#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 26, 2021; 19:24 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mori S., Tsou C., Wu C., Cronholm B., & Anderberg A. 2006. Evolution of Lecythidaceae with an emphasis on the circumscription of neotropical genera. Information from combined ndhf and trnl-f sequence data. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1660] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=111; TAXLABELS Allantoma_lineata Barringtonia_asiatica Barringtonia_edulis Barringtonia_racemosa Bertholletia_excelsa Brazzeia_sp Cariniana_decandra Cariniana_domestica Cariniana_estrellensis Cariniana_ianeirensis Cariniana_pyriformis Chydenanthus_excelsus Corythophora_alta Corythophora_amapaensis Corythophora_labriculata Corythophora_rimosa_rubra Couratari_calycina Couratari_guianensis Couratari_macrosperma Couratari_multiflora Couratari_oblongifolia Couratari_stellata Couroupita_guianensis Couroupita_nicaraguarensis Eschweilera_alata Eschweilera_albiflora Eschweilera_amazoniciformis Eschweilera_andina Eschweilera_atropetiolata Eschweilera_bracteosa Eschweilera_chartaceifolia Eschweilera_collina Eschweilera_congestiflora Eschweilera_coriacea Eschweilera_decolorans Eschweilera_grandiflora Eschweilera_integrifolia Eschweilera_juruensis Eschweilera_laevicarpa Eschweilera_longirachis Eschweilera_mexicana Eschweilera_micrantha Eschweilera_nana Eschweilera_neei Eschweilera_ovalifolia Eschweilera_ovata Eschweilera_parviflora Eschweilera_pedicellata Eschweilera_rimbachii Eschweilera_rimbachii_b Eschweilera_sagotiana Eschweilera_simiorum Eschweilera_simiorum_b Eschweilera_sp_L250 Eschweilera_sp_L272 Eschweilera_sp_L303 Eschweilera_spA_L268 Eschweilera_spA_L333 Eschweilera_spB_L242 Eschweilera_spB_L247 Eschweilera_spB_L252 Eschweilera_tenuifolia Eschweilera_tessmanii Eschweilera_wachenheimii Foetidia_mauritiana Foetidia_obliqua Grias_cauliflora Grias_multinervia Grias_peruviana Gustavia_augusta Gustavia_augusta_b Gustavia_augusta_c Gustavia_dubia Gustavia_hexapetala Gustavia_longifolia Gustavia_macarenensis_macarenensis Gustavia_macarenensis_macarenensis_b Gustavia_monocaulis Gustavia_speciosa Gustavia_superba Lecyhtis_pisonis Lecythis_alutacea Lecythis_ampla Lecythis_chartacea Lecythis_confertiflora Lecythis_corrugata Lecythis_holcogyne Lecythis_idatimon Lecythis_idatimon_b Lecythis_lanceolata Lecythis_mesophylla Lecythis_minor Lecythis_persistens_aurantiaca Lecythis_persistens_persistens Lecythis_pneumatophora Lecythis_poiteaui Lecythis_praeclara Lecythis_prancei Lecythis_tuyrana Lecythis_zabucajo Lecythis_zabucajo_b Marcgravia_sp Napoleonaea_imperialis Napoleonaea_leonensis Napoleonaea_vogelii Oubanguia_alata Petersianthus_africanus Rhaptopetalum_beguei Rhaptopetalum_coriaceum Scytopetalum_klaineanum Scytopetalum_tieghemii ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Corythophora_labriculata 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Eschweilera_bracteosa 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Eschweilera_collina 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Eschweilera_congestiflora 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Eschweilera_sagotiana 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Scytopetalum_tieghemii -TGGGACTTCTTCTTTTTCCAAGGGCAACAAAAAATTTTCGTCGTATATGGTCTTTTCAGAGTATTTTATTGTTAAGTATAGCCATGATTTTGTCGATCGATCTGTCTATTCAGCAAATAAATAGCAGTTATATATATCAATATATATGGTCTTGGATCATCAATAATGATTTTTCGTTAGAATTTGGCTATTTGATCGATCCACTTACTTCTATTATGTTAATATTAATCACTACTGTTGGAATTATGGTTCTTATTTATAGTGATAATTATATGTCTCATGATCAAGGATATTTAAGATTTTTTGCTTATATGAGTTTTTTCAGTACTTCTATGTTGGGATTAGTTACTAGTTCAAATTTGATACAAATTTATATTTTTTGGGAATTAGTTGGAATATGTTCCTATTTATTAATAGGGTTTTGGTTTACACGGCCTGTTGCGGCAAATGCTTGTCAAAAAGCGTTTGTAACTAATCGGGTAGGAGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTTTTTATTGGATAACAGGCAGTTTCGAATTTCGGGATTTATTCGAAATATTTAATAACTTAATTTATAATAATGAGGTCAATGTTTTATTTGTTATTTTGTGTGCCATTCTATTATTTGCTGGTGCAGTTGCTAAATCTGCACAATTCCCTCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGGCCTACTCCTATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCAGCGGGAATTTTTCTTGTAGCTCGGCTTCTTCCGCTTTTCATAGTCATACCTTATACAATGAATTTCATCTCTTTGATAGGTATAATAACAGTATTTTTAGGAGCTACTTTAGCTCTGGCTCAAAAAGACATTAAGAGGGGTTTAGCTTATTCTACAATGTCTCAATTGGGGTATATGATGTTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGAACTGCTTTATTTCATTTAATTACTCATGCTTATTCAAAAGCATTATTGTTTTTAGGATCTGGATCAGTTATTCATTCAATGGAAACTGTTGTTGGATATTCTCCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGGGGTTTAACAAAACATGTGCCAATTACAAAAACTGCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAGATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCAATTTTTGCAATAATAGCTTGGTCCACAGCAGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGTATCTATTTACTTACTTTTGAGGGTCATTTAAATGTTCATTTTC------AAAATTACATTAGCAAAAAAAGTGCCCTGTTATACTCAATCTCTCTATGGGG------GAAAGGAGGTTCAAAAATAATTAACAAAAATGTTCGTTTATTAACCTTATTACGAATGAAAAATAATGAAA---------------------GTACTTCTTTGAAAA---AAAAGAAGACATATCGAATTGATGAGAATGTAGGAAAGATTACACGACCTTTTATTACTATTCCTCATTTTGA------CAATAAGAAAAATTATTCGTATCCTTATGAATCAGATAATACTATGTTATTTCCTCTGCTTGTATTGGTCCTATTTACTTTGTTTGTTGGATCAATAGGAATTCCTTTCAATTTCAATAAAGAAGAAATGGATTTGGATATATTATCCAAATGGTTAACTCCGTCTATAAATCTTTT------ACATCAAACTTCGAAAAATTCTCTGGATTGGTAT?AATTTGTAAAAGATGGAATTTTTTCAGTCAGTATAGCCTATTTCGGAATATTTATAGCTCTCTTTTTATATAAACCTGTTTATTCATCTTTGCAAAATTTGGACTTAATTAATTCATTTGTTAAAA------GAGGCTCTAATCGAATTTTTTGGGACAA---------------AATAATAAATGTCATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATGCAACGTCCTTAACTGGCGGGATAAGAGGATTGGTTGAAT---GGT-TGGAAACCTACTAAGTGATCACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAATAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCCTGTTTTTCGAAAAC------AAA----GAT------TCATAAAGCGAAAAT-----------AAAAAAAGGATAGG-----TGCAGAGACTCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGAC-----TGCGTTGGTAGAGGAATCTTTCCATCGA------AACTTCAGAACG?ATGAAAGAGAAACCTA-----------TATACA----------------------------------TAGGCAGACTACTGAAATACTATAT----------------CAAATGATTAATGACGACCCAAATC-------TGGA-------TCCGTATTTTTTT-----------------------------------------ATATTT----------------AAAATGGAAGAATTGTTGTAAATCGATTTCACA-----TA-----TTGAATATTTATTGATCAAATTATTTACTCCATGGTCTGATAGATCTTTTGAAGAGCTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCATTCTACATGTCAATACCGACAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAGCCTATTTAACTCCTTAA--------CCTATCCTTTTTT-----------------CGTTAGCAGTTCCAAATTCGTTATCTTTCTCATTCACTCTACTCTTTCACAAACGAATCTGAGTGGAAATGCTTTTCTCTTATCA---CAAGTCTTATGATATGTGAT---------------------ATATGATACACGTCCAAATGAACATCTTTGAGCAAGAAATCTCCATTTGAATGATTC----ACGGTTCATATCATT-----ATTCGTACGGAAACTTA----------------CAAAGTTTTCCTTTT-------------GAAAATCCAAGAAATTCCAAGGCCTGGATAAAACTTTGAAATACCCTTTCGTTCTTTTAATTGACATAAACCCAAGTCATCTAGTAAAATGAGGATGATACATCGGGAATG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'ndhF+trnL-F') = N: 1-3221; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'ndhF+trnL-F') = N: 1-3221; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8038; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Scytopetalum_tieghemii, 2 Scytopetalum_klaineanum, 3 Rhaptopetalum_coriaceum, 4 Rhaptopetalum_beguei, 5 Petersianthus_africanus, 6 Oubanguia_alata, 7 Napoleonaea_vogelii, 8 Napoleonaea_leonensis, 9 Napoleonaea_imperialis, 10 Marcgravia_sp, 11 Lecythis_zabucajo_b, 12 Lecythis_zabucajo, 13 Lecythis_tuyrana, 14 Lecythis_prancei, 15 Lecythis_praeclara, 16 Lecythis_poiteaui, 17 Lecythis_pneumatophora, 18 Lecythis_persistens_persistens, 19 Lecythis_persistens_aurantiaca, 20 Lecythis_minor, 21 Lecythis_mesophylla, 22 Lecythis_lanceolata, 23 Lecythis_idatimon_b, 24 Lecythis_idatimon, 25 Lecythis_holcogyne, 26 Lecythis_corrugata, 27 Lecythis_confertiflora, 28 Lecythis_chartacea, 29 Lecythis_ampla, 30 Lecythis_alutacea, 31 Lecyhtis_pisonis, 32 Gustavia_superba, 33 Gustavia_speciosa, 34 Gustavia_monocaulis, 35 Gustavia_macarenensis_macarenensis_b, 36 Gustavia_macarenensis_macarenensis, 37 Gustavia_longifolia, 38 Gustavia_hexapetala, 39 Gustavia_dubia, 40 Gustavia_augusta_c, 41 Gustavia_augusta_b, 42 Gustavia_augusta, 43 Grias_peruviana, 44 Grias_multinervia, 45 Grias_cauliflora, 46 Foetidia_obliqua, 47 Foetidia_mauritiana, 48 Eschweilera_wachenheimii, 49 Eschweilera_tessmanii, 50 Eschweilera_tenuifolia, 51 Eschweilera_spB_L252, 52 Eschweilera_spB_L247, 53 Eschweilera_spB_L242, 54 Eschweilera_spA_L268, 55 Eschweilera_sp_L303, 56 Eschweilera_sp_L272, 57 Eschweilera_sp_L250, 58 Eschweilera_spA_L333, 59 Eschweilera_simiorum_b, 60 Eschweilera_simiorum, 61 Eschweilera_sagotiana, 62 Eschweilera_rimbachii_b, 63 Eschweilera_rimbachii, 64 Eschweilera_pedicellata, 65 Eschweilera_parviflora, 66 Eschweilera_ovata, 67 Eschweilera_ovalifolia, 68 Eschweilera_neei, 69 Eschweilera_nana, 70 Eschweilera_micrantha, 71 Eschweilera_mexicana, 72 Eschweilera_longirachis, 73 Eschweilera_laevicarpa, 74 Eschweilera_juruensis, 75 Eschweilera_integrifolia, 76 Eschweilera_grandiflora, 77 Eschweilera_decolorans, 78 Eschweilera_coriacea, 79 Eschweilera_congestiflora, 80 Eschweilera_collina, 81 Eschweilera_chartaceifolia, 82 Eschweilera_bracteosa, 83 Eschweilera_atropetiolata, 84 Eschweilera_andina, 85 Eschweilera_amazoniciformis, 86 Eschweilera_albiflora, 87 Eschweilera_alata, 88 Couroupita_nicaraguarensis, 89 Couroupita_guianensis, 90 Couratari_stellata, 91 Couratari_oblongifolia, 92 Couratari_multiflora, 93 Couratari_macrosperma, 94 Couratari_guianensis, 95 Couratari_calycina, 96 Corythophora_rimosa_rubra, 97 Corythophora_labriculata, 98 Corythophora_amapaensis, 99 Corythophora_alta, 100 Chydenanthus_excelsus, 101 Cariniana_pyriformis, 102 Cariniana_ianeirensis, 103 Cariniana_estrellensis, 104 Cariniana_domestica, 105 Cariniana_decandra, 106 Brazzeia_sp, 107 Bertholletia_excelsa, 108 Barringtonia_racemosa, 109 Barringtonia_edulis, 110 Barringtonia_asiatica, 111 Allantoma_lineata; TREE tree_1 = [&R] (10,(((((101,(107,21,(66,86,74,50,57,(81,(78,77,64,56,(70,61))),(76,55,(54,58)),(87,(53,52,51)),(82,73,83),(80,(65,48)),(68,71)),((79,60,59,(25,15)),(28,30)),(49,((75,72),(84,67)),(63,62)),(27,26,24,23,19,(17,18)),(22,((12,11),(31,29))),((20,13),(16,14)),((99,96),(98,97)),(85,69)),((95,94,92,91),(93,90)),(102,(104,103)),(111,105)),(89,88)),(((37,(42,(41,40),(32,34)),(33,(36,35))),(38,39)),(43,(45,44)))),(((108,(110,109)),(5,100)),(46,47))),((106,(3,4)),(6,1))),(9,(8,7))); END;