#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 07, 2025; 14:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Heyman F., Blair J.E., Persson L., & Wikstrom M. 2013. Root rot of pea and faba bean in southern Sweden caused by Phytophthora pisi, sp. nov. Plant Disease, 97: 461-471. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11575] [ The following blocks are input data for analysis step 10105 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10105; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Phytophthora_alni_P10564 Phytophthora_alni_P11193 Phytophthora_alni_P11318 Phytophthora_alni_P16202 Phytophthora_cajani_P3105 Phytophthora_cambivora_P1431 Phytophthora_cambivora_P1432 Phytophthora_cinnamomi_P2100 Phytophthora_cinnamomi_P2121 Phytophthora_cinnamomi_P2301 Phytophthora_cinnamomi_P6305 Phytophthora_cinnparvispora_P6376 Phytophthora_cinnparvispora_P7154 Phytophthora_cinnparvispora_P8495 Phytophthora_cinnrobiniae_P16350 Phytophthora_cinnrobiniae_P16351 Phytophthora_europaea_P10324 Phytophthora_europaea_P10325 Phytophthora_europaea_P10326 Phytophthora_europaea_P15554 Phytophthora_fragariae_P11808 Phytophthora_fragariae_P1435 Phytophthora_fragariae_P3820 Phytophthora_melonis_P10994 Phytophthora_melonis_P1371 Phytophthora_melonis_P3609 Phytophthora_melonis_P6870 Phytophthora_niederhauserii_P10279 Phytophthora_niederhauserii_P10616 Phytophthora_niederhauserii_P10617 Phytophthora_niederhauserii_P10976 Phytophthora_pisi_2150 Phytophthora_pisi_3127B Phytophthora_pisi_3353X Phytophthora_pisi_3370E Phytophthora_pisi_5213A Phytophthora_pisi_5526C Phytophthora_pisi_5536C Phytophthora_pisi_5582A2 Phytophthora_pisi_6127H Phytophthora_pisi_97603 Phytophthora_pisi_FA Phytophthora_pisi_MW Phytophthora_pisi_Var Phytophthora_pistaciae_P6196 Phytophthora_pistaciae_P6197 Phytophthora_rubi_P3289 Phytophthora_rubi_P3316 Phytophthora_sojae_P0405 Phytophthora_sojae_P10704 Phytophthora_sojae_P3114 Phytophthora_sojae_P6497 Phytophthora_uliginosa_P10328 Phytophthora_uliginosa_P10413 Phytophthora_vignae_P3019 Phytophthora_vignae_P7471 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Phytophthora_sojae_P6497 CACGTGAACC-GTATCAAC--AAGTAGTTGGGGGCCTGCTCTGTGTGGC-TGTCTGTCGATGTCA-AAGTCGGCGGCTGGCTGCTGTGTGGCGGGCTC-TATCA-TGGCGATTGGTTTGGGTCCTCCTCGTGGGGAACTGGATCATGAGCCCACTT--TTTAAACCCATTCTTAAATACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGAGACGCCAGACGTGAGGTGTCTTGCGGCGTGGCCTTCGGGCTGCCTGCGAGTCCCTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGACGTTGTTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTATGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGGCGTTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGCGCTTATTGGATGCTTTTCCTGCTGTGGCGGTATGGGCTGGTGAACCGTAGCTGTGTGAGGCTTGGCTTTTGAACCGGCGGTGTTG-TTGCGAAGTAGGGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGG-TCGATCCATTTGGGAACTCTGTGTTGTCTCT-GCGGC-----------TTGCT-GCG-GAGGTGG-CATCTCAA Phytophthora_uliginosa_P10328 CACGTGAACC-GTATCAACCCATTTAGTTGGGGGCTTGTCCTGG-TGGC-TGGCTGTCGATGTCA-AAGTTGACGGCTG-CTGCTGTGTGGCGGGCCC-TATCA-TGGCGAGCG-TTTGGGTCCCTCTCG-GGGGAACTGAGCCAGTAGCCCTTTTCTTTTAAACCCATTCTTGAATACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGGGACGCCAGACGTGAGGTGTCTTGCGG-TCGGTCTTCGGGCTGCCTGCAAGTCCCTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGACGTTGTTGGTTGTGGAGGCTGCCCGTGTGGCCAGTCGGCGACCGGTTTGTCTGCTGCGGCGTTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGCGCTTATTGGACGTTCTTCCTGCTGTGGCGGTACGGATCGGTGAACCGTAGCTGTGCGAGGCTTGGCTTTTGAACCGGCGGTGTTGGTCGCGAAGTAGGGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGGGTCGATCCATTTGGGAACT-TGTGTCTCT----GCGGCGCGCTTCGG???????????????????????????? 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Phytophthora_vignae_P7471 CACGTGAACC-GTTTCAAC--AAGTAGTTGGGGGCCTGCTCTGTGTGGC-TAGCTGTCGATGTCA-AAGTCGGCGACTGGCTGCTATGTGACGGGCTC-TATCA-TGGCAATTGGTTTGGGTCCTCCTCGTGGGGAACTAGATCATGAGCCCACTT--TTTAAACCCATTCTTGATTACTGAATATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTTAACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGATGGAGACGCCAGACGTGAGGTGTCTTGCGGCGCGGCCTTCGGGCTGCCTGCGAGTCCCTTGAAATGTACTGAACTGTACTTCTCTTTGCTCGAAAAGCGTGACGTTGTTGGTTGTGGAGGCTGCCTGTATGGCCAGTCGGCGACCAGTTTGTCTGCTGCGGCGTTTAATGGAGGAGTGTTCGATTCGCGGTATGGTTGGCTTCGGCTGAACAATGCGCTTATTGGATGCTTTTCCTGCTGTGGCGGTATGGGCTGGTGAACCGTAGTTGTGCAAGGCTTGGCTTTTGAACCGGTGGTGTTG-TTGCGAAGTAGGGTGGCGGCTTCGGCTGTCGAGGG-TCGATCCATTTGGGAACTTTGTGTTGTCTCT-GCGGC-----------TTGCT-GTG-GAGGTAG-CATCTCAA ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 10105 ] BEGIN TREES; TITLE Pisi_10_mil_ITS; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10105; 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