#NEXUS

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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Wunsch M.J., & Bergstrom G. 2011. Genetic and morphological evidence that Phoma sclerotioides,
causal agent of brown root rot of alfalfa, is composed of a species
complex. Phytopathology, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10943]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa;
        DIMENSIONS NTAX=35;
        TAXLABELS
            Phoma_medicaginis_Pmed1NY
            Phoma_sclerotioides_SK7x12
            Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x15r
            Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x7r
            Phoma_sclerotioides_var_champlainii_VT3x2x1x7r
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Chz7x25cr
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME1x2x8cr
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME2x8st_etc
            Phoma_sclerotioides_var_obscurus_CO7x2x10a
            Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT1x4x2_etc
            Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_MT2x1x3
            Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK2x2_etc
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_All_Isolates_of_sclerotioides
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz2x14cr
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz7x2r
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_ME3x1x7r
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_MT1x3x4_etc
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_MT3x2x9
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_NH4x2x2x2r
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x1
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x11
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x26
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x2
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x7
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK7x8
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_All_Isolates
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz10x18r
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz12x30r_etc
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz1x16r
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_All_Isolates_of_viridis
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_Chz17x19Cr
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_ME4x1x9st
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT3x3x2a
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT4x2x7
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_NH4x2x3x8r
            ;
END;

BEGIN TREES;
      TITLE 'NLchar: Best ML tree, 26S ribosomal DNA (partial sequence) and ribosomal DNA intergenic spacer of Phoma sclerotioides isolates';
      LINK TAXA = Taxa;
      TREE ML = [&R] (Phoma_medicaginis_Pmed1NY:1.66526098,(((Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_MT2x1x3:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK2x2_etc:1.0E-8):0.00408178,((Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz10x18r:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz12x30r_etc:1.0E-8):0.00406494,(Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz1x16r:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_steubenii_All_Isolates:1.0E-8):1.0E-8):0.00406115):0.00409875,(((Phoma_sclerotioides_var_obscurus_CO7x2x10a:6.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT1x4x2_etc:1.0E-8):0.0078443,(((Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x15r:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x7r:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_champlainii_VT3x2x1x7r:0.00389369):0.00396023,(((((Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x1:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK7x8:1.0E-8):1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x7:0.00393645,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x11:0.00396435):1.0E-8):1.0E-8,((Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_All_Isolates_of_sclerotioides:1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz2x14cr:1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_viridis_NH4x2x3x8r:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_NH4x2x2x2r:0.00394928):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_ME3x1x7r:0.00394136):0.01199973):0.00391163,((((Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_MT1x3x4_etc:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz7x2r:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_MT3x2x9:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x26:0.00392129):0.00388796,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x2:0.00390872):1.0E-8):0.0078924,(((Phoma_sclerotioides_var_viridis_ME4x1x9st:0.00388288,Phoma_sclerotioides_var_viridis_All_Isolates_of_viridis:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_viridis_Chz17x19Cr:1.0E-8):1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT3x3x2a:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_viridis_MT4x2x7:0.00384853):0.00778896):0.01992437):1.0E-8):0.00785556):0.00806828,Phoma_sclerotioides_SK7x12:1.0E-8):0.0797007):0.01798537,(Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Chz7x25cr:0.00418134,(Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME2x8st_etc:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME1x2x8cr:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr25378]


END;