#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 24, 2021; 3:27 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Rahman M.Z., Uematsu S., Suga H., & Kageyama K. 2015. Three Phytophthora species, one from eggplant and two from tulip, newly reported in Japan. Mycoscience, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S17338] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Phytophthora_acerina Phytophthora_bisheria Phytophthora_botryosa Phytophthora_cactorum Phytophthora_capsici Phytophthora_citricola Phytophthora_citrophthora Phytophthora_colocasiae Phytophthora_glovera 'Phytophthora glovera S_2' Phytophthora_himalsilva Phytophthora_inflata Phytophthora_meadii Phytophthora_multivora Phytophthora_pachypleura Phytophthora_plurivora Phytophthora_tropicalis ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=14; TAXLABELS Phytophthora_asparagi Phytophthora_gibbosa Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_gregata Phytophthora_humicola Phytophthora_inundata Phytophthora_litoralis Phytophthora_megasperma Phytophthora_pinifolia Phytophthora_rosacearum Phytophthora_sojae Phytophthora_sp._CH97TUL1 Phytophthora_sp._CH97TUL2 Phytophthora_sp._CH97TUL22 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M30615] TITLE Phytophthora_clade_2; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=2905; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Phytophthora_capsici 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Phytophthora_citricola 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'Phytophthora glovera S_2' 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Phytophthora_himalsilva 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Phytophthora_inflata 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Phytophthora_meadii 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Phytophthora_multivora 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Phytophthora_pachypleura 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Phytophthora_gibbosa 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Phytophthora_gonapodyides CCACACCTAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCCTATTGGGGGCTTGCTCCGGCGTGCGTGCTGGCCTGTAAGTCGGCGGCTGCTGCTGGGCGGGCTCTATCGCGAGCGTTTGGGCTTCGGCTCGAGCTAGTAGCTTTTTTAAACCCTTTCTTAAATACTGAAATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGGCGGTCTTTCGAGCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCGCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGACGTTTGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTTCCTGTCATGGCGGTACGAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGTTTGGCTTTTGAACCGGCTTTGCTTGCGAAGTAGTGTGACGGCTTCGGCTGTCGAGGGTCGATCCATTTGGGAAACTTGTGTGTGCGGCTTGCTGCGCAATTGACGCCCCTGGTCACCGTGACTTCATCAAGAACATGATCACGGGTACCTCGCAGGCCGACTGCGCCATTCTGGTGGTTGCCTCGGGTGTGGGCGAGTTCGAGGCTGGTATCTCCAAGGAGGGCCAGACGCGCGAGCACGCTCTGCTCGCCTTCACCCTGGGTGTGAAGCAGATGATCGTCGCCATCAACAAGATGGACGACTCGTCTGTCATGTACGGCCAGGCCCGTTACGAGGAGATCAAGGCTGAGGTCAC{CG}ACCTACCTGAAGAAGGTCGGCTACAAGCC{CT}GCCAAGATCCCGTTCGTGCCCATCTCGGGCTGGGAGGGTGACAACATGATTGACCGTTCGGCCAACATGCCGTGGTACAAGGGACCCTTCCTCCTCGAGGCTCTTGACAACCTGAACGCCCCCAAGCGTCC{CG}TCGGACAAGCCTCTGCGTCTGCCCCTCCAGGATGTGTACAAGATCGGCGGTATCGGCACGGTACCGGTCGGCCGTGTCGAGACGGGTGTCATCAAGCCCGGCATGGTCGCCACCTTCGGCCCCGT{CG}GGTCTGTCGACGGAAGTCAAGTCCGTTGAGATGCACCACGAGTCT{CT}TGCCGGAGGCTGTCCCCGGTGACAACGTTGGCTTCAACGTCAAGAACGTGTCGGTCAAGGAGCTGCGTCGTGGTTTCGTCGCCTCGGACTCCAAGAACGACCCGGCTAAGGCCACCCAGGACTTCACCGCCCAGGTGATCGTGCTGAACCACCCCGGCCAGATCGGCAACGGCTACTCGCCGGTGCT{CT}GACTGCCACACGGCCCACGTTGCCTGCAAGTTCAAAGAGATCATTGAGAAGATGGACCGTCGTTCGGGCAAGGTGCGAGATTATCACTTTTAATCCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCACCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCATTAATTGGTGGTTTTGGAAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGTGCTCCTGATATGGCTTTCCCACGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCATTATTATTATTAGTGTCATCAGCTATTGTCGAATCTGGTGCTGGGACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACGGGTATTTCATCATTATTGGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCACAGATTACCCCTATTTGTTTGGTCTGTGTTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCTGGTGCCATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCGTTTTACGATCCATCTGGAGGAGGTGATCCGGTATTATATCAATCACGCACTCGCTCGGTGGCGGTACCGGCTCCGGCATGGGCACGCTTCTTATTTCCAAGATCCGTGAAGAGTACCCGGATCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCTAAGGTGTCGGACACGGTCGTGGAGCCCTACAACGCTACGCTGTCGGTGCACCAGCTGGTCGAGAACGCCGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGACATTTGCTTCCGCACGCTGAAGCTCACGACCCCAACCTACGGTGACCTGAACCACCTGGTGTGCGCCGCCATGTCGGGCATCACCACGTGCCTGCGTTTCCCGGGCCAGCTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCCGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTCATGATCGGTTTCGCCCCGCTGACGTCGCGTGGCTCGCAGCAGTACCGTGCCCTGACGGTGCCGGAGCTGACGCAGCAGCAGTTCGACGCCAAGAACATGATGTGCGCCGCCGACCCGCGCCACGGACGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGGATGAGCACGAAGGAGGTGGATGAACAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCAAGCGTGTGCGACATCCCGCCCAAGGGCCTCAAGATGAGCACCACGTTCATCGGTAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGTGTGTCCGAGCAGTTCACGGC Phytophthora_gregata 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Phytophthora_humicola 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Phytophthora_inundata 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Phytophthora_litoralis 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Phytophthora_megasperma CCACACCTAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCCTATTGGGGGCTTGCTCCGGCGTGTGTGCTGGCCTGTAAGTCGGCGGCTGCTGCTGGGCGGGCTCTATCGCGAGCGTTTGGGCTTCGGCTCGAGCTAGTAGCTTTTTTAAACCCTTTCTTAAATACTGAAATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGATGTGAAGTGTCTTGCTAGCGGTCTTTCGAGCTGCCGGTGAGTCCTTTTAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCGCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGGCGTTTGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTAAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTTCCTGTCATGGCGGTATGAACTGGTGAACCGTAGCTGTGTGGTTTGGCTTTTGAACCGGCTTTGCTTGCGAAGTAGTGTGACGGCTTCGGCTGTCGAGGGTCGATCCATTTGGGAAACTTGTGTGTGCGGCTTGCTGCGCAATTGACGCCCCTGGTCACCGTGACTTCATCAAGAACATGATCACGGGTACCTCGCAGGCTGACTGCGCCATTCTGGTCGTCGCCTCGGGTGTGGGTGAGTTTGAGGCTGGTATCTCCAAGGAGGGCCAGACGCGCGAGCACGCTCTGCTTGCCTTCACCCTGGGTGTGAAGCAGATGATCGTGGCCATCAACAAGATGGACGACTCGTCTGTCATGTACGGCCAGGCCCGTTACGAGGAGATCAAGGCTGAGGTCACGACCTACCTGAAGAAGGTCGGCTACAAGCCCGCCAAGATCCCGTTCGTGCCTATCTCGGGCTGGGAGGGTGACAACATGATCGAGCGCTCCACTAACATGCCGTGGTACAAGGGACCCTTCCTTCTTGAGGCTCTTGACCTGCTGAACGCCCCCAAGCGTCCGTCGGACAAGCCTCTGCGTCTGCCCCTCCAGGACGTGTACAAGATCGGCGGTATCGGCACGGTACCGGTCGGCCGTGTCGAGACGGGTGTGATCAAGCCTGGCATGATCGCCACCTTCGGCCCTGTGGGTCTGTCGACGGAAGTCAAGTCCGTTGAGATGCACCACGAGTCTCTGGCCGAGGCTCTTCCCGGTGACAACGTTGGCTTCAACGTCAAGAACGTGTCGGTCAAGGAGCTGCGTCGTGGATTCGTCGCTTCGGACTCCAAGAACGACCCGGCCAAGGCCACGCAGGACTTCACCGCCCAGGTGATCGTGCTGAACCACCCCGGCCAGATTGGCAACGGCTACTCGCCGGTGCTCGACTGCCACACGGCCCACGTTGCCTGCAAGTTCAAAGAGATCATCGAGAAGATGGACCGTCGTTCGGGCAAGGTGCGAGGTTATCACTTTTAATCCGTATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCACCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCCGCTTTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATAGGAGCACCTGATATGGCTTTCCCACGTATGAATAATATCAGTTTTTGGTTATTACCACCAGCGTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTATTGTTGAATCCGGTGCGGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTATCAAGTGTACAAGCACACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCATCATTATTAGGAGCTATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCCGGTTTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACTGCCTTTCTTTTATTATTAACATTACCCGTATTAGCTGGTGCCATTACCATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCTTCTGGGGGGGGGGATCCAGTATTATATCAATCACGCACTCGCTCGGCGGTGGTACCGGCTCCGGTATGGGCACGCTTCTTATTTCGAAGATCCGTGAAGAGTACCCGGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCATCGCCCAAGGTGTCGGACACGGTCGTGGAGCCCTACAACGCCACGTTGTCGGTGCACCAGCTGGTCGAGAACGCCGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGACATTTGCTTCCGCACGCTGAAGCTCACGACCCCCACCTACGGTGACCTGAACCACCTGGTGTGCGCCGCCATGTCGGGCATCACCACGTGCCTGCGTTTCCCGGGTCAGCTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCCGTGAACCTGATCCCGTTCCCTCGTCTCCACTTCTTCATGATCGGTTTCGCCCCATTGACGTCGCGCGGCTCGCAGCAGTACCGTGCCTTGACGGTGCCCGAGCTGACGCAGCAGCAGTTCGACGCCAAGAACATGATGTGCGCCGCCGACCCGCGCCACGGCCGCTATTTAACTGCCGCCTGTATGTTCCGCGGACGTATGAGCACGAAGGAGGTGGACGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAACATTAAGGCTAGCGTGTGTGACATCCCGCCCAAGGGCCTCAAGATGAGCACCACGTTCATCGGTAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTCAAGCGCGTGTCCGAGCAGTTCACGGC Phytophthora_pinifolia 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Phytophthora_sojae 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Phytophthora_sp._CH97TUL1 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Phytophthora_sp._CH97TUL2 CCACACCTAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCATATTGGGGGCTTGCTCCGGCGTGCGTGCTGGCCTGTAAGTCGGCGGCTGCTGCTGGGCGGGCTCTATCGCGAGCGTTTGGGCTTCGGCTCGAGCTAGTAGCTTTTTTAAACCCATTCTTAAATACTGAAATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGGCGGTCTTTCGAGCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTGTGGCTTGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGACGTTTGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTTCCTGTCATGGCGGTGCGAACTGGTGAACCGTAGTCATGTGGTTTGGCTTTTGAATCGGTTTTGCTTGCGAAGTAGTGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGTCGATCCATTTGGGAAACTTGTGTGTGCGGCTTGCTGCGCAATTGACGCCCCTGGCCACCGTGACTTCATCAAGAACATGATCACGGGCACCTCGCAGGCTGACTGCGCCATTCTGGTGGTCGCCTCGGGTGTGGGCGAGTTCGAGGCTGGTATCTCCAAGGAGGGCCAGACGCGCGAGCACGCTCTGCTTGCTTTCACCCTGGGTGTGAAGCAGATGATCGT{GT}GCCATCAACAAGATGGACGACTCGTCTGTCATGTACGGCCAGGCCCGTTACGAGGAGATCAAGGCTGAGGTCACCACCTACCTGAAGAAGGTCGGCTACAAGCCCGCCAAGATCCCGTTCGTGCCCATTTCGGGCTGGGAGGGTGACAACATGATTGACCGTTCGGCCAACATGCCGTGGTACAAGGGACCCTTCCTCCTCGAGGCTCTTGACAACCTGAACGCCCCCAAGCGTCCGTCGGACAAGCCTCTGCGTCTGCCCCTCCAGGATGTGTACAAGATCGGCGGTATCGGCACGGTACCGGTCGGCCGTGTCGAGACGGGTGTCATCAAGCCCGGCATGGTCGCCACCTTCGGCCCCGTGGGTCTGTCGACGGAAGTTAAGTCCGTTGAGATGCACCACGAGTCTCTGCCGGAGGCTGTCCCCGGTGACAACGTTGGCTTCAACGTCAAGAACGTGTCGGTCAAGGAGCTGCGTCGTGGATTCGTCGC{CT}TCGGACTCCAAGAACGACCCGGCCAAGGCCACCCAGGACTTCACCGCCCAGGTGATCGTGCTGAACCACCCCGGCCAGATCGGCAACGGCTACTCGCCGGTGCTTGACTGCCACACGGCCCACGTTGCCTGCAAGTTCAAAGAGATCATCGAGAAGATGGACCGTCGTTCGGGCAAGGTGCGAGATTATCACTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCCGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATTGGGGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCACCCGCTTTATTATTATTAGTATCATCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTAGCAAGTGCACAAGCACACTCAGGACCTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCATCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCAGTGTTAGCAGGTGCTATTACAATGTTATTAACCGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCATCAGGTGGAGGAGATCCAGTATTATATCAATCAGGCACTCGCTCGGCGGTGGTACCGGCTCGGGTATGGGCACGCTTCTTATTTCGAAGATCCGTGAAGAGTACCCGGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCCAAGGTGTCGGACACGGTCGTGGAGCCCTACAACGCCACGCTGTCGGTGCACCAGCTGGTTGAGAACGCCGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGACATTTGCTTCCGCACGCTGAAGCTCACGACCCCCACCTACGGTGACCTGAACCACCTGGTGTGCGCCGCCATGTCGGGAATCACCACGTGCCTGCGTTTCCCGGGTCAGCTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCCGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTCATGATCGGTTTCGCCCCGCTAACGTCGCGTGGCTCGCAGCAGTACCGTGCCCTGACGGTGCCCGAGCTGACGCAGCAGCAGTTCGACGCCAAGAACATGATGTGCGCCGCCGACCCGCGCCACGGCCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGTATGAGCACGAAGGAGGTGGATGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGCGTGTGTGACATCCCGCCCAAGGGCCTCAAGATGAGCACCACGTTCATCGGCAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTTAAGCGCGTGTCCGAGCAGTTCACGGC Phytophthora_sp._CH97TUL22 CCACACCTAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAACCCCTATTGGGGGCTTGCTCCGGCGTGCGTGCTGGCCTGTAAGTCGGCGGCTGCTGCTGGGCGGGCTCTATCGCGAGCGTTTGGGCTTCGGCTCGAGCTAGTAGCTTTTTTAAACCCATTCTTAAATACTGAAATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAACCTTGGTTTTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGAGGATATGCCAGACGTGAAGTGTCTTGCTGGCGGTCTTTCGAGCTGCCGGTGAGTCCTTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGGCGTTGCTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTGTGGCTTGTCGGCGACCGGTTTGTTAGCTGTGACGTTTGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATCTGCTTATTGGGTGCTTTTCCTGTCATGGCGGTGCGAACTGGTGAACCGTAGTCATGTGGTTTGGCTTTTGAATCGGTTTTGCTTGCGAAGTAGTGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGTCGATCCATTTGGGAAACTTGTGTGTGCGGCTTGCTGCGCAATTGACGCCCCTGGCCACCGTGACTTCATCAAGAACATGATCACGGGCACCTCGCAGGCTGACTGCGCCATTCTGGTGGTCGCCTCGGGTGTGGGCGAGTTCGAGGCTGGTATCTCCAAGGAGGGCCAGACGCGCGAGCACGCTCTGCTTGCTTTCACCCTGGGTGTGAAGCAGATGATCGTGGCCATCAACAAGATGGACGACTCGTCTGTCATGTACGGCCAGGCCCGTTACGAGGAGATCAAGGCTGAGGTCACCACCTACCTGAAGAAGGTCGGCTACAAGCCCGCCAAGATCCCGTTCGTGCCCATTTCGGGCTGGGAGGGTGACAACATGATTGACCGTTCGGCCAACATGCCGTGGTACAAGGGACC{CT}TTCCTCCTCGAGGCTCTTGACAACCTGAACGCCCCCAAGCGTCCGTCGGACAAGCCTCTGCGTCTGCCCCTCCAGGATGTGTACAAGATCGGCGGTATCGGCACGGTACCGGTCGGCCGTGTCGAGACGGGTGTCATCAAGCCCGGCATGGTCGCCACCTTCGGCCCCGTGGGTCTGTCGACGGAAGTTAAGTCCGTTGAGATGCACCACGAGTCTCTGCCGGAGGCTGTCCCCGGTGACAACGTTGGCTTCAACGTCAAGAACGTGTCGGTCAAGGAGCTGCGTCGTGGATTCGTCGCTTCGGACTCCAAGAACGACCCGGCCAAGGCCACCCAGGACTTCACCGCCCAGGTGATCGTGCTGAACCACCCCGGCCAGATCGGCAACGGCTACTCGCCGGTGCTTGACTGCCACACGGCCCACGTTGCCTGCAAGTTCAAAGAGATCATCGAGAAGATGGACCGTCGTTCGGGCAAGGTGCGAGATTATCACTTTTAATTCGTATGGAATTAGCACAACCCGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTTGTTGTTACTGCACATGCTTTTATTATGGTTTTCTTTTTAGTTATGCCTGCTTTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATTGGGGCACCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCACCCGCTTTATTATTATTAGTATCATCAGCTATTGTTGAATCTGGTGCTGGTACTGGTTGGACAGTTTATCCACCATTAGCAAGTGCACAAGCACACTCAGGACCTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATTTAACAGGTATTTCATCTTTATTAGGTGCTATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACATTACCAGTGTTAGCAGGTGCTATTACAATGTTATTAACCGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGACCCATCAGGTGGAGGAGATCCAGTATTATATCAATCACGCACTCGCTCGGCGGTGGTACCGGCTCGGGTATGGGCACGCTTCTTATTTCGAAGATCCGTGAAGAGTACCCGGACCGTATCATGTGCACGTACTCGGTGTGCCCGTCGCCCAAGGTGTCGGACACGGTCGTGGAGCCCTACAACGCCACGCTGTCGGTGCACCAGCTGGTTGAGAACGCCGATGAGGTCATGTGCCTGGATAACGAGGCCCTGTACGACATTTGCTTCCGCACGCTGAAGCTCACGACCCCCACCTACGGTGACCTGAACCACCTGGTGTGCGCCGCCATGTCGGGAATCACCACGTGCCTGCGTTTCCCGGGTCAGCTGAACTCGGACCTGCGTAAGCTGGCCGTGAACCTGATCCCGTTCCCGCGTCTCCACTTCTTCATGATCGGTTTCGCCCCGCTAACGTCGCGTGGCTCGCAGCAGTACCGTGCCCTGACGGTGCCCGAGCTGACGCAGCAGCAGTTCGACGCCAAGAACATGATGTGCGCCGCCGACCCGCGCCACGGCCGCTATTTAACTGCCGCGTGTATGTTCCGCGGACGTATGAGCACGAAGGAGGTGGATGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAACATCAAGGCTAGCGTGTGTGACATCCCGCCCAAGGGCCTCAAGATGAGCACCACGTTCATCGGCAACTCGACCGCCATCCAGGAGATGTTTAAGCGCGTGTCCGAGCAGTTCACGGC ; END; BEGIN TREES; TITLE Phytophthora_clade_2; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Phytophthora glovera S_2', 2 Phytophthora_acerina, 3 Phytophthora_bisheria, 4 Phytophthora_botryosa, 5 Phytophthora_cactorum, 6 Phytophthora_capsici, 7 Phytophthora_citricola, 8 Phytophthora_citrophthora, 9 Phytophthora_colocasiae, 10 Phytophthora_glovera, 11 Phytophthora_himalsilva, 12 Phytophthora_inflata, 13 Phytophthora_meadii, 14 Phytophthora_multivora, 15 Phytophthora_pachypleura, 16 Phytophthora_plurivora, 17 Phytophthora_tropicalis; TREE PAUP_1 = [&R] (1,(((((((2,16)67.5,(7,15)64.6)99.7,14)92.4,(3,5)100.0)73.8,((((4,(9,13)74.7)78.5,11)52.5,8)92.5,12)100.0)100.0,17)100.0,6)99.4,10)0; END; BEGIN TREES; TITLE Phytophthora_clade_6; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Phytophthora_inundata, 2 Phytophthora_sp._CH97TUL1, 3 Phytophthora_sp._CH97TUL22, 4 Phytophthora_sp._CH97TUL2, 5 Phytophthora_asparagi, 6 Phytophthora_gibbosa, 7 Phytophthora_gonapodyides, 8 Phytophthora_gregata, 9 Phytophthora_humicola, 10 Phytophthora_litoralis, 11 Phytophthora_megasperma, 12 Phytophthora_pinifolia, 13 Phytophthora_rosacearum, 14 Phytophthora_sojae; TREE PAUP_1 = [&R] (1,((2,13)100.0,(((((3,4)99.4,8)99.4,6)100.0,7,((10,11)71.7,12)74.0)66.6,(5,14)100.0)96.9)100.0,9)0; END;