#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 07, 2021; 1:48 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Brumfield R., & Edwards S. 2007. Evolution into and out of the Andes: a Bayesian analysis of historical diversification in Thamnophilus antshrikes. Evolution, 61(2): 346-367. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1759] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Cymbilaimus_lineatus Frederickena_unduligera Sakesphorus_bernardi Sakesphorus_canadensis Sakesphorus_luctuosus Thamnomanes_caesius Thamnoophilus_doliatus Thamnophilus_aethiops Thamnophilus_amazonicus Thamnophilus_aroyae Thamnophilus_atrinucha Thamnophilus_bridgesi Thamnophilus_caerulescens Thamnophilus_cryptoleucus Thamnophilus_divisorius Thamnophilus_insignis Thamnophilus_murinus Thamnophilus_nigriceps Thamnophilus_nigrocinereus Thamnophilus_palliatus Thamnophilus_praecox Thamnophilus_punctatus Thamnophilus_ruficapillus Thamnophilus_schistaceus Thamnophilus_stictocephalus Thamnophilus_tenuepunctatus Thamnophilus_torquatus Thamnophilus_unicolor Thamnophilus_zarumae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Cymbilaimus_lineatus Frederickena_unduligera Sakesphorus_bernardi Sakesphorus_canadensis Sakesphorus_luctuosus Thamnomanes_caesius Thamnoophilus_doliatus Thamnophilus_aethiops Thamnophilus_amazonicus Thamnophilus_aroyae Thamnophilus_atrinucha Thamnophilus_bridgesi Thamnophilus_caerulescens Thamnophilus_cryptoleucus Thamnophilus_divisorius Thamnophilus_insignis Thamnophilus_murinus Thamnophilus_nigriceps Thamnophilus_nigrocinereus Thamnophilus_palliatus Thamnophilus_praecox Thamnophilus_punctatus Thamnophilus_ruficapillus Thamnophilus_schistaceus Thamnophilus_stictocephalus Thamnophilus_tenuepunctatus Thamnophilus_torquatus Thamnophilus_unicolor Thamnophilus_zarumae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=29; TAXLABELS Cymbilaimus_lineatus Frederickena_unduligera Sakesphorus_bernardi Sakesphorus_canadensis Sakesphorus_luctuosus Thamnomanes_caesius Thamnoophilus_doliatus Thamnophilus_aethiops Thamnophilus_amazonicus Thamnophilus_aroyae Thamnophilus_atrinucha Thamnophilus_bridgesi Thamnophilus_caerulescens Thamnophilus_cryptoleucus Thamnophilus_divisorius Thamnophilus_insignis Thamnophilus_murinus Thamnophilus_nigriceps Thamnophilus_nigrocinereus Thamnophilus_palliatus Thamnophilus_praecox Thamnophilus_punctatus Thamnophilus_ruficapillus Thamnophilus_schistaceus Thamnophilus_stictocephalus Thamnophilus_tenuepunctatus Thamnophilus_torquatus Thamnophilus_unicolor Thamnophilus_zarumae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Cymbilaimus_lineatus Frederickena_unduligera Sakesphorus_bernardi Sakesphorus_canadensis Sakesphorus_cristatus Sakesphorus_luctuosus Sakesphorus_melanonotus Sakesphorus_melanothorax Thamnomanes_caesius Thamnoophilus_doliatus Thamnophilus_aethiops Thamnophilus_amazonicus Thamnophilus_aroyae Thamnophilus_atrinucha Thamnophilus_bridgesi Thamnophilus_caerulescens Thamnophilus_cryptoleucus Thamnophilus_divisorius Thamnophilus_insignis Thamnophilus_murinus Thamnophilus_nigriceps Thamnophilus_nigrocinereus Thamnophilus_palliatus Thamnophilus_praecox Thamnophilus_punctatus Thamnophilus_ruficapillus Thamnophilus_schistaceus Thamnophilus_stictocephalus Thamnophilus_tenuepunctatus Thamnophilus_torquatus Thamnophilus_unicolor Thamnophilus_zarumae ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa5; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Cymbilaimus_lineatus Frederickena_unduligera Sakesphorus_bernardi Sakesphorus_canadensis Sakesphorus_cristatus Sakesphorus_luctuosus Sakesphorus_melanonotus Sakesphorus_melanothorax Thamnomanes_caesius Thamnoophilus_doliatus Thamnophilus_aethiops Thamnophilus_amazonicus Thamnophilus_aroyae Thamnophilus_atrinucha Thamnophilus_bridgesi Thamnophilus_caerulescens Thamnophilus_cryptoleucus Thamnophilus_divisorius Thamnophilus_insignis Thamnophilus_multistriatus Thamnophilus_murinus Thamnophilus_nigriceps Thamnophilus_nigrocinereus Thamnophilus_palliatus Thamnophilus_praecox Thamnophilus_punctatus Thamnophilus_ruficapillus Thamnophilus_schistaceus Thamnophilus_stictocephalus Thamnophilus_tenuepunctatus Thamnophilus_torquatus Thamnophilus_unicolor Thamnophilus_zarumae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1660] TITLE cytba; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=1045; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Cymbilaimus_lineatus 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Frederickena_unduligera TTTCGGATCCCTTCTTGGCATTTGTCTCATCACCCAAATTATCACCGGCTTACTAATAGCAATACACTACACAGCAGATACTACCCTAGCCTTCACATCAGTTGCCCACACCTGCCGAAATGTCCAATTTGGATGACTAATTCGTAACCTCCATGCAAACGGAGCCTCCCTATTCTTCATCTGTATCTACCTACACATTGGACGAGGACTTTACTACGGCTCCTACCTATACAAAGAAACCTGAAACACTGGAGTAATCCTACTACTAACCCTCATAGCAACAGCCTTTGTAGGTTACGTCCTTCCCTGAGGACAAATATCATTCTGAGGAGCCACCGTCATCACCAATTTATTCTCAGCCATCCCTTACATCGGACAAACACTTGTAGAATGGGCCTGAGGAGGATTTTCTGTCGACAATCCTACCCTTACACGATTTTTCGCCCTCCACTTTCTTCTCCCCTTTGTCATCGCAGGCCTTACACTCATCCACCTAACCTTCTTACACGAAACCGGATCAAACAACCCTCTAGGCATCCCATCAAACTGTGATAAAATCCCATTCCACCCCTACTTTACCTCAAAAGATATCCTAGGCTTCATAATTATATTCCTCCCTCTCGTATCACTCGCCATATTCTCACCTAACCTGCTAGGTGACCCAGAAAACTTCACACCCGCAAACCCACTAGTAACCCCTCCCCATATCAAACCCGAATGATACTTCCTATTCGCATACGCCATTCTACGCTCTATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTAGCCCTCGCCGCCTCTATCATCATTCTATTCTTCATCCCATTCCTCCACAAATCTAAACAACGAACAATAACTTTTCGACCCCTTTCTCAACTCATATTCTGAATCCTAGTATCAAACCTTTTAATCCTCACATGAGTAGGTAGCCAACCAGTAGAACATCCATTCATCATCATCGGCCAACTAGCCTCACTCACCTACTTTACAACCCTCCTAATTCTATTTCCACTCGTTGGAGCTCTAGAGAACAAAATACTCAACCTCTAA Sakesphorus_bernardi TTTCGGATCCCTCCTTGGCATCTGCCTTATAACTCAAATCATCACTGGCCTACTAATAGCAATGCACTACACAGCAGACACCACCCTAGCCTTCACATCAGTAGCCCATACCTGCCGAAACGTCCAATTTGGATGACTAATCCGAAACCTTCATGCAAACGGGGCTTCTCTATTTTTTATCTGCATCTACCTCCACATCGGGCGAGGACTCTACTACGGCTCCTACCTTTACAAAGAAACCTGAAACACAGGAGTAATCCTCCTACTGACACTCATAGCAACGGCATTCGTAGGATACGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTTTGAGGAGCAACCGTCATTACCAATTTGTTCTCAGCTATCCCCTACATCGGACAAACACTCGTAGAGTGGGCCTGAGGAGGTTTCTCAGTCGATAATCCTACCTTGACACGATTCTTTGCACTCCACTTTCTTCTTCCCTTCGTCATCGCAGGCCTAACACTCATCCACTTAACCTTCCTACACGAAACTGGATCTAACAACCCCTTAGGCATCTCATCAAACTGTGACAAAATTCCATTCCACCCCTACTTCTCCTTAAAAGATGTCCTAGGCTTCATAGCCATACTTCTCCCTCTCATAGCCCTCGCTATATTCTCACCCAACCTTCTAGGAGACCCAGAAAACTTCACACCCGCAAACCCATTAGTAACCCCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCCTATTTGCATATGCCATCCTACGATCTATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTTCTCGCCCTAGCTGCCTCCGTCCTTATCCTATTTTTAATTCCCTTCCTACATAAATCCAAGCAACGAACAATAACCTTTCGTCCTCTTTCTCAACTCATATTCTGAACCCTAGCATCCAACCTTCTAATTCTCACATGAGTAGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCCTTTATCGTCATTGGCCAACTAGCTTCACTCACCTACTTTATAACCCTTCTAGTTCTATTCCCAATCGTTGGAGCCCTAGAGAACAAGATACTGAACCTCTAA Sakesphorus_canadensis 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Sakesphorus_luctuosus 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Thamnomanes_caesius CTTTGGATCCCTCCTTGGCATCTGCCTTATAACCCAAATCATCACCGGCCTATTAATAGCAATGCACTACACAGCAGACACCACCCTAGCCTTCACATCAGTTGCTCACACATGCCGAAACGTCCAATTCGGATGACTAATCCGAAACCTCCATGCAAACGGAGCTTCCATATTTTTCATCTGCATCTACCTTCATATTGGACGAGGCCTCTACTACGGCTCCTACCTCTACAAAGAAACATGAAACACAGGAGTTATCCTACTATTAACCCTCATAGCAACAGCCTTTGTAGGGTACGTTCTCCCCTGAGGACAAATGTCATTCTGAGGGGCAACCGTCATCACCAACTTATTTTCAGCCATCCCATATATCGGACAAACACTCGTAGAATGAGCTTGAGGAGGATTTTCAGTCGACAACCCCACTCTAACACGATTCTTCGCCCTCCACTTCTTGCTCCCCTTCGCCATCGCAGGCCTCACACTTATCCACTTAACCTTCCTACACGAAACCGGATCAAATAACCCTCTAGGCATCTCATCAAACTGCGACAAAATTCCATTCCACCCTTACTTCTCCTCAAAAGACATCTTAGGATTCATAGCCATATTCCTCCCCCTCTTATCCCTCGCAATATTCTCACCTAACCTCTTAGGCGATCCAGAAAACTTTACACCCGCAAACCCATTAGTAACTCCTCCCCACATTAAACCCGAATGATACTTTCTATTCGCATATGCCATCTTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTCGCTCTCGCTGCCTCCGTCCTAATCCTATTCCTAATCCCTTTCCTACATAAATCCAAGCAACGAGCAATAACTTTCCGACCTCTCTCCCAACTCATATTCTGAATCCTAGTATCTAACCTCCTAATCCTCACATGAGTAGGCAGCCAACCAGTAGAACACCCATTCATCATCATCGGCCAATTAGCTTCACTCACCTACTTTACAACCCTCCTAGTTCTATTTCCAATTGCTGGAGCCCTAGAGAACAAAATACTAAACTTCTAA Thamnoophilus_doliatus TTTTGGCTCCCTTCTCGGCATCTGCCTTATAACCCAAATTATCACTGGCCTATTAATAGCAATACACTACACAGCAGATACCACCCTAGCTTTTACATCAGTAGCCCATACTTGCCGAAATGTCCAATTCGGATGACTAATCCGAAATCTTCATGCAAACGGAGCTTCCCTATTTTTTATCTGCATCTACCTACACATCGGGCGAGGACTTTACTATGGCTCCTACCTTTACAAAGAAACCTGAAACACAGGAGTAGTCCTATTACTAACCCTTATAGCAACAGCATTTGTAGGATATGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCAACCGTTATCACCAACTTATTCTCAGCTATTCCTTACATCGGACAAGCACTCGTAGAATGGGCCTGAGGAGGTTTCTCAGTCGACAATCCTACCCTGACACGATTCTTTGCTCTCCACTTTCTTCTTCCCTTTGTCATCGCAGGTCTCACACTAATCCACCTAACTTTTTTACACGAAACCGGATCTAATAATCCTTTAGGCATCTCATCAAACTGCGATAAAATTCCATTCCACCCCTACTTCTCCTCAAAAGACATCCTAGGCTTCATAGCTATGCTTCTTCCCCTCATAGCCCTCGCTATATTCTCACCCAACCTCCTAGGCGACCCAGAAAACTTCACACCTGCAAATCCATTAGTAACCCCTCCCCACATCAAACCCGAATGATATTTCCTATTTGCATACGCTATCCTACGATCCATCCCCAATAAACTAGGAGGAGTCCTCGCTCTCGCTGCCTCCGTCCTTATCCTTTTTTTAATCCCTTTCTTACACAAATCTAAACAACGAACAATAACCTTTCGACCTCTTTCCCAACTTATATTCTGAACCCTGGTATCCAACCTCCTAATTCTTACATGAGTAGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCATTCATCGTCATCGGCCAACTAGCTTCACTCACCTACTTCACTACCCTCCTAGTTCTATTCCCAATCATCGGAGCCCTCGAGAACAAAATACTCAACCTCTAA Thamnophilus_aethiops CTTTGGATCCCTTCTTGGCATCTGCCTTATGACTCAAATTGTCACTGGCTTACTAATAGCAATGCACTACACAGCAGACACCACCCTAGCCTTCACATCAGTAGCCCATACCTGCCGAAACGTCCAATTTGGATGACTAATCCGAAATCTCCATGCAAACGGAGCCTCCCTATTCTTCATCTGCATCTATCTTCACATTGGACGAGGACTTTACTACGGTTCCTACCTTTACAAAGAAACTTGAAACACAGGAGTAGTCCTACTTCTAACCCTTATAGCAACAGCATTCGTAGGATACGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTCTGAGGAGCAACCGTCATTACTAATTTATTCTCAGCTATCCCTTACATCGGACAAACACTCGTAGAATGGGCTTGAGGAGGTTTCTCAGTCGATAATCCTACCCTGACACGATTCTTTGCTCTCCACTTCCTCCTTCCTTTCGTCATCGCAGGCCTAACACTTATTCACCTAACTTTTTTACACGAAACCGGATCTAACAACCCTCTAGGCATTTCATCAAACTGTGATAAAATCCCATTCCACCCCTATTTCTCCTCAAAGGACATCCTAGGCTTCATAGCTATATTCATCCCCCTGATAGCTCTCGCTATATTCTCACCCAACCTCCTAGGCGACCCAGAAAACTTCACGCCCGCGAACCCACTAGTAACCCCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCCTATTTGCATACGCCATTCTACGATCCATCCCTAACAAACTAGGAGGAGTCCTCGCCCTCGCCGCCTCCGTCCTTGTTCTATTCTTAATCCCCTTCCTACATAAATCCAAACAACGAACAATAACCTTTCGACCTCTTTCCCAACTCATATTTTGAGCCCTAGTATCCAACCTTTTAATCCTCACATGAGTAGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCCTTCATCATCATTGGCCAACTAGCTTCACTCACCTACTTTACAACTCTCCTAGTTCTATTCCCAATCATCGGAGCCCTAGAGAACAAAATACTCAACCTCTAA Thamnophilus_amazonicus 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Thamnophilus_aroyae TTTTGGATCCCTCCTTGGCATCTGCCTTATGACCCAAATTATCACTGGCTTATTAATAGCAATACACTACACAGCAGACACCACCCTAGCCTTCACATCAGTAGCCCATACTTGCCGAAACGTCCAATTCGGATGACTGATCCGAAATCTACATGCAAACGGAGCCTCCCTATTCTTCATCTGCATCTACCTCCACATTGGACGAGGACTTTACTACGGCTCCTATCTTTACAAAGAAACTTGAAACACAGGAGTAGTCCTACTTCTAACCCTTATAGCAACAGCATTCGTAGGATATGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTCTGAGGGGCGACTGTCATTACTAATTTATTCTCAGCTATCCCTTACATCGGACAAACACTCGTAGAATGGGCCTGAGGAGGTTTCTCAGTCGATAATCCTACCCTGACACGATTCTTTGCCCTCCACTTCCTCCTTCCCTTCGTCATCGCAGGCCTAACACTTATCCACCTAACCTTTTTACACGAAACCGGATCCAATAACCCTTTAGGCATTTCATCAAACTGTGATAAAATTCCATTCCACCCCTATTTCTCCTCAAAGGACATCCTAGGCTTCATAGCCACATTCCTACCCCTGATAGCTCTCGCTATATTCTCACCCAATCTTCTAGGCGACCCAGAAAACTTTACACCCGCGAACCCATTAGTAACCCCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCCTATTTGCATACGCCATTCTACGATCCATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTCGCCCTTGCCGCCTCCGTCCTTATCCTATTCTTAATTCCCTTCCTACACAAATCCAAACAACGAACAATAACCTTTCGACCCTTTTCCCAACTCATATTTTGAGCCCTAGTATCTAACCTTCTGATCCTCACATGAGTGGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCATTCATCATCATTGGCCAACTAGCTTCACTCACCTACTTTACAACCCTCCTAGTTCTATTCCCAATCGTCGGAGCCCTAGAGAACAAAATACTCAACCTCTAA Thamnophilus_atrinucha CTTTGGATCCCTTCTCGGCATCTGCCTCATAACTCAAATCATCACCGGCCTACTAATAGCTATGCACTACACAGCGGACACCACTCTAGCCTTCACATCAGTAGCCCACACCTGCCGAAACGTTCAATTTGGATGACTAATCCGAAATCTCCATGCAAACGGAGCTTCCTTATTTTTTATCTGCATTTATCTCCACATTGGACGAGGACTTTACTACGGCTCTTACCTTTACAAAGAAACCTGAAACACAGGAGTAATCCTTCTACTAACCCTTATAGCAACAGCATTCGTAGGATATGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTTTGAGGAGCAACCGTTATTACCAATTTATTCTCAGCTATCCCTTACATCGGACAAACACTCGTAGAATGGGCCTGAGGAGGTTTCTCAGTCGACAATCCTACCCTGACACGATTTTTCGCCCTCCACTTTCTTCTCCCCTTCGTCATCGCAGGTCTAACACTTATCCACTTAACCTTTCTGCACGAAACTGGATCTAACAATCCCCTAGGCATTTCATCAAACTGTGATAAAATCCCATTCCACCCTTACTTTTCCTCGAAAGATGTCCTAGGCTTCATAGCCATACTCTTTCCCCTCATAACTCTCGCCATATTCTCACCTAACCTTCTAGGCGATCCAGAAAACTTCACACCCGCAAACCCACTAGTAACCCCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCCTATTTGCATATGCTATCCTACGATCCATCCCCAATAAACTAGGAGGAGTCCTCGCCCTCGCCGCTTCCGTCCTTATCCTATTTTTAATCCCCTTCCTACACAAATCCAAACAACGAACAATAACCTTTCGACCTCTCTCCCAACTCACATTTTGAGCCCTAGTATCTAACCTTCTAATTCTCACATGAGTAGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCATTCATCATCATTGGCCAACTAGCCTCACTCACCTACTTCACAACCCTTCTAGTTCTATTCCCAATCATTGGAACCCTAGAGAACAAAATACTGAACCTCTAA Thamnophilus_bridgesi CTTTGGGTCACTTCTTGGCATCTGCCTTATAACTCAAATCATCACCGGCCTGTTAATAGCCATGCACTACACAGCGGACACCACTCTAGCCTTCACATCAGTAGCCCACACTTGCCGAAATGTCCAATTTGGATGACTAATCCGAAACCTCCATGCAAATGGAGCTTCCTTATTCTTTATCTGCATCTATCTCCACATTGGACGAGGACTTTACTATGGCTCTTACCTCTACAAAGAAACCTGAAATACAGGAGTAATCCTTCTACTAACCCTCATAGCAACAGCATTCGTAGGATACGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTTTGAGGAGCAACCGTCATTACCAATTTATTCTCAGCTATCCCTTACATCGGACAAACACTTGTAGAATGGGCCTGAGGAGGTTTCTCAGTCGATAATCCTACCCTGACACGATTCTTCGCTCTCCACTTTCTCCTCCCCTTTGTCATCGCAGGTCTCACACTTATCCACCTAACCTTTCTACACGAAACTGGATCTAACAATCCCCTAGGCATCTCATCAAACTGCGATAAAATTCCATTCCACCCTTATTTCTCCTCAAAAGATACCCTAGGCTTCATAGCTATACTCTTTCCCCTCATAGCCCTCGCCATATTCTCACCTAACCTCCTAGGTGACCCAGAAAACTTCACACCCGCAAACCCACTAGTAACCCCTCCCCACATTAAACCCGAATGATACTTCCTATTTGCGTATGCTATTCTACGATCTATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTCGCCCTCGCCGCCTCCGTCCTTATCCTATTCTTAATACCCTTCCTACACAAATCCAAACAACGAACAATAACCTTTCGACCTCTCTCCCAACTCACATTTTGAGCCCTAGTATCTAACCTCCTAATTCTGACATGAGTGGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCATTTATCATTATTGGCCAACTAGCTTCACTCACCTACTTCACAACCCTTCTAGTTCTATTCCCAATCATCGGAACCCTAGAGAACAAGATACTGAACCTCTAA Thamnophilus_caerulescens TTTTGGATTCCTCCTTGGCCTTTGCCTTACAACTCAAATTATTACTGGCTTATTAATAGCAATGCACTACACAGCAGACACTACCCTAGCCTTTACATCAGTAGCCCATACCTGCCGAAACGTCCAATTCGGGTGATTGATCCGAAACCTTCATGCAAACGGAGCCTCCATATTCTTCATCTGCATCTACCTCCACATCGGACGAGGACTTTACTACGGCTCCTACCTTTACAAAGAGACTTGAAACACAGGAGTAGTCCTACTTCTAACCCTTATAGCAACAGCATTCGTAGGATATGTCCTCCCCTGAGGACAAATATCATTCTGAGGAGCAACTGTAATTACTAACTTATTCTCAGCTATCCCTTACATCGGACAAACACTCGTAGAATGGGCCTGAGGAGGCTTTTCAGTCGATAATCCTACCTTGACACGATTCTTTGCTCTCCACTTCCTCCTTCCCTTCGTCATCGCAGGTCTAACACTTATTCACCTAACTTTTCTACACGAGACTGGATCCAACAACCCCTTAGGCATTTCATCAAACTGTGATAAAATTCCATTCCATCCCTACTTCTCTTCAAAGGACATCCTAGCATTCATAGCCATACTTTTCCCCCTGATAGCTCTCGCCATATTCTCACCCAACCTCCTAGGCGACCCAGAAAATTTCACACCCGCAAACCCACTAGTAACCCCTCCCCACATCAAACCCGAATGATACTTCCTATTTGCATACGCCATTCTACGGTCTATCCCCAACAAACTAGGAGGAGTCCTCGCCCTTGCCGCCTCCGTCCTTATCCTATTCTTAATCCCCTTCCTACACAAATCCAAGCAGCGAACAATAACCTTTCGACCTTTTTCCCAACTCATATTTTGAGCCCTAGTATCTAACCTCCTAATCCTCACATGAGTAGGAAGCCAACCAGTAGAACACCCATTCATCATCATTGGTCAACTAGCTTCACTCACCTACTTTACGACCCTCCTAGTTCTATTCCCAGTCATCGGAGCCCTAGAGAACAAAATACTCAACCTCTAA Thamnophilus_cryptoleucus 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Thamnophilus_divisorius 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Sakesphorus_canadensis 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Thamnomanes_caesius 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Thamnoophilus_doliatus 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Thamnophilus_caerulescens 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Thamnophilus_insignis 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Thamnophilus_punctatus 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Thamnophilus_stictocephalus 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Thamnophilus_unicolor 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Thamnophilus_zarumae 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Thamnoophilus_doliatus 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Thamnophilus_aethiops TTCAGTACTTATGACAGAGACAATGATGGATGGTATGTACTCACACTAAACATTTAAAATAAAAATAGAGTTTAAAATAGAGCTGAATATAGAATATTTCTCTAATTTGCCACTAGTTTTTGTAATATTTCAAAATACATTTTATCCCTGCAAGTTACTAGCCAAATGTCCATGCAATTCTCTTGGCATAGCCAAGGATGGTTAAAACTATATATTAGAATAG------------------CGACATTTGACAACCAAGTAAGA{AC}GCAAGCATGCTGAATTTTATTAATTCCATGAATAACTTACTACAGACAAAGCAGCAAATCTGGATGTGATACATTCATTGTCAGAGACTGATGGTGGCAGTGCTGAGGACACTGTCTTGCTAAGTAGGAATATTGGTGCTCACTCCAATAACATAAAATGGTTCTTGAAGGAAGAGACAGGTAGCATGTCCATTT-AAAAAAA----CAGAGTTCT{AG}CCTACTCAGAAGGCAGGAGCTGAGTTGTAAAGTACATAACTGAGCACTATCTC--TAAACTGTGCATAATACCTGATTACAC--AGTCATGAATAAAGAAATTGTTTAGATTAGTGAAGACATACATTTCTCATTGTTTTCAATCTTCAAATTTAATTGATATTGTAATTATCC------------TTATGACCTTCAAGTAGTGGTAGTTACCAATCAGTATAACTAAAATGACATTCCCAAAGAGATGTAGTTAGAATTTGACCTTAGCTTCTTCACCTTCTAAGTGCACTGGGTAGCACACACTTGTGATAGTGAATCTGTTACAGAAAGCTCAGAGAGGACTTAAAATGTTTATTATGGTATGAAAATTTCAGGACATGGGCAAGTATACTACTCTGTTGATCTGTTTGCTTACAATACATCTGTTACGCTCAACACTTTTTATTTTCTCTCATCAGGCCAACTAAAGATCCAAGAAAACAGTG 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Thamnophilus_aroyae 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Frederickena_unduligera 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Sakesphorus_bernardi 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Sakesphorus_melanonotus 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Sakesphorus_melanothorax 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Thamnomanes_caesius 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Thamnophilus_aethiops 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Thamnophilus_atrinucha 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Thamnophilus_bridgesi 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Thamnophilus_caerulescens 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Thamnophilus_cryptoleucus 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Thamnophilus_divisorius 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Thamnophilus_murinus 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Thamnophilus_nigriceps 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Thamnophilus_nigrocinereus 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Thamnophilus_palliatus 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Thamnophilus_praecox 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Thamnophilus_punctatus GTTTAACTCCTTCCCCTGCTAATGAACCCCCAAGCCAAATTACTATCCATTACAAGCTTATTTCTAGGATCCACCATCACAATTACAAGTAACCACTGAATCATAGCATGGACTGGGTTAGAAATCAACACTCTAGCTATCCTCCCCCTTATTTCAAAATCCCATCATCCGCGGGCTGTCGAAGCTGCAACAAAATACTTCCTAGTCCAAGCAGCCGCCTCTGCACTACTCTTATTTTCCAGCATAACTAATGCATGATACACCGGACAGTGAGACATCACTCAACTTACCCACCCAACATCATGCCTACTTCTTACAACGGCCATCTCAATTAAATTAGGACTAGTCCCATTTCACCTCTGATTCCCAGAAGTCCTCCAAGGTACATCTTTAACAACTGGCCTCCTATTAGCAACAGCCCTAAAATTCCCACCAATCACATTACTCTTACTCACATCCCCTTCACTTAACCCCACCCTCCTAACTATTATAGCAATCGCATCAACCGCCCTAGGTGGCTGAGCTGGATTAAACCAAACCCAAACCCGCAAAATCCTAGCCTTTTCCTCCATCTCCCACCTAGGCTGAATAACTATCATCCTCGTATATAACCCCAAACTCACTTTAATCACCTTCTACCTATATTGCTTGATAACCATCCCTATTTTCCTTACTCTTAATACAATCAAAACCTTAAAACTAACCACAATATCAACTGCATGAACAAAAATTCCCCCACTAACTGCAACTCTCATGCTCATACTTCTGTCCTTAGCAGGATTACCCCCATTAACAGGCTTCCTGCCAAAATGACTAATTATTCAAGAACTAACCAAACAAGAAATAACCCCAACAGCAACAATCATCGCCCTACTGTCCCTACTCGGACTATTCTTCTACCTACGCCTTGCCTACTGCGCAACAATCACTCTCCCTCCTAACCCTATCAATCATATAAAACAATGGCAAACTAACAAATCAACAAAGATATTTATCACAACTTTCATCACCCTATCCACTATACTACTCCCCCTATCCCCAATGAT 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Thamnophilus_schistaceus 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Thamnophilus_tenuepunctatus 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Thamnophilus_unicolor GTTTAACTCCTTCCCCTGCTAATGAACCCTCAAGCCAAATTACTATCCATCACAAGCCTGTTCCTAGGGTCTACCATCACAATTACAAGCAACCATTGAATCATGGCATGAACTGGATTAGAAATCAACACTCTAGCTATCCTCCCTCTCATTTCAAAATCTCATCATCCACGAGCTGTCGAAGCCGCGACAAAATACTTTCTAGTCCAAGCAACCGCCTCTGCACTACTCTTATTTTCTAGCATGACTAATGCATGGCACACCGGGCAATGAGACATCACTCAGCTTACCCACCCAACATCATGCCTACTTCTTACAACAGCTATTTCAATTAAACTAGGGCTAGTCCCATTTCACTTCTGATTCCCAGAAGTCCTCCAAGGTTCATCTCTAACAACTGGCCTCCTACTAGCAACAGCCCTAAAATTCCCACCACTCACATTACTTCTACTCACATCCCCTTCACTAAATCCCACCCTCCTAACTATTATAGCAATTGCATCAACAGCCCTGGGCGGCTGAGCCGGATTAAACCAAACCCAAACCCGCAAGATCCTAGCCTTCTCTTCCATCTCCCACCTAGGCTGAATAGCCATCATCCTTGTATATAACCCCAAACTCACTTTAATTACCTTCTACCTATATTGCTTGATAACTATCCCTATTTTCCTCACCCTTAATACAATCAAAACCTTAAAACTAACCACAATATCAACTGCATGAACAAAAATTCCCCCACTAACTGCCACCCTCATGCTCATACTTCTATCCTTAGCAGGACTACCCCCATTAACAGGCTTCCTGCCAAAATGGCTGATCATTCAAGAACTAACCAAACAAGAAATAACCTCAACAGCAACAATTATCGCCCTACTATCCCTACTCGGACTTTTCTTCTACCTGCGCCTTGCCTACTGTGCAACAATCACTCTTCCCCCCAACTCCATCAACCATATAAAACAATGACAAACTAATAAATCAACAAAGATATCTATCACAACTTTCATCACACTGTCTATTATACTTCTTCCCCTCTCCCCCATGAT Thamnophilus_zarumae GTTTAACTCCTTTCCCTGCTAATGAACCCCCAAGCCAAATTACTGTCTATTACAAGTTTAATCCTAGGGACTACCATCACAATCTCAAGTAGCCATTGAATCATAGCATGAACCGGATTAGAAATCAACACCTTAGCTATCCTCCCCCTTATTTCAAAATCTCATCACCCCCGAGCCATCGAAGCTGCAACAAAATACTTCCTAATCCAAGCAACTGCCTCCGCACTACTCTTATTTTCTAGCATAACTAATGCATGACACACCGGGCAATGAGACATCACCCAACTTACACACCCAACATCATGCTTACTTCTTACAACAGCCATCTCAATTAAACTAGGATTAGTCCCATTTCATTTTTGATTCCCAGAAGTCCTTCAAGGCACATCCCTAACAACAGGTCTCCTATTAGCAACTGCCCTAAAATTCCCACCAACCACATTACTTCTACTCACATCCTCTTCACTTAGCCCCACCCTACTAACTATTATAGCAATTGCATCAACAGCCTTAGGTGGCTGAGCCGGACTAAACCAAACCCAAACCCGCAAGATCCTAGCCTTCTCCTCTATCTCCCACTTAGGCTGAATGACCATTGTTCTTGTATATAATCCTAAACTCACTCTAGTCACCTTCTACTTGTACTGCCTAATGACAATCCCTATTTTCCTTACCCTCAACACAATCAAAACCTTAAAACTAACTACAATGTCAACTGCATGAACAAAAATTCCTCCATTAACTGCAACCCTTATACTCATACTTCTATCCCTAGCAGGACTACCTCCACTAACAGGATTCTTACCAAAATGACTAATTATTCAAGAACTAACCAAACAAGAAATAACCCCAACAGCAACAATTATCGCCCTACTATCCTTACTCGGACTCTTCTTTTACCTACGCCTTGCCTACTGCGCAACAATCACTCTCCCCCCTAATTCCATCAATCACATAAAACAATGATACACCAATAAATCAACGAAAATAATTATCACAACCTTTACTACTTTATCTACCATACTACTACCTCTCTCCCCCATGAT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = nd2a) = N: 1-1046; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = nd2a) = N: 1-1046; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8279; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Thamnophilus_multistriatus, 2 Sakesphorus_melanothorax, 3 Sakesphorus_cristatus, 4 Sakesphorus_melanonotus, 5 Thamnophilus_divisorius, 6 Thamnophilus_zarumae, 7 Thamnophilus_unicolor, 8 Thamnophilus_torquatus, 9 Thamnophilus_tenuepunctatus, 10 Thamnophilus_schistaceus, 11 Thamnophilus_ruficapillus, 12 Thamnophilus_stictocephalus, 13 Thamnophilus_punctatus, 14 Thamnophilus_praecox, 15 Thamnophilus_palliatus, 16 Thamnophilus_nigrocinereus, 17 Thamnophilus_nigriceps, 18 Thamnophilus_murinus, 19 Thamnophilus_insignis, 20 Thamnoophilus_doliatus, 21 Thamnophilus_cryptoleucus, 22 Thamnophilus_caerulescens, 23 Thamnophilus_bridgesi, 24 Thamnophilus_atrinucha, 25 Thamnophilus_aroyae, 26 Thamnophilus_amazonicus, 27 Thamnophilus_aethiops, 28 Thamnomanes_caesius, 29 Sakesphorus_luctuosus, 30 Sakesphorus_canadensis, 31 Sakesphorus_bernardi, 32 Frederickena_unduligera, 33 Cymbilaimus_lineatus; TREE Fig._2a_1 = [&R] (33,((32,(((31,((((((((27,(25,7)),22),(13,12)),5),(((17,14),2),3)),26,19),(21,16)),((18,10),4)),(20,(((15,9),1),6),(11,8))),(24,23)),(30,29))),28)); TREE Fig._2a_3 = [&R] (33,((32,((((31,((((((((27,(25,7)),22),(13,12)),5),(((17,14),2),3)),26,19),(21,16)),((18,10),4))),(20,(((15,9),1),6),(11,8))),(24,23)),(30,29))),28)); TREE Fig._2a_2 = [&R] (33,((32,((((31,(20,(((15,9),1),6),(11,8))),((((((((27,(25,7)),22),(13,12)),5),(((17,14),2),3)),26,19),(21,16)),((18,10),4))),(24,23)),(30,29))),28)); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8282; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Cymbilaimus_lineatus, 2 Frederickena_unduligera, 3 Sakesphorus_bernardi, 4 Sakesphorus_canadensis, 5 Sakesphorus_luctuosus, 6 Thamnomanes_caesius, 7 Thamnophilus_aethiops, 8 Thamnophilus_amazonicus, 9 Thamnophilus_aroyae, 10 Thamnophilus_atrinucha, 11 Thamnophilus_bridgesi, 12 Thamnophilus_caerulescens, 13 Thamnophilus_cryptoleucus, 14 Thamnoophilus_doliatus, 15 Thamnophilus_insignis, 16 Thamnophilus_murinus, 17 Thamnophilus_nigriceps, 18 Thamnophilus_nigrocinereus, 19 Thamnophilus_palliatus, 20 Thamnophilus_praecox, 21 Thamnophilus_punctatus, 22 Thamnophilus_stictocephalus, 23 Thamnophilus_ruficapillus, 24 Thamnophilus_schistaceus, 25 Thamnophilus_tenuepunctatus, 26 Thamnophilus_torquatus, 27 Thamnophilus_unicolor, 28 Thamnophilus_zarumae, 29 Thamnophilus_divisorius; TREE Fig._2d = [&R] (1,(2,(((((3,10),8),((14,28),((19,25),(23,26)))),((((7,9,27),(17,20)),12,((13,18),21,22)),(15,29)),24),((4,5),(11,16)),6))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8281; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Thamnophilus_stictocephalus, 2 Thamnophilus_punctatus, 3 Thamnophilus_praecox, 4 Thamnophilus_palliatus, 5 Thamnophilus_nigrocinereus, 6 Thamnophilus_nigriceps, 7 Thamnophilus_murinus, 8 Thamnophilus_insignis, 9 Thamnoophilus_doliatus, 10 Thamnophilus_cryptoleucus, 11 Thamnophilus_caerulescens, 12 Thamnophilus_bridgesi, 13 Thamnophilus_atrinucha, 14 Thamnophilus_aroyae, 15 Thamnophilus_amazonicus, 16 Thamnophilus_aethiops, 17 Thamnomanes_caesius, 18 Sakesphorus_luctuosus, 19 Sakesphorus_canadensis, 20 Sakesphorus_bernardi, 21 Frederickena_unduligera, 22 Cymbilaimus_lineatus, 23 Thamnophilus_divisorius, 24 Thamnophilus_zarumae, 25 Thamnophilus_unicolor, 26 Thamnophilus_torquatus, 27 Thamnophilus_tenuepunctatus, 28 Thamnophilus_schistaceus, 29 Thamnophilus_ruficapillus; TREE Fig._2c_2 = [&R] (22,(21,(((((20,(13,12)),((((((16,14),11),25),((10,5),(2,1))),((15,(8,23)),(6,3))),(7,28))),((9,((4,27),24)),(29,26))),(19,18)),17))); TREE Fig._2c_1 = [&R] (22,(21,(((((20,(13,12)),(((((16,14),11),25),((10,5),(2,1))),((15,(8,23)),(6,3))),(7,28)),((9,((4,27),24)),(29,26))),(19,18)),17))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8283; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Thamnophilus_atrinucha, 2 Thamnophilus_aroyae, 3 Thamnophilus_amazonicus, 4 Thamnophilus_aethiops, 5 Thamnomanes_caesius, 6 Sakesphorus_luctuosus, 7 Sakesphorus_canadensis, 8 Sakesphorus_bernardi, 9 Frederickena_unduligera, 10 Cymbilaimus_lineatus, 11 Thamnophilus_divisorius, 12 Thamnophilus_zarumae, 13 Thamnophilus_unicolor, 14 Thamnophilus_torquatus, 15 Thamnophilus_tenuepunctatus, 16 Thamnophilus_schistaceus, 17 Thamnophilus_ruficapillus, 18 Thamnophilus_stictocephalus, 19 Thamnophilus_punctatus, 20 Thamnophilus_praecox, 21 Thamnophilus_palliatus, 22 Thamnophilus_nigrocinereus, 23 Thamnophilus_nigriceps, 24 Thamnophilus_murinus, 25 Thamnophilus_insignis, 26 Thamnoophilus_doliatus, 27 Thamnophilus_cryptoleucus, 28 Thamnophilus_caerulescens, 29 Thamnophilus_bridgesi; TREE Fig._2e = [&R] (10,(9,((((((8,(1,29)),(25,11)),((((4,2,((23,20),13),(19,18)),(28,(27,22))),16),(((26,(17,14)),(21,15)),12),24)),3),(7,6)),5))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8284; LINK TAXA = Taxa5; TRANSLATE 1 Thamnophilus_multistriatus, 2 Sakesphorus_melanothorax, 3 Sakesphorus_cristatus, 4 Sakesphorus_melanonotus, 5 Thamnophilus_divisorius, 6 Thamnophilus_zarumae, 7 Thamnophilus_unicolor, 8 Thamnophilus_torquatus, 9 Thamnophilus_tenuepunctatus, 10 Thamnophilus_schistaceus, 11 Thamnophilus_ruficapillus, 12 Thamnophilus_stictocephalus, 13 Thamnophilus_punctatus, 14 Thamnophilus_praecox, 15 Thamnophilus_palliatus, 16 Thamnophilus_nigrocinereus, 17 Thamnophilus_nigriceps, 18 Thamnophilus_murinus, 19 Thamnophilus_insignis, 20 Thamnoophilus_doliatus, 21 Thamnophilus_cryptoleucus, 22 Thamnophilus_caerulescens, 23 Thamnophilus_bridgesi, 24 Thamnophilus_atrinucha, 25 Thamnophilus_aroyae, 26 Thamnophilus_amazonicus, 27 Thamnophilus_aethiops, 28 Thamnomanes_caesius, 29 Sakesphorus_luctuosus, 30 Sakesphorus_canadensis, 31 Sakesphorus_bernardi, 32 Frederickena_unduligera, 33 Cymbilaimus_lineatus; TREE Fig._2f = [&R] (33,(32,(((((31,(24,23)),(((((((27,25),7),22),((21,16),(13,12))),(17,14)),((26,((19,5),2)),4)),(18,10))),((20,(11,8)),(((15,9),1),6))),((30,29),3)),28))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8280; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Thamnophilus_nigriceps, 2 Thamnophilus_nigrocinereus, 3 Thamnophilus_palliatus, 4 Thamnophilus_praecox, 5 Thamnophilus_punctatus, 6 Thamnophilus_stictocephalus, 7 Thamnophilus_ruficapillus, 8 Thamnophilus_schistaceus, 9 Thamnophilus_tenuepunctatus, 10 Thamnophilus_torquatus, 11 Thamnophilus_unicolor, 12 Thamnophilus_zarumae, 13 Thamnophilus_divisorius, 14 Sakesphorus_melanonotus, 15 Sakesphorus_cristatus, 16 Sakesphorus_melanothorax, 17 Cymbilaimus_lineatus, 18 Frederickena_unduligera, 19 Sakesphorus_bernardi, 20 Sakesphorus_canadensis, 21 Sakesphorus_luctuosus, 22 Thamnomanes_caesius, 23 Thamnophilus_aethiops, 24 Thamnophilus_amazonicus, 25 Thamnophilus_murinus, 26 Thamnophilus_insignis, 27 Thamnoophilus_doliatus, 28 Thamnophilus_cryptoleucus, 29 Thamnophilus_caerulescens, 30 Thamnophilus_bridgesi, 31 Thamnophilus_atrinucha, 32 Thamnophilus_aroyae; TREE Fig._2b = [&R] (17,(18,((((((19,(31,30)),((((((23,32),11),29),(5,6)),(28,2)),((24,((26,13),((1,4),16))),14))),(25,8)),((27,(7,10)),((3,9),12))),((20,21),15)),22))); END;