#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 25, 2021; 22:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Shefferson R., Kull T., & Tali K. 2007. Mycorrhizal interactions of orchids colonizing Estonian mine tailings hills. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1953] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=21; TAXLABELS Cantharellales_ex_Dactylorhiza_baltica Ceratobasidium_albasitensis Ceratobasidium_anceps Ceratobasidium_angustisporum Ceratobasidium_bicorne Ceratobasidium_cerealis Ceratobasidium_cornigerum Ceratobasidium_cornigerum_1 Ceratobasidium_cornigerum_2 Ceratobasidium_cornigerum_3 Ceratobasidium_cornigerum_4 Ceratobasidium_isolate_FJT0435 'Ceratobasidium oryzae-sativae' Ceratobasidium_papillatum Ceratobasidium_ramicola Ceratobasidium_stevensii Rhizoctonia_cerealis Rhizoctonia_cerealis_2 Thanatephoris_cucumeris Thanatephoris_cucumeris_2 Thanatephoris_cucumeris_3 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa2; DIMENSIONS NTAX=41; TAXLABELS Cadophora_finlandia Cadophora_finlandica Chalara_dualis Chalara_microchona Genabea_cerebriformis Genea_arenaria Genea_cazaresii Genea_gardnerii Genea_harknessii Geopora_cooperi Geopyxis_carbonaria Geopyxis_carbonaria_2 Geopyxis_carbonaria_3 Geopyxis_rehmii Geopyxis_sp. Gilkeya_compacta Marcelleina_sp Otidea_umbrina Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens_2 Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens_3 Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens_4 Pezizomycotina_isolate_DQ974752 Pezizomycotina_spp._uncultured_12 Pezizomycotina_spp.uncultured_14 Pezizomycotina_spp.uncultured_27 Pezizomycotina_spp.uncultured_33 Phialophora_botulispora Phialophora_finlandia Phialophora_gregata Phialophora_malorum Phialophora_melinii Phialophora_sp Strumella_coryneoidea Trichophaea_hybrida Trichophaea_woolhopeia Wilcoxina_mikolae Wilcoxina_mikolae_2 Wilcoxina_rehmii Wilcoxina_rehmii_2 Xenochalara_juniperi ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa3; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Botryobasidium_subcoronatum Cantharellales_ex_Cypripedium_acaule Cantharellales_ex_Cypripedium_calceolus Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum Cantharellales_ex_Cypripedium_candidum Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2 Cantharellales_ex_Cypripedium_montanum Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_2 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_3 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_4 Cantharellales_ex_Orchis_militaris Cantharellus_cibarius Cantharellus_cinnabarinus Cantharellus_tubaeformis 'Ceratobasidium goodyerae-repentis' Clavulina_cristata Craterellus_tubaeformis Epulorhiza_albertensis Gomphus_floccosus Ramaria_araiospora Tulasnella_albida Tulasnella_calospora Tulasnella_cystidiophora Tulasnella_deliquescens Tulasnella_eichleriana Tulasnella_irregularis Tulasnella_irregularis_2 Tulasnella_pruinosa Tulasnella_tomaculum Tulasnella_violea Tulasnella_violea_2 Tulasnella_violea_3 ; END; BEGIN TAXA; TITLE Taxa4; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Cantharellales_ex_Cypripedium_arietinum Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum_2 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum_3 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum_4 Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum_2 Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum_3 Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_3 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_4 Cantharellales_ex_Cypripedium_parviflorum Cantharellales_ex_Epipactis_atrorubens Cantharellales_ex_Orchis_militaris Cantharellales_ex_Orchis_militaris_2 Multiclavula_corynoides Multiclavula_vernalis Tulasnella_asymmetrica Tulasnella_calospora Tulasnella_calospora_2 Tulasnella_calospora_3 Tulasnella_cystidiophora Tulasnella_eichleriana Tulasnella_pruinosa Tulasnella_sp._1 Tulasnella_sp._2 Tulasnella_sp._3 Tulasnella_tomaculum Tulasnella_violea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3937] TITLE ITS_Ceratobasidiaceae; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=516; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Cantharellales_ex_Dactylorhiza_baltica GTTGTAGCTGGTATGTGCACACCTTCTCTTTCATCCA?CACACACCTGTGAACTTGTGAGGCAGCTTCTGTCTACTTAATT??TACACAAACTCTATTTATTTTAA??AACGAATGTAATT?GATGTAA?CGCATC??TAATACTAAGTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCGCTCCTTGGTATTCCTTGGAGCATGCCTGTTTGAGTATCATGAAATCTTCAAAGT?AAACCTTTTGTTAATTCAATTGGTTCCTTACTTTGGTATTGGAGGTATGCAGCTTTCACACCCTGCTCCTCTTT?GTTCATTAGCTGGATCTCAGTGTTATGCTTGGTTCCACTCGGCGTGATAAGTTATCTATCGCTGAGGACACTGGTGGCCAAGGTAAACGCAGATGAACCGCTTCTAAC?A?GTCCATTGACTTGGA Ceratobasidium_albasitensis 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3783] TITLE ITS_Pezizales; LINK TAXA = Taxa2; DIMENSIONS NCHAR=443; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ACAACCGGCAGCGCTGGATCCCTTGGCACGTCATTCGATGAAGACCGTTGCAAATTGCGATAAAGTGATGTGATGCGCAAGTCCACCACTTATACGTGAATCAT?GAGTTGTTGAACGCATTGCAC????CGCGCCCTAATCCGGCTGCGGTATGCCCCTTTGAGCGTCATT Cantharellales_ex_Cypripedium_parviflorum ACAACTGGTAGCGTTGGATCCCTCGGCATGGCTATCGATGAAGAGCGCGGCCAGCTGCGA?AATGTGATGTGAATTGCAACTCAAAGCGGTTATCGTGAATCATTGACTACTTGAACGCATTGCAC????CGCCCTTT????TGGGAGTGGTACGCCCGATTGAGTGTCATA Cantharellales_ex_Epipactis_atrorubens ACAACTCATAGCGTTGGATCCCTTGGCATGCCATTCGATGAAGACCGTTGCAAAATGCGATAA?GTGGTGTGATATGCAAGTCCAAAACTTATACGTGAATCAT?GAATTGTTGAACGCACTGCAT????CGATCCTTA?TCCAGGAACGATACGCCCTATTGAGCGTCATT Cantharellales_ex_Orchis_militaris ACAACCAGTAGCGTTGGATCCCTTGGCATGTCATTCGATGAAGACCGTTGCAAAATGCGATAA?GTGGTGTGATATGCAAGTCCAAAACTTATACGTGAACCAT?GAATTGTTGAACGCACTGCAT????CGAGCCTTA?CCCAGGAACGATACGCCCCATTGAGCGTCATT Cantharellales_ex_Orchis_militaris_2 ACAACTGGTAGCGTTGGATCCCTTGGCACGCCATTCGATGAAGACCGTAGCAAATTGCGATAA?GTGGTGTGATATGCGAGTCCAAAACTTATACGTGAACCAT?GAATTGTTGAACGCATTGCAT????CGAGCTTTG?CCCAAGCACGATATGCCCCATTGAGCGTCCTT Multiclavula_corynoides ACAACCGGCAGCGCTGGATCCCTTGGCACGTCATTCGATGAAGACCGTTGCAAATTGCGATAAAGTGATGTGATGCGCAAGTCCACCACTTATACGTGAATCAT?GAGTTGTTGAACGCATTGCAC????CGCGCCCTAAACCGGCTGCGGTATGCCCCTTTGAGCGTCATT Multiclavula_vernalis ACAACCGGTAGCGATGGATCCCTTGGCACGTCATTCGATGAAGACCGTTGCAAATTGCGATAAAGTGATGTGATGCGCAAGTCCACCACTTATACGTGAATCAT?GAGTTGTTGAACGCATTGCAC????CGCGCCCTAAACCGGCTGCGGTATGCCCCTTTGAGCGTCATT Tulasnella_asymmetrica ACAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCG??CCCTCTGGTATTCCGG??AGAGCATGCCCGGTTGAGTATTATG Tulasnella_calospora ACAACTATCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCGCTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCCTCTGGTATTCCGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTATTATA Tulasnella_calospora_2 ACAACTATCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCGCTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCCTCTGGTATTCCGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTATTATA Tulasnella_calospora_3 ACAACCATCAGCAACGGATCTCTTGGCATTCCAATCGATGAAGAACGTAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCAT?GAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCCTCTGGTATTCCGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTGTCATG Tulasnella_cystidiophora ACAACTTTTAACAACGGATCTCTTGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAC?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCAT?GAATCTTTGAACGCACCTTGCG??CTCCTTGGTATTCCGA??GGAGCACGCCTGTTCGAGTGTCGTG Tulasnella_eichleriana ACAACTATCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTT?GAACGCACCTTGCA??CCTTCTGGTATTCCGG??AAGGTATGCCCGGTTGAGTATTATG Tulasnella_pruinosa ACAACTATCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCTTCCAGTATTCTGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTATTATG Tulasnella_sp._1 ACAACTATCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCTTCCAGTATTCTGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTATTATG Tulasnella_sp._2 ACAACCATCAGCAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGTAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGACTTGCAG??????AACACA???GTGAATCAT?GAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCCTCTAGTATTCTGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTGTCATG Tulasnella_sp._3 ACAACCATCAGCAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGTAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGACTTGCAG??????AACACA???GTGAATCAT?GAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCCTCTAGTATTCTGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTGTCATG Tulasnella_tomaculum ACAACCATCAGCAACGGATCTCTTGGCATTCCACTCGATGAAGAACGTAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGACTTGCAG??????AACACA???GTGAATCAT?GAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCTTCCAGTATTCTGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTGTCTTG Tulasnella_violea ACAACTATCAACAACGGATCTCTTGGCATCCCACTCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATAA?GTAATGTGAATTGCAG??????AATTCA???GTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACCTTGCA??CCTTCCAGTATTCTGG??AGGGTATGCCCGGTTGAGTATTATG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ITS_Tulasnellaceae) = N: 1-172; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ITS_Tulasnellaceae) = N: 1-172; END; BEGIN TREES; TITLE Tb8781; LINK TAXA = Taxa2; TRANSLATE 1 Xenochalara_juniperi, 2 Wilcoxina_rehmii_2, 3 Wilcoxina_rehmii, 4 Wilcoxina_mikolae_2, 5 Wilcoxina_mikolae, 6 Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens_3, 7 Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens_2, 8 Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens, 9 Otidea_umbrina, 10 Marcelleina_sp, 11 Gilkeya_compacta, 12 Geopyxis_sp., 13 Geopyxis_rehmii, 14 Geopyxis_carbonaria_3, 15 Geopyxis_carbonaria_2, 16 Geopyxis_carbonaria, 17 Geopora_cooperi, 18 Genea_harknessii, 19 Genea_gardnerii, 20 Genea_cazaresii, 21 Genea_arenaria, 22 Genabea_cerebriformis, 23 Chalara_microchona, 24 Chalara_dualis, 25 Cadophora_finlandica, 26 Cadophora_finlandia, 27 Trichophaea_woolhopeia, 28 Trichophaea_hybrida, 29 Strumella_coryneoidea, 30 Phialophora_sp, 31 Phialophora_melinii, 32 Phialophora_malorum, 33 Phialophora_gregata, 34 Phialophora_finlandia, 35 Phialophora_botulispora, 36 Pezizomycotina_spp.uncultured_33, 37 Pezizomycotina_spp.uncultured_27, 38 Pezizomycotina_spp.uncultured_14, 39 Pezizomycotina_spp._uncultured_12, 40 Pezizomycotina_isolate_DQ974752, 41 Pezizomycotina_ex._Epipactis_atrorubens_4; TREE Fig._4 = [&R] (34,((26,(23,(30,(35,(31,((19,(18,(40,21))),(1,(8,((38,(7,39)),(33,(27,32))))))))))),(25,(6,24)))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8782; LINK TAXA = Taxa3; TRANSLATE 1 Cantharellus_cibarius, 2 Cantharellales_ex_Orchis_militaris, 3 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_4, 4 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_3, 5 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia_2, 6 Cantharellales_ex_Neuwiedia_veratrifolia, 7 Cantharellales_ex_Cypripedium_montanum, 8 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2, 9 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense, 10 Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum, 11 Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum, 12 Cantharellales_ex_Cypripedium_candidum, 13 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum, 14 Cantharellales_ex_Cypripedium_calceolus, 15 Cantharellales_ex_Cypripedium_acaule, 16 Botryobasidium_subcoronatum, 17 Tulasnella_violea_3, 18 Tulasnella_violea_2, 19 Tulasnella_violea, 20 Tulasnella_tomaculum, 21 Tulasnella_pruinosa, 22 Tulasnella_irregularis_2, 23 Tulasnella_irregularis, 24 Tulasnella_eichleriana, 25 Tulasnella_deliquescens, 26 Tulasnella_cystidiophora, 27 Tulasnella_calospora, 28 Tulasnella_albida, 29 Ramaria_araiospora, 30 Gomphus_floccosus, 31 Epulorhiza_albertensis, 32 Craterellus_tubaeformis, 33 Clavulina_cristata, 34 'Ceratobasidium goodyerae-repentis', 35 Cantharellus_tubaeformis, 36 Cantharellus_cinnabarinus; TREE Fig._5 = [&R] ((29,30),(((((13,(2,14)),(7,9)),(11,10)),((26,(((23,22),((4,(5,(27,6))),(21,(28,19)))),(31,(18,((15,20),(24,17)))))),(3,(12,8)))),(16,(34,((35,(1,(32,36))),(33,25)))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8780; LINK TAXA = Taxa4; TRANSLATE 1 Tulasnella_violea, 2 Tulasnella_tomaculum, 3 Tulasnella_sp._3, 4 Tulasnella_sp._2, 5 Tulasnella_sp._1, 6 Tulasnella_pruinosa, 7 Tulasnella_eichleriana, 8 Tulasnella_cystidiophora, 9 Tulasnella_calospora_3, 10 Tulasnella_calospora_2, 11 Tulasnella_calospora, 12 Tulasnella_asymmetrica, 13 Multiclavula_vernalis, 14 Multiclavula_corynoides, 15 Cantharellales_ex_Orchis_militaris_2, 16 Cantharellales_ex_Orchis_militaris, 17 Cantharellales_ex_Epipactis_atrorubens, 18 Cantharellales_ex_Cypripedium_parviflorum, 19 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_4, 20 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_3, 21 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense_2, 22 Cantharellales_ex_Cypripedium_macranthon_rebunense, 23 Cantharellales_ex_Cypripedium_guttatum, 24 Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum_3, 25 Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum_2, 26 Cantharellales_ex_Cypripedium_fasciculatum, 27 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum_4, 28 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum_3, 29 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum_2, 30 Cantharellales_ex_Cypripedium_californicum, 31 Cantharellales_ex_Cypripedium_arietinum; TREE Fig._3 = [&R] ((14,13),(21,((22,18),((20,19),(((17,(16,15)),(26,(25,23))),(31,((8,(30,24)),((27,(29,28)),(((5,(12,6)),(1,(3,((11,10),(9,4))))),(7,2)))))))))); END; BEGIN TREES; TITLE Tb8783; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 Cantharellales_ex_Dactylorhiza_baltica, 2 Thanatephoris_cucumeris_3, 3 Thanatephoris_cucumeris_2, 4 Thanatephoris_cucumeris, 5 Rhizoctonia_cerealis_2, 6 Rhizoctonia_cerealis, 7 Ceratobasidium_stevensii, 8 Ceratobasidium_ramicola, 9 Ceratobasidium_papillatum, 10 'Ceratobasidium oryzae-sativae', 11 Ceratobasidium_isolate_FJT0435, 12 Ceratobasidium_cornigerum_4, 13 Ceratobasidium_cornigerum_3, 14 Ceratobasidium_cornigerum_2, 15 Ceratobasidium_cornigerum_1, 16 Ceratobasidium_cornigerum, 17 Ceratobasidium_cerealis, 18 Ceratobasidium_bicorne, 19 Ceratobasidium_angustisporum, 20 Ceratobasidium_anceps, 21 Ceratobasidium_albasitensis; TREE Fig._6 = [&R] (7,((9,(10,(20,(11,(19,((18,(8,(1,21))),(12,(16,((2,(4,3)),(13,(15,14))))))))))),(6,(17,5)))); END;