#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 21, 2025; 4:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Villarreal J.C., & Renner S.S. 2013. Hornwort pyrenoids: carbon-concentrating mechanisms evolved and were lost at least five times during the last 100 million years. Proceedings of the National Academy of Sciences U.S.A., . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13448] [ The following blocks are input data for analysis step 10186 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10186; DIMENSIONS NTAX=88; TAXLABELS Anthoceros_agrestis Anthoceros_angustus Anthoceros_caucasicus Anthoceros_fusiformis Anthoceros_lamellatus Anthoceros_laminiferus Anthoceros_macounii Anthoceros_neesii Anthoceros_orizabensis Anthoceros_patagonicus_subsp_gremmensis Anthoceros_punctatus Anthoceros_sambesianus Anthoceros_scariosus Anthoceros_tristanianus Anthoceros_tuberculatus Anthoceros_venosus Azolla_filiculoides Blechnum_brasiliense Dendroceros_breutelii Dendroceros_chicoraceus Dendroceros_crispatus Dendroceros_crispus Dendroceros_difficilis Dendroceros_javanicus Dendroceros_paivae Equisetum_hyemale Folioceros_fuciformis Folioceros_glandulosus Huperzia_selago Isoetes_lacustris Leiosporoceros_dussii Lygodium_circinatum Megaceros_denticulatus Megaceros_flagellaris Megaceros_gracilis Megaceros_minarum Megaceros_pellucidus Nothoceros_aenigmaticus Nothoceros_canaliculatus Nothoceros_canaliculatus_subsp_nova Nothoceros_endiviaefolius Nothoceros_fuegiensis Nothoceros_giganteus Nothoceros_renzagliensis Nothoceros_superbus Nothoceros_vincentianus Notothylas_breutelii Notothylas_dissecta Notothylas_javanica Notothylas_levieri Notothylas_orbicularis Notothylas_vitallii Osmunda_regalis Paraphymatoceros_diadematus Paraphymatoceros_hallii Paraphymatoceros_pearsonii Paraphymatoceros_proskauerii Phaeoceros_bolussi Phaeoceros_brevicapsulus Phaeoceros_carolinianus Phaeoceros_dendroceroides Phaeoceros_engellii Phaeoceros_evanidus Phaeoceros_flexivalvis Phaeoceros_himalayensis Phaeoceros_inflatus Phaeoceros_laevis Phaeoceros_microsporus Phaeoceros_minutus Phaeoceros_mohrii Phaeoceros_oreganus Phaeoceros_tenuis Phaeomegaceros_chiloensis Phaeomegaceros_coriaceus Phaeomegaceros_fimbriatus Phaeomegaceros_hirticalyx Phaeomegaceros_plicatus Phaeomegaceros_skottsbergii Phaeomegaceros_sp Phaeomegaceros_squamuligerus Phaeomegaceros_squamuligerus_subsp_hassellii Phymatoceros_bulbiculosus Phymatoceros_phymatodes Psilotum_nudum Sphaerosporoceros_adscendens Takakia_ceratophylla Treubia_lacunosa Trichomanes_radicans ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14586] TITLE Hornwort_pyrenoids_nad5_rbcL; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10186; DIMENSIONS NCHAR=2442; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Anthoceros_laminiferus 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Anthoceros_macounii 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Anthoceros_punctatus 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Anthoceros_scariosus 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Anthoceros_tristanianus 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Anthoceros_tuberculatus 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Dendroceros_breutelii 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Dendroceros_chicoraceus 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Dendroceros_crispatus 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Dendroceros_difficilis 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Dendroceros_javanicus 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Dendroceros_paivae 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Folioceros_fuciformis 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Folioceros_glandulosus 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Phaeoceros_carolinianus 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Phaeoceros_dendroceroides 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Phaeoceros_engellii 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Phaeoceros_evanidus 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Phaeoceros_flexivalvis 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Phaeoceros_himalayensis 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Phaeoceros_laevis 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Phaeoceros_microsporus 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Phaeoceros_minutus 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Phaeoceros_oreganus 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Trichomanes_radicans ???CCTCGATTTATGTGTTATTTATCCATTTCTACTTTTTTTATGCCAATGTTGGTTACCGGAGATAACTCTATTTAATCATTTCTAGGATGGGAGGGAGTAGGTCTCGCTTCATATTTGTTGATTAATTCCTGGTTTGCATGACTTCAAGCCAATAAAGCAGCTATCAAAGCTATGCTTGTCAATTGAGTAGGTGATTTTGGATCAGCTCCCGGGATTATTGGTCGTTTTACTCTCTTTTAAACAGTAGACTTTTCTACTATTTCTGCCTGTGCTAGTGCCTTTTCCGAACCCAATCATTATTTCATTTCTCGTAATATGAGATTTCATGCCATAACGGTTATTCGTATTTTACCCTTTATCGGCGCTATTGGAAAATCTGCATAAATAGGATTGCATACCCGGTTACCCGATGCCATGGAGGGTCTCACTCCAGTATCCGCTTTGATTCATGCAGCTACTATGGTAACAGCAGGCGTTTCTATGATAGCAAGGTGCTCCCCTTCATTCGAATATTTACCCAATGCTTCGATTGTTATTACTCTTGTAGGAGCTATGACGTCATTCTTCGCGGCAACCACTGGAATATTGCAAAACGATTTAAAGAGGGTCATAGCCTATTCAACTTGTAGTTAATCAGGCTATATGATCCTTGCTCGCGGCATTCCCAATTATTCAGTTAGCGTATTTCATTTAATGAATCACGCTTTTTTTAAAGCATTACCCTTCCTGAGCGCAGGTTCAGTAATTCATGCCATGTCGGATGAGCAAGATATGCGTAGGATGGGAGGGCTTGCTTCCTTGTTACCTTCTACTTATGCCATGATGCTTATAGGCAGTTTATCTTTAATTGGATTCCCTTTCTTGACTGGATTTTATTCCAAAGATGTGATTTTGGAGCTTGCTTACACCAAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTATCGATTAACTTATTATACTCCCGACTATGAAACCAAGGACACTGATATCTTGGCAGCCTTCCGAATGACTCCACAACCTGGAGTACCACCAGAAGAAGCTGGAGCTGCAGTAGCTGCGGAATCTTCAACGGGTACATGGACCACGGTATGGACAGATGGGCTTACTAGCCTTGATCGTTACAAGGGTCGATGCTATGATATCGAACCCGTTCCTGGAGAAGAGAATCAATATATTGCATATGTAGCCTATCCTTTAGATCTCTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAATCTATTCACTTCGATTGTAGGTAACGTATTCGGATTTAAAGCCTTACGTGCCCTACGGTTGGAAGATCTAAGAATACCTCCTGCTTATTCTAAGACTTTTATAGGCCCACCTCATGGTATCCAAGTTGAAAGGGATAAACTGAACAAGTATGGTCGTCCTTTCTTAGGATGTACAATCAAACCAAAATTGGGTTTATCTGCTAAGAATTATGGTAGGGCTGTTTATGAATGTCTTCGTGGTGGACTCGATTTTACTAAGGATGATGAAAACGTAAACTCTCAACCATTCATGCGTTGGCGGGATCGTTTCTTGTTCGTAGCAGAAGCTCTCTTTAAAGCTCAAGGCGAAACGGGTGAGATTAAAGGGCATTATCTAAATGCTACTGCAGGTACGTGTGAAGAAATGTTAAAGAGAGCAATCTTTGCTAGAGAATTGGGAGCACCTATTGTCATGCATGATTACCTTACAGGAGGTTTTACTGCAAATACTAGCCTAGCTTTCTACTGTCGAGATAACGGCTTACTACTTCATATTCACCGCGCAATGCATGCTGTTATTGATAGACAGAAAAACCATGGTATGCACTTCCGTGTATTGGCCAAAGCGTTACGTATGTCTGGTGGAGATCATGTCCATGCCGGGACTGTAGTAGGTAAACTGGAAGGAGAACGAGACATTACTTTAGGATTTGTCGATTTGCTACGTGACGATTATATCGAGAAAGACCGAAGCCGTGGTATCTATTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTAATACCTGTAGCTTCAGGAGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTCTAACTGAAATATTTGGAGACGATTCTGTCTTACAGTTCGGTGGTGGAACCTTAGGGCATCCTTGGGGAAATGCACCGGGTGCGGTGGCTAATAGAGTTGCATCAGAAGCTTGCGTACAAGCTCGTAATGAAGGGCGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGCTATTATTCGTGACGCTAGTAAGTG???????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * UNTITLED (CHARACTERS = Hornwort_pyrenoids_nad5_rbcL) = N: 1-2442; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Hornwort_pyrenoids_nad5_rbcL) = N: 1-2442; END; [ The following blocks are output data for analysis step 10186 ] BEGIN TREES; TITLE Hornwort_pyrenoids_nad5_rbcL; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10186; TREE tree_1 = [&R] ((Takakia_ceratophylla:0.08090919766411409,(((Isoetes_lacustris:0.14046513069778882,Huperzia_selago:0.08187221383478749):0.020028954623963202,(Equisetum_hyemale:0.1493054775185752,((Osmunda_regalis:0.07024756512367936,(Trichomanes_radicans:0.08309454797141108,(Lygodium_circinatum:0.21348154817674386,(Azolla_filiculoides:0.10008882047878664,Blechnum_brasiliense:0.07589173396531324):0.07497085977726331):0.03828266531483582):0.016819113166575195):0.03431251999285079,Psilotum_nudum:0.09875766065291924):0.014205082325778662):0.029032980671950315):0.009774497216773814,(Leiosporoceros_dussii:0.03502152070967418,((((Phymatoceros_phymatodes:0.002552299502986022,Phymatoceros_bulbiculosus:0.005245458742021036):0.03111222684663928,((Phaeomegaceros_hirticalyx:0.0014423821466794107,Phaeomegaceros_coriaceus:5.187855122101848E-6):0.0015134135501048696,(((Phaeomegaceros_fimbriatus:0.0034055935721428177,(Phaeomegaceros_skottsbergii:0.003812958009418721,Phaeomegaceros_sp:5.187855122101848E-6):5.187855122157359E-6):5.428932615954007E-4,((Phaeomegaceros_squamuligerus_subsp_hassellii:5.187855122157359E-6,Phaeomegaceros_squamuligerus:5.187855122157359E-6):0.001449837112780128,(Phaeomegaceros_chiloensis:5.065829485807471E-4,Phaeomegaceros_plicatus:5.187855122101848E-6):5.187855122157359E-6):4.7955906909002977E-4):0.0014619342979602656,(((Dendroceros_chicoraceus:0.0038198644349507482,((((Dendroceros_breutelii:5.187855122101848E-6,Dendroceros_javanicus:5.187855122101848E-6):5.187855122101848E-6,Dendroceros_paivae:9.8031144639954E-4):5.187855122157359E-6,Dendroceros_crispus:0.004718101757763549):0.001804335043257277,(Dendroceros_difficilis:0.0019191398656506209,Dendroceros_crispatus:0.004573776627786796):0.001689383893074159):0.002812717508338669):0.005571440987360843,(Megaceros_flagellaris:0.011131193491503044,(Megaceros_denticulatus:0.0028672161096635063,(Megaceros_gracilis:0.001485079298147507,Megaceros_pellucidus:0.004663385582547808):0.001816900136867805):0.003376209548015263):0.0025226011579039254):0.00557996661123189,((Nothoceros_endiviaefolius:0.006182085128063619,Nothoceros_giganteus:0.0020334727750055404):0.0014276655930050008,(Nothoceros_fuegiensis:0.005109423126417545,(Nothoceros_renzagliensis:0.0010771115917072027,(((Nothoceros_canaliculatus:6.374387672710702E-4,Nothoceros_canaliculatus_subsp_nova:0.005273478733125336):0.001919261479902401,Nothoceros_superbus:0.0021973151924065126):9.243229391994179E-4,(Nothoceros_aenigmaticus:0.0014229381217613635,(Nothoceros_vincentianus:0.004568938074131557,Megaceros_minarum:0.005768796575386814):0.0010347490646209767):5.079617488404353E-4):0.004703470287883205):0.004708176342482495):0.0014383263337399144):0.0027868339056770774):0.003955874624000988):4.0843457364203584E-4):0.022793485219012477):0.01432326513478066,((Phaeoceros_himalayensis:0.006975571226719879,((((Phaeoceros_oreganus:4.954852706230972E-4,(((Phaeoceros_flexivalvis:5.015405854345012E-4,Phaeoceros_dendroceroides:0.004442401748737113):6.889094428175202E-4,((Phaeoceros_evanidus:5.187855122101848E-6,(Phaeoceros_brevicapsulus:0.0010852031063338097,Phaeoceros_tenuis:5.187855122157359E-6):0.0012329418238943846):0.002546003883953596,(Phaeoceros_microsporus:0.00302359781213013,Phaeoceros_carolinianus:0.002514119219465538):0.0014671697480633794):0.0011477550460113894):0.0023750471305825083,Phaeoceros_laevis:5.029462739941093E-4):9.903762579584474E-4):5.187855122157359E-6,Phaeoceros_mohrii:0.0019877893579361428):0.002408831992473326,(Phaeoceros_inflatus:0.002766772437086895,Phaeoceros_engellii:0.00263829384720754):0.0011187463477941306):0.0025757210054185853,(Phaeoceros_bolussi:0.0038952105586170793,Phaeoceros_minutus:0.0022101576043792592):0.003782884767343009):0.003227019235989892):0.005134656382999925,((Notothylas_dissecta:0.004758932874632249,((Notothylas_levieri:0.006573243391193362,Notothylas_breutelii:0.0021310872386396396):0.003602201292223217,((Notothylas_vitallii:5.187855122101848E-6,Notothylas_javanica:0.004002566641573613):5.187855122157359E-6,Notothylas_orbicularis:0.009494063114927953):5.187855122157359E-6):7.692106057697323E-4):0.04334217351846559,(Paraphymatoceros_diadematus:0.007496227130749655,((Paraphymatoceros_proskauerii:5.187855122101848E-6,Paraphymatoceros_hallii:5.187855122101848E-6):0.0011851674468237317,Paraphymatoceros_pearsonii:0.006284277769327051):0.0033316129691872143):0.002319208104638648):0.001796746392309423):0.01098120888926557):0.049357993750210716,(((Sphaerosporoceros_adscendens:0.024960306177305047,Anthoceros_caucasicus:0.00856797971521095):0.0014296795842347887,((Anthoceros_orizabensis:0.002902116819512135,(Anthoceros_macounii:0.0017027570666678926,Anthoceros_tristanianus:0.00389841992132689):0.004194235116978695):0.0035910599603503623,Anthoceros_tuberculatus:0.006498049544924722):5.38560231892693E-4):5.609281167624491E-4,((Folioceros_fuciformis:0.011626451031275797,Folioceros_glandulosus:0.004224206512959072):0.00430183606348622,(Anthoceros_fusiformis:0.009482417598879023,(Anthoceros_angustu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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr57781] END;