#NEXUS

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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Wunsch M.J., & Bergstrom G. 2011. Genetic and morphological evidence that Phoma sclerotioides,
causal agent of brown root rot of alfalfa, is composed of a species
complex. Phytopathology, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10943]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa;
        DIMENSIONS NTAX=33;
        TAXLABELS
            Phoma_medicaginis_Pmed1NY
            Phoma_sclerotioides_SK7x12
            Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x7r
            Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Vt3x2x1x7r_etc
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Chz7x25cr
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME1x2x8cr_etc
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME2x8st_etc
            Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Wyo18x1r
            Phoma_sclerotioides_var_obscurus_CO7x2x10a
            Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT1x4x2_etc
            Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT2x1x4
            Phoma_sclerotioides_var_obscurus_NM1x1x5c_etc
            Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_MT2x1x3
            Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK2x2
            Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK3x1_etc
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_All_Isolates
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz2x14cr
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz7x2r_etc
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz8x12r
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_MT3x2x9
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_NH4x2x4x5cr_etc
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x1
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x11
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x2
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x7
            Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK7x8
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz10x18r
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME1x3x11lf
            Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME3x4x16cr
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_All_Isolates_of_viridis
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_Chz17x19Cr
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_NH4x2x3x8r
            Phoma_sclerotioides_var_viridis_WI5x1x5
            ;
END;

BEGIN TREES;
      TITLE 'ITSchar: Best ML tree, internal transcribed spacers 1 and 2 and 5.8S ribosomal subunit, Phoma sclerotioides';
      LINK TAXA = Taxa;
      TREE ML = [&R] (Phoma_medicaginis_Pmed1NY:0.36194321,((Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x7:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x11:1.0E-8):1.0E-8,(((Phoma_sclerotioides_var_viridis_Chz17x19Cr:1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_viridis_All_Isolates_of_viridis:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_viridis_WI5x1x5:1.0E-8):1.0E-8):0.01361954,(Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT1x4x2_etc:1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_obscurus_CO7x2x10a:1.0E-8,((Phoma_sclerotioides_var_obscurus_MT2x1x4:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_obscurus_NM1x1x5c_etc:1.0E-8):0.00203073,((((Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_MT3x2x9:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Vt3x2x1x7r_etc:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz7x2r_etc:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_champlainii_Chz1x7r:1.0E-8):1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_SK7x12:1.0E-8,((((Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Wyo18x1r:1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK3x1_etc:1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME1x2x8cr_etc:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_SK2x2:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_saskatchewanii_MT2x1x3:0.00206342,(Phoma_sclerotioides_var_macrospora_ME2x8st_etc:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_macrospora_Chz7x25cr:1.0E-8):0.00205626):1.0E-8):1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME1x3x11lf:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_steubenii_Chz10x18r:1.0E-8):0.00206461):0.00629711,Phoma_sclerotioides_var_steubenii_ME3x4x16cr:0.00425035):0.00423805):0.00202695):0.01554906):1.0E-8):1.0E-8):0.0020606):0.00421155,((((Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_All_Isolates:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz2x14cr:1.0E-8):1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_viridis_NH4x2x3x8r:1.0E-8):1.0E-8,(Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_Chz8x12r:2.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_NH4x2x4x5cr_etc:1.0E-8):0.00202844):0.00202689,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK6x2:1.0E-8):0.00202795):1.0E-8):0.00203689,(Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK2x1:1.0E-8,Phoma_sclerotioides_var_sclerotioides_SK7x8:1.0E-8):1.0E-8);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr25384]


END;