#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 26, 2021; 20:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cusimano N., & Renner S.S. 2019. Sequential horizontal gene transfers from different hosts in a widespread Eurasian parasitic plant, Cynomorium coccineum. American Journal of Botany, 106(5): 679-689. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S24142] BEGIN TAXA; TITLE Taxa1; DIMENSIONS NTAX=11; TAXLABELS 'Cynomorium coccineum Atojnagh_Valley_W_China_Wuendisch_957_M' 'Cynomorium coccineum Gansu_China_Luo_618_M' 'Cynomorium coccineum Iran_Zarre_sn2014_M' 'Cynomorium coccineum Iran_Zarre_sn2015_M' 'Cynomorium coccineum Morocco_Podlech_40519_M' 'Cynomorium coccineum Morocco_Quandt_2010_BONN' 'Cynomorium coccineum Ningxia_China_L.Zhang_1_M' 'Cynomorium coccineum Portugal_Zubizarreta_2014_M' 'Cynomorium coccineum Sardinia_Italy_Cusimano_Cusimano_2_M' 'Cynomorium coccineum Sicily_Italy_Doppelbaur_13990_M' 'Cynomorium coccineum Spain_Wicke_Schneeweiss_2009_MSUN' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M53127] TITLE Cynomorium_coccineum; LINK TAXA = Taxa1; DIMENSIONS NCHAR=5567; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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'Cynomorium coccineum Gansu_China_Luo_618_M' 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'Cynomorium coccineum Iran_Zarre_sn2014_M' 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'Cynomorium coccineum Ningxia_China_L.Zhang_1_M' 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'Cynomorium coccineum Portugal_Zubizarreta_2014_M' 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'Cynomorium coccineum Sardinia_Italy_Cusimano_Cusimano_2_M' 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'Cynomorium coccineum Sicily_Italy_Doppelbaur_13990_M' 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'Cynomorium coccineum Spain_Wicke_Schneeweiss_2009_MSUN' AATATTCTAGGA-TTTTTTTATAATTTAAATAAATTCGTAAATTAGATCTACTTATT?GTTTCAAT?TGAGTCTATATGTACTTATTTTATTATTTTTAAGGGTTAAAACTAAATAAGATTTGTTATTTTCCCAATGTTCCCT?GCATTTTCTATAAAACCTTCTCGTAAAAGTATATTAACAATATTTTCAGTGATATTAGTAGATGCTATTTTTATTTTTTTTTTTCTATTTAAGTAATAATTTTGTATATAGTTTATTATATTAGTAATAGTATTTTTACTCA?GATAAAAAGTTTA-----------------TTTTATTTTATATCAAAAAATGTTATAGGACCTCTGGGGCTAGTGAAACAATTTTTGTAAAATTTAAATGTCTTAATTCACGAGTAATAGCGCCAAAAACACGAGTACCCCTTGGATTTCTTTCTTTATCAATGACAACTGCAGCATTGTCATCATAGTTTATTATAATATCGTTTCTACGTTTGAGTTGTTTACAAGTACGTACAATTACTGCCCTAATAATTTCTGATTTTTCTAGAGGCATATTTGGCACTGCTTCTTTGATTACAGCAACAATAATATCACCTACACAAGCATATCGTCGATTGCTAGATCCTATTATTCTAATACACATTAATTTTTTTGCTCCGCTGTTGTCCGCTACATTCAAATAAGTTTGGGGTTGAATCATATAAAATATATTATTATTATTTATTA---TTAATAAAAATAAATTTAGTTCTTATAGGAATTTTAGATGCCGCTACTGAAATTGCTTTTAAAGCTATATTTTCTGTTATCCCACTCATTTCATAAAGTATTTTACCTGGTTTAATAACAGCTACCCAATATTTTGTAGATCCTTTACCCGAGCCCATACGTGTTTCCACCTGTCGTGCCGTAACTGGTTTGTCTGGAAATATACATACCCATATTTTTATTTTTTCACCACGGCGTATATTTCGTATTATAGCTCGGCGTCCTGCTTCTATTTGTCTAGATGTAATCCAGGCGGGTTCAAGTGCTTTAAGAGCATATTCC----------------------------????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCATGGTTTACTTCGTTCCCCTCGCCTTTCATTCTTT--------ATTATTAATGATTAGATCTTAATTTCACAACGGAG-----TTTTTTTTTTTTGAGTCGACATTCTTAGTTTATATTGGCTCTAGACTCTCTATTTATTTAAA-----ATTTAAAATTATGCTTTATTACATTGAATTTATAGACCTTACT---TATGT----------ACTTATGTTAATATTATATTAT-------------TACTCTTTCACAGTTGCTACAACAATATAA--------ATATATCATATCTTGACTAGCTCTTTAAATCTTTATATAATTATATAATTGGAAGCGATGATTTTTCATATTATTGATCTTTTTA---------CAAATAACGAGTCACACGCTAAGCATAGCAATTATATTACATGGTCAATATAAATTTTATTTAACCTTATATAATTAT-----AATAATTATT----------------------------TAAATTTTAAAT------------AAATAAATACTAGTCTACAAATATCCAAATTTTAATACCCAATATCCCATAGAT?GTTCGAACTGTATATAAACAATAATCAATTTTAGCTATAATAGTTTGTAAGGGGACCTTTCCTTCTCTAATCCATTCGACACGTGATATTTCTTTTCCATCAATAC?TCCTGAAATTTTTATTTT---------------------------------------------------------------------------------------AATTCCTTTTGTATCCGCTTTTTCGGTTAATTCAATAGCCTTTTTCATTGCCTTGCGAAATGAAATTCTATTTTGTAATTGTCCGGCTATAAATTCTGCAATAATATTAGGGTTTCCATAAGGTTTTTTAATTCGTATAATTACAACGTTTATTTTTCTATTTATTTTTTTTTGTACATTAATTTGTAATTTATCAATTATTTGTGATCCACCTAATAACTTTGTGAATCCCATATATATTATTACCTTAATAATATCCACTCTTTTTTTTATATCTATACGCGTAATTCCAGATGATATTTTTATATTATTTTTTAGATAATTATGGATATAACCTCTTATTTTTTTATCTTCTTGTAAATCATTAGAATATTTTTTTGGTTGTGCAAACCAAAAAGAATAATGACTTTTGGTTATACCAATTCTAAAACCAAGTGGATTTATTTTTTGTCCCATACTCTCCTACTACTATACATGA------------------------------TAGTATAAATAA-AAAAAAAAAAAAA?????????CAACTAATGAAT----------GAT?AGTATT-TT?ATT?AATTAACGATTTAGATTTATTATCATTTTTTATCATGTA--CC?TGGTAGGTGCAAA?TTCTCCTA?TTTTTTACCTACCATATTATCTGTTATATAAATAGGC?AATATGCTTT?CCATTATG-ATAGCTACAGTGTGACCTATCATTGTTGGTATAATAGTGGATGCCCTAGA?CAAGTTACTATTATTTCCT---------CTTTTTCGATAAGCTTATAAATTTTTATTAATAAATTAT?GGATACAAAAGGATTTTTTTTTAATGAGCGTGTCACAGTTAGTTAATCTCCTATATTTTTTTATTATTTAATGGGCGGATGTAGCCAAGTGGATCAAGGCAGTGGATTGTGGATCCACCATGCACGGGTTCAATTCCCGTTATTCGCCCATAATTTTTATTATTTACTTATTTACTACGGCGGTGGACAATAAAATTTTCG-CTATATTTATTCCTTTTTCTACTTCTTATACCAAGTGCAGGGTAACCCCAAGGAGTTGTGGGTCTCTTTCTACCAATTGAGGCCTTACCTTCACCACCCCCATGGGGATGGTCTACAGGATTCATAACTACTCCTCTTACTACAGGACGCTTACCGAGCCAACA?TGAGATCCAGCTTTACTCAAAACTTTCCGGTTCACCCCA-----------ATATTACCTACTTGCCCAACTGTTGCT-GAGCAGTTTTTGGGTATCAAACGGACCTCCCCAGAAGGTAATTGCAATGTGACCCATTTCCCC?????---GCAT--CATTTTCGCTACAGCACCCGCTGCTCTAGCTAATTGAGCACCCTTACCAAGTTTCATTTCTATATTATGTATGGCCGTGCCTAAGGGTATATTGGTTGAAGTAGATTTTTTTATCAATAAAACCCCTTCCCAAACTGTACAAGCTTCTTTACAAAGCATACAGCTTTCGGGATAT-------CTATATATTCTAGGTATTCACATTCCTTCATTTGGCT------TATATATCATTATTAGCATTCAGACGAATGACTCTATAAAATTCACTTCACGTAACGTAGGAGACTTTTTAATTACCACTGCTTAACTTTCAATTTGCCTCTGACCATCAAATGAAATGTGAATATTCCCAAAATTT-------TATAAAATAAGGGATAGGTTTTGTCATTGCTTGAAACAATTTAGTCTTTTCCATATTACTATATCTTTAGAGTCAATAATATTAAGAACTACTGAACTAAACACTTGCTATCATTACTCTTAAGTTTTCTGTTGAGGTAGACGGATCAGTGGTAGATTTATAGGTTTCG-TATAAACCTAA?TGGAAGT-AACCAATTATGTAAATTAATAGTTC-AAATCGCACTCAAAGGTAGGGCATTTCCTATTTGTATAGAAGCTTCTGTACCAGAAATAATGATATCCCCAATTAAAATTCCTCTGGTATGTAACATATATCTCTTCTCACCATCCCCATAGTGTATAAGACAAATGTATGCATTTCTATTAGGGTCATATTCTATGGTTGTTATTCTA-CCATATATATATATTTTATTACGTTTAAAATCAATTTTACGGTATAGATGTTTATGACCCCCCCCTCTATGCCCCGAAGTAATGATTCCTCTAGCATTATGACCGTTACTACAATGATGTCCATAGATCAGTTTTTTTGATTTTACTTGTC---------TGCTTAAAGTTTTGTATAAATGTATCACCATGTTATAAATTTATATTATTT--------ATAGGTGGAATA---------TAATAACACATTTGATGCCCCATACATTATATTTATATATTTATATT-----------TCAAATAAAAATAAGA---------------GTTTGACCTAATGTTCTCTAA-----TTTAACATTAAAA-----TATGATATGATATTCAGAACTAATACATCCAGTAGGAATTGAACCTACGAATTCGCCAATTATGAGTTGGGAGCTTTTAACCATTCAGCCATGGATGC-------CGATCTAGTGAATCAATTTAAATTTATTAAATTTAGGAGGAATCAATGAAAGGATATCAATTAAAATCCTGGATTTTAGAATTTAGAGATATATTAA---------AAAATTATAACTTTTTATTAGATTCATGGACAAAATTAAATTCAGTGGGATCCTTGGGATCCTTAATTCACATTTTTTTACACCAAGAACGTTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------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; END; BEGIN TREES; TITLE Cynomorium_coccineum; LINK TAXA = Taxa1; TRANSLATE 1 'Cynomorium coccineum Sardinia_Italy_Cusimano_Cusimano_2_M', 2 'Cynomorium coccineum Sicily_Italy_Doppelbaur_13990_M', 3 'Cynomorium coccineum Iran_Zarre_sn2014_M', 4 'Cynomorium coccineum Iran_Zarre_sn2015_M', 5 'Cynomorium coccineum Portugal_Zubizarreta_2014_M', 6 'Cynomorium coccineum Spain_Wicke_Schneeweiss_2009_MSUN', 7 'Cynomorium coccineum Morocco_Podlech_40519_M', 8 'Cynomorium coccineum Morocco_Quandt_2010_BONN', 9 'Cynomorium coccineum Atojnagh_Valley_W_China_Wuendisch_957_M', 10 'Cynomorium coccineum Gansu_China_Luo_618_M', 11 'Cynomorium coccineum Ningxia_China_L.Zhang_1_M'; TREE PAUP_1 = [&R] ((9:0.005234,(10:0.001534,11:0.005078):0.003727):0.034569,((5:0.004992,6:2.87E-4):0.025503,(8:0.001543,((3:0.008099,4:1.37E-4):0.016636,(7:0.005951,(1:0.003637,2:0.00295):8.4E-4):0.001029):0.0):0.025887):0.034569); END;