#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 11, 2025; 18:31 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ruhfel B.R., Bittrich V., Bove C., Gustafsson M., Philbrick C., Rutishauser R., Xi Z., & Davis C. 2011. Phylogeny of the Clusioid Clade (Malpighiales): Evidence From the Plastid and Mitochondrial Genomes. American Journal of Botany, 98(2): 306-325. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10995] BEGIN TAXA; TITLE Expanded_Taxa; DIMENSIONS NTAX=222; TAXLABELS Acharia_tragodes_EF135500 Acridocarpus_natalitius_AF344525 Allanblackia_232br Apinagia_longifolia_158br Apinagia_riedelii_156br Archytaea_multiflora_559cd Averrhoa_carambola_FJ670048 Balanops_vieillardi_EF135505 Bonnetia_ahogadoi_560cd Bonnetia_cubensis_381br Bonnetia_paniculata1_open53br Bonnetia_roraimae_BLANK Bonnetia_sessilis_EF135509 Bonnetia_steyermarkii_BLANK Bonnetia_stricta_83br Bonnetia_tepuiensis_BLANK Bruguiera_gymnorhiza_EF135511 Calophyllum_biflorum_78br Calophyllum_brasiliense_1cn Calophyllum_castaneum_76br Calophyllum_confertum_74br Calophyllum_goniocarpum_31cn Calophyllum_griseum_65br Calophyllum_inophyllum_66br Calophyllum_lanigerum_73br Calophyllum_longifolium_421br Calophyllum_soulattri_257cd Calophyllum_teysmannii_77br Calophyllum_verticillatum_498br Calophyllum_vexans_33cn Caraipa_densifolia_39cn Caraipa_grandifolia_37cn Caraipa_savannarum_15cn Caraipa_tereticaulis_47cn Caryocar_glabrum_EF135515 Castelnavia_monandra_157br Celastrus_orbiculatus_EF135517 Centroplacus_glaucinus_FJ670002 Ceratolacis_pedunculatum_405br Chrysobalanus_icaco_EF135519 Chrysochlamys_allenii_469br Chrysochlamys_eclipes_6de Chrysochlamys_grandifolia_BLANK Chrysochlamys_silvicola_493br Chrysochlamys_skutchii_484br Cladopus_japonicus_309br Cladopus_queenslandicus_372br Clusia_cf_flavidaHavetiopsis_167au Clusia_clusioides_BLANK Clusia_fructiangusta_175au Clusia_gracilis_62br Clusia_gundlachii_EF135520 Clusia_lanceolata_5cn Clusia_loretensis_154au Clusia_major_68au Clusia_pallida_153au Clusia_rosea_GCT Clusia_viscida_165au Clusiella_isthmensis_2657cn59 Cratoxylum_arborescens_71br Cratoxylum_cochinchinense_1357cd Cratoxylum_formosum_63br Cratoxylum_formosum_FJ670022 Cratoxylum_glaucum_38br Ctenolophon_englerianus_EF135524 Cyrillopsis_paraensis_FJ670024 Dalzellia_zeylanica_313br Diamantina_lombardii_329br Dicraeanthus_zehnderi_355br Djinga_felicis_356br Dystovomita_brasiliensis_BLANK Dystovomita_paniculata_495br Elatine_triandra_EF135532 Eliea_articulata_FJ670023 Endocaulos_mangorense_AB038191 Endodesmia_calophylloides_FJ670005 Garcinia_aff_afzelii_462br Garcinia_conrauana_Blank Garcinia_cowa_102br Garcinia_eugenifolia_416br Garcinia_hessii_EF135543 Garcinia_hombroniana_97br Garcinia_livingstonei_BLANK Garcinia_mangostana_GGT Garcinia_mannii_391br Garcinia_nervosa_41br Garcinia_penangiana_68br Garcinia_rostrata_460br Garcinia_scortechinii_417br Garcinia_spicata_cn06 Garcinia_staudtii_389br Garcinia_urophylla_461br Goupia_glabra_EF135544 Griffithiella_hookeriana_319br Hanseniella_heterophylla_AB104562 Haploclathra_cordata_40cn Haploclathra_paniculata_41cn Harungana_madagascariensis_435br Humiria_balsamifera_EF135549 Hybanthus_concolor_EF135550 Hydrobryum_japonicum_308br Hypericum_aegypticum_460au Hypericum_androsaemum_466au Hypericum_annulatum_467au Hypericum_canariense_462au Hypericum_ellipticum_81br Hypericum_elodes_469au Hypericum_empetrifolium_216cd Hypericum_garrettii_463au Hypericum_grandifolium_458au Hypericum_hircinum_461au Hypericum_irazuense_BLANK Hypericum_kalmianum_ACGT Hypericum_linarifolium_464au Hypericum_mutilum_80br Hypericum_perforatum_AGCT Hypericum_tetrapterum_465au Indodalzellia_gracilis_AB450015 Indotristicha_ramosissima_312br Inversodicraea_cf_annithomae_361br Inversodicraea_cf_bosii_477br Inversodicraea_cristata_362br Irvingia_malayana_EF135553 Kayea_elmeri_64br Kayea_hexapetala_69br Kayea_oblongifolia_42br Kayea_sp._281br Kayea_stylosa_27cn Kielmeyera_lathrophyton_20cn Kielmeyera_petiolaris_57cn Lacistema_aggregatum_FJ670025 Ledermanniella_bifurcata_478br Ledermanniella_bowlingii_479br Ledermanniella_letouzeyi_480br Ledermanniella_linearifolia_BLANK Ledermanniella_pusilla_364br Leiothylax_quangensis_FM877842 Letestuella_tisserantii_358br Lophopyxis_maingayi_EF135560 Lorostemon_coelhoi_1420au Macropodiella_heteromorpha_359br Mahurea_exstipulata_45cn Mammea_africana_235br Mammea_americana_3cn Mammea_furfuracea_396br Mammea_sessiliflora_23cn Mammea_siamensis_FJ670006 Mammea_sp_112br Mammea_touriga_384br Mammea_zeereae_397br Marathrum_foeniculaceum_155br Marila_laxiflora_16246cn26 Marila_tomentosa_16215cn25 Mesua_ferrea_95br Monandriella_linearifolia_476br Monostylis_capillacea_159br Montrouziera_cauliflora_FJ670007 Montrouziera_sphaeroidea_511au Moronobea_coccinea_510au Mourera_cf_aspera_161br Mourera_fluviatilis_AB038200 Ochna_multiflora_EF135572 Ochrocarpos_madagascariensis_352br Ochrocarpos_tsaratananae_237br Oserya_coulteriana_163br Panda_oleosa_FJ670032 Paracladopus_chanthaburiensis_310br Paropsia_madagascariensis_EF135576 Pentadesma_butyracea_388br Pentaphalangium_latissimum_FJ670008 Pera_bicolor_EF135578 Phyllanthus_epiphyllanthus_EF135581 Platonia_insignis_433au Ploiarium_alternifolium_FJ669999 Podocalyx_loranthoides_EF135583 Podostemum_ceratophyllum_CGTT Podostemum_scaturiginum_367br Poeciloneuron_indicum_50cn Polypleurum_stylosum_311br Populus_maximowiczii_EF135587 Psorospermum_427br Psorospermum_androsaemifolium_431br Psorospermum_febrifugum_433br Psorospermum_glaberrimum_575au Putranjiva_roxburghii_EF135530 Quapoya_peruviana_168au Reinwardtia_indica_AB048380 Rheedia_edulis_1401 Rheedia_macrophylla_BLANK Rhyncholacis_sp_EF135564 Ricinus_communis_EF135590 Santomasia_steyermarkii_BLANK Stonesia_ghoguei_FM877841 Symphonia_fasciculata_265br Symphonia_globulifera_61br Terniopsis_brevis_314br Terniopsis_malayana_AB048827 Terniopsis_sessilis_AB048377 Thawatchaia_trilobata_AB104563 Thelethylax_minutiflora_AB038196 Thornea_calcicola_402br Tovomita_calophyllophylla_231au Tovomita_longifolia_482br Tovomita_sp_220au Tovomita_weddeliana_178au Tovomitopsis_saldanhae_475br Triadenum_fraseri_GTAT Triadenum_japonicum_135br Triadenum_walteri_1053kw Tripetalum_cymosum_316br Tristicha_trifaria_160br Vanroyenella_plumosa_AB048378 Vismia_baccifera_47br Vismia_billbergiana_487br Vismia_ferruginea_CGTT Vismia_guineensis_424br Vismia_rubescens_BLANK Vismia_sp_84br Vismia_sp_EF135601 Weddellina_squamulosa_154br Zeylanidium_lichenoides_AB048828 Zeylanidium_subulatum_307br ; END; BEGIN TREES; TITLE expanded_majority_rule_ml_figs_1_and_2; LINK TAXA = Expanded_Taxa; TREE 'Figs. 1-2' = [&R] (Paropsia_madagascariensis_EF135576,((((Panda_oleosa_FJ670032,Reinwardtia_indica_AB048380):1.0,(Elatine_triandra_EF135532,Acridocarpus_natalitius_AF344525):1.0,(Chrysobalanus_icaco_EF135519,Balanops_vieillardi_EF135505):1.0,(Averrhoa_carambola_FJ670048,Celastrus_orbiculatus_EF135517):1.0,(Podocalyx_loranthoides_EF135583,Phyllanthus_epiphyllanthus_EF135581):1.0,(Cyrillopsis_paraensis_FJ670024,Bruguiera_gymnorhiza_EF135511):1.0,(Lophopyxis_maingayi_EF135560,Putranjiva_roxburghii_EF135530):1.0,(((((((((Mammea_zeereae_397br,Mammea_siamensis_FJ670006):1.0,Mammea_sp_112br):1.0,(Mammea_sessiliflora_23cn,Mammea_furfuracea_396br):1.0,(Mammea_africana_235br,Mammea_americana_3cn):1.0,Mammea_touriga_384br):1.0,(((Kayea_oblongifolia_42br,Kayea_hexapetala_69br):1.0,(Kayea_sp._281br,Kayea_elmeri_64br):1.0):1.0,Kayea_stylosa_27cn):1.0,Poeciloneuron_indicum_50cn):1.0,(((Calophyllum_goniocarpum_31cn,Calophyllum_soulattri_257cd):1.0,((Calophyllum_confertum_74br,Calophyllum_biflorum_78br):1.0,Calophyllum_teysmannii_77br):1.0,((Calophyllum_brasiliense_1cn,Calophyllum_longifolium_421br):1.0,Calophyllum_verticillatum_498br):1.0,(Calophyllum_castaneum_76br,Calophyllum_lanigerum_73br):1.0,Calophyllum_inophyllum_66br,Calophyllum_vexans_33cn,Calophyllum_griseum_65br):1.0,Mesua_ferrea_95br):1.0):1.0,((((((Caraipa_tereticaulis_47cn,Caraipa_densifolia_39cn):1.0,(Caraipa_grandifolia_37cn,Caraipa_savannarum_15cn):1.0):1.0,(Haploclathra_cordata_40cn,Haploclathra_paniculata_41cn):1.0):1.0,(Kielmeyera_petiolaris_57cn,Kielmeyera_lathrophyton_20cn):1.0):1.0,Mahurea_exstipulata_45cn):1.0,((Marila_tomentosa_16215cn25,Marila_laxiflora_16246cn26):1.0,Clusiella_isthmensis_2657cn59):1.0):1.0):1.0,Endodesmia_calophylloides_FJ670005):1.0,(((((((Podostemum_ceratophyllum_CGTT,Podostemum_scaturiginum_367br):1.0,(Endocaulos_mangorense_AB038191,Thelethylax_minutiflora_AB038196):1.0,((Zeylanidium_subulatum_307br,Polypleurum_stylosum_311br):1.0,(((Cladopus_queenslandicus_372br,Cladopus_japonicus_309br):1.0,Paracladopus_chanthaburiensis_310br):1.0,((Thawatchaia_trilobata_AB104563,Hanseniella_heterophylla_AB104562):1.0,Hydrobryum_japonicum_308br):1.0):1.0,(Zeylanidium_lichenoides_AB048828,Griffithiella_hookeriana_319br):1.0):1.0,(((((((Letestuella_tisserantii_358br,Stonesia_ghoguei_FM877841):1.0,Ledermanniella_bifurcata_478br):1.0,(Leiothylax_quangensis_FM877842,Macropodiella_heteromorpha_359br):1.0):1.0,((((Ledermanniella_linearifolia_BLANK,Ledermanniella_pusilla_364br):1.0,Djinga_felicis_356br):1.0,(Dicraeanthus_zehnderi_355br,Ledermanniella_letouzeyi_480br):1.0):1.0,Ledermanniella_bowlingii_479br):1.0):1.0,((Inversodicraea_cristata_362br,Inversodicraea_cf_annithomae_361br):1.0,Inversodicraea_cf_bosii_477br):1.0):1.0,Monandriella_linearifolia_476br):1.0,Ceratolacis_pedunculatum_405br):1.0):1.0,((Mourera_cf_aspera_161br,Mourera_fluviatilis_AB038200):1.0,((((((Marathrum_foeniculaceum_155br,Vanroyenella_plumosa_AB048378):1.0,Oserya_coulteriana_163br):1.0,(Apinagia_longifolia_158br,Apinagia_riedelii_156br):1.0):1.0,Castelnavia_monandra_157br):1.0,Rhyncholacis_sp_EF135564):1.0,Monostylis_capillacea_159br):1.0):1.0):1.0,Diamantina_lombardii_329br):1.0,Weddellina_squamulosa_154br):1.0,((((Dalzellia_zeylanica_313br,Indotristicha_ramosissima_312br):1.0,Indodalzellia_gracilis_AB450015):1.0,Tristicha_trifaria_160br):1.0,((Terniopsis_brevis_314br,Terniopsis_malayana_AB048827):1.0,Terniopsis_sessilis_AB048377):1.0):1.0):1.0,(((((Cratoxylum_formosum_FJ670022,Cratoxylum_cochinchinense_1357cd):1.0,Cratoxylum_formosum_63br):1.0,(Cratoxylum_glaucum_38br,Cratoxylum_arborescens_71br):1.0):1.0,Eliea_articulata_FJ670023):1.0,((((((Psorospermum_androsaemifolium_431br,Psorospermum_febrifugum_433br):1.0,Psorospermum_glaberrimum_575au):1.0,Vismia_guineensis_424br):1.0,Psorospermum_427br):1.0,((Vismia_rubescens_BLANK,Harungana_madagascariensis_435br):1.0,((Vismia_sp_84br,Vismia_sp_EF135601):1.0,((Vismia_baccifera_47br,Vismia_ferruginea_CGTT):1.0,Vismia_billbergiana_487br):1.0):1.0):1.0):1.0,(((((((Hypericum_perforatum_AGCT,Hypericum_tetrapterum_465au):1.0,Hypericum_linarifolium_464au):1.0,Hypericum_annulatum_467au):1.0,Hypericum_empetrifolium_216cd):1.0,Hypericum_garrettii_463au):1.0,(((Hypericum_grandifolium_458au,Hypericum_hircinum_461au):1.0,Hypericum_androsaemum_466au):1.0,Hypericum_canariense_462au):1.0):1.0,(((Triadenum_walteri_1053kw,Triadenum_fraseri_GTAT):1.0,Triadenum_japonicum_135br):1.0,(Hypericum_elodes_469au,Hypericum_aegypticum_460au):1.0,((Hypericum_irazuense_BLANK,Hypericum_ellipticum_81br):1.0,(Hypericum_kalmianum_ACGT,Hypericum_mutilum_80br):1.0):1.0,Thornea_calcicola_402br,Santomasia_steyermarkii_BLANK):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,(((((Pentaphalangium_latissimum_FJ670008,Tripetalum_cymosum_316br):1.0,((((Garcinia_hombroniana_97br,Garcinia_penangiana_68br):1.0,Garcinia_mangostana_GGT):1.0,Garcinia_cowa_102br):1.0,(Garcinia_scortechinii_417br,Garcinia_urophylla_461br):1.0):1.0):1.0,(Garcinia_aff_afzelii_462br,Garcinia_mannii_391br):1.0,(Garcinia_eugenifolia_416br,Garcinia_rostrata_460br):1.0,((((((Montrouziera_cauliflora_FJ670007,Montrouziera_sphaeroidea_511au):1.0,Platonia_insignis_433au):1.0,Moronobea_coccinea_510au):1.0,Lorostemon_coelhoi_1420au):1.0,Pentadesma_butyracea_388br):1.0,(Symphonia_fasciculata_265br,Symphonia_globulifera_61br):1.0):1.0,(Ochrocarpos_tsaratananae_237br,Ochrocarpos_madagascariensis_352br):1.0,((Garcinia_nervosa_41br,Garcinia_spicata_cn06):1.0,(((Garcinia_livingstonei_BLANK,Garcinia_hessii_EF135543):1.0,Rheedia_macrophylla_BLANK):1.0,Garcinia_staudtii_389br,Rheedia_edulis_1401):1.0,Allanblackia_232br,Garcinia_conrauana_Blank):1.0):1.0,(((((((Chrysochlamys_grandifolia_BLANK,Chrysochlamys_skutchii_484br):1.0,(Chrysochlamys_allenii_469br,Chrysochlamys_silvicola_493br):1.0):1.0,Chrysochlamys_eclipes_6de):1.0,((((Clusia_viscida_165au,Clusia_rosea_GCT):1.0,Clusia_major_68au):1.0,(Clusia_fructiangusta_175au,Clusia_pallida_153au):1.0,Clusia_gracilis_62br,Clusia_clusioides_BLANK,Clusia_cf_flavidaHavetiopsis_167au,Clusia_lanceolata_5cn,Clusia_gundlachii_EF135520,Quapoya_peruviana_168au,Clusia_loretensis_154au):1.0,Tovomita_weddeliana_178au):1.0):1.0,((Tovomita_sp_220au,Tovomita_calophyllophylla_231au):1.0,(Dystovomita_brasiliensis_BLANK,Tovomita_longifolia_482br):1.0):1.0):1.0,Tovomitopsis_saldanhae_475br):1.0,Dystovomita_paniculata_495br):1.0):1.0,((Ploiarium_alternifolium_FJ669999,Archytaea_multiflora_559cd):1.0,((((Bonnetia_sessilis_EF135509,Bonnetia_paniculata1_open53br):1.0,((Bonnetia_stricta_83br,Bonnetia_cubensis_381br):1.0,Bonnetia_tepuiensis_BLANK):1.0):1.0,Bonnetia_ahogadoi_560cd,Bonnetia_steyermarkii_BLANK):1.0,Bonnetia_roraimae_BLANK):1.0):1.0):1.0):1.0,(Pera_bicolor_EF135578,Ricinus_communis_EF135590):1.0,Irvingia_malayana_EF135553,Ochna_multiflora_EF135572,Ctenolophon_englerianus_EF135524,Centroplacus_glaucinus_FJ670002,Humiria_balsamifera_EF135549,Caryocar_glabrum_EF135515):1.0,(Lacistema_aggregatum_FJ670025,Populus_maximowiczii_EF135587):1.0):1.0,(Hybanthus_concolor_EF135550,Goupia_glabra_EF135544):1.0):1.0,Acharia_tragodes_EF135500); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr25569] END;