#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 07, 2021; 1:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Alors D., Lumbsch H.T., Divakar P.K., Leavitt S., & Crespo A. 2016. An Integrative Approach for Understanding Diversity in the Punctelia rudecta Species Complex (Parmeliaceae, Ascomycota). PLoS ONE, 11(2): e0146537. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18070] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=89; TAXLABELS Flavopunctelia_flaventior Flavopunctelia_soredicar_T Punctelia_appalachiensis_10253_K Punctelia_appalachiensis_3520Us_P Punctelia_bolliana Punctelia_borreri_030736_I Punctelia_borreri_080105_I Punctelia_borreri_090011_J Punctelia_borreri_10237_I Punctelia_borreri_10238_I Punctelia_borreri_10240_I Punctelia_borreri_10246_I Punctelia_borreri_10254_I Punctelia_borreri_10255_I Punctelia_borreri_16125_I Punctelia_borreri_3215_Australia Punctelia_borreri_3216_Australia Punctelia_caseana_3161_USA Punctelia_caseana_3162_USA Punctelia_caseana_3163_USA Punctelia_caseana_NY160_C Punctelia_caseana_NY284_C Punctelia_caseana_NY48_C Punctelia_guanchica_1187_Canary Punctelia_guanchica_1188_Canary Punctelia_guanchica_1189_Canary Punctelia_guanchica_3136_Canary Punctelia_guanchica_3138_Canary Punctelia_guanchica_3139_Canary Punctelia_guanchica_3141_Canary Punctelia_guanchica_3142_Canary Punctelia_guanchica_3143_Canary Punctelia_hypoleucites_1179_Kenya Punctelia_hypoleucites_3911_Cuba Punctelia_hypoleucites_AFTOL_B Punctelia_jeckeri_10249_D Punctelia_jeckeri_10251_D Punctelia_jeckeri_NY276_D Punctelia_jeckeri_NY323_D Punctelia_missouriensis_L Punctelia_perreticulata_10_M Punctelia_perreticulata_16_M Punctelia_pseudocoralloidea_3217_Australia Punctelia_pseudocoralloidea_3218_Australia Punctelia_pseudocoralloidea_E Punctelia_reddenda_10247_G Punctelia_rudecta_10256_A Punctelia_rudecta_1190_USA Punctelia_rudecta_1193_Kenya Punctelia_rudecta_1195_Kenya Punctelia_rudecta_1196_Kenya Punctelia_rudecta_1197_Kenya Punctelia_rudecta_1239_Japana Punctelia_rudecta_1240_Japana Punctelia_rudecta_1343_Chile Punctelia_rudecta_3146_India Punctelia_rudecta_3147_Japana Punctelia_rudecta_3149_Japana Punctelia_rudecta_3150_Kenya Punctelia_rudecta_3152_USA Punctelia_rudecta_3153_USA Punctelia_rudecta_3154_USA Punctelia_rudecta_3155_USA Punctelia_rudecta_3156_USA Punctelia_rudecta_3157_USA Punctelia_rudecta_3158_USA Punctelia_rudecta_3159_USA Punctelia_rudecta_3160_USA Punctelia_rudecta_3164_USA Punctelia_rudecta_3519_USA Punctelia_rudecta_3521_USA Punctelia_rudecta_3522_USA Punctelia_rudecta_3910_Chile Punctelia_rudecta_7661_B Punctelia_rudecta_AFTOL9_B Punctelia_rudecta_Normo_B Punctelia_ruderata_3145_India Punctelia_sticta_Peru_F Punctelia_subflava_E Punctelia_subpraesignis_H Punctelia_subrudecta_10241_N Punctelia_subrudecta_10242_N Punctelia_subrudecta_10243_N Punctelia_subrudecta_10244_N Punctelia_subrudecta_10245_N Punctelia_subrudecta_10250_N Punctelia_subrudecta_3219_Australia Punctelia_subrudecta_PARS3_N Punctelia_toxodes_1119_South_Africa ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Punctelia_borreri_10240_I GCTCCCGGAGGCTTCGGCCCCCAACTCTTCACCCATTGTTCATTCACCCTTGTTGCTTTGGCGGACCTCGGGGCTTCTCCCGCGCTGGCCTCCGGGTCAGTGAGCGTCCGTCAGAGGCCCATTCAAATCCTTTTTATCCGTGACGTCCGAGTATATATATAAAATTAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCCAGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTGCCCCCCTCAAGCGCAGCTTGGTATTGGGTTCTCGCCCCCGTGGCGTGCCCGAAAAGCAGTGGCGGTCCGGCGAGACTTTAAGCGTAGTAAATTTTCTCCCGCTTTGAAAGCTCGCGCCGTGGCCGGCCAGACAACCCCATTAGCTTCTACTTGCATCATTGTACAGATGATGCAAGATCGACTAAGTCGAATAAAATTCTAGGTAGAATTATGATAATGACATTGTCTGCCTATGTGTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAGTAGACTAGTGTTATTCATGTTTAATCGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTAGATCAAGCTTTTATATATAAATTATGTTAATTAAA-GGACTAATTTACTAGAGTTACTTACGAGGGGGCATTAAAGTACTGCTGGTGTAGAGATGAAATTCTGTCATACCTCTTTTCGAAAGAAAAGTCATGGCACAGGTATAGGCGAAGGCATCCCCTTATGTGATAACTGACGTTGAGGGACGAAGGCTTTGTGTAACAAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTTGAAGCAGAAAATGATGAATGTCATAGATTAGATATATAAGTTTATTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCATGAGTAATTTGGCAACATTGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGGTCCGCAAAAAACCTTACCACAACTTGAATATTTATA-----TTTTTATTGTTTTCTTCTTAATTTTCTTCTAATAACAAGCTCAACATCTGTAACAAGAAGAAAGTTAATAAAGAGGCAATA--ATATATTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGCGAGACTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACGTGAACCCTCACTTTATTTTTACATAGAGTAGTTCCCCGCT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Punctelia_borreri_3216_Australia 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Punctelia_caseana_3162_USA 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Punctelia_caseana_3163_USA 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Punctelia_subrudecta_3219_Australia 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Punctelia_subrudecta_PARS3_N 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; END; BEGIN TREES; TITLE Punctelia_MrBayes; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Flavopunctelia_flaventior, 2 Flavopunctelia_soredicar_T, 3 Punctelia_appalachiensis_10253_K, 4 Punctelia_appalachiensis_3520Us_P, 5 Punctelia_bolliana, 6 Punctelia_borreri_030736_I, 7 Punctelia_borreri_080105_I, 8 Punctelia_borreri_090011_J, 9 Punctelia_borreri_10237_I, 10 Punctelia_borreri_10238_I, 11 Punctelia_borreri_10240_I, 12 Punctelia_borreri_10246_I, 13 Punctelia_borreri_10254_I, 14 Punctelia_borreri_10255_I, 15 Punctelia_borreri_16125_I, 16 Punctelia_borreri_3215_Australia, 17 Punctelia_borreri_3216_Australia, 18 Punctelia_caseana_3161_USA, 19 Punctelia_caseana_3162_USA, 20 Punctelia_caseana_3163_USA, 21 Punctelia_caseana_NY160_C, 22 Punctelia_caseana_NY284_C, 23 Punctelia_caseana_NY48_C, 24 Punctelia_guanchica_1187_Canary, 25 Punctelia_guanchica_1188_Canary, 26 Punctelia_guanchica_1189_Canary, 27 Punctelia_guanchica_3136_Canary, 28 Punctelia_guanchica_3138_Canary, 29 Punctelia_guanchica_3139_Canary, 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