#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 14, 2025; 10:11 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Nigrelli L., & Thines M. 2013. Tropical oomycetes in the German Bight -- climate warming or overlooked diversity?. Fungal Ecology, 6: 152-160. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13487] [ The following blocks are input data for analysis step 10261 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10261; DIMENSIONS NTAX=19; TAXLABELS Halophytophthora_batemanensis_DQ365703 Halophytophthora_sp._EMTD10 Halophytophthora_sp._EMTD11 Halophytophthora_sp._EMTD12 Halophytophthora_sp._EMTD7 Halophytophthora_sp._EMTS10 Halophytophthora_sp._EMTS12 Halophytophthora_sp._EMTS19 Halophytophthora_sp._EMTS2 Halophytophthora_sp._EMTS20 Halophytophthora_sp._EMTS21 Halophytophthora_sp._EMTS22 Halophytophthora_sp._EMTS23 Halophytophthora_sp._EMTS4 Halophytophthora_sp._EMTS6 Halophytophthora_sp._EMTS7 Halophytophthora_sp._EMTS8 Halophytophthora_sp._LT6430 Halophytophthora_sp._LT6465 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14806] TITLE German_Bight_cox2; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10261; DIMENSIONS NCHAR=508; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Halophytophthora_batemanensis_DQ365703 TTCAAGATCCTGCAACTCCAGTTATGGAAGGTATTATTAACTTTCATCATGATTTAATGTTTTTTTTAATTATCGTAACTATTTTTGTTTGTTGGATGTTATTTAGAGTAATTACTCTTTTTGATGAAAAAAAAAATAAAATTCCTGCTACTGTTGTACATGGTGCTACTATTGAAATTATTTGGACTTCTATTCCAGCTTTAATTTTATTAACTGTAGCAGTACCTTCTTTTGCTTTACTATATTCAATGGATGAAGTAATTGATCCTATTATTACTTTAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTACTGGAGTTATGAATATTCTGATAATTTAGAATTTTCTGATGAACCTTTAATTTTTGATAGTTATATGGTTCAAGAAGATGATTTAGAATTAGGTCAGTTTAGAATTTTAGAAGTAGATAATCGTGTAGTAGTTCCTACAAATAGTCATATTCGTGTTTTAATTACAGCTTCTGATGTATTACATTCATGGGCTATTCCATCATT Halophytophthora_sp._EMTD10 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(Halophytophthora_batemanensis_DQ365703:0.040657765,((Halophytophthora_sp._EMTS19:1.0E-8,Halophytophthora_sp._EMTD10:1.0E-8):0.01812867,(Halophytophthora_sp._LT6465:0.02299365,(Halophytophthora_sp._LT6430:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS20:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS4:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS6:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS12:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS21:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS8:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS23:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS7:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS10:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS22:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTD7:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTD12:1.0E-8,(Halophytophthora_sp._EMTS2:1.0E-8,Halophytophthora_sp._EMTD11:1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):1.0E-8):0.00203695):0.00837353):0.02635475):0.040657765); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr57955] END; BEGIN TREES; TITLE 'ME from cox2 (1000 bootstraps, Tamura-Nei substitution model, pairwise deletion)'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10261; TREE ME_cox2 = [&R] ((((((((((((((((Halophytophthora_sp._EMTS2:0.0,Halophytophthora_sp._EMTD7:0.0)0.0450:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS22:0.0)0.0040:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS10:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS7:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTD12:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS21:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS6:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS12:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS4:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS23:0.0)0.0020:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS8:0.0)0.0000:0.0,Halophytophthora_sp._EMTS20:0.0)0.0280:0.0,Halophytophthora_sp._EMTD11:0.0)0.6410:0.00150169,Halophytophthora_sp._LT6430:4.6993E-4)0.9970:0.01055346,Halophytophthora_sp._LT6465:0.01400319)0.7040:0.00732078,(Halophytophthora_sp._EMTS19:0.0,Halophytophthora_sp._EMTD10:0.0)0.9970:0.01152124,Halophytophthora_batemanensis_DQ365703:0.03535191); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr57971] END;