#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 17, 2025; 17:18 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mammella M.A., Martin F., Cacciola S.O., Coffey M.D., & Schena L. 2013. Analyses of the population structure in a global collection of Phytophthora nicotianae isolates inferred from mitochondrial and nuclear DNA sequences. Phytopathology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12393] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=95; TAXLABELS Phytophthora_nicotianae_Albicocco9 Phytophthora_nicotianae_Anthurium Phytophthora_nicotianae_C301 Phytophthora_nicotianae_C88 Phytophthora_nicotianae_Ceanothus Phytophthora_nicotianae_Ciclamino1 Phytophthora_nicotianae_Correa3 Phytophthora_nicotianae_Correa5 Phytophthora_nicotianae_Correa8 Phytophthora_nicotianae_DodoneaCol1 Phytophthora_nicotianae_DodoneaRad1 Phytophthora_nicotianae_Ferrara11 Phytophthora_nicotianae_Ferrara3 Phytophthora_nicotianae_Ferrara8 Phytophthora_nicotianae_HybiscusB Phytophthora_nicotianae_IMI207770 Phytophthora_nicotianae_IMI268688 Phytophthora_nicotianae_IMI379626 Phytophthora_nicotianae_IRF26 Phytophthora_nicotianae_IRF27 Phytophthora_nicotianae_IRF3 Phytophthora_nicotianae_IRF5 Phytophthora_nicotianae_IRF8 Phytophthora_nicotianae_KVB Phytophthora_nicotianae_Lavanda1 Phytophthora_nicotianae_Lavanda4 Phytophthora_nicotianae_Melanzana1 Phytophthora_nicotianae_MirtoP5 Phytophthora_nicotianae_Mirtus3 Phytophthora_nicotianae_Nic8vasi Phytophthora_nicotianae_P0582 Phytophthora_nicotianae_P0583 Phytophthora_nicotianae_P0700 Phytophthora_nicotianae_P10297 Phytophthora_nicotianae_P10802 Phytophthora_nicotianae_P1083 Phytophthora_nicotianae_P1325 Phytophthora_nicotianae_P1333 Phytophthora_nicotianae_P1334 Phytophthora_nicotianae_P1335 Phytophthora_nicotianae_P1350 Phytophthora_nicotianae_P1452 Phytophthora_nicotianae_P1494 Phytophthora_nicotianae_P1495 Phytophthora_nicotianae_P1569 Phytophthora_nicotianae_P1577 Phytophthora_nicotianae_P16823 Phytophthora_nicotianae_P16824 Phytophthora_nicotianae_P16870 Phytophthora_nicotianae_P16883 Phytophthora_nicotianae_P1751 Phytophthora_nicotianae_P1752 Phytophthora_nicotianae_P1753 Phytophthora_nicotianae_P1955 Phytophthora_nicotianae_P3118 Phytophthora_nicotianae_P3234 Phytophthora_nicotianae_P3456 Phytophthora_nicotianae_P3458 Phytophthora_nicotianae_P3461 Phytophthora_nicotianae_P3549 Phytophthora_nicotianae_P3813 Phytophthora_nicotianae_P3815 Phytophthora_nicotianae_P6113 Phytophthora_nicotianae_P6115 Phytophthora_nicotianae_P6832 Phytophthora_nicotianae_P6915 Phytophthora_nicotianae_P7330 Phytophthora_nicotianae_P7346 Phytophthora_nicotianae_P7387 Phytophthora_nicotianae_P7449 Phytophthora_nicotianae_P7522 Phytophthora_nicotianae_P7561 Phytophthora_nicotianae_P7665 Phytophthora_nicotianae_Pandorea2c Phytophthora_nicotianae_PeperoneGJ Phytophthora_nicotianae_PeperoneRC Phytophthora_nicotianae_Ph142 Phytophthora_nicotianae_Ph168 Phytophthora_nicotianae_Ph195 Phytophthora_nicotianae_Ph3 Phytophthora_nicotianae_Ph342 Phytophthora_nicotianae_Ph440 Phytophthora_nicotianae_Ph5 Phytophthora_nicotianae_Ph647b Phytophthora_nicotianae_Ph653 Phytophthora_nicotianae_Ph87 Phytophthora_nicotianae_Ph9 Phytophthora_nicotianae_Pittosporo Phytophthora_nicotianae_Pn17 Phytophthora_nicotianae_Pomodoro Phytophthora_nicotianae_SCRP462 Phytophthora_nicotianae_Serravalle1 Phytophthora_nicotianae_Serravalle3 Phytophthora_nicotianae_Sta24 Phytophthora_nicotianae_TL8VP ; END; BEGIN TREES; TITLE Phytophthora_nicotianae_Nucl_NJ; LINK TAXA = Taxa; TREE NJ = [&R] ((Phytophthora_nicotianae_P0583:-1.619E-4,(Phytophthora_nicotianae_P16823:-2.163E-4,(Phytophthora_nicotianae_IMI268688:-8.7E-5,(Phytophthora_nicotianae_P6915:-6.04E-5,(Phytophthora_nicotianae_P10297:-1.192E-4,((Phytophthora_nicotianae_P1350:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P1335:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P1334:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P0582:0.0,Phytophthora_nicotianae_P1333:0.0):0.0):0.0):0.0):6.542E-4,(Phytophthora_nicotianae_Ph168:-4.18E-5,(Phytophthora_nicotianae_P6832:-8.27E-5,(Phytophthora_nicotianae_P1577:-1.633E-4,(Phytophthora_nicotianae_P1495:-3.197E-4,(Phytophthora_nicotianae_IMI379626:0.0,(Phytophthora_nicotianae_SCRP462:0.0,(Phytophthora_nicotianae_Ph653:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P3461:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P3118:0.0,(Phytophthora_nicotianae_C301:0.0,Phytophthora_nicotianae_Melanzana1:0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):3.197E-4):1.633E-4):8.27E-5):4.18E-5):6.56E-5):1.2E-4):6.04E-5):7.27E-5):2.163E-4):1.465E-4):1.42E-5,(Phytophthora_nicotianae_IRF5:-6.92E-5,(Phytophthora_nicotianae_Lavanda1:-3.2E-5,(Phytophthora_nicotianae_Lavanda4:-1.62E-5,(Phytophthora_nicotianae_MirtoP5:-8.3E-6,(Phytophthora_nicotianae_Ph647b:-4.2E-6,((Phytophthora_nicotianae_P6113:-2.1E-6,(Phytophthora_nicotianae_PeperoneRC:-1.1E-6,(Phytophthora_nicotianae_Anthurium:-6.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_Pandorea2c:-3.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_P6115:-2.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_Ceanothus:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_HybiscusB:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_IRF26:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_KVB:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_Ph440:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P1494:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P1752:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P1753:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P7330:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P7665:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_Correa8:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_Correa5:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_Correa3:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P3549:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P16824:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P1751:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_P0700:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P10802:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P3234:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P3456:0.0,Phytophthora_nicotianae_IMI207770:0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):1.0E-7):2.0E-7):3.0E-7):6.0E-7):1.1E-6):7.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_IRF3:-3.8E-6,(Phytophthora_nicotianae_P16883:-6.9E-6,(Phytophthora_nicotianae_Ciclamino1:-1.29E-5,(Phytophthora_nicotianae_Mirtus3:-2.44E-5,(Phytophthora_nicotianae_P1569:-5.63E-5,((Phytophthora_nicotianae_Pittosporo:-2.2E-6,(Phytophthora_nicotianae_Sta24:-5.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_P7387:-9.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_P3813:-2.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_DodoneaRad1:0.0,(Phytophthora_nicotianae_Albicocco9:0.0,Phytophthora_nicotianae_DodoneaCol1:0.0):0.0):2.0E-7):9.0E-7):5.0E-7):2.2E-6):5.71E-5,(Phytophthora_nicotianae_P1452:-9.79E-5,(Phytophthora_nicotianae_P1325:-2.032E-4,((Phytophthora_nicotianae_P3815:-1.179E-4,(Phytophthora_nicotianae_Ferrara11:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_Ferrara3:-0.0,(Phytophthora_nicotianae_Ferrara8:-1.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_P7561:-1.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_Ph142:-3.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_Ph195:-5.0E-7,(Phytophthora_nicotianae_Ph3:-1.0E-6,(Phytophthora_nicotianae_Ph87:-2.0E-6,(Phytophthora_nicotianae_Ph9:-4.0E-6,(Phytophthora_nicotianae_Serravalle3:-7.8E-6,(Phytophthora_nicotianae_Serravalle1:-1.54E-5,Phytophthora_nicotianae_Pn17:1.54E-5):7.8E-6):4.0E-6):2.0E-6):1.0E-6):5.0E-7):3.0E-7):1.0E-7):1.0E-7):0.0):0.0):1.182E-4):1.573E-4,((Phytophthora_nicotianae_PeperoneGJ:-6.81E-5,(Phytophthora_nicotianae_P16870:-1.339E-4,Phytophthora_nicotianae_Ph5:1.339E-4):6.81E-5):1.007E-4,(Phytophthora_nicotianae_P7522:-3.8E-4,(Phytophthora_nicotianae_P3458:4.405E-4,(Phytophthora_nicotianae_P1083:-5.5E-5,((Phytophthora_nicotianae_P7449:-1.85E-4,Phytophthora_nicotianae_Ph342:1.85E-4):2.315E-4,(Phytophthora_nicotianae_TL8VP:-6.4E-6,(Phytophthora_nicotianae_Nic8vasi:-1.25E-5,(Phytophthora_nicotianae_C88:-2.47E-5,(Phytophthora_nicotianae_P1955:-4.8E-5,(Phytophthora_nicotianae_Pomodoro:0.0,(Phytophthora_nicotianae_P7346:0.0,(Phytophthora_nicotianae_IRF27:0.0,Phytophthora_nicotianae_IRF8:0.0):0.0):0.0):4.8E-5):2.47E-5):1.25E-5):6.4E-6):7.16E-5):5.5E-5):1.658E-4):7.69E-5):1.132E-4):9.63E-5):5.61E-5):9.79E-5):3.55E-5):1.0E-5):3.42E-5):1.29E-5):6.9E-6):3.8E-6):1.1E-6):1.6E-6):4.2E-6):8.3E-6):1.62E-5):3.62E-5):5.45E-5); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr52975] END;