#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 14, 2025; 10:20 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nigrelli L., & Thines M. 2013. Tropical oomycetes in the German Bight -- climate warming or overlooked diversity?. Fungal Ecology, 6: 152-160. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13487] [ The following blocks are input data for analysis step 10260 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10260; DIMENSIONS NTAX=53; TAXLABELS Halophytophthora_avicenniae_HQ643147.1 Halophytophthora_batemanensis_AF271223.1 Halophytophthora_epistomium_HQ643220.1 Halophytophthora_exoprolifera_HQ643132.1 Halophytophthora_kandeliae_HQ643134.1 Halophytophthora_polymorphica_HQ643313.1 Halophytophthora_sp._EMTD10 Halophytophthora_sp._EMTD11 Halophytophthora_sp._EMTD12 Halophytophthora_sp._EMTD7 Halophytophthora_sp._EMTS10 Halophytophthora_sp._EMTS12 Halophytophthora_sp._EMTS19 Halophytophthora_sp._EMTS2 Halophytophthora_sp._EMTS20 Halophytophthora_sp._EMTS21 Halophytophthora_sp._EMTS22 Halophytophthora_sp._EMTS23 Halophytophthora_sp._EMTS4 Halophytophthora_sp._EMTS6 Halophytophthora_sp._EMTS7 Halophytophthora_sp._EMTS8 Halophytophthora_sp._LT6430_HQ232465.1 Halophytophthora_sp._LT6465_HQ232469.1 Halophytophthora_vesicula_JF750389.1 Phytophthora_arecae_HQ643146.1 Phytophthora_cactorum_HQ643170.1 Phytophthora_citricola_HQ643203.1 Phytophthora_cryptogea_HQ643219.1 Phytophthora_fallax_HQ261558.1 Phytophthora_ilicis_HQ261582.1 Phytophthora_infestans_HQ261588.1 Phytophthora_katsurae_HQ643255.1 Phytophthora_kernoviae_HQ261602.1 Phytophthora_megasperma_HQ643277.1 Phytophthora_ramorum_HQ261662.1 Phytophthora_sojae_HQ643347.1 Phytopythium_boreale_HQ643372.1 Phytopythium_cucurbitacearum_HQ643381.1 Phytopythium_helicoides_HQ643382.1 Pythium_anandrum_HQ643436.1 Pythium_graminicola_HQ643545.1 Pythium_insidiosum_HQ643570.1 Pythium_intermedium_HQ643573.1 Pythium_mastophorum_HQ643692.1 Pythium_monospermum_HQ643697.1 Pythium_multisporum_HQ643700.1 Pythium_okanoganense_HQ643714.1 Pythium_oligandrum_HQ643716.1 Pythium_splendens_HQ643795.1 Salisapilia_nakagirii_HQ232467.1 Salisapilia_sapeloensis_HQ232466.1 Salisapilia_tartarea_HQ232473.1 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14807] TITLE German_Bight_ITS; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10260; DIMENSIONS NCHAR=1218; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Halophytophthora_sp._EMTS10 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Halophytophthora_sp._EMTS12 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Halophytophthora_sp._EMTS19 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Halophytophthora_sp._EMTS2 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Halophytophthora_sp._EMTS20 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Halophytophthora_sp._EMTS21 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Halophytophthora_sp._EMTS22 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Halophytophthora_sp._EMTS23 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Halophytophthora_sp._EMTS4 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Halophytophthora_sp._EMTS7 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Halophytophthora_sp._EMTS8 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Halophytophthora_sp._LT6430_HQ232465.1 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Halophytophthora_sp._LT6465_HQ232469.1 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Phytophthora_arecae_HQ643146.1 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Phytophthora_cactorum_HQ643170.1 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Phytophthora_citricola_HQ643203.1 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Phytophthora_cryptogea_HQ643219.1 ACGTGAACCGTATCAACCTTTTTAATTTGG----------GGG------CT-TC-------------------------CGT-------CTG--------GCC-------G-GCC--------------GGTTT----------TC----GG---C----TGG-------C----TGGGTGGCG--------GCTCTATC--ATG-GCGAC-----CG---------C----TT-GG--GCCTC------------------------GGC---C---------TGG---------GCTAGTAGCGTAT---TTTTAA-ACCCA---TTCC---TAATT-ACTGA-ATATACTGTG-----GGGACGA--AAGTCTCTGCTTTT-AACTAGA-TA-GCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACACTAAACTTGGCTCCCTTCCTTCCGTGT------------AGTCGGTGGATG------------GGGA-----CGCGCAG-ATGTGAAG-TGTCTTG-C---G---G--C--TGG---TC----------------TTCGGT-CC-G------GCT--G------CGAGTCCTTTGAAATGT-ACTACACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGC-GTGAC-GTTGCT-G-GTT-GTG-GAG-GCT-GCC-TGTGTGG-CAT-GTC-GGC--GACC-GG---TTTGTCTGCTG--CG--GCGT------TTAATGGA--GGAGTGTT--CGA--TTC-GCGGTATGGTTG-------GCTTC--------GGC-------TGAACAG---AC---GC-TTA-TTGG-G----TGCT-TTTC--C--------------T-GCT--GTGGCTGGAT--GGAC---TGG----TG-----AACCGTAGC---TGTGC---TA-G---GCTT--GGCGTTT-GA-ACCGGCGG--TGTGG----TGCG------------AAGT------AGGGTGT-C----------TGTTCTG-----G------CGTAAGCTGGGG----TGG--A---C--GAG---GGTCG-ATCCATTT--GGGAAA Phytophthora_fallax_HQ261558.1 ACGTGAACTGTATTGTCAACCAAATTC-------------GGG-----GAT-TC-------------------------CTTG------CTA--------GCG-------T-GCC-------------------------TTCGGG----CG--------TGC----CGGT----AGGTTGA----------GACCCATC--AAA-----------CG---------------------AAAAC------------------------ATC---GGC-------TGAAAGGTCGGAGCCAGTAGTTACCT--TTGTAA-ACCCT---TTAC---TAAAT-ACTGA--AAAACTGTG-----GGGACGA--AAGTCCTTGCTTTT--ACTAGA-TA-GCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTATGCCTGGAAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTATATCAAACTTGCCTTCCTTCCTTCCGTGT------------AGTCGGTGGATG------------GGAA-----CGTGCAG-ATGTGAAG-TGTCTTGGC---G---G--C--GTC---GC----------------TTCGGC-GG-T------GCT--GG-----CGAGTCCTTTTAAATACAAG-ATACTGTTCT-TCTCTTTGCTCGAAAAGC-GTGTG-GGATGT-G-GTT-GTG-GAG-GCT-GCC-TGCGTGG-CCA-GTC-GGC--GACT-GAT--TT--CGTGCTG--AG--ACG----------GTGGG--GAGGGGCT--TGA--TTC-GCGGTATGGTTG-------GCTTC--------GGC-------TGAACTT---CT---GC-TTA-TTGG-G----CTTC-TTTC--A--------------T-GTC--TTGGCGTAT---GCGATTTCGG----TG-----TACCGTAGC---TGTGT---GT-G---GCTT--GGCTTTT-GA-ACCGTG----TTCTGTG--TGCG------------AAGT------AGAGTGGGCA------TGTGGTTTTC---------------GGACTGCGT------G-GC---CGAGGG---GACGA-GACCTTTT--GGGAAA Phytophthora_ilicis_HQ261582.1 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Phytophthora_infestans_HQ261588.1 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Phytophthora_katsurae_HQ643255.1 ACGTGAACCGTAACAAACC-AATAG-TTGG----------GGG------CG-AG-------------------------TTTG------GCG--------GCG----G-CT-GCT--------------GGCTTTG----GCTGGC---TGG---C----TGC-----TGC----TGG--ACGA--------GCTCTATC--ATG-GCGAG-----CG---------T----TT-GG--ACTTC------------------------GGT---C---------TGA---------ACTAGTAGCCCTTC--TTTTAA-ACCCA---TTCC---TAATT-ACTGA-TTATACTGTG-----GGGACGA--AAGTCTCTGCTTTT-AACTAGA-TA-GCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACAACAAACTTGGCTTTCTTCCTTCCGTGT------------AGTCGGTGGA-G------------GAGA-----TG-CCAG-ATGTGAAG-TGTCTTG-C---G---G--C--TGG---TT----------------CTCGAA-CT-G------GCT--G------CGAGTCCTTTGAAATGT-ACTGAACTGTACT-CCTCTTTGCTCGAAAAGC-ATGGC-GTTGCT-G-GTT-GTG-GAG-GCT-GCC-TGTGTGG-CAT-GTC-GGC--GACC-GG---TCTGTCTGCTG--CG--GCG-------TTAATGGA--GGCGTGTT--CGA--TTC-GCGGTATGGTTG-------GCTTC--------GGC-------TGAACAAT--GC---GC-TTA-TTGG-A----TGTG-TTTC--C--------------T-GCT--GTGGCGGTAA--TGGC---TGG----TG-----TACCGTAGC---TATGT---GG-T---GCTT--GGCTTTT-GA-ATCGGCTT--TGCTGT---TGTG------------AAGT------AGAGTGG-C----------GGCTTCG-----------------GCT----------G--T---C--GAG---GGTCG-ATCCATTT--GGGAAA Phytophthora_kernoviae_HQ261602.1 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Phytophthora_megasperma_HQ643277.1 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Phytophthora_ramorum_HQ261662.1 ACGTGAACCGTATCAAAACCCTTAG-TTGG----------GGG------CT-TC-------------------------TGT-------TCG--------GCT-------G-GCT-----------------------------TC----GG---C----TGG-------C----TGGGCGGCG--------GCTCTATC--ATG-GCGAG-----CG---------C----TT-GA--GCCTT------------------CG----GGT---C---------TGA---------GCTAGTAGCCCACT--TTTTAA-ACCCA---TTCC---TAAAT-ACTGA-ATATACTGTG-----GGGACGA--AAGTCTCTGCTTTT-AACTAGA-TA-GCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGCCTCCCTTCCTTCCGTGT------------AGTCGGTGGATG------------GGGA-----CGTGCAG-ACGTGAAG-TGTCTTG-C---G---A--T--TGG---TC----------------TTCGGG-CC-G------GCT--G------CGAGTCCTTTGAAATGT-ACAGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGC-ATGAC-GTTGTT-G-GTT-GTG-GAG-GCT-GCC-CGTGTGG-CCA-GTC-GGC--GACC-GG---TTTGTCTGCTG--CG--GCGT------TTAATGGA--GGAGTGTT--CGA--TTC-GCGGTATGGTTA-------GCTTC--------GGC-------TGAACAAT--GC---GC-TTA-TTGG-A----TGCT-TTTT--C--------------T-GCT--GTGGCGGTAA--TGAC---TGG----TG-----AACCGTAGC---TGTGC---AG-G---GCTT--GGCTTTT-GA-ATCGACGG--TGTTG----TGCG------------AAGT------AGAGTGG-C----------GGTTCGG------------CGCAAGCT-GGG----CTG--T---C--GAG---GGTCG-ATCCATTT--GGGAAA Phytophthora_sojae_HQ643347.1 ACGTGAACCGTATCAA--CAAGTAG-TTGG----------GGG-----CCT-GC-------------------------TCTGT-----GTG--------GCT----GTCT-GTC--------------GATGTCAAA--GTCGGCGGCTGG---C----TGC-----TGT----GTG--GCGG--------GCTCTATC--ATG-GCGAT-----TG---------G----TT-TG--GGTCC-------------TCCTCGT----GGGGAAC---------TGG---------ATCATGAGCCCACT--TTTTAA-ACCCA---TTCT---TAAAT-ACTGA-ATATACTGTG-----GGGACGA--AAGTCTCTGCTTTT-AACTAGA-TA-GCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTAGTCCTGGGAGTATGCCTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGGCTCTCTTCCTTCCGTGT------------AGTCGGTGGATG------------GAGA-----CG-CCAG-ACGTGAGG-TGTCTTG-C---G---GC-G--TGG---CC----------------TTCGGG-CT-G------CCT--G------CGAGTCCCTTGAAATGT-ACTGAACTGTACT-TCTCTTTGCTCGAAAAGC-GTGAC-GTTGTT-G-GTT-GTG-GAG-GCT-GCC-TGTATGG-CCA-GTC-GGC--GACC-GG---TTTGTCTGCTG--CG--GCGT------TTAATGGA--GGAGTGTT--CGA--TTC-GCGGTATGGTTG-------GCTTC--------GGC-------TGAACAAT--GC---GC-TTA-TTGG-A----TGCT-TTTC--C--------------T-GCT--GTGGCGGTAT--GGGC---TGG----TG-----AACCGTAGC---TGTGT---GA-G---GCTT--GGCTTTT-GA-ACCGGCGG--TGTTGT---TGCG------------AAGT------AGGGTGG-C----------GGCTTCG-----------------GCT----------G--T---C--GAG---GGTCG-ATCCATTT--GGGAAC Phytopythium_boreale_HQ643372.1 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Phytopythium_cucurbitacearum_HQ643381.1 ACGTGAACCGTTTTGTTTTGCTTTC---------------GAG-------T-GCTTTGTTGCGCTCGGAGCATGTTTTGGGCTT-----CGC-------TGCT-----GGC-GCT------------------------------TGATTGT---------GC----TGGC----GGCTCGA----------GGCC-ATCAAGTG-GCGTTTTG--AG---------T----GT-GC--TTTGC------------------------GCA--AT---------TGA---------AACGTCGAAACCTTT-TTTTAA-ACCCA---TTTG-ATTGAAA-ACTGAAGTATACTGTG-----GGGACGA--AAGTCCTCGCTTTGAAACTAGA-TA-ACAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAACTTTTGAACGCATATTGCACTTTCGGGTTACGCCTGGAAGTATGTCTGTATCAGTGTCCGTACACTAAACTTGCGTCTCTTCC-GTCGTGT------------AGTCGTCGGTTGTTTT--------GATT--------GCAG-ATGTGAGGTTGTCTCG-C---G---A--TG-TAC---CATT------------TCTTTTGGATA-G------GTT--G------CGAGTCCCTTTAAAAGTCGG-ACGCGTGTTT-TTTCC--------------GTTTT-GTGCT--TGATG-GGG-GTG-CGGCTGC-GGCCGTG-TCT-GCT-GGCGGGTCC-GGTGACC--TTTGGCG--AT-GGCAT--------GAGAGT--GGATTGCT--CGA--TTT-GCGGTATGTTAG-------GCTTC--------GGC------TTTGACAAT--GC--AGC-TTA-TTGG-G----TGTGTTCGC--T--------------TGGCT--GTTGCTGTATG-GGGTGAGCTG-------------GATGGTC---GGTGG---AT-----GC----GTTTGTT-GC-GT--------GTCGTT---TTTT------------CAT-------GGAGTG-------------------------------------CGTT---------G--C-----GGTT---GTCGT-CGCCATTT--GGGAAT Phytopythium_helicoides_HQ643382.1 ACGTGAACCGTTTGTGACATGGTTG---------------GGC-------T-TG-------------------------TGCG------TTT-------TCTC------TC-TCT--------------------------TTTGG----GG---------GA------------{AG}G---------------GGATG--C--GTG-C-GAGCTATCTG---------TAAACTT-GT--CAAAC--------------CCATTC----TTT---T---------TGA---------TA------------------------------------------ACTGAAACATACTGTG-----GGGACGA--AAGTCTCTGCTTTG-AACTAGA-TA-GCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTTCGGGTTATGCCTGGAAGTATGTCTGTATCAGTGTCCGTACACTAAACTTGCCTCCTTTGC-GTCGTGT------------AGTCGTCGCGTT------------GGAAATTTGTG-GCAG-ATGTGAGG-TGTCTTG-TT--T---G--C--TGTG--TC--------------TTTGTTGATGC-G------GCG--GG-----CAAGTCCCTTGAAAGTC-GG-ACGCGTATCT-TT-----------------GCGT--GCGTT--GGGTG-CCG-GTG-GGCTGTG-GGACGCG-TCT-GTT-GACGAGTCT-GGCGACC--TTTGGCG--CG-TGCAT-----------GCTTGGGC{AC}CTGT--GTA--TTG-GCGGTATGTTAG-------GCTGCGTTCGCGCGGC------TTTGACAAT--GC--AGC-TGA-TGCGTG----TGTT-TGGG--C--------------T-GT---CGTGCTGTAT--GGGTGAACCG-------------GATGGTC---GATGG---GTTTTATAT----GCGTTTC-GC-GT--------GTCTGTTTTTATC------------CGGT------GTTCTGT-TT---------------------------------CGT----------G--C---GTGGAG---TGTGT-CATCATTT--GGGAAT Pythium_anandrum_HQ643436.1 ACGTGAACTGTCTTAGCAT---------------------GTT-------T-TG-------------------------TG-----------------------------C-CTT-------------------------TTATTA----------------------------------------------GGCTAAAC--GAA-G-GTC-----GG---------A----------------------------------------GTAAAAT---------------------CTGGCTGATCTATCT-TTTTAA-ACCCA---TTAC--TTTATT-ACTGATTTATACTGTG-----AGGACGA--AAGTCTTTGCTTTT-AACTAGA-TA-ACAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGAATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTTCGGGTTATACCTGGAAGTATGTCTGTATCAGTGTCCGTACAATAAACTTGCCTTTCTTTT-TCTGTGT------------AGTCAGTGAG-A------------GAGA-----TG-GCCG-ATGTGAAG-TGTCTCG-A---T---C--T--GTG---CATATTTA----------TTTATGAC---------ACATTGA----TCGAGTCCTTTTAAATGT-AC-ACTGTTTTTT-CTCTT--GTTTCTAT-GAGGTAC---TGCTC-G-AAC-GGA-GTG-ATC--TT-TGGATTG-CTT-GCATGTT--TGGT-GGCAACT--TCGGTTT--AG--ACGC--------TAGGAG--AAAATGCT--CGA--TTC-GCGGTATGTTAG-------GCTTC--------GGC-------TCGACAAT--GT--TGC-TTA-TTAG-G----CGTT-GACT--C--------------T-GTT--TTTACCTTG---AGGTACCATTATT--------TGTGTGAGA---TGTGT---CT-----AAT---AATTGCT-TG-CAAGTA----AGGTGT---TGCT-----------TGATA------GTTACGC-TTTGA---TACTGCTTTTC--------------GGAGTGGTGTTG---A--G---GTTGAG---GATAG-CACAATTT--GGGAAA Pythium_graminicola_HQ643545.1 ACGTGAACCGTTACAATTAT--------------------GTT-------C-TG-------------------------TGCT--------------------------GT-CTC--------------------------TCGGG----AT----------------------------------------GGCTGAAC--GAA-G-GTG-----GG--------------CT-GC--ATGTA-------------------T----GTG-------------TAG---------TCTGCCGATGTACT--TTTCAA-ACCCA---TTAC---TAAAT-ACTGAACTATACTCCG-----AGAACGA--AAGTTTTTGGTTTT-AATCCA--TA-ACAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGAACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGAATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCACATTGCACTTTCGGGATATTCCTGGAAGTATGCTTGTATCAGTGTCCGTACATCAAACTTGCCTTTCTTTT-TTTGTGT------------AGTCAAGGAG-A------------GAAA-----TG-GCAGAATGTGAGG-TGTCTCG-C---T-GGC--T--CCC---TC----------------TTCGGA-----------GGA--GAAAACGCGAGTCCCTTTAAATGT-AC-GTTCGCTCTT-TC-TTGTGTCGAAGTAGAAGTGTG-ACTATC-G-AAC-GCA-GTG-GTCTGTT-TGGATCG-TTTTGC--GCG--AGTT-GGCGACT--TCGGTTA--GG--ACAT-------TAAAGGA--AGCAACCT--CTA--TTG-GCGGTATGTTAG-------GCTTC--------GGC-------CCGACTTT--GC--AGC-TGA-CAGT-G----TGTAGTTTT--C--------------T-GTT--CTTTCCTTG---AGGTGTACCTG---TT-----TGTGTGAGGCAATGGTC---TA-G---GCAAATGGTTATT-GT-GTAGTA----GGTGGT---TGCT-----------GCTCT------TTGGCGC-CC-----------TCTCG------------------AGG---------G--T---AAAGGA---GGCAA-CACCAATT--TGGGAT Pythium_insidiosum_HQ643570.1 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Pythium_intermedium_HQ643573.1 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