAACAAGATGGACACCACCAAGGTACGAGATCTATCGTTTTACCTTTTTCCTTAGGCAAATCTGACTGTTATCTCAGTGGAGCGAGGACCGGTTCAACGAAATCGTCAAGGAAACTTCCACCTTCATCAAGAAGGTCGGCTACAACCCCAAGGCCGTTGCTTTCGTCCCCATCTCTGGATGGCACGGTGATAACATGTTGGAGGAGTCCGCCAAGTAAGT-CCTTACCTAAGTA-TGACCAGTGCTGCCTCTTAACGT--TCTCTGTAGCATGCCATGGTACAAGGGCTGGACCAAGGAGACCAAGGCCGGTGTCGTCAAGGGCAAGACTCTCCTCGATGCCATTGACGCCATTGAGCCCCCTGTCC{CG}TCCCTCCGACAAGCCTCTCCGTCTCCCTCTCCAGGACG?????????????? Armillaria_ostoyae_CMW31107 ??????????????????GAACATGATCACTGGTACCTCCCAGGCTGATTGTGCCATTCTCATCATCGCTGGTGGAACTGGTGAATTTGAAGCCGGTATTTCCAAGGACGGCCAGACTCGAGAGCACGCCCTCCTTGCCTTCACCCTTGGTGTCAGGCAGCTCATCGTCGCCGTCAACAAGATGGACACCACCAAGGTACGAGATCTATCGTTTTACCTTTTACCTTAGGCAAATCTGACTGTTATCTCAGTGGAGCGAGGACCGGTTCAACGAAATCGTCAAGGAAACTTCCACCTTCATCAAGAAGGTCGGCTACAACCCCAAGGCCGTTGCTTTCGTCCCCATCTCTGGATGGCACGGTGATAACATGTTGGAGGAGTCCGCCAAGTAAGT-CCTTACCTAAGTA-TGACCAGTGCTGCCTCTTAACGT--TCTCTGTAGCATGCCATGGTACAAGGGCTGGACCAAGGAGACCAAGGCCGGTGTCGTCAAGGGCAAGACTCTCCTCGATGCCATTGACGCCATTGAGCCCCCTGTCCGTCCCTCCGACAAGCCTCTCCGTCTCCCTCTCCAG?????????????????? 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Armillaria_tabescens_CMW31118 ??????????????????????ATGATCACTGGTACCTCCCAAGCTGATTGTGCCATCCTTATCATTGCTGGTGGTACTGGTGAATTCGAAGCCGGTATCTCCAAGGATGGTCAGACCCGAGAGCACGCCCTTCTTGCCTTCACTCTTGGTGTCAGGCAGCTCATTGTTGCCGTCAACAAGATGGACACCACCAAGGTACGAACCCTACCCCATCGCT-TTTTCTTTCGCGAAGTCCGACATTTGTCTTAGTGGAGTGAGGACCGATTCAACGAAATCGTCAAGGAAACCTCCACCTTCATCAAGAAGGTCGGCTACAACCCCAAATCTGTTGCTTTCGTCCCCATCTCTGGATGGCACGGTGACAACATGTTGGAGGAGTCCGCCAAGTAAGT-CATTACCATATTA-TGAGCGATGCGGCGGCTTAACGT--TATTGAAAGTATGCCATGGTACAAGGGCTGGACGAAGGAGACCAAGGCCGGTGTCGTCAAGGGCAAGACTCTCCTCGATGCTATTGATGCCATTGAGCCCCCTGTCCGACCCTCCGACAAGCCTCTTCGTCTTCCTCTCC???????????????????? 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TREE Fig._1a_TEF = [&R] (((((1,6),((9,(11,(12,15))),10)),((((((2,3),7),14),13),17),16)),((4,8),5)),(18,(19,20))); END; BEGIN TREES; TITLE 'Armillaria from China Fig2_IGS1'; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Armillaria_sp_CMW31153, 2 Armillaria_borealis_CMW31072, 3 Armillaria_borealis_CMW31077, 4 Armillaria_borealis_CMW31075, 5 Armillaria_calvescens_CMW31078, 6 Armillaria_calvescens_CMW31079, 7 Armillaria_calvescens_CMW31080, 8 Armillaria_CBS_C_CMW31123, 9 Armillaria_CBS_C_CMW31124, 10 Armillaria_CBS_F_CMW31127, 11 Armillaria_CBS_F_CMW31128, 12 Armillaria_CBS_F_CMW31129, 13 Armillaria_CBS_F_CMW31130, 14 Armillaria_CBS_G_CMW31132, 15 Armillaria_CBS_G_CMW31133, 16 Armillaria_CBS_G_CMW31134, 17 Armillaria_CBS_H_CMW31136, 18 Armillaria_CBS_H_CMW31138, 19 Armillaria_CBS_H_CMW31139, 20 Armillaria_CBS_J_CMW31140, 21 Armillaria_CBS_J_CMW31142, 22 Armillaria_CBS_L_CMW31144, 23 Armillaria_CBS_L_CMW31145, 24 Armillaria_CBS_N_CMW31146, 25 Armillaria_CBS_N_CMW31148, 26 Armillaria_CBS_O_CMW31150, 27 Armillaria_CBS_O_CMW31151, 28 Armillaria_cepistipes_CMW31082, 29 Armillaria_cepistipes_CMW31083, 30 Armillaria_gallica_CMW31086, 31 Armillaria_gallica_CMW31087, 32 Armillaria_gallica_CMW31088, 33 Armillaria_gallica_CMW31090, 34 Armillaria_gallica_CMW31091, 35 Armillaria_gallica_CMW31093, 36 Armillaria_gemina_CMW31094, 37 Armillaria_gemina_CMW31095, 38 Armillaria_mellea_CMW31171, 39 Armillaria_mellea_CMW31172, 40 Armillaria_mellea_CMW31161, 41 Armillaria_nabsnona_CMW31100, 42 Armillaria_nabsnona_CMW31101, 43 Armillaria_ostoyae_CMW31102, 44 Armillaria_ostoyae_CMW31103, 45 Armillaria_ostoyae_CMW31104, 46 Armillaria_ostoyae_CMW31107, 47 Armillaria_ostoyae_CMW31110, 48 Armillaria_sinapina_CMW31112, 49 Armillaria_sinapina_CMW31113, 50 Armillaria_sinapina_CMW31115, 51 Armillaria_tabescens_CMW31118, 52 Armillaria_tabescens_CMW31119, 53 Armillaria_tabescens_CMW31120; 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TREE Fig._7_TEF = [&R] ((((((((((((((((((((1,12),(55,59)),(((10,11),13),((54,((57,58),(60,61))),56))),(28,29)),(((((48,49),50),(84,85)),83),86)),((36,37),((((((((((43,44),77),81),(46,47)),45),76),78),79),80),82))),((2,3),4)),((((((5,6),7),35),(((((8,(9,31)),((17,(18,(19,21))),20)),(((22,23),(24,25)),(26,27))),(((41,42),74),((72,75),73))),(((30,33),34),(62,63)))),(32,(((87,90),(91,93)),((88,89),92)))),(((((51,96),95),94),97),(52,53)))),38),71),((66,68),70)),69),64),65),67),40),39),16),15),14); END; BEGIN TREES; TITLE 'Armillaria from China Fig3_EF1a'; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Armillaria_sp_CMW31153, 2 Armillaria_borealis_CMW31072, 3 Armillaria_borealis_CMW31077, 4 Armillaria_borealis_CMW31075, 5 Armillaria_calvescens_CMW31078, 6 Armillaria_calvescens_CMW31079, 7 Armillaria_calvescens_CMW31080, 8 Armillaria_CBS_C_CMW31123, 9 Armillaria_CBS_C_CMW31124, 10 Armillaria_CBS_F_CMW31127, 11 Armillaria_CBS_F_CMW31128, 12 Armillaria_CBS_F_CMW31129, 13 Armillaria_CBS_F_CMW31130, 14 Armillaria_CBS_G_CMW31132, 15 Armillaria_CBS_G_CMW31133, 16 Armillaria_CBS_G_CMW31134, 17 Armillaria_CBS_H_CMW31136, 18 Armillaria_CBS_H_CMW31138, 19 Armillaria_CBS_H_CMW31139, 20 Armillaria_CBS_J_CMW31140, 21 Armillaria_CBS_J_CMW31142, 22 Armillaria_CBS_L_CMW31144, 23 Armillaria_CBS_L_CMW31145, 24 Armillaria_CBS_N_CMW31146, 25 Armillaria_CBS_N_CMW31148, 26 Armillaria_CBS_O_CMW31150, 27 Armillaria_CBS_O_CMW31151, 28 Armillaria_cepistipes_CMW31082, 29 Armillaria_cepistipes_CMW31083, 30 Armillaria_gallica_CMW31086, 31 Armillaria_gallica_CMW31087, 32 Armillaria_gallica_CMW31088, 33 Armillaria_gallica_CMW31090, 34 Armillaria_gallica_CMW31091, 35 Armillaria_gallica_CMW31093, 36 Armillaria_gemina_CMW31094, 37 Armillaria_gemina_CMW31095, 38 Armillaria_mellea_CMW31171, 39 Armillaria_mellea_CMW31172, 40 Armillaria_mellea_CMW31161, 41 Armillaria_nabsnona_CMW31100, 42 Armillaria_nabsnona_CMW31101, 43 Armillaria_ostoyae_CMW31102, 44 Armillaria_ostoyae_CMW31103, 45 Armillaria_ostoyae_CMW31104, 46 Armillaria_ostoyae_CMW31107, 47 Armillaria_ostoyae_CMW31110, 48 Armillaria_sinapina_CMW31112, 49 Armillaria_sinapina_CMW31113, 50 Armillaria_sinapina_CMW31115, 51 Armillaria_tabescens_CMW31118, 52 Armillaria_tabescens_CMW31119, 53 Armillaria_tabescens_CMW31120; TREE Fig._3_TEF = [&R] (((((((((((((1,12),((10,11),13)),(28,29)),(48,(49,50))),((36,37),(((43,44),(46,47)),45))),((2,3),4)),((((5,6),7),32),(((((((8,(9,31)),((17,((18,19),21)),20)),(26,27)),((22,23),(24,25))),(41,42)),35),((30,33),34)))),(51,(52,53))),38),16),15),(39,40)),14); END; BEGIN TREES; TITLE 'Armillaria from China Fig8_igs1_ef1a'; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Armillaria_CBSF_CMW31127, 2 Armillaria_CBSF_CMW31128, 3 Armillaria_CBSF_CMW31129, 4 Armillaria_CBSF_CMW31130, 5 Armillaria_CBSG_CMW31132, 6 Armillaria_CBSG_CMW31133, 7 Armillaria_CBSG_CMW31134, 8 Armillaria_CBSH_CMW31136, 9 Armillaria_CBSH_CMW31138, 10 Armillaria_CBSH_CMW31139, 11 Armillaria_CBSJ_CMW31140, 12 Armillaria_CBSJ_CMW31142, 13 Armillaria_CBSL_CMW31144, 14 Armillaria_CBSL_CMW31145, 15 Armillaria_CBSN_CMW31146, 16 Armillaria_CBSN_CMW31148, 17 Armillaria_CBSO_CMW31150, 18 Armillaria_CBSO_CMW31151, 19 Armillaria_mellea_CMW31118, 20 Armillaria_mellea_CMW31119, 21 Armillaria_mellea_CMW31120; TREE Fig._8_Combined_TEF_IGS1 = [&R] (((((1,2),(3,4)),(((8,(9,10),11,12),(17,18)),((13,14),(15,16)))),((5,6),7)),((19,21),20)); END; BEGIN TREES; TITLE 'Armillaria from China Fig1_IGS'; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Armillaria_tabescens_AB510824_Japan, 2 Armillaria_tabescens_AB510839_Japan, 3 Armillaria_tabescens_AB510823_Japan, 4 Armillaria_tabescens_JF288740_France_Puy_de_Dome, 5 Armillaria_tabescens_JF288741_France_Gers, 6 Armillaria_tabescens_HQ232285_Ukraine, 7 Armillaria_tabescens_HQ232286_Ukraine, 8 Armillaria_tabescens_HQ232284_Ukraine, 9 Armillaria_tabescens_JF288739_France, 10 Armillaria_tabescens_AY509191_USA_Georgia, 11 Armillaria_tabescens_AY509192_USA_Georgia, 12 Armillaria_tabescens_AY773966_USA, 13 Armillaria_tabescens_AF451831_Europe, 14 Armillaria_tabescens_DQ115588_Europe, 15 Armillaria_tabescens_AY773967_France, 16 Armillaria_tabescens_DQ115589_Europe, 17 Armillaria_tabescens_AY509190_USA_SouthCarolina, 18 Armillaria_tabescens_AF451834_Europe, 19 Armillaria_tabescens_AF451833_Europe, 20 Armillaria_tabescens_AF451832_Europe, 21 Armillaria_tabescens_AF451835_Europe, 22 Armillaria_tabescens_AY509189_USA_SouthCarolina, 23 Armillaria_tabescens_AB510844_Japan, 24 Armillaria_tabescens_GQ335542_Mexico_Veracruz, 25 Armillaria_tabescens_GQ335541_Mexico_Veracruz, 26 Armillaria_tabescens_CMW31118_China, 27 Armillaria_tabescens_CMW31119_Italy, 28 Armillaria_tabescens_CMW31120_Italy, 29 Armillaria_mellea_CMW31171_USA, 30 Armillaria_mellea_CMW31172_China, 31 Armillaria_mellea_CMW31161_China; TREE Fig._1_IGS = [&R] (((((1,2,3,23,26),((10,11,12,24,25),(17,22))),(4,5,6,7,8,(9,15),13,14,16,19,28)),((18,20,27),21)),(29,(30,31))); END;