#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 9:54 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kajita T., Ohashi H., Tateishi Y., Bailey C., & Doyle J. 2001. rbcL and legume phylogeny with particular reference to Phaseoleae, Millettieae, and allies. Systematic Botany, 26(3): 515-536. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S734] BEGIN TAXA; TITLE parsimony_ratchet_rbcL; DIMENSIONS NTAX=319; TAXLABELS Abrus_precatorius Acacia_farnesiana Acer_saccharum Acosmium_dasycarpum Acrocarpus_sp._AF308699 Adenocarpus_complicatus Adenodolichos_rupestris Adesmia_exilis Aeschynomene_americana Aeschynomene_indica Aesculus_pavia Afgekia_sericea Aganope_sp._AF308702 Ailanthus_altissima Albizia_julibrissin Albizia_saman Aldina_latifolia Alnus_incana Amorpha_fruticosa Amphicarpaea_bracteata Amphicarpaea_edgeworthii Anagyris_foetida Andira_inermis Angylocalyx_braunii Apios_taiwaniana Aporusa_frutescens Apuleia_leiocarpa Apurimacia_boliviana Arachis_hypogaea Argyrocytisus_battandieri Argyrolobium_harveyanum Argyrolobium_marginatum Argyrolobium_uniflorum Argyrolobium_zanonii Asarum_canadense Aspalathus_cephalotes Astragalus_sparsus 'Ateleia herbert-smithii' Atylosia_lineata Austrosteenisia_blackii Balanops_vieillardi Baphia_massaiensis Baptisia_tinctoria Bauera_rubioides Bauhinia_candicans Bauhinia_purpurea Begonia_metallica_x_sanguinea_L0 Bituminaria_bituminosa Bolusanthus_speciosus Brassica_oleracea Brongniartia_pacifica Brownea_sp._U74186 Brya_ebenus Butea_minor Byrsocarpus_coccinea Cadia_purpurea Caesalpinia_pulcherrima_U74190 Caesalpinia_pulcherrima_Z70153 Cajanus_cajan_AB045790 Cajanus_cajan_AB045791 Cajanus_cajan_CCZ95535 Calicotome_villosa Calopogonium_caeruleum Calopogonium_mucunoides Calpurnia_aurea Campylotropis_griffithii Canavalia_ensiformis Canavalia_rosea Caragana_arborescens Carmichaelia_sp._AF308705 Cassia_didymobotrya Cassia_fistula Cassia_senna Castanospermum_australe_U74202 Castanospermum_australe_Z70143 Casuarina_litorea Ceanothus_sanguineus Celtis_sinensis_var._japonica_D8 Celtis_yunnanensis Centrosema_virginianum Ceratonia_siliqua Cercis_canadensis Cercis_siliquastrum Chadsia_versicolor Chamaecrista_fasciculata Chamaecytisus_austriacus Chamaecytisus_proliferus_Z70080 Chamaecytisus_purpureus_Z70081 Chamaespartium_sagittale Chamaespartium_tridentatum Chorizema_cordatum Chrysobalanus_icaco Cicer_arietinum Citrus_paradisi Cladrastis_sikokiana Cladrastis_sinensis Clarkia_xantiana Cleome_hassleriana Clitoria_ternatea Cologania_lemmonii Comesperma_ericinum Connarus_conchocarpus Cordyla_africana Coriaria_myrtifolia Coronilla_emerus Coronilla_varia Corynocarpus_laevigatus Craibia_brevicaudata Cranocarpus_martii Crossosoma_californicum Crotalaria_capensis Cucumis_sativus Cyclopia_genistoides Cytisophyllum_sessilifolium Cytisus_arboreus Dalbergia_hupeana Dalbergiella_nyasae Dalbergiella_welwitschii Datisca_cannabina Daviesia_rhizomata Deguelia_hatschbachii Delonix_regia Derris_laxiflora Desmodium_podocarpum_subsp._oxyp Dewevrea_bilabiata Dialium_sp._U74259 Dichilus_lebeckioides Dioclea_virgata Dipogon_lignosus Dipteryx_odorata Drypetes_roxburghii Dumasia_villosa Dussia_tessmannii Elaeagnus_angustifolia Elaeocarpus_grandis Erinacea_anthyllis 'Erythrina crista-galli' Erythrina_speciosa Erythrophleum_ivorense Euchresta_horsfieldii Eucryphia_lucida Euonymus_alatus Euphorbia_polychroma Fagus_americana Fordia_cauliflora Galactia_tashiroi Genista_cinerea Genista_florida Genista_januensis Genista_tricuspidata Gironniera_subaequalis Gleditsia_triacanthos Glycine_tabacina Glycyrrhiza_glabra Glycyrrhiza_pallidiflora Goodia_lotifolia Gossypium_robinsonii Guaiacum_sanctum Guilfoylia_monostylis Gymnocladus_dioica Halimodendron_halodendron Hardenbergia_violacea Hedysarum_vicioides Hesperothamnus_pentaphyllus Heteropyxis_natalensis Holocalyx_balansae Hovea_elliptica Humulus_lupulus Hymenaea_protera Hymenanthera_alpina Hymenolobium_excelsum Hypocalyptus_sophoroides Indigofera_australis_AF308711 Indigofera_australis_U74214 Isotropis_cuneifolia Juglans_nigra Kennedya_rubicunda Koelreuteria_paniculata Krameria_lanceolata Kummerowia_stipulacea Laburnum_anagyroides Lathyrus_tuberosus Leitneria_floridana Leptoderris_fasciculata Lespedeza_cuneata Licania_tomentosa Liparia_splendens Lonchocarpus_eriocarinalis Lonchocarpus_hermannii Lotononis_galpinii Lotus_corniculatus Luetzelburgia_sp._U74185 Lupinus_bogotensis Lupinus_densiflorus Maackia_amurensis Maackia_floribunda Machaerium_lunatum Maclura_pomifera Macrolobium_acaciifolium Magnolia_tripetala Medicago_sativa Melolobium_microphyllum Millettia_japonica Millettia_lenneoides Millettia_pulchra Millettia_richardiana Mimosa_speggazzinii Mucuna_macrocarpa Mucuna_nigricans Muellera_frutescens Mundulea_sericea Myrica_cerifera Myrospermum_sousanum Myroxylon_balsamum Neonotonia_wightii Neorautanenia_mitis Ononis_spinosa Ophrestia_hedysaroides Ophrestia_radicosa Opilia_sp._AJ131773 Ormosia_emarginata Otholobium_sericeum Oxalis_dillenii Oxyrhynchus_volubilis Pachyrhizus_erosus Paraserianthes_lophantha Parkia_roxburghii Parkinsonia_aculeata Peltogyne_confertiflora Peltophorum_peltatum Peltophorum_sp. Pericopsis_mooniana Petalostylis_labicheoides Petteria_ramentacea Photinia_fraseri Phylacium_majus Phylloxylon_perrieri Pilea_pumila Piptanthus_nepalensis Piscidia_pispipula Pisum_sativum Pithecellobium_mexicanum Platycyamus_regnellii Platytheca_verticillata Podalyria_calyptrata Podalyria_sericea Poecilanthe_itapuana Polygala_cruciata Pongamia_amygdaria Prunus_domestica Pseudeminia_comosa Pseudovigna_argentea Psophocarpus_scandens_AB045820 Psophocarpus_scandens_AB045821 Pueraria_montana Punica_granatum Qualea_sp._U02730 Quillaja_saponaria Rafnia_sp._Z70136 Retama_monosperma Rhamnus_cathartica Rhodopis_planisiliqua Rhoiptelea_chiliantha Rhynchosia_clivorum Rhynchosia_minima Rinorea_crenata Robinia_pseudoacacia Salweenia_wardii Santalum_album Saxifraga_mertensiana Schinus_molle Securidaca_diversifolia Senna_alata Sesbania_sesban Shepherdia_canadensis Shuteria_vestita_AB045824 Shuteria_vestita_AF308725 Simarouba_glauca Sophora_bhutanica Sophora_davidii Sophora_flavescens Sophora_japonica_U74230 Sophora_japonica_Z70142 Sophora_jaubertii Sophora_secundiflora Spartium_junceum Spartocytisus_supranubius Spatholobus_parviflorus Spiraea_X_vanhouttei Sterculia_tragacantha Strongylodon_macrobotrys Stylobasium_spathulatum Suriana_maritima Swartzia_sp._U74194 Swietenia_macrophylla Tachigali_paniculata Tamarindus_indica Teline_monspessulana Tephrosia_grandiflora Tephrosia_heckmanniana Teramnus_labialis Thermopsis_fabacea Toxicodendron_radicans Trema_micrantha Ulex_europaeus Vatairea_lundelii Vigna_radiata Viola_sororia Virgilia_divaricata Viscum_album Willardia_mexicana Wisteria_sinensis Wisteria_sp._U74216 Xanthocercis_zambesiaca Xeroderris_chevalieri Xeroderris_stuhlmannii Zenia_insignis Zornia_cantoniensis Zygophyllum_simplex ; END; BEGIN TREES; TITLE Tb5912; LINK TAXA = parsimony_ratchet_rbcL; TREE 'Fig. 1-5' = [&R] (Asarum_canadense,(Magnolia_tripetala,((((((Quillaja_saponaria,((((((Aldina_latifolia,Andira_inermis,'Ateleia herbert-smithii',Swartzia_sp._U74194,(Amorpha_fruticosa,Cordyla_africana,((((Abrus_precatorius,(Leptoderris_fasciculata,(((Hesperothamnus_pentaphyllus,(((Millettia_pulchra,Deguelia_hatschbachii,Muellera_frutescens,(Aganope_sp._AF308702,Derris_laxiflora),(Willardia_mexicana,Lonchocarpus_hermannii,Lonchocarpus_eriocarinalis)),(Millettia_richardiana,Pongamia_amygdaria,(Apurimacia_boliviana,((Chadsia_versicolor,Mundulea_sericea),(Tephrosia_grandiflora,Tephrosia_heckmanniana))))),(Millettia_lenneoides,Piscidia_pispipula))),(Ophrestia_hedysaroides,Ophrestia_radicosa)),((Dioclea_virgata,(Galactia_tashiroi,Rhodopis_planisiliqua)),(Canavalia_ensiformis,Canavalia_rosea))))),((((((Cologania_lemmonii,Dumasia_villosa,Glycine_tabacina,Neonotonia_wightii,Neorautanenia_mitis,Phylacium_majus,Calopogonium_mucunoides,Pueraria_montana,Pachyrhizus_erosus,Calopogonium_caeruleum,Strongylodon_macrobotrys,(Teramnus_labialis,(Amphicarpaea_edgeworthii,Amphicarpaea_bracteata)),(Otholobium_sericeum,Bituminaria_bituminosa),(Pseudeminia_comosa,Pseudovigna_argentea),(Dipogon_lignosus,(Oxyrhynchus_volubilis,Vigna_radiata))),((Psophocarpus_scandens_AB045821,Psophocarpus_scandens_AB045820),('Erythrina crista-galli',Erythrina_speciosa))),(Adenodolichos_rupestris,Rhynchosia_clivorum,Rhynchosia_minima,(Cajanus_cajan_CCZ95535,(Atylosia_lineata,Cajanus_cajan_AB045791,Cajanus_cajan_AB045790)))),(Spatholobus_parviflorus,Butea_minor)),(Apios_taiwaniana,((Shuteria_vestita_AB045824,Shuteria_vestita_AF308725),(((Desmodium_podocarpum_subsp._oxyp,(Lespedeza_cuneata,(Kummerowia_stipulacea,Campylotropis_griffithii))),(Mucuna_nigricans,Mucuna_macrocarpa)),(Hardenbergia_violacea,Kennedya_rubicunda))))),(Austrosteenisia_blackii,(Centrosema_virginianum,Clitoria_ternatea))),((Dewevrea_bilabiata,Hymenolobium_excelsum,Fordia_cauliflora,Platycyamus_regnellii),((Craibia_brevicaudata,(Xeroderris_chevalieri,Xeroderris_stuhlmannii)),(Dalbergiella_welwitschii,Dalbergiella_nyasae)))),(Phylloxylon_perrieri,(Indigofera_australis_U74214,Indigofera_australis_AF308711))),((Millettia_japonica,Afgekia_sericea,(Wisteria_sp._U74216,Wisteria_sinensis),((Ononis_spinosa,Medicago_sativa),(Lathyrus_tuberosus,Pisum_sativum)),(Glycyrrhiza_pallidiflora,Glycyrrhiza_glabra),(Hedysarum_vicioides,(Caragana_arborescens,Halimodendron_halodendron),(Carmichaelia_sp._AF308705,(Astragalus_sparsus,Cicer_arietinum)))),(Robinia_pseudoacacia,((Lotus_corniculatus,(Coronilla_varia,Coronilla_emerus)),(Bolusanthus_speciosus,Sesbania_sesban))))),(((Cadia_purpurea,Cyclopia_genistoides,(Liparia_splendens,(Podalyria_sericea,Podalyria_calyptrata)),(Calpurnia_aurea,Virgilia_divaricata)),((Anagyris_foetida,Piptanthus_nepalensis),(Maackia_amurensis,Salweenia_wardii)),((Dichilus_lebeckioides,((Adenocarpus_complicatus,Argyrocytisus_battandieri,Argyrolobium_zanonii,Chamaespartium_tridentatum,Cytisophyllum_sessilifolium,Erinacea_anthyllis,Genista_cinerea,Genista_januensis,Genista_tricuspidata,Laburnum_anagyroides,Petteria_ramentacea,Retama_monosperma,Spartium_junceum,Teline_monspessulana,Ulex_europaeus,(Chamaecytisus_proliferus_Z70080,Chamaecytisus_purpureus_Z70081,Spartocytisus_supranubius,(Calicotome_villosa,Chamaecytisus_austriacus,Cytisus_arboreus)),(Lupinus_bogotensis,Lupinus_densiflorus),(Chamaespartium_sagittale,Genista_florida)),(Argyrolobium_harveyanum,Argyrolobium_marginatum)),(Argyrolobium_uniflorum,Melolobium_microphyllum)),(Aspalathus_cephalotes,Crotalaria_capensis,Lotononis_galpinii,Rafnia_sp._Z70136)),((Sophora_flavescens,(Euchresta_horsfieldii,(Sophora_bhutanica,Maackia_floribunda))),(Sophora_davidii,Sophora_jaubertii)),(Baptisia_tinctoria,Thermopsis_fabacea)),(Acosmium_dasycarpum,Ormosia_emarginata)),(Goodia_lotifolia,(Daviesia_rhizomata,(Chorizema_cordatum,Isotropis_cuneifolia))),(Hypocalyptus_sophoroides,(Baphia_massaiensis,(Luetzelburgia_sp._U74185,Vatairea_lundelii)))),((Dipteryx_odorata,Holocalyx_balansae),(Pericopsis_mooniana,(Poecilanthe_itapuana,(Brongniartia_pacifica,Hovea_elliptica)))),(Zornia_cantoniensis,(Adesmia_exilis,(Arachis_hypogaea,((Dalbergia_hupeana,Machaerium_lunatum),(Aeschynomene_indica,Aeschynomene_americana)),(Brya_ebenus,Cranocarpus_martii)))),(((Sophora_japonica_U74230,Sophora_japonica_Z70142),(Cladrastis_sinensis,Cladrastis_sikokiana)),(Dussia_tessmannii,(Sophora_secundiflora,(Myrospermum_sousanum,Myroxylon_balsamum)))),(Angylocalyx_braunii,Xanthocercis_zambesiaca),(Castanospermum_australe_Z70143,Castanospermum_australe_U74202)),((Cassia_fistula,Cassia_senna,Delonix_regia,Parkinsonia_aculeata,(Cassia_didymobotrya,Chamaecrista_fasciculata,Senna_alata),(Tachigali_paniculata,(Erythrophleum_ivorense,(((Albizia_julibrissin,Paraserianthes_lophantha),(Albizia_saman,Pithecellobium_mexicanum)),(Parkia_roxburghii,(Acacia_farnesiana,Mimosa_speggazzinii))))),(Peltophorum_sp.,Peltophorum_peltatum),(Caesalpinia_pulcherrima_U74190,Caesalpinia_pulcherrima_Z70153)),(Gleditsia_triacanthos,Gymnocladus_dioica),(Acrocarpus_sp._AF308699,Ceratonia_siliqua))),(Hymenaea_protera,Macrolobium_acaciifolium,(Brownea_sp._U74186,Peltogyne_confertiflora,Tamarindus_indica))),(Dialium_sp._U74259,(Apuleia_leiocarpa,(Petalostylis_labicheoides,Zenia_insignis)))),((Cercis_canadensis,Cercis_siliquastrum),(Bauhinia_candicans,Bauhinia_purpurea))),(Suriana_maritima,(Guilfoylia_monostylis,Stylobasium_spathulatum)),(Polygala_cruciata,(Comesperma_ericinum,Securidaca_diversifolia)))),((Coriaria_myrtifolia,Corynocarpus_laevigatus),(Datisca_cannabina,(Begonia_metallica_x_sanguinea_L0,Cucumis_sativus))),(((Spiraea_X_vanhouttei,(Photinia_fraseri,Prunus_domestica)),(Ceanothus_sanguineus,((Rhamnus_cathartica,(Pilea_pumila,((Myrica_cerifera,Celtis_sinensis_var._japonica_D8),(Humulus_lupulus,Maclura_pomifera,(Gironniera_subaequalis,Trema_micrantha))))),(Elaeagnus_angustifolia,Shepherdia_canadensis)))),((Fagus_americana,(Celtis_yunnanensis,((Juglans_nigra,Rhoiptelea_chiliantha),(Alnus_incana,Casuarina_litorea)))),(Krameria_lanceolata,(Guaiacum_sanctum,Zygophyllum_simplex))))),((Euphorbia_polychroma,(Drypetes_roxburghii,Aporusa_frutescens,(Rinorea_crenata,(Hymenanthera_alpina,Viola_sororia)),(Balanops_vieillardi,(Chrysobalanus_icaco,Licania_tomentosa)))),(Euonymus_alatus,(((Eucryphia_lucida,Bauera_rubioides),(Elaeocarpus_grandis,Platytheca_verticillata)),(Oxalis_dillenii,(Connarus_conchocarpus,Byrsocarpus_coccinea)))))),(((((Schinus_molle,Toxicodendron_radicans),(Koelreuteria_paniculata,(Acer_saccharum,Aesculus_pavia))),((Ailanthus_altissima,(Leitneria_floridana,Simarouba_glauca)),(Citrus_paradisi,Swietenia_macrophylla))),((Gossypium_robinsonii,Sterculia_tragacantha),(Brassica_oleracea,Cleome_hassleriana))),((Heteropyxis_natalensis,Qualea_sp._U02730),(Clarkia_xantiana,Punica_granatum)))),(Crossosoma_californicum,Saxifraga_mertensiana)),(Santalum_album,(Opilia_sp._AJ131773,Viscum_album))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3806] END;